Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DEAFDTLLGFVELDHIYSSALKEISTKLSILDDNFNHIYKHNPIHHMERRVKEMRSLIEKLNRKGLQISAETAKEHILDI
AGIRVVCNYLDDIYLIEEMLLKQEDVQLIKRKDYIQHPKENGYRSLHIVVSIPVFLAERVEVLPVEIQIRTIGMDMWASL
EHKIRYKNNAETEKYRDLLKECATEITEVEDKLQQIHSEITE

The query sequence (length=202) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ewz:A 202 202 1.0000 1.0000 1.0000 1.62e-148 6ewz:B, 6ex0:A, 6ex0:B, 6fgx:A, 6fgx:B
2 5ded:A 196 187 0.3119 0.3214 0.3369 2.23e-33 5ded:D, 5ded:B, 5ded:C, 5ded:E, 5ded:F, 5ded:G, 5ded:H, 5f2v:V, 5f2v:X, 5f2v:T, 5f2v:S, 5f2v:Y, 5f2v:O, 5f2v:Z, 5f2v:W, 5f2v:U, 5f2v:P, 5f2v:R, 5f2v:Q
3 7oiw:A 327 105 0.1733 0.1070 0.3333 3.18e-07 7oiw:B
4 5xnx:D 321 125 0.1931 0.1215 0.3120 2.36e-06 5xnx:C
5 1vj7:A 326 77 0.1337 0.0828 0.3506 1.94e-05 1vj7:B
6 5l3p:z 545 117 0.1782 0.0661 0.3077 4.27e-05
7 6yxa:A 536 78 0.1287 0.0485 0.3333 5.93e-05 8acu:A, 8acu:B
8 5iqr:8 615 105 0.1634 0.0537 0.3143 6.24e-05
9 5kpv:33 675 105 0.1634 0.0489 0.3143 7.17e-05 5kps:A, 5kpw:33, 5kpx:33
10 7ohg:A 351 116 0.1832 0.1054 0.3190 2.16e-04 6s2t:A, 6s2u:A, 6s2v:A
11 6s2v:C 336 40 0.1040 0.0625 0.5250 3.36e-04 6s2v:B
12 5ue8:A 847 73 0.1040 0.0248 0.2877 0.012 5ue8:B, 1y8f:A
13 6a30:A 527 58 0.0842 0.0323 0.2931 0.095
14 6jhf:A 653 41 0.0644 0.0199 0.3171 0.76 6jeq:A, 6jfj:A, 6jfx:A, 6jhg:A, 6jhh:A, 6jhi:A
15 8dmt:A 488 83 0.1287 0.0533 0.3133 1.6 8dmt:B, 8dmt:C, 8dmt:D
16 4bxs:V 1262 65 0.0842 0.0135 0.2615 2.2
17 4aio:A 883 44 0.0743 0.0170 0.3409 3.1 4cvw:A, 4cvw:B, 4j3s:A, 4j3t:A, 4j3u:A, 4j3u:B, 4j3v:A, 4j3w:A, 4j3x:A, 2y4s:A, 2y5e:A
18 8pu1:B 191 107 0.1287 0.1361 0.2430 4.8 8pu4:A, 8pu4:B, 8pu4:C
19 4bay:A 670 141 0.1436 0.0433 0.2057 5.0 3abt:A, 3abu:A, 8bop:A, 8box:A, 7cdc:A, 7cdd:A, 7cde:A, 7cdf:A, 7cdg:A, 4czz:A, 7e0g:A, 2ejr:A, 8f2z:A, 8f30:A, 8f59:A, 8f6s:A, 8fdv:A, 8fj4:A, 8fj6:A, 8fj7:A, 8fqj:A, 8fri:A, 8frq:A, 8frv:A, 8fsk:A, 9fwg:A, 5h6q:A, 5h6r:A, 2h94:A, 2hko:A, 8inl:A, 2iw5:A, 8jf5:A, 6k3e:A, 6kgk:A, 6kgl:A, 6kgm:A, 6kgn:A, 6kgo:A, 6kgp:A, 6kgq:A, 6kgr:A, 4kum:A, 5l3b:A, 5l3c:A, 5l3d:A, 5l3e:A, 5l3f:A, 5l3g:A, 5lbq:A, 5lgn:A, 5lgt:A, 5lgu:A, 5lhg:A, 5lhh:A, 5lhi:A, 6nqm:A, 6nqu:A, 6nr5:A, 8q1g:A, 8q1h:A, 8q1j:A, 6s35:A, 6te1:A, 6tuy:A, 4uv8:A, 4uv9:A, 4uva:A, 4uvb:A, 4uvc:A, 2uxn:A, 2uxx:A, 4uxn:A, 2v1d:A, 7vqs:A, 7vqt:A, 7vqu:A, 6vyp:k, 6vyp:m, 6vyp:M, 6vyp:K, 7w3l:A, 6w4k:A, 6wc6:A, 2x0l:A, 5x60:A, 2xaf:A, 2xag:A, 2xah:A, 2xaj:A, 2xaq:A, 2xas:A, 4xbf:A, 7xw8:A, 2y48:A, 5yjb:A, 8ym7:A, 2z3y:A, 2z5u:A, 3zms:A, 3zmt:A, 3zmu:A, 3zmv:A, 3zmz:A, 3zn0:A, 3zn1:A, 7zry:A
20 7v94:A 1076 60 0.0693 0.0130 0.2333 7.8 7v93:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218