Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DTHKSEIAHRFNDLGEENFQGLVLIAFSQYLQQCPFDEHVKLVKELTEFAKTCVADESHAGCDKSLHTLFGDELCKVATL
RETYGDMADCCEKQEPERNECFLKHKDDSPDLPKLKPEPDTLCAEFKADEKKFWGKYLYEVARRHPYFYAPELLYYANKY
NGVFQECCQAEDKGACLLPKIETMREKVLASSARQRLRCASIQKFGERALKAWSVARLSQKFPKADFTDVTKIVTDLTKV
HKECCHGDLLECADDRADLAKYICDHQDTLSSKLKECCDKPVLEKSHCIAEIDKDAVPENLPPLTADFAEDKEVCKNYQE
AKDVFLGSFLYEYSRRHPEYAVSVLLRLAKEYEATLEDCCAKEDPHACYATVFDKLKHLVDEPQNLIKKNCELFEKHGEY
GFQNALIVRYTRKAPQVSTPTLVEISRSLGKVGTKCCAKPESERMPCTEDYLSLILNRLCVLHEKTPVSEKVTKCCTESL
VNRRPCFSDLTLDETYVPKPFDGESFTFHADICTLPDTEKQIKKQTALVELLKHKPKATDEQLKTVMENFVAFVDKCCAA
DDKEGCFLLEGPKLVASTQAALA

The query sequence (length=583) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6hn0:A 583 583 0.9846 0.9846 0.9846 0.0 6hn1:A, 4jk4:A, 4jk4:B, 8kfo:B, 4luf:A, 4luh:A, 4or0:A, 4or0:B, 5orf:A, 5orf:B, 5orf:C, 5orf:D, 5osw:A, 5otb:A, 5otb:B, 5otb:C, 5otb:D, 6qs9:A, 6qs9:B, 6rjv:A, 6rjv:B, 3v03:A, 3v03:B, 8wdd:A, 8wdd:B
2 8cks:A 585 584 0.7479 0.7453 0.7466 0.0 3a73:A, 3a73:B, 6a7p:A, 6a7p:B, 8a9q:A, 8a9q:B, 7aai:AAA, 3b9l:A, 3b9m:A, 1bke:A, 2bx8:A, 2bx8:B, 2bxa:A, 2bxa:B, 2bxb:A, 2bxb:B, 2bxc:A, 2bxc:B, 2bxd:A, 2bxd:B, 2bxe:A, 2bxe:B, 2bxf:A, 2bxf:B, 2bxg:A, 2bxg:B, 2bxh:A, 2bxh:B, 2bxi:A, 2bxk:A, 2bxl:A, 2bxm:A, 2bxn:A, 2bxo:A, 2bxp:A, 2bxq:A, 9csg:A, 3cx9:A, 7d6j:A, 7d6j:B, 7dl4:A, 1e7a:A, 1e7a:B, 1e7b:A, 1e7b:B, 1e7c:A, 4e99:A, 7eek:A, 7eek:B, 8ew4:A, 8ew7:A, 8ey5:A, 6ezq:A, 5gix:A, 5gix:B, 5giy:A, 1gni:A, 1gnj:A, 8h0o:A, 1h9z:A, 1ha2:A, 1hk1:A, 1hk2:A, 1hk3:A, 1hk4:A, 1hk5:A, 6hsc:B, 2i30:A, 5id7:A, 5id7:B, 5ifo:A, 5ijf:A, 8ism:A, 8itr:A, 8itt:A, 8itt:B, 4iw1:A, 4iw2:A, 8j8e:A, 8j8e:I, 3jqz:A, 7jwn:A, 8k1y:A, 6l4k:A, 4l8u:A, 4l9k:A, 4l9k:B, 4l9q:A, 4l9q:B, 4la0:A, 4la0:B, 4lb2:A, 4lb2:B, 4lb9:A, 3lu6:A, 3lu6:B, 3lu7:A, 3lu7:B, 3lu8:A, 3lu8:B, 6m5e:A, 6m5e:B, 6m5e:C, 1n5u:A, 1o9x:A, 7ov5:A, 7ov5:B, 7ov6:A, 