Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFK
AGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLRE
IIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL

The query sequence (length=216) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1dvj:A 239 216 1.0000 0.9038 1.0000 2.72e-157 1dvj:B, 1dvj:C, 1dvj:D, 2e6y:A, 2e6y:B, 4fx6:M, 4fx6:N, 4fx8:A, 4fx8:B, 4fxr:A, 4fxr:B, 3g1a:A, 3g1a:B, 3g1d:A, 3g1d:B, 3g1f:A, 3g1f:B, 3g1f:C, 3g1f:D, 3g1f:E, 3g1f:F, 3g1f:G, 3g1f:H, 3g1f:I, 3g1f:J, 3g1f:K, 3g1f:L, 3g1f:M, 3g1h:A, 3g1h:B, 3g1h:C, 3g1h:D, 3g1h:E, 3g1h:F, 3g1h:G, 3g1h:H, 3g1h:I, 3g1h:J, 3g1h:K, 3g1h:L, 3g1h:M, 3g1v:A, 3g1v:B, 3g1x:A, 3g1x:B, 3g22:A, 3g22:B, 3g24:A, 3g24:B, 4gc4:A, 4gc4:B, 1kly:A, 1klz:A, 1km0:A, 1km0:B, 1km0:C, 1km0:D, 1km1:A, 1km1:B, 1km2:A, 1km3:A, 1km4:A, 1km5:A, 1km6:A, 4lc6:A, 4lc6:B, 4lc8:A, 4lc8:B, 3lht:A, 3lht:B, 3lhu:A, 3lhu:B, 3lhv:A, 3lhv:B, 3lhv:C, 3lhv:D, 3lhw:A, 3lhw:B, 3lhy:A, 3lhy:B, 3lhz:A, 3lhz:B, 3li0:A, 3li0:B, 3li1:A, 3li1:B, 3lld:A, 3lld:B, 3llf:A, 3llf:B, 1lol:A, 1lol:B, 1loq:A, 1lor:A, 1los:A, 1los:B, 1los:C, 1los:D, 1lp6:A, 1lp6:B, 3ltp:A, 3ltp:B, 3lts:A, 3lts:B, 3lty:A, 3lty:B, 3lv5:A, 3lv5:B, 3lv6:A, 3lv6:B, 4lw7:A, 4lw7:B, 3m1z:A, 3m1z:B, 3nq6:A, 3nq6:B, 3nq7:A, 3nq7:B, 3nqa:A, 3nqa:B, 3nqc:A, 3nqc:B, 3nqd:A, 3nqd:B, 3nqe:A, 3nqe:B, 3nqf:A, 3nqf:B, 3nqg:A, 3nqg:B, 3nqm:A, 3nqm:B, 4nt0:A, 4nt0:B, 4nuw:A, 4nuw:B, 4nx5:A, 4nx5:B, 4o11:A, 4o11:B, 4o8r:A, 4o8r:B, 4o8r:C, 4o8r:D, 4o8r:E, 4o8r:F, 4o8r:G, 4o8r:H, 4o8r:I, 4o8r:J, 4o8r:K, 4o8r:L, 4o8r:M, 3p5y:A, 3p5y:B, 3p5z:A, 3p5z:B, 3p60:A, 3p60:B, 3p61:A, 3p61:B, 3pbu:A, 3pbu:B, 3pbv:A, 3pbv:B, 3pbw:A, 3pbw:B, 3pby:A, 3pby:B, 3pc0:A, 3pc0:B, 3qez:A, 3qez:B, 3qf0:A, 3qf0:B, 3qmr:A, 3qmr:B, 3qms:A, 3qms:B, 3qmt:A, 3qmt:B, 3rlu:A, 3rlu:B, 3rlv:A, 3rlv:B, 3sec:A, 3sgu:A, 3siz:A, 3siz:B, 3sj3:A, 3sj3:B, 3ssj:A, 3sw6:A, 3sy5:A, 3sy5:B, 3thq:A, 3thq:B, 3v1p:A, 3v1p:B, 3w07:A, 3wjw:A, 3wjx:A, 3wjy:A, 3wjz:A, 3wk0:A, 3wk1:A, 3wk2:A, 3wk3:A, 1x1z:A, 1x1z:B, 2zz1:A, 2zz1:B, 2zz2:A, 2zz2:B, 2zz3:A, 2zz3:B, 2zz4:A, 2zz4:B, 2zz5:A, 2zz5:B, 2zz6:A, 2zz6:B, 2zz7:A
