Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DIKFQRENWEMIRSHVSPIISNLTMDNLQESHRDLFQVNILIGRNIICKNVVDFTLNKQNGRLIPALSALIALLNSDIPD
IGETLAKELMLMFVQQFNRKDYVSCGNILQCLSILFLYDVIHEIVILQILLLLLEKNSLRLVIAVMKICGWKLALVSKKT
HDMIWEKLRYILQTQELSSTLRESLETLFEIRQKDYKSGSQGLFILDPTSYTVHTHSYIVSDEDEANKELGNFEKCENFN
ELTMAFDTLRQKLLDVEFKKKIYLVLKSSLSGDEAAHKLLKLKIANNLKKSVVDIIIKSSLQESTFSKFYSILSERMITF
HRSWQTAYNETFEQNYTQDIEDYETDQLRILGKFWGHLISYEFLPMDCLKIIKLTEEESCPQGRIFIKFLFQELVNELGL
DELQLRLNSSKLDGMFPLEGDAEHIRYSINFFTAIGLGLLTEDMRSRLTIIQE

The query sequence (length=453) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7b9v:H 453 453 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 7dco:V, 5gm6:Z, 5gmk:Z, 6j6g:Z, 6j6h:Z, 6j6n:Z, 6j6q:Z, 5wsg:Z, 5ylz:S
2 6exn:H 411 452 0.9073 1.0000 0.9093 0.0 5lj3:H, 5lj5:H, 5mps:H, 5mq0:H
3 7dvq:V 468 473 0.3223 0.3120 0.3087 6.53e-64 8ch6:W, 6icz:V, 6qdv:H, 7qtt:W, 5xjc:V, 5yzg:V
4 1y57:A 452 27 0.0331 0.0332 0.5556 0.044 1a07:A, 1a07:B, 1a08:A, 1a08:B, 1a09:A, 1a09:B, 1a1a:A, 1a1a:B, 1a1b:A, 1a1b:B, 1a1c:A, 1a1c:B, 1a1e:A, 1a1e:B, 4agw:A, 4agw:B, 7ah3:A, 2bdf:A, 2bdf:B, 2bdj:A, 1bkm:A, 5bmm:A, 5bmm:B, 5d12:A, 7d57:A, 7d5o:A, 3d7t:B, 4dgg:A, 4dgg:B, 3dqw:A, 3dqw:B, 3dqw:C, 3dqw:D, 3dqx:A, 3dqx:B, 6e6e:A, 6e6e:B, 6e6e:C, 6e6e:D, 6e6e:E, 6e6e:F, 6e6e:G, 6e6e:H, 3el8:A, 3en4:A, 3en4:B, 3en5:B, 1f1w:A, 3f3t:A, 3f3u:A, 3f3u:B, 3f3v:A, 3f3v:B, 3f3w:A, 3f3w:B, 6f3f:A, 4f5a:A, 4f5b:A, 3f6x:A, 3f6x:B, 3f6x:C, 3f6x:D, 3g5d:A, 3g5d:B, 3g6g:A, 3g6g:B, 3g6h:B, 3geq:A, 3geq:B, 2h8h:A, 1hcs:B, 1hct:B, 4hvu:A, 4hvv:A, 6hve:A, 4hxj:A, 1is0:A, 1is0:B, 5j5s:A, 5j5s:B, 8jn8:A, 8jn9:A, 4k11:A, 8k79:A, 8k79:B, 5k9i:A, 5k9i:B, 1kc2:A, 1ksw:A, 6l8l:A, 6l8l:B, 6l8l:C, 6l8l:D, 4mcv:A, 4mcv:B, 4mxo:A, 4mxo:B, 4mxx:A, 4mxx:B, 4mxy:A, 4mxy:B, 4mxz:A, 4mxz:B, 7nes:A, 7ng7:A, 1nlo:C, 1nlp:C, 1nzl:B, 1nzv:B, 4o2p:A, 4o2p:B, 1o41:A, 