7ov6:B, 7qfe:A, 6qio:A, 6qip:A, 6r7s:A, 8rco:A, 8rco:B, 8rgk:A, 8rgk:B, 8rgl:A, 8rgl:B, 3tdl:A, 3uiv:H, 5ujb:A, 5ujb:B, 8vac:A, 8vae:A, 2vdb:A, 5vnw:B, 7vr9:A, 7vr9:B, 2vue:A, 2vue:B, 2vuf:A, 2vuf:B, 7wkz:A, 7wkz:B, 7wlf:A, 7woj:A, 7wok:A, 7wok:B, 6wuw:A, 6wuw:B, 7wz9:A, 5x52:A, 5x52:B, 7x7x:A, 7x7x:B, 2xsi:A, 2xvq:A, 2xvq:B, 2xvu:A, 2xvu:B, 2xvv:A, 2xvw:A, 6xv0:A, 2xw0:A, 2xw0:B, 2xw1:A, 2xw1:B, 7y2d:A, 5yb1:A, 5yb1:B, 2ydf:A, 2ydf:B, 6yg9:A, 5yoq:A, 5yoq:B, 1ysx:A, 8yxa:A, 8yxa:B, 8yxb:A, 8yxb:B, 5z0b:A, 5z0b:B, 5z0b:C, 7z57:A, 4z69:A, 4z69:I
3 6ci6:A 581 581 0.7479 0.7504 0.7504 0.0 5dby:A, 5dqf:A, 5id9:A, 5iih:A, 5iiu:A, 5iix:A, 5ij5:A, 5ije:A, 4j2v:A, 7mbl:A, 6mdq:A, 6oci:A, 6ocj:A, 4ot2:A, 7q4x:A, 6u4r:A, 6u4x:A, 6u5a:A, 5v0v:A, 6xk0:A, 4zbq:A, 4zbr:A
4 8bsg:A 584 584 0.7238 0.7226 0.7226 0.0 6ock:A, 6ocl:A, 4po0:A
5 8x1n:A 591 571 0.3962 0.3909 0.4046 2.30e-158
6 5okl:B 558 559 0.3328 0.3477 0.3470 3.08e-118
7 5okl:B 558 386 0.1424 0.1487 0.2150 5.79e-13
8 5okl:B 558 187 0.0789 0.0824 0.2460 0.003
9 6rq7:B 479 529 0.2882 0.3507 0.3176 4.97e-93
10 6rq7:B 479 391 0.1441 0.1754 0.2148 6.88e-12
11 6rq7:B 479 104 0.0532 0.0647 0.2981 0.037
12 1j78:B 447 446 0.1784 0.2327 0.2332 7.83e-30 1j7e:A, 1j7e:B
13 1j78:B 447 381 0.1492 0.1946 0.2283 4.34e-16 1j7e:A, 1j7e:B
14 1j78:B 447 187 0.0635 0.0828 0.1979 0.21 1j7e:A, 1j7e:B
15 7b2i:C 389 93 0.0429 0.0643 0.2688 1.6 7ov9:C, 7ovo:C, 7ovs:C, 7owz:C
16 2h1n:A 566 181 0.0720 0.0742 0.2320 2.4 2h1j:A, 2h1j:B, 2h1n:B
17 1ow8:C 142 48 0.0326 0.1338 0.3958 4.2 3b71:A, 3b71:B, 3b71:C, 6bz3:A, 6bz3:C, 1ow6:A, 1ow6:C, 1ow7:A, 1ow7:B, 1ow7:C, 1ow8:A, 6pw8:A, 7w9u:A, 7w9u:C, 7w9u:D
18 3ubt:Y 328 148 0.0566 0.1006 0.2230 6.1 1dct:A, 1dct:B, 3ubt:B, 3ubt:A
19 5dpl:A 520 51 0.0274 0.0308 0.3137 8.2 5doo:A, 5dpl:B
20 7ye1:C 1312 70 0.0360 0.0160 0.3000 9.5 7ye2:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218