Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DNAIASNILGITSKKIENFSDWYTQVIVKSELIEYYDISGCYILRPAAYYIWECVQAFFNKEIKKLNVENSYFPLFVTKN
KLEKESPEVAWVTKYGDSNLPEEIAIRPTSETIMYSVFPKWIRSYRDLPLKLNQWNTVVRWEFKQPTPFIRTREFLWQEG
HTAHKNEEEAVKLVFDILDLYRRWYEEYLAVPIIKGIKSEGEKFGGANFTSTAEAFISENGRAIQAATSHYLGTNFAKMF
KIEFEDENEVKQYVHQTSWGCTTRSIGIMIMTHGDDKGLVLPPNVSKYKVVIVPIFYKTTDENAIHSYCKDIEKILKNAQ
INCVYDDRASYSPGYKFNHWELRGIPIRIEVGPKDLQNNSCVIVRRDNNEKCNVKKESVLLETQQMLVDIHKNLFLKAKK
KLDDSIVQVTSFSEVMNALNKKKMVLAPWCEDIATEEEIKKETQRLSLTLSGAMKPLCIPLDQPPMPPNMKCFWSGKPAK
RWCLFGRSY

The query sequence (length=489) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6t7k:A 494 495 0.9857 0.9757 0.9737 0.0 7f96:A, 7f97:A, 7f97:B, 7f97:C, 7f97:D, 4olf:A, 4q15:A, 4q15:B, 7qb7:A, 7qc1:A, 7qc1:D, 7qc1:I, 7qc2:A, 7v9d:A, 4ydq:A, 4ydq:B
2 5ifu:B 445 484 0.9018 0.9910 0.9112 0.0 5ifu:A, 4wi1:A, 4wi1:B
3 7evv:A 489 488 0.6380 0.6380 0.6393 0.0 6a88:A, 6a88:B, 6a88:C, 6a88:D, 7evu:A, 7evu:B, 7f9p:A, 7f9q:A, 7f9q:B, 7f9r:A, 7f9s:A, 7f9t:A, 7f9t:B, 7f9u:A, 7f9u:B, 7f9u:C, 7f9u:D, 7f9v:A, 7f9v:B, 7fak:A, 7fal:A, 7fal:B, 7fam:A, 7fan:A, 7v8j:A, 7v8j:B, 7v8k:A, 7v8k:B, 7vc1:A, 7vc2:A, 7vc2:B, 7vc3:A, 7vc5:A, 5xig:A, 5xig:B, 5xig:C, 5xig:D, 5xih:A, 5xih:B, 5xih:C, 5xih:D, 5xii:A, 5xii:B, 5xii:C, 5xii:D, 5xij:A, 5xij:B, 5xij:C, 5xij:D, 5xik:A, 5xik:B, 5xik:C, 5xik:D, 5xiq:A, 5xiq:B, 5xiq:C, 5xiq:D
4 5xip:B 475 480 0.6299 0.6484 0.6417 0.0 5xip:A, 5xip:C, 5xip:D
5 5f9z:A 493 487 0.5746 0.5700 0.5770 0.0 5f9y:A, 5f9y:B, 5f9z:B, 5xio:A, 5xio:B
6 6nab:B 497 501 0.5378 0.5292 0.5250 0.0 6nab:A, 6uyh:A, 6uyh:B
7 7f9a:A 499 500 0.5317 0.5210 0.5200 1.91e-180 7bbu:A, 7f98:A, 7f98:B, 7f99:A, 7f99:B, 7f9a:B, 7f9b:A, 7f9b:B, 7f9c:A, 7f9c:B, 7f9d:A, 7f9d:B, 4hvc:A, 4hvc:B, 4k86:A, 4k87:A, 4k88:A, 7osy:A, 7osy:B, 7osz:A, 7osz:B, 7ot0:A, 7ot0:B, 7ot1:A, 7ot1:B, 7ot2:A, 7ot2:B, 7ot3:A, 7ot3:B, 5v58:A, 5vad:A, 5vad:B, 7x09:A, 7x09:B, 7x1o:A, 7x1o:B, 7y1h:A, 7y1h:B, 7y1w:A, 7y1w:B, 7y28:A, 7y28:B, 7y3s:A, 7y3s:B
8 6mn8:A 399 388 0.4335 0.5313 0.5464 2.17e-150
9 5xil:A 445 491 0.4274 0.4697 0.4257 1.90e-137
10 1h4s:A 473 489 0.4049 0.4186 0.4049 5.78e-122 1h4q:A, 1h4q:B, 1h4s:B, 1h4t:A, 1h4t:B, 1h4t:C, 1h4t:D, 1hc7:A, 1hc7:B, 1hc7:C, 1hc7:D
11 1nj1:A 463 423 0.2822 0.2981 0.3262 1.36e-81 1nj2:A, 1nj5:A, 1nj6:A
12 3ial:B 505 508 0.3027 0.2931 0.2913 1.01e-65 3ial:A
