Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DRPRFSFSIAAREGKARTGTIEMKRGVIRTPAFMPVGTAADIILGNTYHLMLRPGAERIAKLGGLHSFMGWDRPILTDSG
GYQVMSLSSLTKQSEEGVTFKHMLSPERSIEIQHLLGSDIVMAFDECTPYPATPSRAASSMERSMRWAKRSRDAFDSRKE
QAENAALFGIQQGSVFENLRQQSADALAEIGFDGYAVGGLAVGEGQDEMFRVLDFSVPMLPDDKPHYLMGVGKPDDIVGA
VERGIDMFDVLPTRSGRNGQAFTWDGPINIRNARFSEDLKPLDSECHCAVCQKWSRAYIHHLIRAGEILGAMLMTEHNIA
FYQQLMQKIRDSISEGRFSQFAQDFRARYFA

The query sequence (length=351) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4kwo:A 352 354 0.9943 0.9915 0.9859 0.0 3bld:A, 3bll:A, 3blo:A, 3eou:A, 4fr1:A, 4fr6:A, 4fsa:A, 4giy:A, 5lpp:A, 5lps:A, 6ygs:A, 6ygx:A
2 7a4k:A 382 374 0.9886 0.9084 0.9278 0.0 7a0b:A, 7a3v:A, 7a3x:A, 7a4x:A, 7a6d:A, 7a9e:A, 7adn:A, 7apl:A, 7apm:A, 2bbf:A, 3bl3:A, 3c2y:A, 4dxx:A, 4dy1:A, 4e2v:A, 1efz:A, 5egr:A, 1enu:A, 3eos:A, 1f3e:A, 6fmn:A, 4fps:A, 6fpu:A, 6fso:A, 3gc4:A, 3gc5:A, 4gcx:A, 3ge7:A, 4gg9:A, 4gh1:A, 4gh3:A, 4ghr:A, 4gi4:A, 4gkt:A, 4h6e:A, 4h7z:A, 6h7c:A, 3hfy:A, 4hqv:A, 4hsh:A, 4htb:A, 4hvx:A, 5i00:A, 5i02:A, 5i03:A, 5i06:A, 5i07:A, 5i07:B, 5i09:A, 4ipp:A, 5j9m:A, 5j9n:A, 5j9o:A, 4jbr:A, 5jgm:A, 5jgo:A, 5jsv:A, 5jsw:A, 5jt5:A, 5jt6:A, 5jt7:A, 5jxq:A, 1k4g:A, 1k4h:A, 4l56:A, 4lbu:A, 4leq:A, 5lpo:A, 5lpq:A, 5lpq:B, 5lpt:A, 5lpt:B, 1n2v:A, 5n6f:A, 2nqz:A, 2nso:A, 2oko:A, 1ozm:A, 1ozq:A, 1p0b:A, 1p0d:A, 1p0e:A, 2pot:A, 1pud:A, 4puj:A, 4puk:A, 4pul:A, 4pum:A, 4pun:A, 2pwu:A, 2pwv:A, 1pxg:A, 1q2r:A, 1q2r:B, 1q2r:C, 1q2r:D, 1q2s:A, 1q2s:B, 1q2s:C, 1q2s:D, 1q4w:A, 4q4m:A, 4q4o:A, 4q4p:A, 4q4q:A, 4q4r:A, 4q4s:A, 1q63:A, 1q65:A, 1q66:A, 4q8m:A, 4q8n:A, 4q8o:A, 4q8p:A, 4q8q:A, 4q8t:A, 4q8u:A, 4q8v:A, 4q8w:A, 2qii:A, 2qzr:A, 1r5y:A, 6rkq:A, 6rkt:A, 3rr4:A, 3s1g:A, 1s38:A, 1s39:A, 3sm0:A, 5sw3:A, 3tll:A, 3unt:A, 5uti:A, 5utj:A, 3uvi:A, 5v3c:A, 1wkd:A, 1wke:A, 1wkf:A, 1y5v:A, 1y5w:A, 1y5x:A, 1y5x:D, 6yfw:A, 6yfx:A, 6ygk:A, 6ygl:A, 6ygm:A, 6ygo:A, 6ygp:A, 6ygr:A, 6ygv:A, 6ygw:A, 6ygy:A, 6ygz:A, 6yh1:A, 6yh2:A, 6yh3:A, 6yhd:A, 6yhe:A, 6yiq:A, 6yiq:B, 6yry:A, 6yyz:A, 6z0d:A, 2z1v:A, 2z1w:A, 2z1x:A, 2z7k:A
3 2ash:A 361 366 0.4701 0.4571 0.4508 1.34e-108 2ash:B, 2ash:C, 2ash:D
