Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DNNVVECIKEITESSRNGKLVFFVGAGVSTLSDYPQWWRLVDKYHEELYGSPYSSDEYLRIPQIFYNVKGEMAFDGILKD
FFQVDKPTNPIHDKILAMNPAHVITTNYDNLIDTACWKRGKYFSVISAEEDVANATSSRYLLKVHGDFRKGFKGENVVLK
EDDYLNYDQNYPLISNLMKTIIATHTIVFIGYGLGDYNINMLLNWVRKLQKDSFHKPFFIRTDPSPIENETLIYYENKGL
RIIDAASLIDSNEYDYLERYSAVMDLLIESQ

The query sequence (length=271) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8zc9:A 1000 275 0.9963 0.2700 0.9818 0.0 8wyc:C, 8wyc:D, 8wyf:C, 8wyf:D, 8ylt:A, 8ylt:B, 8ylt:C, 8ylt:D, 8zc9:D
2 8zc9:B 971 275 0.9963 0.2781 0.9818 0.0 8wyb:A, 8wyb:B, 8wyb:C, 8wyb:D, 8wyc:A, 8wyc:B, 8wyf:A, 8wyf:B, 8zc9:E
3 8bto:A 473 215 0.2288 0.1311 0.2884 3.73e-09 8bto:B, 8bto:C, 8bto:D, 8bto:E, 8bto:F, 8bto:G, 8bto:H, 8bto:I, 8bto:J, 8bto:K, 8bto:L, 8btp:A, 8btp:B, 8btp:C, 8btp:D, 8btp:E, 8btp:F, 8btp:G, 8btp:H, 8btp:I, 8btp:J, 8btp:K, 8btp:L, 7uxs:B, 7uxs:A
4 8jkz:A 584 179 0.1771 0.0822 0.2682 0.082 8in8:B, 8jl0:A, 8k87:B, 8k87:G, 8k88:B
5 6iso:I 248 195 0.1587 0.1734 0.2205 0.46
6 3nv8:B 464 133 0.1218 0.0711 0.2481 0.68 2b7o:A, 2b7o:B, 5ckv:A, 5ckv:B, 5ckx:A, 5ckx:B, 5e2l:A, 5e2l:B, 5e40:A, 5e40:B, 5e4n:A, 5e4n:B, 5e5g:A, 5e5g:B, 5e7z:A, 5e7z:B, 5ex4:A, 5ex4:B, 3kgf:A, 3kgf:B, 3nud:A, 3nud:B, 3nue:A, 3nue:B, 3nv8:A, 6pbj:A, 6pbj:B, 3pfp:A, 3pfp:B, 3rzi:A, 3rzi:B, 2w1a:A, 2w1a:B, 2ypo:A, 2ypo:B, 2ypp:A, 2ypp:B, 2ypq:A, 2ypq:B
7 7zcu:S 94 53 0.0517 0.1489 0.2642 0.78 7zdi:S, 7ze3:S, 7ze8:S
8 7xsh:A 548 78 0.0812 0.0401 0.2821 0.95 7xsh:B
9 8c0z:A 616 62 0.0738 0.0325 0.3226 1.7 8c0z:B
10 8bbk:A 274 204 0.1771 0.1752 0.2353 1.7 8bbk:B, 8bbk:C, 8bbk:D, 8bbk:E, 8bbk:F, 4bn4:A, 4bn5:A, 4bn5:B, 4bn5:C, 4bn5:D, 4bn5:E, 4bn5:F, 4bn5:G, 4bn5:H, 4bn5:I, 4bn5:J, 4bn5:K, 4bn5:L, 4bv3:A, 4bvb:A, 4bve:A, 4bvf:A, 4bvg:A, 4bvh:A, 4bvh:B, 4bvh:C, 5bwn:A, 5bwo:A, 4c78:A, 4c7b:A, 9cbt:A, 9cbt:B, 8ccw:A, 8ccz:A, 8ccz:B, 5d7n:A, 5d7n:B, 5d7n:C, 5d7n:D, 5d7n:E, 5d7n:F, 4fvt:A, 4fz3:A, 3glr:A, 3gls:A, 3gls:B, 3gls:C, 3gls:D, 3gls:E, 3gls:F, 3glt:A, 3glu:A, 5h4d:H, 5h4d:A, 4hd8:A, 8hlw:A, 8hly:A, 8hn9:A, 8hn9:B, 6iso:A, 6iso:B, 6iso:E, 6iso:G, 4jsr:A, 4jt8:A, 4jt9:A, 4o8z:A, 8v15:A, 8v15:C, 8v2n:A, 5y4h:A, 5ytk:A, 5ytk:D, 5ytk:E, 5ytk:F, 5ytk:B, 5ytk:C, 5z93:A, 5z94:A, 5z94:B, 5zgc:A, 5zgc:B, 5zgc:C, 5zgc:E, 5zgc:D