2 4luj:A 214 207 0.4815 0.4860 0.5024 2.31e-67 4luj:B
3 4muz:A 212 206 0.4074 0.4151 0.4272 6.60e-51 4muz:B
4 2cze:A 208 210 0.3981 0.4135 0.4095 9.74e-50 2cze:B, 2czf:A, 2czf:B
5 3ve7:A 206 211 0.3287 0.3447 0.3365 2.69e-23 3ve7:B
6 4df1:A 199 207 0.3009 0.3266 0.3140 3.46e-20 4df1:B
7 4dbe:A 213 216 0.3194 0.3239 0.3194 1.89e-17 4dbe:B
8 3ajx:A 207 110 0.1620 0.1691 0.3182 6.10e-12 3ajx:B, 3ajx:C, 3ajx:D
9 1eix:C 232 232 0.2454 0.2284 0.2284 5.18e-11 1eix:A, 1eix:B, 1eix:D, 1jjk:A, 1jjk:B, 1jjk:C, 1jjk:D, 1jjk:E, 1jjk:F, 1jjk:G, 1jjk:H, 1jjk:I, 1jjk:J, 1jjk:K, 1jjk:L, 1jjk:M, 1jjk:N, 1jjk:O, 1jjk:P
10 3uwq:B 224 212 0.2407 0.2321 0.2453 2.70e-10 3uwq:A
11 8cso:C 231 234 0.2361 0.2208 0.2179 5.08e-10 8cso:A, 8cso:B, 8cso:D, 8cso:E, 8cso:F, 8ek7:C, 8ek7:E
12 3jr2:C 214 150 0.1898 0.1916 0.2733 7.07e-09 3jr2:A, 3jr2:B, 3jr2:D
13 1dbt:A 237 228 0.2454 0.2236 0.2325 1.88e-07 1dbt:B, 1dbt:C
14 2ffc:A 318 228 0.2361 0.1604 0.2237 2.12e-06 2guu:A
15 1xbz:B 216 107 0.1343 0.1343 0.2710 1.98e-05 1kv8:A, 1kv8:B, 1kw1:A, 1kw1:B, 1q6l:A, 1q6l:B, 1q6o:A, 1q6o:B, 1q6q:A, 1q6q:B, 1q6r:A, 1q6r:B, 1so3:A, 1so3:B, 1so4:A, 1so4:B, 1so5:A, 1so5:B, 1so6:A, 1so6:B, 1xbv:A, 1xbv:B, 1xbx:A, 1xbx:B, 1xby:A, 1xby:B, 1xbz:A
16 3s9y:A 331 225 0.2130 0.1390 0.2044 8.97e-05 3bar:A, 3bar:B, 3bpw:A, 3bpw:B, 6dsr:A, 6dsr:B, 6dss:A, 6dss:B, 3mwa:A, 3mwa:B, 3n2m:A, 3n2m:B, 3n34:A, 3n34:B, 3n3m:A, 3n3m:B, 2q8z:A, 2q8z:B, 2qaf:A, 2qaf:B, 3s9y:B, 3s9y:C, 3s9y:D, 3vi2:A, 3vi2:B, 2za1:A, 2za1:B, 2za3:A, 2za3:B
17 2yyu:B 229 88 0.1296 0.1223 0.3182 2.41e-04 2yyu:A
18 3qw4:C 447 142 0.1898 0.0917 0.2887 0.001 3qw4:B
