Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWND
PSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDA
GTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFI
KLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLE
DSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG

The query sequence (length=380) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6asy:A 606 382 1.0000 0.6271 0.9948 0.0 7a4v:A, 6asy:B, 6cz1:A, 6cz1:B, 6dfm:A, 6dfm:B, 6dfo:A, 6dfo:B, 6do2:A, 6do2:B, 6dws:A, 6dws:B, 5e84:A, 5e84:B, 5e84:C, 5e84:D, 5e84:E, 5e84:F, 6eoe:A, 6eof:A, 5evz:A, 5evz:B, 5ex5:A, 5ex5:B, 5exw:A, 5exw:B, 5ey4:A, 5ey4:B, 5f0x:A, 5f0x:B, 5f1x:A, 5f1x:B, 5f2r:A, 5f2r:B, 3iuc:A, 3iuc:C, 3ldl:A, 3ldl:B, 3ldo:A, 3ldo:B, 3ldp:A, 3ldp:B, 7n1r:A, 7n1r:B, 6zmd:A, 6zyh:A, 6zyh:B
2 3qfu:A 379 378 0.7237 0.7256 0.7275 0.0
3 3c7n:B 540 380 0.7053 0.4963 0.7053 0.0 5aqf:A, 5aqf:C, 5aqg:A, 5aqg:C, 5aqg:E, 5aqh:A, 5aqi:A, 5aqi:C, 5aqj:A, 5aqj:C, 5aqj:E, 5aqk:A, 5aqn:A, 5aqn:C, 5aqn:E, 5aqo:A, 5aqo:C, 5aqo:E, 5aqp:A, 5aqp:C, 5aqp:E, 5aqq:A, 5aqq:C, 5aqq:E, 5aqr:A, 5aqr:C, 5aqr:E, 5aqs:A, 5aqs:C, 5aqt:A, 5aqu:A, 5aqv:A, 1atr:A, 1ats:A, 6b1i:A, 6b1i:B, 6b1m:B, 6b1m:A, 6b1n:A, 6b1n:B, 1ba0:A, 1ba1:A, 1bup:A, 2bup:A, 4fl9:A, 5fpd:A, 5fpd:B, 5fpe:A, 5fpe:B, 5fpm:A, 5fpm:B, 5fpn:A, 5fpn:B, 3fzf:A, 3fzh:A, 3fzk:A, 3fzl:A, 3fzm:A, 4h5n:A, 4h5n:B, 4h5r:A, 4h5r:B, 4h5t:A, 4h5v:A, 4h5w:A, 4h5w:B, 6h54:A, 1hpm:A, 3hsc:A, 3i33:A, 1kax:A, 1kay:A, 1kaz:A, 3ldq:A, 3m3z:A, 1nga:A, 1ngb:A, 1ngc:A, 1ngd:A, 1nge:A, 1ngf:A, 1ngg:A, 1ngh:A, 1ngi:A, 1ngj:A, 7o6r:A, 7odb:A, 7odd:A, 7odi:A, 7plk:A, 1qqm:A, 1qqn:A, 1qqo:A, 2qwl:A, 2qwl:B, 2qwm:A, 2qwm:B, 2qwn:A, 2qwo:A, 2qwp:A, 2qwq:A, 2qwr:A, 2v7z:A, 2v7z:B, 6zyj:A, 6zyj:B
4 5umb:A 378 379 0.7079 0.7116 0.7098 0.0 8d1p:A, 8d1q:A, 8d1s:A, 8d1w:A, 8d1y:A, 8d20:A, 8d22:A, 8d24:A, 5umb:B, 5umb:C, 5umb:D