11 3r2u:A 348 29 0.0554 0.0431 0.5172 1.8 3r2u:B, 3r2u:C, 3r2u:D
12 8c0j:A 200 63 0.0664 0.0900 0.2857 1.9 8c0j:C
13 8u2r:A 664 43 0.0554 0.0226 0.3488 2.6 8sf3:A, 8u2s:A, 8u2s:B, 8u2t:A, 8u2u:A
14 3dm5:A 416 23 0.0369 0.0240 0.4348 3.9 3dm5:B
15 5y5n:A 288 72 0.0627 0.0590 0.2361 4.0 7bot:A, 5fyq:B, 4rmi:A, 8tgp:A, 4y6l:A, 4y6l:B, 4y6o:A, 4y6o:B, 4y6q:D
16 6e9f:A 864 25 0.0480 0.0150 0.5200 5.4 6e9e:A
17 8b4b:W 110 34 0.0369 0.0909 0.2941 5.9 8b4b:X, 8b4b:Z, 8b4b:Y, 8b4c:D, 8b4d:B, 8b4d:C, 8b4d:D, 8b4e:A, 8b4e:B
18 1q17:C 295 25 0.0406 0.0373 0.4400 6.1 7f4e:A, 7f51:A, 2od2:A, 2od7:A, 2od9:A, 1q14:A, 1q17:A, 1q17:B, 1q1a:A, 2qqf:A, 2qqg:A, 1szc:A, 1szd:A
19 1b94:A 244 47 0.0443 0.0492 0.2553 7.2 1az0:A, 1az0:B, 2b0d:A, 2b0d:B, 2b0e:A, 2b0e:B, 1b94:B, 1b95:A, 1b95:B, 1b96:A, 1b96:B, 1b97:A, 1b97:B, 1bgb:A, 1bgb:B, 1bss:A, 1bss:B, 1bsu:A, 1bsu:B, 1bua:A, 1bua:B, 1eo3:A, 1eo3:B, 1eo4:A, 1eo4:B, 1eon:A, 1eon:B, 1eoo:A, 1eoo:B, 1eop:A, 1eop:B, 5f8a:A, 5f8a:B, 2ge5:A, 2ge5:B, 5hlk:A, 5hlk:B, 1rv5:A, 1rv5:B, 1rva:A, 1rva:B, 1rvb:A, 1rvb:B, 1rvc:A, 1rvc:B, 2rve:A, 2rve:B, 4rve:A, 4rve:B, 4rve:C, 1stx:A, 1stx:B, 1suz:A, 1suz:B, 1sx5:A, 1sx5:B, 1sx8:A, 1sx8:B
20 7kc0:A 1004 49 0.0627 0.0169 0.3469 8.2 3iay:A, 6p1h:A
21 5hxf:A 182 65 0.0590 0.0879 0.2462 8.3 5c1u:A, 5c1u:B, 5c1x:A, 5c1x:B, 5c1y:A, 5c20:A, 7dnc:A, 5dp3:A, 5dp4:A, 5dp4:B, 5dp4:C, 5dp4:D, 5dp5:A, 5dp6:A, 5dp6:B, 5dp7:A, 5dp8:A, 5dp9:A, 5dpa:A, 4ght:A, 4ght:B, 5gso:A, 5gso:B, 5gso:C, 5gso:D, 5gso:E, 5gsw:A, 5gsw:B, 5gsw:C, 5gsw:D, 5gsw:E, 6lka:A, 7qub:AAA, 3qzq:A, 3qzq:B, 3qzq:C, 3qzq:D, 3qzr:A, 3qzr:B, 3r0f:A, 3r0f:B, 3sj9:A, 3sji:A, 3sjk:A, 3sjo:A, 3sjo:B, 3sjo:C, 3sjo:D, 3sjo:E, 3sjo:F, 3sjo:G, 3sjo:H, 5wq2:A, 7wyl:A, 7wyo:A
22 3zgo:A 318 79 0.0627 0.0535 0.2152 8.4 7bos:A, 5d7o:A, 5d7o:B, 5d7p:A, 5d7p:B, 5d7q:A, 5d7q:B, 5dy4:A, 5dy5:A, 5fyq:A, 5g4c:B, 5g4c:A, 1j8f:A, 1j8f:B, 1j8f:C, 4l3o:A, 4l3o:B, 4l3o:C, 4l3o:D, 6l65:A, 6l66:A, 6l71:A, 6l72:A, 5mar:A, 5mar:B, 5mat:A, 5mat:C, 6nr0:A, 6nr0:B, 8owz:A, 8py3:A, 6qcn:A, 6qcn:B, 4r8m:A, 4r8m:B, 4rmg:A, 4rmh:A, 4rmj:A, 4rmj:B, 7t1d:A, 7t1d:B, 4x3o:A, 4x3p:A, 8xe7:A, 5y0z:A, 5y0z:B, 4y6q:A, 4y6q:B, 4y6q:C, 5yql:A, 5yqm:A, 5yqn:A, 5yqo:A, 3zgo:B, 3zgo:C, 3zgv:A, 3zgv:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218