Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DMDTSFVGLTGGQIFNEMMSRQNVDTVFGYPGGAILPVYDAIHNSDKFNFVLPKHEQGAGHMAEGYARASGKPGVVLVTS
GPGATNVVTPMADAFADGIPMVVFTGQVPTSAIGTDAFQEADVVGISRSCTKWNVMVKSVEELPLRINEAFEIATSGRPG
PVLVDLPKDVTAAILRNPIPTKTTLPSNALNAQDEFVMQSINKAADLINLAKKPVLYVGAGILNHADGPRLLKELSDRAQ
TTTLQGLGQNADLIIAVGARFDDRVTGNISKFAPEARRAAGIIHFEVSPKNINKVVQTQIAVEGDATTNLGKMMSKIFPV
KEQTVIKKLSKVANDTLGTMGYGLLVIDIDGDASFNMTLTELSSAVQAGTPVKILILNVTQWQSLFYEHRKQEELDAKLK
EFVPVLLEVEVDKKVP

The query sequence (length=416) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6u9d:R 416 416 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 6u9d:B 607 567 1.0000 0.6853 0.7337 0.0 6bd3:A, 6bd3:B, 6bd9:A, 6bd9:B, 5fem:A, 5fem:B, 5ims:A, 5ims:B, 1jsc:A, 1jsc:B, 1n0h:A, 1n0h:B, 1t9a:A, 1t9a:B, 1t9b:B, 1t9c:A, 1t9c:B, 1t9d:A, 1t9d:D, 6u9d:A, 6u9d:E, 6u9d:F, 6u9d:I, 6u9d:J, 6u9d:M, 6u9d:N, 6u9d:Q, 6u9d:U, 6u9d:V, 5wkc:A, 5wkc:D, 5wkc:B, 5wkc:E
3 1t9b:A 583 561 0.9591 0.6844 0.7112 0.0 1t9d:B, 1t9d:C
4 6deq:A 601 561 0.7572 0.5241 0.5615 0.0 6dek:A, 6del:A, 6dem:A, 6den:A, 6deo:A, 6dep:A, 6der:A, 6des:A
5 7egv:A 590 563 0.6899 0.4864 0.5098 5.89e-167 7egv:B, 7ehe:A, 7ehe:B
6 6wo1:A 551 541 0.6250 0.4719 0.4806 8.88e-151
7 6lpi:B 539 477 0.4087 0.3154 0.3564 6.00e-87 6lpi:A, 6lpi:C, 6lpi:D
8 6vz8:D 531 503 0.4135 0.3239 0.3419 2.20e-75 6vz8:H, 6vz8:L, 6vz8:P
9 5k2o:A 585 328 0.3317 0.2359 0.4207 5.56e-75 3e9y:A, 3ea4:A, 8et4:A, 8et5:A, 5k3s:A, 5k6q:A, 5k6r:A, 5k6t:A, 7stq:A, 7tzz:A, 7u1d:A, 7u1u:A, 7u25:A, 6u9h:A, 6u9h:B, 6u9h:H, 6u9h:I, 6u9h:L, 6u9h:M, 6u9h:P, 6u9h:Q, 6vz8:E, 6vz8:I, 6vz8:M, 6vz8:Q, 5wj1:A, 1ybh:A, 1yhy:A, 1yhz:A, 1yi0:A, 1yi1:A, 1z8n:A
10 5k2o:A 585 133 0.0889 0.0632 0.2782 1.31e-07 3e9y:A, 3ea4:A, 8et4:A, 8et5:A, 5k3s:A, 5k6q:A, 5k6r:A, 5k6t:A, 7stq:A, 7tzz:A, 7u1d:A, 7u1u:A, 7u25:A, 6u9h:A, 6u9h:B, 6u9h:H, 6u9h:I, 6u9h:L, 6u9h:M, 6u9h:P, 6u9h:Q, 6vz8:E, 6vz8:I, 6vz8:M, 6vz8:Q, 5wj1:A, 1ybh:A, 1yhy:A, 1yhz:A, 1yi0:A, 1yi1:A, 1z8n:A
