Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DAASHEERMNNYRKRVGRLFMEQKAAQPDAVKLPSGLVFQRIARGSGKRAPAIDDKCEVHYTGRLRDGTVFDSSRERGKP
TTFRPNEVIKGWTEALQLMREGDRWRLFIPYDLAYGVTGGGGMIPPYSPLEFDVELISIKDGGKGRTAEEVDEILRKAEE

The query sequence (length=160) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8bk4:A 163 160 1.0000 0.9816 1.0000 1.59e-117 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
2 8bjd:A 208 128 0.3812 0.2933 0.4766 8.21e-35 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
3 6vrx:A 108 107 0.3063 0.4537 0.4579 2.14e-25 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
4 8xi9:A 201 107 0.3125 0.2488 0.4673 1.03e-24 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
5 1c9h:A 107 107 0.3063 0.4579 0.4579 1.82e-24 5hkg:A
6 1q6i:A 210 140 0.3688 0.2810 0.4214 5.49e-24 1q6i:B
7 8p3c:B 126 115 0.3250 0.4127 0.4522 4.28e-23
8 4giv:A 192 112 0.3125 0.2604 0.4464 3.58e-21 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
9 5hua:A 113 109 0.2875 0.4071 0.4220 2.21e-20 1yat:A
10 6tz8:C 111 107 0.2625 0.3784 0.3925 2.46e-20 6tz8:F
11 6mke:A 117 101 0.2750 0.3761 0.4356 2.89e-20 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
12 7f2j:A 117 112 0.3000 0.4103 0.4286 4.16e-19 7f2j:B, 6j2m:A
13 7u0s:A 124 109 0.2812 0.3629 0.4128 8.74e-18 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
14 4nnr:A 102 88 0.2437 0.3824 0.4432 6.66e-17 4nnr:B
15 4lax:A 237 125 0.3125 0.2110 0.4000 1.07e-16 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
16 5njx:A 413 98 0.2313 0.0896 0.3776 1.89e-15 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
17 5d75:A 120 108 0.2562 0.3417 0.3796 4.75e-15 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
18 3pa7:A 124 104 0.2500 0.3226 0.3846 9.47e-15 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
19 5hw8:B 122 99 0.2437 0.3197 0.3939 2.15e-13 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
20 5b8i:C 119 114 0.2625 0.3529 0.3684 2.27e-12
21 4qt3:A 125 97 0.2250 0.2880 0.3711 3.72e-12 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
22 8z38:B 113 99 0.2500 0.3540 0.4040 5.43e-12 8z38:A
23 4msp:A 189 100 0.2375 0.2011 0.3800 1.33e-11 4msp:B
24 4odq:A 106 55 0.1187 0.1792 0.3455 2.53e-05 4odp:A, 4odr:A, 4odr:B, 7oxg:A, 7oxg:B
25 5mgx:G 266 87 0.1500 0.0902 0.2759 0.67 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
26 5uk5:B 308 103 0.1750 0.0909 0.2718 1.0 4cbz:A, 4cc0:A, 4cc0:B, 4cc1:A, 4cc1:B
27 2hpv:A 207 63 0.1062 0.0821 0.2698 4.7 2hpv:B, 2hpv:C, 2hpv:D
28 6h70:A 290 50 0.0938 0.0517 0.3000 7.3 6h70:B, 6h72:A, 6h72:B, 5kw9:A, 5n7m:A, 5n7m:B, 2zl5:A, 2zl5:B, 2zl6:B, 2zl6:A, 2zl7:A, 2zl7:B
29 7oxj:A 156 51 0.1000 0.1026 0.3137 8.1 3luo:A, 4odk:A, 4odl:B, 4odl:A, 4odm:A, 4odm:B, 4odm:C, 4odm:D, 4odn:A, 4odo:A, 4odo:C, 4odo:B, 7oxh:A, 7oxi:A, 7oxk:A
30 8qlj:A 621 57 0.1062 0.0274 0.2982 8.2 8qlk:A, 8qlm:A, 8qlm:B, 8qlv:A
31 4uy7:A 327 40 0.0875 0.0428 0.3500 8.4 6fnq:A, 6fnq:B, 6fnr:A, 6fnr:B, 6fns:A, 6fns:B, 6fnt:A, 6fnt:B, 4pin:A, 4pin:B, 4pio:A, 4pio:B, 4pip:A, 4pip:B, 4pip:C, 4pip:D, 4uy5:A, 4uy6:A, 4uy7:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218