Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DTLCGSCGGNYTNDEFWICCDVCERWYHGKCVKITPAKAESIKQYKCPSCCT

The query sequence (length=52) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5y20:A 52 52 1.0000 1.0000 1.0000 5.37e-34
2 5yc3:A 60 50 0.7308 0.6333 0.7600 1.01e-24 5yc4:A
3 1we9:A 64 47 0.7115 0.5781 0.7872 3.79e-24
4 2f6j:A 168 44 0.4038 0.1250 0.4773 1.28e-09 8ag2:A, 6aze:A, 7dmy:A, 7dn4:A, 7dn4:B, 7dn4:C, 7dn4:D, 7dn4:E, 7dn4:F, 7f5c:A, 7f5d:A, 7f5e:A, 2f6j:B, 2f6j:C, 2f6n:A, 2f6n:B, 8f6g:A, 2fsa:A, 2fsa:B, 2fsa:C, 2fuu:A, 5h6y:A, 7k6r:A, 7k6s:A, 7kdw:A, 7kdw:B, 7kdz:A, 7lp0:A, 7lp0:B, 7lpk:A, 7lpk:B, 7lrk:A, 7lrk:B, 7lro:A, 7lro:B, 6lu5:A, 6lu6:A, 7m2e:A, 8ou2:A, 8ou2:B, 3qzs:A, 3qzs:B, 3qzt:A, 3qzv:A, 5r4g:A, 5r4h:A, 5r4i:A, 5r4j:A, 5r4k:A, 5r4l:A, 5r4m:A, 5r4n:A, 2ri7:A, 7rwn:A, 7rwo:A, 7rwp:A, 7rwq:A, 7vd4:A
5 9c0o:A 63 35 0.3846 0.3175 0.5714 3.20e-08
6 1wem:A 76 42 0.3654 0.2500 0.4524 3.20e-08 4l7x:A, 2m3h:A
7 3kv6:D 448 44 0.3462 0.0402 0.4091 4.15e-08 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
8 5wlf:A 60 42 0.3654 0.3167 0.4524 1.26e-07 5wle:A
9 3kv4:A 432 44 0.3654 0.0440 0.4318 7.57e-07 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
10 1wep:A 79 40 0.3269 0.2152 0.4250 1.90e-06
11 8f8y:B 433 44 0.3462 0.0416 0.4091 1.15e-05 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
12 3n9m:A 503 38 0.2692 0.0278 0.3684 4.77e-05 3n9l:A, 3n9m:C, 3n9n:A, 3n9o:A, 3n9p:A, 3n9q:A, 3puq:A, 3puq:C, 3pur:A, 3pur:C
13 5z8l:A 204 46 0.2692 0.0686 0.3043 0.001 5z8n:A, 5z8n:B, 5z8n:C
14 2k16:A 75 35 0.3077 0.2133 0.4571 0.003 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
15 5znp:B 186 44 0.2115 0.0591 0.2500 0.007 5znp:A, 5znr:A, 5znr:B
16 5b73:A 313 33 0.2500 0.0415 0.3939 0.046 4cos:A, 7cwh:B, 5y1z:C, 5y1z:D
17 5c11:A 52 35 0.2692 0.2692 0.4000 0.059 3gl6:A, 2kgg:A, 2kgi:A
18 6j2p:A 98 36 0.2115 0.1122 0.3056 0.060 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
19 5vab:A 54 48 0.3269 0.3148 0.3542 0.061
20 2xb1:C 97 35 0.2115 0.1134 0.3143 0.10 4up0:A, 4up5:A, 2xb1:A
21 2ma5:A 61 46 0.3077 0.2623 0.3478 0.10