11 8i01:A 594 329 0.2644 0.1852 0.3343 7.94e-47 8beo:A, 8beo:B, 8beo:C, 8beo:E, 8beo:D, 8beo:F, 8i01:B, 8i01:C, 8i01:E, 8i01:D, 8i01:F, 8i05:A, 8i05:B, 8i05:C, 8i05:E, 8i05:D, 8i05:F, 8i07:A, 8i07:B, 8i07:C, 8i07:E, 8i07:D, 8i07:F, 8i08:A, 8i08:B, 8i08:C, 8i08:E, 8i08:D, 8i08:F, 2pan:A, 2pan:B, 2pan:C, 2pan:D, 2pan:E, 2pan:F
12 5ahk:A 555 340 0.2572 0.1928 0.3147 2.24e-32 5ahk:B
13 4rji:C 555 160 0.1418 0.1063 0.3688 1.87e-25 4rji:A, 4rji:B, 4rji:D, 4rjj:A, 4rjj:B, 4rjj:C, 4rjj:D, 4rjj:E, 4rjj:F, 4rjj:G, 4rjj:H, 4rjk:A, 4rjk:B, 4rjk:C, 4rjk:D, 4rjk:E, 4rjk:F, 4rjk:G, 4rjk:H
14 5dx6:B 557 337 0.2284 0.1706 0.2819 2.00e-23 5d6r:B, 5d6r:M, 5dx6:A, 1ozf:A, 1ozf:B, 1ozg:A, 1ozg:B, 1ozh:A, 1ozh:B, 1ozh:C, 1ozh:D, 5wdg:A, 5wdg:B
15 2ji6:A 559 225 0.1707 0.1270 0.3156 2.55e-21 2c31:A, 2c31:B, 2ji6:B, 2ji7:A, 2ji7:B, 2ji8:A, 2ji8:B, 2ji9:A, 2ji9:B, 2jib:A, 2jib:B
16 2ji6:A 559 66 0.0409 0.0304 0.2576 1.8 2c31:A, 2c31:B, 2ji6:B, 2ji7:A, 2ji7:B, 2ji8:A, 2ji8:B, 2ji9:A, 2ji9:B, 2jib:A, 2jib:B
17 2dji:A 590 349 0.2067 0.1458 0.2464 2.76e-21 1v5e:A, 1v5f:A, 1v5g:A
18 2q28:A 550 336 0.2043 0.1545 0.2530 3.14e-20 2q27:A, 2q27:B, 2q28:B, 2q29:A, 2q29:B
19 7pt4:B 584 228 0.1659 0.1182 0.3026 1.15e-19 7pt1:A, 7pt1:B, 7pt2:A, 7pt2:B, 7pt3:A, 7pt3:B, 7pt4:A
20 7pt4:B 584 44 0.0288 0.0205 0.2727 2.1 7pt1:A, 7pt1:B, 7pt2:A, 7pt2:B, 7pt3:A, 7pt3:B, 7pt4:A
21 8rph:D 608 244 0.1587 0.1086 0.2705 1.46e-19 8rph:A, 8rph:B, 8rph:C, 8rph:E, 8rpi:A, 8rpi:B, 8rpi:C, 8rpi:D, 8rpi:E, 8rpi:F, 8rpj:A, 8rpj:B, 8rpj:C, 8rpj:E, 8rpj:D, 8rpj:F
22 8rph:F 520 419 0.2428 0.1942 0.2411 2.39e-19
23 4qq8:C 569 282 0.2188 0.1599 0.3227 3.35e-18 2ag0:A, 2ag0:B, 2ag0:C, 2ag0:D, 2ag1:A, 2ag1:B, 2ag1:C, 2ag1:D, 3d7k:A, 3d7k:B, 3iae:A, 3iae:B, 3iaf:A, 3iaf:B, 3iaf:C, 3iaf:D, 4qpz:A, 4qpz:B, 4qpz:C, 4qpz:D, 4qpz:E, 4qpz:F, 4qpz:G, 4qpz:H, 4qq8:A, 4qq8:B, 4qq8:D, 2uz1:A, 2uz1:B, 2uz1:C, 2uz1:D