5 4j8f:A 551 380 0.6763 0.4664 0.6763 0.0 5aqw:A, 5aqx:A, 5aqy:A, 5aqz:A, 5ar0:A, 3atu:A, 3atv:A, 3ay9:A, 5bn8:A, 5bn9:A, 5bpl:A, 5bpm:A, 3d2f:B, 3d2f:D, 2e88:A, 2e8a:A, 7f4x:A, 7f4z:A, 7f50:A, 7fgm:A, 6fhk:A, 6fhk:B, 6g3r:A, 6g3s:A, 3gdq:A, 1hjo:A, 4io8:A, 3jxu:A, 7kw7:D, 5mkr:A, 5mks:A, 7q4r:A, 1s3x:A, 1xqs:C, 1xqs:D, 6zyi:A
6 7kw7:C 511 377 0.6763 0.5029 0.6817 0.0
7 3fe1:B 387 377 0.6789 0.6667 0.6844 0.0 3fe1:A, 3fe1:C
8 7nqr:A 386 379 0.6816 0.6710 0.6834 0.0 7nqr:B, 7nqs:A, 7nqs:B, 7nqu:A, 7nqu:B, 7nqz:A, 7nqz:B, 7ooe:A, 7ooe:B, 7oog:A, 7oog:B, 7ooh:A, 7ooh:B, 7p31:A, 7p31:B, 6rzq:A, 6rzq:B, 6s02:A, 6s02:B
9 3kvg:B 382 382 0.6684 0.6649 0.6649 0.0 3kvg:A, 3l4i:A, 3l4i:B
10 5tky:A 597 378 0.6289 0.4003 0.6323 3.54e-169 5tky:B
11 6p2u:A 379 382 0.5553 0.5567 0.5524 6.12e-147 6nhk:A, 6nhk:B, 6pmt:A
12 7krw:A 608 387 0.5263 0.3289 0.5168 1.16e-132 4b9q:A, 4b9q:B, 4b9q:C, 4b9q:D, 1dkx:A, 1dky:A, 1dky:B, 1dkz:A, 3dpo:B, 3dpo:A, 3dpp:A, 3dpp:B, 3dpq:B, 3dpq:A, 3dpq:F, 3dpq:E, 4e81:A, 4e81:B, 4ezn:A, 4ezn:B, 4ezo:A, 4ezo:B, 4ezp:A, 4ezp:B, 4ezq:A, 4ezr:A, 4ezs:A, 4ezt:A, 4ezu:A, 4ezv:A, 4ezv:B, 4ezw:A, 4ezw:B, 4ezw:C, 4ezw:D, 4ezx:A, 4ezx:B, 4ezy:A, 4ezz:A, 4f00:A, 4hy9:A, 4hy9:B, 4hyb:A, 4hyb:B, 7jmm:A, 4jn4:A, 4jn4:B, 4jne:A, 4jne:B, 7jn8:A, 7jn9:A, 7jne:A, 4jwc:A, 4jwc:B, 4jwd:B, 4jwd:A, 4jwe:A, 4jwe:B, 4jwi:A, 4jwi:B, 7ko2:A, 7ko2:B, 7ko2:C, 7ko2:D, 7krt:A, 7krt:B, 7krt:C, 7krt:D, 7kru:B, 7kru:A, 7krv:B, 7krv:A, 7krw:C, 7krw:B, 7krw:D, 7kzi:A, 7kzi:B, 7kzu:A, 7n46:A, 7n6j:A, 7n6k:A, 7n6l:A, 7n6m:A, 5nro:A, 5oow:A, 5oow:B, 1q5l:A, 3qnj:A, 3qnj:B, 4r5g:B, 4r5i:A, 4r5j:A, 4r5j:C, 4r5j:B, 4r5j:D, 4r5k:A, 4r5k:B, 7rax:A
13 2v7y:A 504 380 0.5158 0.3889 0.5158 3.42e-125
14 4rtf:D 349 375 0.5132 0.5587 0.5200 3.01e-123
15 5obv:A 520 384 0.4816 0.3519 0.4766 1.62e-113 5obu:A, 5obw:A, 5oby:A
16 6gfa:A 378 380 0.3974 0.3995 0.3974 7.24e-85
17 3d2e:A 629 386 0.3632 0.2194 0.3575 3.86e-71 3d2e:C, 3d2f:A, 3d2f:C, 2qxl:A, 2qxl:B