1o42:A, 1o43:A, 1o44:A, 1o45:A, 1o46:A, 1o47:A, 1o48:A, 1o49:A, 1o4a:A, 1o4b:A, 1o4c:A, 1o4d:A, 1o4e:A, 1o4f:A, 1o4g:A, 1o4h:A, 1o4i:A, 1o4j:A, 1o4k:A, 1o4n:A, 1o4o:A, 1o4p:A, 1o4q:A, 1o4r:A, 5oav:A, 5oav:C, 5ob0:A, 5ob1:A, 5ob2:A, 5ob2:C, 3oez:A, 3oez:B, 2oiq:A, 7ote:A, 7ote:B, 1p13:B, 1p13:A, 1prl:C, 1prm:C, 3qlf:B, 3qlg:A, 3qlg:B, 4qt7:A, 1qwe:A, 1qwf:A, 1rlp:C, 1rlq:C, 4rtv:A, 4rtw:A, 4rtw:C, 4rty:A, 4rtz:A, 1sha:A, 1shb:A, 1shd:A, 1skj:A, 1sps:A, 1sps:B, 1sps:C, 2src:A, 3svv:A, 3svv:B, 5swh:A, 5swh:B, 5sys:A, 5sys:B, 5t0p:A, 5t0p:B, 5teh:A, 5teh:B, 3tz7:A, 3tz7:B, 3tz8:A, 3tz8:B, 3tz9:A, 3tz9:B, 3u4w:A, 3u51:A, 3u51:B, 4u5j:A, 4u5j:B, 3uqf:A, 3uqg:A, 3uqg:B, 7wf5:A, 7wf5:B, 6wiw:B, 8xn8:A, 5xp5:A, 5xp5:B, 5xp7:A, 5xp7:B, 4ybj:A, 4ybk:A, 1yom:A, 1yom:B
5 4u6d:B 385 54 0.0419 0.0494 0.3519 0.16 4u6d:A
6 2dq7:X 263 27 0.0309 0.0532 0.5185 0.24
7 7kjc:A 376 32 0.0331 0.0399 0.4688 0.37 8bin:A, 8bio:A, 8bk0:A, 8bm8:A, 8boc:A, 8bod:A, 8bof:A, 8bog:A, 8boh:A, 8boi:A, 8bok:A, 8bom:A, 6fnf:A, 6fng:A, 6fnh:A, 6fnh:B, 6fnh:C, 6hes:A, 6het:A, 6heu:A, 6hev:A, 6hew:A, 6hex:A, 6hey:A, 5i9v:A, 5i9w:A, 5i9x:A, 5i9y:A, 5i9z:A, 5ia0:A, 5ia0:B, 5ia0:C, 5ia1:A, 5ia2:A, 5ia3:A, 5ia4:A, 5ia5:A, 7kja:A, 7kja:B, 7kjc:B, 1mqb:A, 1mqb:B, 5njz:A, 5nk0:A, 5nk1:A, 5nk2:A, 5nk3:A, 5nk4:A, 5nk5:A, 5nk6:A, 5nk7:A, 5nk8:A, 5nk9:A, 5nka:A, 5nkb:A, 5nkc:A, 5nkd:A, 5nke:A, 5nkf:A, 5nkg:A, 5nkh:A, 5nki:A, 6q7b:A, 6q7c:A, 6q7d:A, 6q7e:A, 6q7f:A, 6q7g:A, 8qqy:A, 8xpv:A
8 1yol:A 256 18 0.0243 0.0430 0.6111 0.51 7ah3:B, 6ate:A, 5d10:A, 5d10:B, 5d11:A, 5d11:B, 5d12:B, 7d57:B, 7d5o:B, 3el7:A, 3en5:A, 3en6:B, 3en7:A, 4fic:A, 4fic:B, 8haq:A, 8haq:B, 6hve:B, 6hvf:A, 6hvf:B, 2hwo:A, 2hwo:B, 2hwp:A, 2hwp:B, 8jf3:A, 8jf3:B, 4lgg:A, 4lgg:B, 4lgh:A, 4lgh:B, 3lok:A, 3lok:B, 2qlq:A, 2qlq:B, 3qlf:A, 2qq7:A, 2qq7:B, 3uqf:B, 6wiw:A, 4ybj:B, 1yol:B