24 6xn8:A 540 408 0.2308 0.1778 0.2353 1.70e-17 6xn8:B
25 6xn8:A 540 92 0.0577 0.0444 0.2609 0.65 6xn8:B
26 4fee:A 586 342 0.1923 0.1365 0.2339 3.21e-17 2ez4:A, 2ez4:B, 2ez8:A, 2ez8:B, 2ez9:A, 2ez9:B, 2ezt:A, 2ezt:B, 2ezu:A, 2ezu:B, 4fee:B, 4feg:A, 4feg:B, 6haf:A, 6haf:B, 4kgd:A, 4kgd:B, 1pow:A, 1pow:B, 1pox:A, 1pox:B, 1y9d:B
27 6a50:A 527 154 0.1154 0.0911 0.3117 2.02e-16 6a50:B, 1bfd:A, 5dei:A, 5dei:C, 5dei:D, 5dei:B, 5dgd:A, 5dgt:A, 3f6b:X, 3f6e:X, 2fn3:A, 3fsj:X, 2fwn:A, 3fzn:A, 3fzn:B, 3fzn:D, 3fzn:C, 4gg1:A, 4gm0:A, 4gm1:A, 4gm4:A, 4gp9:A, 4gpe:A, 4jd5:A, 4ju8:A, 4ju9:A, 4jua:A, 4jub:A, 4jub:D, 4jub:B, 4jub:C, 4juc:A, 4juc:C, 4juc:B, 4juc:D, 4jud:X, 4juf:A, 4juf:C, 4juf:B, 4juf:D, 4k9k:A, 4k9l:A, 4k9m:A, 4k9n:A, 4k9n:C, 4k9n:B, 4k9n:D, 4k9o:A, 4k9o:C, 4k9o:B, 4k9o:D, 4k9p:A, 4k9p:C, 4k9p:B, 4k9p:D, 6m2y:A, 6m2z:A, 1mcz:A, 1mcz:B, 1mcz:C, 1mcz:D, 1mcz:E, 1mcz:F, 1mcz:G, 1mcz:H, 1mcz:I, 1mcz:J, 1mcz:K, 1mcz:L, 1mcz:M, 1mcz:N, 1mcz:O, 1mcz:P, 4mpj:A, 4mpp:A, 4mpr:A, 4mq5:A, 4mzx:A, 1pi3:A, 1po7:A, 1q6z:A, 4qel:A, 2v3w:A, 2v3w:C, 2v3w:B, 2v3w:D, 1yno:A
28 7orx:CCC 531 211 0.1370 0.1073 0.2701 1.25e-14 7orx:AAA, 7orx:BBB, 7orx:DDD
29 7orx:CCC 531 40 0.0433 0.0339 0.4500 1.1 7orx:AAA, 7orx:BBB, 7orx:DDD
30 6qsi:A 525 154 0.1082 0.0857 0.2922 2.33e-14 6qsi:B
31 1y9d:D 560 334 0.1803 0.1339 0.2246 6.49e-14 1y9d:A, 1y9d:C
32 7b2e:A 548 338 0.1659 0.1259 0.2041 4.86e-12 7ayg:A, 7ayg:B, 7ayg:C, 7ayg:D, 7ayg:E, 7ayg:F, 7ayg:G, 7ayg:H, 7b2e:B, 7b2e:C, 7b2e:D, 7b2e:E, 7b2e:F, 7b2e:G, 7b2e:H
33 3ey9:A 571 346 0.1851 0.1349 0.2225 2.72e-11 3ey9:B, 3eya:A, 3eya:B, 3eya:C, 3eya:D, 3eya:E, 3eya:F, 3eya:G, 3eya:H, 3eya:I, 3eya:J, 3eya:K, 3eya:L
34 3ey9:A 571 33 0.0312 0.0228 0.3939 2.2 3ey9:B, 3eya:A, 3eya:B, 3eya:C, 3eya:D, 3eya:E, 3eya:F, 3eya:G, 3eya:H, 3eya:I, 3eya:J, 3eya:K, 3eya:L
35 4q9d:B 519 204 0.1202 0.0963 0.2451 3.17e-11 4q9d:A