18 3c7n:A 649 387 0.3632 0.2126 0.3566 4.66e-71
19 6sr6:C 524 397 0.3342 0.2424 0.3199 4.29e-54 4gni:A, 4gni:B, 5mb9:B, 5mb9:A, 6sr6:A, 7z3n:D, 7z3o:D
20 1jcg:A 335 377 0.2421 0.2746 0.2440 4.45e-11
21 4czm:A 336 270 0.1605 0.1815 0.2259 3.18e-07 4czf:A, 4czg:A, 4czh:A, 4czj:A, 4czj:B, 4czk:A, 4czl:A, 4czm:B
22 8azg:M 328 265 0.1711 0.1982 0.2453 1.23e-05 8aam:M, 8ab4:M, 7zpu:M
23 3h1q:B 272 109 0.0816 0.1140 0.2844 0.004 3h1q:A
24 7bvy:A 333 185 0.1026 0.1171 0.2108 0.006 7bvz:A
25 8tj5:M 1659 127 0.0789 0.0181 0.2362 0.031 8tj5:O
26 1nbw:A 606 209 0.1342 0.0842 0.2440 0.47 1nbw:C
27 8pnt:A 749 174 0.1000 0.0507 0.2184 0.78 8by6:A, 6d0y:C, 1n52:A, 5oo6:D, 5oo6:G, 5oo6:J, 5oo6:M, 5oo6:P, 5oob:I, 5oob:A, 8pmp:A
28 7q6g:A 388 46 0.0500 0.0490 0.4130 1.0 7q6d:A
29 3qj4:A 335 112 0.0737 0.0836 0.2500 1.2 3qj4:B
30 5ljw:A 331 93 0.0711 0.0816 0.2903 1.2 5jyg:A, 5jyg:B, 5jyg:C, 5jyg:D, 5jyg:E, 5jyg:F, 5jyg:G, 5jyg:H, 5jyg:I, 5jyg:J, 5jyg:K, 5jyg:L, 5jyg:M, 5jyg:N, 5ljv:A, 5ljv:B, 5ljv:C, 5ljv:D, 5ljv:E, 5ljv:F, 5ljw:B
31 7r78:A 1880 97 0.0684 0.0138 0.2680 1.4
32 7r76:A 1834 97 0.0684 0.0142 0.2680 1.5 7r77:A
33 3ia4:A 161 91 0.0658 0.1553 0.2747 3.1 3ia4:B, 3ia4:C, 3ia4:D, 2zza:A, 2zza:B
34 5m45:B 709 40 0.0447 0.0240 0.4250 3.7 5m45:E, 5m45:H, 5m45:K, 5svb:B, 5svb:E
35 5eq6:A 357 53 0.0447 0.0476 0.3208 4.7 5eou:B, 5eox:A, 5eox:B, 5eoy:A, 5eoy:B, 5eq6:B
36 8oz7:A 597 35 0.0342 0.0218 0.3714 4.7 8oz7:B, 8oz7:C, 8oz7:D
37 1h1y:B 219 158 0.1000 0.1735 0.2405 6.0 1h1z:A, 1h1z:B
38 7q6i:B 383 67 0.0553 0.0548 0.3134 7.6 7q6f:A, 7q6f:B, 7q6i:A, 7q6i:C, 7q6i:E, 7q6i:F, 7q6i:G, 7q6i:H, 7q6i:I, 7q6i:J, 7q6i:K, 7q6i:L, 7q6i:M, 7q6i:N, 7q6i:O, 7q6i:P
39 7q6i:D 362 67 0.0553 0.0580 0.3134 7.6
40 3ih0:A 304 94 0.0789 0.0987 0.3191 8.7 3gbu:A, 3gbu:B, 3gbu:C, 3gbu:D
41 4a2b:A 386 28 0.0342 0.0337 0.4643 9.7 4a2a:A, 4a2a:B, 1e4g:T

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218