13 2i4n:B 442 162 0.0859 0.0950 0.2593 2.39e-12 2i4m:B, 2i4m:C, 2i4n:A, 2i4n:C, 2i4o:A, 2i4o:B, 2i4o:C
14 2i4n:B 442 74 0.0491 0.0543 0.3243 0.007 2i4m:B, 2i4m:C, 2i4n:A, 2i4n:C, 2i4o:A, 2i4o:B, 2i4o:C
15 8w8j:A 572 155 0.0777 0.0664 0.2452 1.69e-07 8w8j:B, 8w8l:A, 8w8l:B, 8w9i:A, 8w9i:B
16 8w8j:A 572 150 0.0613 0.0524 0.2000 0.002 8w8j:B, 8w8l:A, 8w8l:B, 8w9i:A, 8w9i:B
17 5znj:A 563 170 0.0838 0.0728 0.2412 4.11e-07 5znk:A
18 5znj:A 563 157 0.0859 0.0746 0.2675 4.73e-07 5znk:A
19 2j3l:B 570 154 0.0736 0.0632 0.2338 2.50e-06 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
20 2j3l:B 570 159 0.0777 0.0667 0.2390 3.19e-06 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
21 1qf6:A 641 323 0.1391 0.1061 0.2105 1.20e-04 7cbg:A, 7cbg:B, 7cbh:A, 7cbh:B, 7cbi:A, 7cbi:B, 1evk:A, 1evk:B, 1evl:A, 1evl:B, 1evl:C, 1evl:D, 1fyf:A, 1fyf:B, 8h98:B, 8h98:A, 8h99:A, 8h99:B, 8h9a:A, 8h9b:A, 8h9c:A, 4hwo:A, 4hwo:B, 4hwp:A, 4hwp:B, 4hwr:A, 4hwr:B, 4hws:A, 4hws:B, 1kog:A, 1kog:B, 1kog:C, 1kog:D, 1kog:E, 1kog:F, 1kog:G, 1kog:H, 6l2p:A, 6l2p:B, 6l2q:A, 6l2q:B, 8ou8:D, 8ou8:A, 4p3o:A, 4p3o:B, 4p3p:A, 4p3p:B, 8qic:A, 8qic:D, 1tke:A, 1tkg:A, 1tky:A, 8wia:A, 8wia:B, 8wig:A, 8wig:B, 8wih:A, 8wih:B, 8wii:A, 8wii:B, 8wij:B, 8wij:A, 7wm7:A, 7wm7:B, 7wmf:A, 7wmf:B, 7wmi:A, 7wmi:B
22 6vu9:A 631 312 0.1329 0.1030 0.2083 2.10e-04
23 1nyq:B 645 316 0.1186 0.0899 0.1835 0.004 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
24 4ttv:A 403 402 0.1820 0.2208 0.2214 0.13 4hwt:A, 4hwt:B, 4p3n:A, 4p3n:B, 4p3n:C, 4p3n:D, 4ttv:B, 4ttv:C, 4ttv:D
25 3ugt:C 427 330 0.1452 0.1663 0.2152 0.16 4eo4:A, 4eo4:B, 4eo4:C, 4eo4:D, 3ugq:A, 3ugt:A, 3ugt:B, 3ugt:D, 3uh0:A, 4yye:A, 4yye:B
26 8u2p:A 401 144 0.0654 0.0798 0.2222 3.0 8t5n:A
27 7dur:R 371 102 0.0470 0.0620 0.2255 4.6 7lll:R, 7lly:R
28 5zy9:C 400 88 0.0450 0.0550 0.2500 5.9 5zy9:D, 5zy9:E
29 6jav:A 377 79 0.0450 0.0584 0.2785 6.7 6jaw:A, 6jax:A, 6jay:A
30 2bff:A 392 48 0.0389 0.0485 0.3958 7.0 2beu:A, 2bev:A, 2bew:A, 2bfd:A, 2bfe:A, 1dtw:A, 2j9f:A, 2j9f:C, 1ols:A, 1olx:A, 1u5b:A, 1wci:A, 1x7z:A
31 1v1m:A 372 48 0.0389 0.0511 0.3958 7.4 2bfb:A, 2bfc:A, 1olu:A, 1v11:A, 1v16:A, 1x7w:A, 1x7x:A, 1x7y:A, 1x80:A
32 6o0z:A 1288 77 0.0429 0.0163 0.2727 8.0
33 4rfq:A 270 44 0.0266 0.0481 0.2955 8.3
34 4gel:B 198 43 0.0225 0.0556 0.2558 9.5 4gel:A, 4gem:A, 4gem:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218