19 2v30:A 262 182 0.2361 0.1947 0.2802 0.017 7am9:A, 7asq:A, 3bgg:A, 3bgj:A, 3bgj:B, 3bk0:A, 3bk0:B, 3bvj:A, 3bvj:B, 3dbp:A, 3dbp:B, 3ewu:A, 3ewu:B, 3eww:A, 3eww:B, 3ewx:A, 3ewy:A, 3ewz:A, 3ewz:B, 3ewz:C, 3ewz:D, 3ex1:A, 3ex1:B, 3ex2:A, 3ex2:B, 3ex3:A, 3ex3:B, 3ex4:A, 3ex6:A, 3ex6:B, 3g3d:A, 3g3d:B, 3g3m:A, 4hib:A, 4hib:B, 4hkp:A, 4hkp:B, 3l0k:A, 3l0k:B, 3l0n:A, 3l0n:B, 3mi2:A, 3mi2:B, 3mo7:A, 3mw7:A, 3mw7:B, 7oqf:A, 7oqf:B, 7oqi:A, 7oqi:B, 7oqk:A, 7oqk:B, 7oqm:A, 7oqm:B, 7oqn:A, 7oqn:B, 7otu:A, 7ouz:A, 7ov0:A, 7q1h:A, 2qcd:A, 2qcd:B, 2qcf:A, 2qcg:A, 2qcg:B, 2qch:A, 2qch:B, 2qcl:A, 2qcl:B, 2qcm:A, 2qcn:A, 2qcn:B, 2v30:B, 6yvk:A, 6yvl:A, 6yvm:A, 6yvn:A, 6yvo:A, 6ywt:A, 6ywu:A, 6zwy:A, 6zx0:A, 6zx1:A, 6zx2:A, 6zx3:A
20 3exs:D 218 222 0.2500 0.2477 0.2432 0.040 3exs:A, 3ext:A
21 7nii:C 565 67 0.0741 0.0283 0.2388 0.61 7nii:B, 7nii:G, 7nii:H
22 1cvm:A 353 37 0.0602 0.0368 0.3514 0.73 3amr:A, 3ams:A, 1h6l:A, 1poo:A, 2poo:A, 1qlg:A
23 3cg4:A 126 39 0.0648 0.1111 0.3590 0.74
24 2f6x:A 231 53 0.0741 0.0693 0.3019 0.80 2f6x:B
25 4mo5:A 345 25 0.0602 0.0377 0.5200 0.81
26 8c0u:A 363 25 0.0602 0.0358 0.5200 0.88 8c0u:B, 8cp9:A, 8cp9:B, 8cpb:A, 8cpb:B, 4mo4:A, 4mo4:B, 4mo4:C, 4mo4:D, 4mo5:B, 4mo5:C, 4mo5:D, 3qbw:A, 3qbw:B, 3qbx:A, 3qbx:B
27 3s20:A 344 50 0.0602 0.0378 0.2600 1.7 6b2u:A, 4ku2:B, 4ku3:B, 4ku5:B, 3s20:B, 3s21:A, 3s23:A, 5vxe:A, 5vxg:A, 5vxi:A
28 1g7u:A 284 71 0.1019 0.0775 0.3099 1.9 1g7v:A, 1gg0:A, 1phq:A, 1phw:A, 1pl9:A, 1q3n:A, 1x6u:A
29 4a37:B 376 83 0.1250 0.0718 0.3253 3.6 4a37:A, 4a38:A, 4a38:B, 4a39:A, 4a39:B
30 2hmc:A 314 84 0.1019 0.0701 0.2619 4.9
31 3bof:A 560 37 0.0602 0.0232 0.3514 7.0 3bof:B, 3bol:A, 3bol:B, 1q8j:A, 1q8j:B
32 3und:B 284 27 0.0556 0.0423 0.4444 7.9 3tmq:A, 3tmq:C, 3und:A, 3und:C, 3und:D
33 6br7:B 125 73 0.0787 0.1360 0.2329 8.1 6br7:A, 6vbf:A, 6vbf:B
34 4tkm:B 241 39 0.0648 0.0581 0.3590 9.2
35 6elq:X 630 28 0.0694 0.0238 0.5357 9.5 6elq:A, 6elq:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218