4 6h42:A 393 367 0.4330 0.3868 0.4142 4.66e-91 6h42:B, 6h45:A, 6h45:B, 7nq4:A, 8omr:A
5 7b2i:C 389 359 0.4188 0.3779 0.4095 1.37e-86 7ov9:C, 7ovo:C, 7ovs:C, 7owz:C
6 6h62:A 370 344 0.3732 0.3541 0.3808 4.30e-74 6h62:B
7 8omr:B 382 235 0.1766 0.1623 0.2638 2.63e-25 7nq4:B
8 1iq8:A 577 364 0.2821 0.1716 0.2720 3.83e-25 1iq8:B, 1it7:A, 1it7:B, 1it8:A, 1it8:B, 1j2b:A, 1j2b:B
9 6fv5:B 382 219 0.1823 0.1675 0.2922 6.17e-25 7b2i:A, 6fv5:A, 7ov9:A, 7ovo:A, 7ovs:A, 7owz:A
10 7ui4:A 413 91 0.0655 0.0557 0.2527 0.032
11 8wnt:B 463 77 0.0769 0.0583 0.3506 0.33 8qey:A, 8wny:B
12 4cnz:E 112 63 0.0484 0.1518 0.2698 1.0 4cnz:C, 4cnz:F, 4co0:A, 4co0:B, 4co1:A, 4co1:B, 4co2:A, 4co2:B, 4co3:A, 4co3:B, 3mhy:A, 3mhy:C, 3mhy:B
13 2ns1:B 113 63 0.0513 0.1593 0.2857 1.4 2nuu:G, 2nuu:H, 2nuu:I, 2nuu:J, 2nuu:K, 2nuu:L
14 7m98:A 133 78 0.0627 0.1654 0.2821 2.0 5a5n:A, 5a5o:A, 5a5p:A, 5a5q:A, 5a5r:A, 5a81:A, 5a82:A, 5a83:A, 5epb:A, 6epj:A, 6epr:A, 6eps:A, 6ept:A, 6epu:A, 6epv:A, 6epw:A, 6epx:A, 5f36:A, 5f3a:A, 6hdn:A, 6hdo:A, 6hi4:A, 6hi5:A, 6hi6:A, 6hi7:A, 6hi8:A, 6hia:A, 6hib:A, 6hic:A, 6hid:A, 6hie:A, 5lj0:A, 7ppx:AAA, 7px5:AAA, 7q6t:A, 7q6u:A, 7q6v:A, 7q6w:A, 4qsp:A, 4qss:A, 4qst:A, 4qsu:A, 4qsw:A, 4qsx:A, 4qut:A, 4quu:A, 7qu7:AAA, 7quk:AAA, 7qum:AAA, 5qxi:A, 5qxj:A, 5qxk:A, 5qxl:A, 5qxm:A, 5qxn:A, 5qxo:A, 5qxp:A, 5qxq:A, 5qxr:A, 5qxs:A, 5qxt:A, 5qxu:A, 5qxv:A, 5qxw:A, 5qxx:A, 5qxy:A, 5qxz:A, 7qx1:AAA, 7qxt:AAA, 5qy0:A, 7qyk:AAA, 7qyl:AAA, 7qzm:AAA, 7qzy:AAA, 7qzz:AAA, 7r00:AAA, 7r05:AAA, 7r0y:AAA, 5r4e:A, 5r4v:A, 5r4w:A, 5r4y:A, 5r4z:A, 6s55:A, 6s56:A, 6s57:A, 8sdo:A, 8sdq:A, 4tt2:A, 4tt4:A, 4tt4:B, 4tte:A, 4tu4:A, 4tyl:A, 4tz2:A, 4tz8:A, 6yb4:AAA, 7z9h:AAA, 7z9i:AAA, 7z9j:AAA, 7z9n:AAA, 7z9o:AAA, 7z9s:AAA, 7z9u:AAA
15 5gmk:n 299 68 0.0655 0.0769 0.3382 2.2 6j6g:n, 6j6n:n, 6j6q:n, 5wsg:n
16 5j7x:A 527 149 0.0969 0.0645 0.2282 3.8
17 4wbt:A 369 46 0.0399 0.0379 0.3043 6.2 4wbt:B, 4wbt:C
18 1pz0:A 311 62 0.0456 0.0514 0.2581 6.2
19 1edo:A 244 57 0.0541 0.0779 0.3333 6.3

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218