36 6vgs:BBB 543 293 0.1755 0.1344 0.2491 1.74e-10 6vgs:AAA, 6vgs:CCC, 6vgs:DDD
37 2vbf:B 546 303 0.1683 0.1282 0.2310 4.16e-10 2vbf:A, 2vbg:A, 2vbg:B
38 9ev3:A 577 211 0.1250 0.0901 0.2464 4.39e-10 9ev5:A, 9ev5:B, 9ev5:C, 9ev5:D, 9ev6:A, 9ev6:B, 9ev6:C, 9ev6:D
39 5npu:A 547 236 0.1394 0.1060 0.2458 3.36e-09 5npu:B, 5npu:C, 5npu:D
40 2ihv:A 563 126 0.0938 0.0693 0.3095 3.98e-09 2iht:A, 2iht:B, 2iht:C, 2iht:D, 2ihu:A, 2ihu:B, 2ihu:C, 2ihu:D, 2ihv:B, 2ihv:C, 2ihv:D, 1upa:A, 1upa:B, 1upa:C, 1upa:D, 1upb:A, 1upb:B, 1upb:C, 1upb:D, 1upc:A, 1upc:B, 1upc:C, 1upc:D, 1upc:E, 1upc:F
41 9ev4:A 553 211 0.1226 0.0922 0.2417 4.41e-09
42 8hp4:A 540 245 0.1538 0.1185 0.2612 2.06e-08 8hp4:B
43 1ovm:A 535 383 0.2067 0.1607 0.2245 1.79e-07 1ovm:B, 1ovm:C, 1ovm:D
44 6efg:D 537 237 0.1442 0.1117 0.2532 3.07e-07 6efg:A, 6efg:B
45 4k9q:A 531 158 0.0913 0.0716 0.2405 8.42e-07 4k9q:B
46 2vjy:A 562 305 0.1779 0.1317 0.2426 2.45e-06 6efg:E, 6efh:A, 6efh:B, 2vjy:B, 2vjy:C, 2vjy:D, 2vk4:A, 2vk4:B, 2vk4:C, 2vk4:D
47 4d5e:B 587 347 0.1875 0.1329 0.2248 2.54e-06 4d5e:A, 4d5g:A, 4d5g:B, 2pgn:A, 2pgn:B, 2pgo:A, 2pgo:B
48 2vk1:A 562 304 0.1707 0.1263 0.2336 3.30e-06 1pvd:A, 1pvd:B, 1pyd:A, 1pyd:B, 1qpb:A, 1qpb:B, 2vk1:B, 2vk1:C, 2vk1:D, 2vk8:A, 2vk8:B, 2vk8:C, 2vk8:D, 2w93:A, 2w93:B, 2w93:C, 2w93:D
49 5ej4:A 556 118 0.0769 0.0576 0.2712 3.56e-05 5ej4:B, 5ej4:C, 5ej4:D, 5ej4:E, 5ej4:F, 5ej4:G, 5ej4:H, 5ej5:A, 5ej5:B, 5ej5:C, 5ej5:D, 5ej5:E, 5ej5:F, 5ej5:G, 5ej5:H, 5ej6:A, 5ej6:B, 5ej6:C, 5ej6:D, 5ej6:E, 5ej6:F, 5ej6:G, 5ej6:H, 5ej7:A, 5ej7:B, 5ej7:C, 5ej7:D, 5ej7:E, 5ej7:F, 5ej7:G, 5ej7:H, 5ej8:A, 5ej8:B, 5ej8:C, 5ej8:D, 5ej8:E, 5ej8:F, 5ej8:G, 5ej8:H, 5ej9:A, 5ej9:B, 5ej9:C, 5ej9:D, 5ej9:E, 5ej9:F, 5ej9:G, 5ej9:H, 5eja:A, 5eja:B, 5eja:C, 5eja:D, 5eja:E, 5eja:F, 5eja:G, 5eja:H, 5ejm:A, 5ejm:B, 5ejm:C, 5ejm:D, 5ejm:E, 5ejm:F, 5ejm:G, 5ejm:H, 3hww:A, 3hwx:A, 3hwx:B, 3hwx:I, 3hwx:J, 3hwx:R, 3hwx:S, 3hwx:Z, 3hwx:1, 2jla:A, 2jla:B, 2jla:C, 2jla:D, 2jlc:A, 2jlc:B, 5z2p:A, 5z2p:B, 5z2p:C, 5z2p:D, 5z2p:E, 5z2p:G, 5z2p:F, 5z2p:H, 5z2r:A, 5z2r:B, 5z2r:C, 5z2r:D, 5z2r:E, 5z2r:F, 5z2r:G, 5z2r:H, 5z2u:A, 5z2u:H, 5z2u:B, 5z2u:G, 5z2u:C, 5z2u:D, 5z2u:E, 5z2u:F
