Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DKLYRVEYAKSGRASCKKCSESIPKDSLRMAIMVQSPMFDGKVPHWYHFSCFWKVGHSIRHPDVEVDGFSELRWDDQQKV
KKTAEAKSKKEKDKDSKLEKALKAQNDLIWNIKDELKKVCSTNDLKELLIFNKQQVPSGESAILDRVADGMVFGALLPCE
ECSGQLVFKSDAYYCTGDVTAWTKCMVKTQTPNRKEWVTPKEFREISYLKKLKVKKQDRIFPP

The query sequence (length=223) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8g0h:C 227 223 0.9955 0.9780 0.9955 9.74e-166 4av1:A, 4av1:C, 4dqy:D, 4dqy:A, 4dqy:B, 4dqy:E, 8g0h:A, 2jvn:A, 3od8:A, 3od8:B, 3od8:C, 3od8:E, 3od8:G, 3od8:H, 3oda:A, 3oda:B, 3oda:C, 3oda:E, 3oda:G, 3oda:H, 4opx:D, 4opx:A, 4oqa:D, 4oqa:A, 4oqb:D, 4oqb:A, 2riq:A, 7s68:A, 7s6h:C, 7s6h:A, 7s6m:A, 7s6m:C, 7s81:I, 7s81:F, 7s81:G, 7s81:O, 7s81:J, 7s81:B
2 2n8a:A 214 120 0.4170 0.4346 0.7750 4.87e-62 4av1:D, 4av1:B, 2l30:A, 2l31:A, 3od8:D, 3od8:F, 3oda:D, 3oda:F, 3odc:A, 3odc:B, 3ode:A, 3ode:B, 7s81:N, 7s81:A
3 2n8a:A 214 85 0.1300 0.1355 0.3412 4.02e-07 4av1:D, 4av1:B, 2l30:A, 2l31:A, 3od8:D, 3od8:F, 3oda:D, 3oda:F, 3odc:A, 3odc:B, 3ode:A, 3ode:B, 7s81:N, 7s81:A
4 2dmj:A 106 86 0.3857 0.8113 1.0000 4.59e-61
5 1v9x:A 114 85 0.1794 0.3509 0.4706 6.21e-20
6 2cs2:A 134 86 0.1300 0.2164 0.3372 2.81e-08
7 1uw0:A 117 79 0.1121 0.2137 0.3165 1.02e-07
8 7jx0:A 801 71 0.0942 0.0262 0.2958 0.56 3qjz:A
9 3zw3:A 831 71 0.0942 0.0253 0.2958 0.56 2a4z:A, 4fhj:A, 4fhk:A, 6fh5:A, 6gq7:A, 4hvb:A, 5jha:A, 5jhb:A, 7jwe:A, 4kzc:A, 3lj3:A, 3mjw:A, 3nzu:A, 3p2b:A, 3qk0:A, 3sd5:A, 5t23:A, 6t3b:A, 6t3c:A, 4wwo:A, 4wwp:A, 6xrm:A, 6xrn:A, 3zvv:A
10 2w4l:C 142 108 0.1031 0.1620 0.2130 0.90
11 8ova:A1 262 76 0.0897 0.0763 0.2632 1.2 8ove:A1, 4v8m:A1
12 8sod:A 941 71 0.0942 0.0223 0.2958 4.7 8soe:A
13 8sob:A 1005 71 0.0942 0.0209 0.2958 5.5 8soa:A, 8soc:A
14 1e8w:A 851 71 0.0942 0.0247 0.2958 5.6 2a5u:A, 4anu:A, 4anw:A, 4anx:A, 4aof:A, 3apc:A, 3apd:A, 3apf:A, 6aud:A, 6c1s:A, 2chw:A, 2chx:A, 2chz:A, 3csf:A, 3cst:A, 3dbs:A, 4dk5:A, 3dpd:A, 1e7v:A, 1e8x:A, 1e8z:A, 1e90:A, 5eds:A, 3ene:A, 4ezj:A, 4ezk:A, 4ezl:A, 4f1s:A, 4fa6:A, 4fad:A, 4fjy:A, 4fjz:A, 4flh:A, 4ful:A, 4g11:A, 5g2n:A, 5g55:A, 4gb9:A, 4hle:A, 4j6i:A, 7jwz:A, 5kae:A, 7kke:A, 4kz0:A, 3l08:A, 3l13:A, 3l16:A, 3l17:A, 3l54:A, 3ml8:A, 3ml9:A, 3nzs:A, 3oaw:A, 5oq4:A, 3pre:A, 3prz:A, 3ps6:A, 4ps3:A, 4ps7:A, 4ps8:A, 3qaq:A, 3qar:A, 3r7q:A, 3r7r:A, 3s2a:A, 8sc8:A, 3t8m:A, 3tjp:A, 3tl5:A, 4urk:A, 2v4l:A, 4wwn:A, 6xrl:A, 4xx5:A, 4xz4:A, 7z61:A
15 1e7u:A 872 71 0.0942 0.0241 0.2958 6.4 4anv:A, 3ibe:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218