9 3vs7:B 427 77 0.0486 0.0515 0.2857 0.52 4lud:B, 4lud:A, 4lue:B, 4lue:A, 3vs1:A
10 7uy0:A 448 34 0.0309 0.0312 0.4118 0.57 7uy0:B, 7uy3:A
11 5h2u:A 266 27 0.0331 0.0564 0.5556 0.58 6cz3:A, 6cz4:A, 5da3:A, 5h2u:B, 5h2u:C, 5h2u:D
12 6fnk:A 274 78 0.0464 0.0766 0.2692 0.59 4aw5:A, 4bb4:A, 6fni:A, 6fnj:A, 6fnj:B, 6fnm:A, 2vwu:A, 2vwv:A, 2vww:A, 2vwx:A, 2vwy:A, 2vwz:A, 2vx0:A, 2vx1:A, 2x9f:A, 2xvd:A, 2yn8:A, 2yn8:B, 3zew:A, 3zew:B
13 3fxx:A 288 27 0.0331 0.0521 0.5556 0.81 3dzq:A, 3fy2:A, 4g2f:A, 4gk2:A, 4gk3:A, 4gk4:A, 6in0:A, 4p4c:A, 4p5q:A, 4p5z:A, 2qo7:A, 2qo9:A, 2qoc:A, 2qoq:A, 4twn:A, 4two:A
14 5mjb:B 280 27 0.0309 0.0500 0.5185 1.1 5mja:A, 5mja:B, 5mjb:A, 6umw:A
15 5l6p:A 274 27 0.0309 0.0511 0.5185 1.4 5l6o:A
16 4hg6:A 747 53 0.0353 0.0214 0.3019 2.5 5eiy:A, 5ej1:A, 5ejz:A, 4p00:A, 4p02:A
17 3l8p:A 292 37 0.0353 0.0548 0.4324 2.9 6mwe:A, 6mwe:B, 2oo8:X, 2osc:A, 2p4i:A, 2p4i:B, 2wqb:A, 4x3j:A
18 1qcf:A 450 27 0.0265 0.0267 0.4444 3.1 1ad5:B, 1ad5:A, 2c0i:A, 2c0i:B, 2c0o:A, 2c0o:B, 2c0t:A, 2c0t:B, 5h09:A, 5h0b:A, 5h0e:A, 5h0g:A, 5h0h:A, 2hck:B, 2hck:A, 2hk5:A, 3vry:A, 3vry:B, 3vrz:A, 3vrz:B, 3vs0:A, 3vs0:B, 3vs1:B, 3vs2:A, 3vs2:B, 3vs3:A, 3vs3:B, 3vs4:B, 3vs4:A, 3vs5:A, 3vs5:B, 3vs6:A, 3vs6:B, 3vs7:A, 5zj6:A, 5zj6:B
19 7kpm:A 255 25 0.0287 0.0510 0.5200 4.2
20 1jpa:A 273 25 0.0287 0.0476 0.5200 5.2 2hen:A, 2hen:B, 2hen:C, 2hen:D, 1jpa:B
21 6xmt:A 1092 45 0.0353 0.0147 0.3556 5.6 6xmq:A, 6xms:A, 6xmu:A
22 2zva:A 261 27 0.0243 0.0421 0.4074 6.0 3a4o:X, 5xy1:A, 2zv8:A, 2zv9:A
23 2bgs:A 308 56 0.0397 0.0584 0.3214 7.2 2vdg:A
24 6v6q:C 279 44 0.0375 0.0609 0.3864 8.0 8h75:C, 8h75:D, 4j95:D, 8stg:A, 8stg:B, 8u1f:A, 8u1f:B, 5ugl:B, 5uhn:B, 6v6q:D
25 2y6o:A 263 30 0.0287 0.0494 0.4333 8.3 2xyu:A
26 6gzu:A 241 99 0.0574 0.1079 0.2626 8.4
27 3dko:A 275 23 0.0287 0.0473 0.5652 9.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218