Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DDKKKGKFIVFEGLDRSGKSTQSKLLVEYLKNNNVEVKHLYFPNRETGIGQIISKYLKMENSMSNETIHLLFSANRWEHM
NEIKSLLLKGIWVVCDRYAYSGVAYSSGALNLNKTWCMNPDQGLIKPDVVFYLNVPPNYAEEIYEKVETQKKIYETYKHF
AHEDYWINIDATRKIEDIHNDIVKEVTVEPEEFNFLW

The query sequence (length=197) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2wwf:C 212 207 1.0000 0.9292 0.9517 6.64e-143 2wwf:A, 2wwf:B, 2wwg:A, 2wwg:B, 2wwg:C, 2wwh:A, 2wwh:B, 2wwh:C, 2wwi:A, 2wwi:B, 2wwi:C, 2yof:A, 2yof:B, 2yof:C, 2yog:A, 2yog:B, 2yoh:A, 2yoh:B
2 1e2f:A 210 188 0.3756 0.3524 0.3936 7.21e-46 1e2d:A, 1e2e:A, 1e2g:A, 1e2q:A, 1e98:A, 1e99:A, 1e9a:A, 1e9b:A, 1e9c:A, 1e9d:A, 1e9e:A, 1e9f:A, 1nmx:A, 1nmy:A, 1nmz:A, 1nn0:A, 1nn1:A, 1nn3:A, 1nn5:A, 2xx3:A
3 3tmk:A 216 193 0.3959 0.3611 0.4041 2.73e-41 1tmk:A, 1tmk:B, 2tmk:A, 2tmk:B, 3tmk:B, 3tmk:C, 3tmk:D, 3tmk:E, 3tmk:F, 3tmk:G, 3tmk:H
4 7fgq:A 190 182 0.3655 0.3789 0.3956 7.16e-38
5 2v54:A 204 196 0.3706 0.3578 0.3724 7.36e-37 2v54:B, 2w0s:A, 2w0s:B
6 5uiv:A 225 208 0.3503 0.3067 0.3317 2.06e-30
7 3hjn:A 189 191 0.3655 0.3810 0.3770 3.58e-24 3hjn:B
8 5x7j:B 197 192 0.3046 0.3046 0.3125 9.54e-19 5x7j:A, 5x86:B, 5x86:A, 5x8a:B, 5x8b:A, 5x8b:B, 5x8c:A, 5x8c:B, 5x8d:B, 5x8d:A, 5x98:B, 5x98:A, 5x99:A, 5x99:B, 5xal:A, 5xal:B, 5xt8:A, 5xt8:B, 5zax:A, 5zax:B, 5zb0:A, 5zb0:B, 5zb4:A, 5zb4:B
9 3lv8:A 204 195 0.3096 0.2990 0.3128 3.03e-17
10 5h56:B 195 191 0.2843 0.2872 0.2932 9.34e-15 5h56:A, 5h5k:A, 5h5k:B, 4s2e:A, 4s2e:B, 4s35:A, 4s35:B, 5xai:B, 5xai:A, 5xb2:B, 5xb2:A, 5xb3:A, 5xb3:B, 5xb5:A
11 4tmk:A 210 207 0.2893 0.2714 0.2754 9.70e-14 5tmp:A
12 4edh:B 209 137 0.2030 0.1914 0.2920 2.34e-12 4e5u:A, 4e5u:B, 4edh:A, 4gmd:A, 4gmd:B, 4gmd:C, 4gmd:D, 3uwk:A, 3uwk:B, 3uwo:A, 3uwo:B, 3uxm:A, 3uxm:B, 3uxm:C, 3uxm:D
13 5h70:B 207 142 0.2284 0.2174 0.3169 7.49e-11 5h70:A
14 4dwj:B 203 197 0.2792 0.2709 0.2792 1.46e-08 2ccg:A, 2ccg:B, 2ccj:A, 2ccj:B, 4dwj:A, 4dwj:C, 4dwj:D, 4dwj:F, 4dwj:G, 4dwj:H, 4eaq:A, 4eaq:B, 4gfd:A, 4gfd:B, 4gsy:A, 4gsy:B, 4hdc:A, 4hdc:B, 4hej:A, 4hlc:A, 4hlc:B, 4hld:A, 4hld:B, 4qg7:A, 4qg7:B, 4qga:A, 4qga:B, 4qgf:A, 4qgf:B, 4qgg:A, 4qgg:B, 4qgh:A, 4qgh:B, 4xwa:A, 4xwa:B