22 6o7g:B 60 31 0.2115 0.1833 0.3548 0.10 8u2y:B
23 1wee:A 72 33 0.2308 0.1667 0.3636 0.10
24 6ryr:W 708 33 0.2115 0.0155 0.3333 0.24 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
25 5b79:A 118 32 0.2500 0.1102 0.4062 0.40 5vdc:A
26 5b79:A 118 32 0.1923 0.0847 0.3125 1.3 5vdc:A
27 6mlc:C 85 40 0.2308 0.1412 0.3000 0.51 6mlc:A, 6mlc:B, 6mlc:D
28 7xga:A 126 49 0.3077 0.1270 0.3265 0.72 6vfo:A
29 5tdr:A 70 38 0.2885 0.2143 0.3947 0.72 5tdw:A
30 7klo:A 59 42 0.2500 0.2203 0.3095 0.89 7klr:A
31 2mny:A 55 48 0.2885 0.2727 0.3125 1.2 2mnz:A
32 3lqi:C 181 37 0.2115 0.0608 0.2973 1.4 2kyu:A, 3lqh:A, 3lqi:A, 3lqi:B, 3lqj:A, 3lqj:B, 7zey:B, 7zez:B
33 2lv9:A 80 26 0.2115 0.1375 0.4231 1.6 4l58:A
34 2e6s:A 77 49 0.3077 0.2078 0.3265 1.9
35 5szb:A 115 32 0.2500 0.1130 0.4062 2.2 5i3l:A, 5i3l:B, 2kwj:A, 2kwk:A, 2kwn:A, 2kwo:A, 5szc:A
36 5szb:A 115 32 0.2115 0.0957 0.3438 7.2 5i3l:A, 5i3l:B, 2kwj:A, 2kwk:A, 2kwn:A, 2kwo:A, 5szc:A
37 9atn:A 98 38 0.2308 0.1224 0.3158 2.4
38 2l5u:A 61 33 0.2692 0.2295 0.4242 2.5
39 8i02:G 284 48 0.2500 0.0458 0.2708 2.6 8ifg:P
40 4lk9:A 126 28 0.1923 0.0794 0.3571 2.7 5b75:A, 5b76:A, 5b77:A, 5b78:A, 4ljn:A, 4lka:A, 4llb:A, 4llb:B, 2ln0:A, 6lsb:A, 3v43:A
41 5tab:A 53 22 0.1538 0.1509 0.3636 2.7
42 6n9x:B 500 23 0.1923 0.0200 0.4348 3.0 1e0j:A, 1e0j:B, 1e0j:C, 1e0j:D, 1e0j:E, 1e0j:F, 6n7i:A, 6n7i:B, 6n7i:C, 6n7i:D, 6n7i:E, 6n7n:A, 6n7n:B, 6n7n:C, 6n7n:D, 6n7n:E, 6n7n:F, 6n7s:A, 6n7s:B, 6n7s:C, 6n7s:D, 6n7s:E, 6n7t:A, 6n7t:B, 6n7t:C, 6n7t:D, 6n7t:E, 6n7t:F, 6n7v:A, 6n7v:B, 6n7v:C, 6n7v:D, 6n7v:E, 6n7v:F, 6n9u:E, 6n9v:A, 6n9v:B, 6n9v:C, 6n9v:D, 6n9v:E, 6n9v:F, 6n9w:A, 6n9w:B, 6n9w:C, 6n9w:D, 6n9w:E, 6n9x:A, 6n9x:C, 6n9x:D, 6n9x:E
43 4gy5:A 215 47 0.2692 0.0651 0.2979 3.0 3ask:A, 3ask:B, 3ask:D, 3asl:A, 3db3:A, 7fb7:B, 4gy5:B, 6iiw:A, 2lgg:A, 2lgk:A, 2lgl:A, 4qqd:A, 4qqd:B, 3shb:A, 3sou:A, 3sou:B, 3sow:A, 3sow:B, 3sox:A, 3sox:B, 3t6r:B, 3t6r:A, 8wms:A, 5xpi:A, 5yy9:A, 5yy9:B, 3zvy:A, 3zvy:B, 3zvz:B
44 3ps5:A 529 29 0.2308 0.0227 0.4138 3.2 1fpr:A, 4gry:A, 4grz:A, 4gs0:B, 4hjq:A, 4hjq:B
45 6x35:B 3801 31 0.2115 0.0029 0.3548 3.4 6x35:E, 6x35:H, 6x35:K