50 6o0g:B 530 187 0.1082 0.0849 0.2406 4.90e-05 5eso:A, 6o0n:C, 6o0n:D
51 5ess:A 551 187 0.1082 0.0817 0.2406 6.64e-05 5esd:A, 5esd:B, 5esd:C, 5esd:D, 5eso:D, 5eso:B, 5eso:C, 5ess:B, 5ess:C, 5ess:D, 5esu:A, 5esu:B, 5esu:C, 5esu:D, 6o04:A, 6o04:D, 6o04:B, 6o04:C, 6o0g:A, 6o0g:D, 6o0g:C, 6o0j:A, 6o0j:D, 6o0j:B, 6o0j:C, 6o0n:A, 6o0n:B
52 2q5l:A 538 85 0.0697 0.0539 0.3412 8.32e-05 2nxw:A, 2nxw:B, 2q5j:A, 2q5j:B, 2q5l:B, 2q5o:A, 2q5o:B, 2q5q:A, 2q5q:B
53 3hww:D 532 106 0.0793 0.0620 0.3113 2.16e-04
54 2vbi:A 554 199 0.1058 0.0794 0.2211 0.001 2vbi:B, 2vbi:C, 2vbi:D, 2vbi:E, 2vbi:F, 2vbi:G, 2vbi:H
55 7tin:B 556 119 0.0697 0.0522 0.2437 0.007 7tin:A, 7tin:C, 7tin:D
56 2x7j:A 579 54 0.0433 0.0311 0.3333 0.008 2x7j:B, 2x7j:C, 2x7j:D
57 5euj:E 556 183 0.1106 0.0827 0.2514 0.062 5euj:A, 5euj:B, 5euj:C, 5euj:D, 5euj:F, 5euj:G, 5euj:H, 5euj:I, 5euj:J, 5euj:K, 5euj:L, 5euj:M, 5euj:N, 5euj:O, 5euj:P, 5euj:Q, 5euj:R, 5euj:S, 5euj:T, 5euj:U, 5euj:V, 5euj:W, 5euj:X
58 6f0k:B 961 55 0.0481 0.0208 0.3636 0.15
59 4rlz:B 307 39 0.0312 0.0423 0.3333 3.0 4rlz:A, 4rm0:A, 4rm0:B
60 1rv0:L 324 46 0.0409 0.0525 0.3696 3.1 1rvt:H, 1rvt:J, 1rvt:L
61 2qos:C 173 102 0.0553 0.1329 0.2255 5.2 2ovd:A
62 3mzo:B 211 114 0.0697 0.1374 0.2544 7.2 3mzo:A, 3mzo:C
63 3i01:A 673 86 0.0625 0.0386 0.3023 7.3 3i01:B, 3i01:C, 3i01:D, 3i04:A, 3i04:B, 3i04:C, 3i04:D, 1mjg:A, 1mjg:B, 1mjg:C, 1mjg:D, 1oao:A, 1oao:B, 6x5k:A, 6x5k:B, 6x5k:C, 6x5k:D, 2z8y:A, 2z8y:B, 2z8y:C, 2z8y:D
64 8f5v:A 167 23 0.0240 0.0599 0.4348 8.8 8f5v:B
65 3dc2:A 526 64 0.0481 0.0380 0.3125 8.8 3dc2:B, 3ddn:B
66 2yq5:C 331 81 0.0553 0.0695 0.2840 9.6 2yq5:A, 2yq5:B, 2yq5:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218