15 5nrn:B 211 195 0.2487 0.2322 0.2513 1.39e-05 1g3u:A, 1gsi:A, 1gtv:A, 1gtv:B, 1mrn:A, 1mrs:A, 1n5i:A, 1n5j:A, 1n5k:A, 1n5k:B, 1n5l:A, 1n5l:B, 5nrq:A, 1w2g:A, 1w2g:B, 1w2h:A, 1w2h:B, 6yt1:A, 6yt1:B
16 5nq5:A 191 180 0.2386 0.2461 0.2611 2.02e-05 5nr7:A, 5nr7:B, 5nrn:A, 5nrq:B, 4unn:A, 4unn:B, 4unp:A, 4unq:A, 4unq:B, 4unr:A, 4unr:B, 4uns:A, 4uns:B
17 3add:A 251 198 0.2690 0.2112 0.2677 1.6 3a4l:A, 3a4l:B, 3a4m:A, 3a4m:B, 3adb:A, 3adb:B, 3adc:A, 3adc:B, 3add:B, 3am1:A
18 2awn:D 301 90 0.1168 0.0764 0.2556 1.7 2awo:D
19 2awn:A 330 76 0.1015 0.0606 0.2632 1.8
20 4iao:B 429 37 0.0660 0.0303 0.3514 2.2 2hjh:A, 2hjh:B, 4iao:A
21 6xa3:A 409 31 0.0508 0.0244 0.3226 2.6 6xa2:A, 6xa2:B, 6xa2:C, 6xa2:D, 6xa2:E, 6xa2:F, 6xa2:G, 6xa2:H
22 9cc9:A 850 95 0.1320 0.0306 0.2737 3.1 9cc8:A, 9cc8:B, 9cc8:C, 9cc8:D, 9cc8:E, 9cc8:F, 9cc9:B, 9cc9:C, 9cc9:D, 9cc9:E, 9cc9:F, 9cc9:G, 9cc9:H, 9cc9:I, 9cc9:J, 9cc9:K, 9cc9:L
23 6qps:A 447 47 0.0711 0.0313 0.2979 3.8 6qps:B
24 8a6t:B 630 31 0.0711 0.0222 0.4516 6.2 8a6t:E, 8bew:B, 8bew:E
25 2awn:B 374 60 0.0812 0.0428 0.2667 6.9 2awo:A, 2awo:B, 2awo:C, 4ki0:A, 4ki0:B, 3puv:A, 3puv:B, 3puw:A, 3puw:B, 3pux:A, 3pux:B, 3puy:A, 3puy:B, 3puz:A, 3puz:B, 1q12:A, 1q12:B, 1q12:C, 1q12:D, 2r6g:A, 2r6g:B, 3rlf:A, 3rlf:B
26 5llf:D 266 39 0.0660 0.0489 0.3333 7.4 5ll0:A, 5ll0:B, 5ll0:C, 5ll0:D, 5llb:A, 5llb:B, 5llb:C, 5llb:D, 5llf:A, 5llf:B, 5llf:C
27 8b9z:O 368 69 0.0914 0.0489 0.2609 7.5 8ba0:O, 8esw:AL, 8esz:AL
28 7tea:B 78 20 0.0660 0.1667 0.6500 7.5 7tea:E, 7tea:A, 7tea:C
29 3zgo:A 318 16 0.0457 0.0283 0.5625 8.9 7bos:A, 5d7o:A, 5d7o:B, 5d7p:A, 5d7p:B, 5d7q:A, 5d7q:B, 5dy4:A, 5dy5:A, 5fyq:A, 5g4c:B, 5g4c:A, 1j8f:A, 1j8f:B, 1j8f:C, 4l3o:A, 4l3o:B, 4l3o:C, 4l3o:D, 6l65:A, 6l66:A, 6l71:A, 6l72:A, 5mar:A, 5mar:B, 5mat:A, 5mat:C, 6nr0:A, 6nr0:B, 8owz:A, 8py3:A, 6qcn:A, 6qcn:B, 4r8m:A, 4r8m:B, 4rmg:A, 4rmh:A, 4rmj:A, 4rmj:B, 7t1d:A, 7t1d:B, 4x3o:A, 4x3p:A, 8xe7:A, 5y0z:A, 5y0z:B, 4y6q:A, 4y6q:B, 4y6q:C, 5yql:A, 5yqm:A, 5yqn:A, 5yqo:A, 3zgo:B, 3zgo:C, 3zgv:A, 3zgv:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218