46 6o1e:A 431 13 0.1154 0.0139 0.4615 3.6 5ix1:B, 5ix2:A, 5ix2:B, 4qq4:A, 4qq4:B, 5svi:A, 5svi:B, 5svx:A, 5svy:A
47 8og1:A 715 37 0.1923 0.0140 0.2703 3.7 7aua:A, 7aua:B, 8og4:B, 8og4:A
48 5fwt:A 293 12 0.1731 0.0307 0.7500 3.7 5fws:A, 5fww:B
49 2ysm:A 111 39 0.2692 0.1261 0.3590 4.3
50 2m85:A 65 33 0.2500 0.2000 0.3939 4.4
51 2yql:A 56 33 0.2308 0.2143 0.3636 4.9
52 7y0i:A 56 42 0.2308 0.2143 0.2857 5.1
53 4jlw:A 395 20 0.1346 0.0177 0.3500 5.5 4jlw:B, 4jlw:C, 4jlw:D
54 3zpv:1 62 42 0.2500 0.2097 0.3095 5.5 3zpv:3, 3zpv:5, 3zpv:7, 3zpv:9, 3zpv:A, 3zpv:C, 3zpv:E, 3zpv:G, 3zpv:I, 3zpv:K, 3zpv:M, 3zpv:O, 3zpv:Q, 3zpv:S, 3zpv:U, 3zpv:W, 3zpv:Y
55 2ke1:A 66 34 0.2308 0.1818 0.3529 6.0 2kft:A, 1xwh:A
56 6g8r:B 164 22 0.2115 0.0671 0.5000 6.2 2md7:B, 2md8:C
57 4msx:A 395 26 0.2115 0.0278 0.4231 7.0
58 2puy:B 60 34 0.2308 0.2000 0.3529 7.1 2puy:A
59 4q6f:A 56 32 0.2308 0.2143 0.3750 7.4 6fap:A, 6fap:B, 6fap:C, 6fap:D, 6fhu:A, 6fhu:B, 6fhu:D, 6fhu:C, 6fi0:A, 6fi0:B, 6fi0:C, 6fi0:D, 6fkp:A, 6fkp:D, 6fkp:C, 6fkp:B, 4q6f:B, 4q6f:C, 4q6f:D, 4qf2:A, 4qf2:B, 4qf2:C, 4qf2:D, 5t8r:D, 5t8r:A, 5t8r:B, 5t8r:C
60 3f29:B 520 30 0.1923 0.0192 0.3333 7.9 3d1i:A, 3d1i:B, 3f29:A, 3fo3:A, 3fo3:B, 3gm6:A, 3gm6:B, 4l38:A, 4l38:B, 4l3x:A, 4l3x:B, 4l3y:A, 4l3y:B, 4l3z:A, 4l3z:B, 3lg1:A, 3lg1:B, 3lgq:A, 3lgq:B, 3mmo:A, 3mmo:B, 2ot4:A, 2ot4:B, 3owm:A, 3owm:B, 4q0t:A, 4q0t:B, 4q17:A, 4q17:B, 4q1o:A, 4q1o:B, 4q4u:A, 4q4u:B, 4q5b:A, 4q5b:B, 4q5c:A, 4q5c:B, 3rkh:A, 3rkh:B, 3s7w:A, 3s7w:B, 3sce:A, 3sce:B, 3uu9:A, 3uu9:B, 2zo5:A, 2zo5:B
61 1kol:A 396 20 0.1346 0.0177 0.3500 7.9 1kol:B
62 2rsd:A 68 36 0.2500 0.1912 0.3611 8.0
63 3j8h:A 3660 46 0.2308 0.0033 0.2609 8.3 3j8h:C, 3j8h:E, 3j8h:G
64 5gky:A 3660 46 0.2308 0.0033 0.2609 8.3 5gky:C, 5gky:E, 5gky:G, 5gkz:A, 5gkz:C, 5gkz:E, 5gkz:G, 5gl0:A, 5gl0:C, 5gl0:E, 5gl0:G, 5gl1:A, 5gl1:C, 5gl1:E, 5gl1:G
65 8duj:D 3865 46 0.2308 0.0031 0.2609 8.3
66 8duj:G 3933 46 0.2308 0.0031 0.2609 8.3
67 8dve:G 3944 46 0.2308 0.0030 0.2609 8.3 8dtb:A, 8dve:D, 8dve:A, 8dve:J
68 1mm3:A 61 34 0.2500 0.2131 0.3824 8.4
69 7dk8:A 558 16 0.1538 0.0143 0.5000 8.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218