Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
CLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAVPLGSINSMGLPNLGFDFYL
KYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLP
FGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRC
PDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTI

The query sequence (length=311) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3w87:A 314 311 0.9968 0.9873 0.9968 0.0 3c3n:A, 3c3n:B, 3c3n:C, 3c3n:D, 2djl:A, 2djl:B, 2djx:A, 2djx:B, 2e68:A, 2e68:B, 2e6a:A, 2e6a:B, 2e6d:A, 2e6d:B, 2e6f:A, 2e6f:B, 5e93:A, 5e93:B, 5ea9:A, 5ea9:B, 4jd4:A, 4jd4:B, 4jdb:A, 4jdb:B, 3w1a:A, 3w1a:B, 3w1l:A, 3w1l:B, 3w1m:A, 3w1m:B, 3w1n:A, 3w1n:B, 3w1p:A, 3w1p:B, 3w1q:A, 3w1q:B, 3w1r:A, 3w1r:B, 3w1t:A, 3w1t:B, 3w1u:A, 3w1u:B, 3w1x:A, 3w1x:B, 3w22:A, 3w22:B, 3w23:A, 3w23:B, 3w2j:A, 3w2j:B, 3w2k:A, 3w2k:B, 3w2l:A, 3w2l:B, 3w2m:A, 3w2m:B, 3w2n:A, 3w2n:B, 3w2u:A, 3w2u:B, 3w3o:A, 3w3o:B, 3w6y:A, 3w6y:B, 3w70:A, 3w70:B, 3w71:A, 3w71:B, 3w72:A, 3w72:B, 3w73:A, 3w73:B, 3w74:A, 3w74:B, 3w75:A, 3w75:B, 3w76:A, 3w76:B, 3w7c:A, 3w7c:B, 3w7d:A, 3w7d:B, 3w7e:A, 3w7e:B, 3w7g:A, 3w7g:B, 3w7h:A, 3w7h:B, 3w7i:A, 3w7i:B, 3w7j:A, 3w7j:B, 3w7k:A, 3w7k:B, 3w7l:A, 3w7l:B, 3w7m:A, 3w7m:B, 3w7n:A, 3w7n:B, 3w7o:A, 3w7o:B, 3w7p:A, 3w7p:B, 3w7q:A, 3w7q:B, 3w83:A, 3w83:B, 3w84:A, 3w84:B, 3w85:A, 3w85:B, 3w86:A, 3w86:B, 3w87:B, 3w88:A, 3w88:B
2 2b4g:B 313 310 0.7942 0.7891 0.7968 0.0 2b4g:A, 2b4g:C, 2b4g:D, 5xfv:A, 5xfv:B, 5xfv:C, 5xfv:D
3 3c61:A 314 310 0.7621 0.7548 0.7645 0.0 3c61:B, 3c61:C, 3c61:D, 6dgs:A, 6dgs:B, 6dwg:A, 6dwg:B, 6ebs:A, 6ebs:B, 4ef8:A, 4ef8:B, 4ef9:A, 4ef9:B, 3gye:A, 3gye:B, 3gz3:A, 3gz3:B, 3mhu:A, 3mhu:B, 3mjy:A, 3mjy:B, 7mx6:AAA, 7mx6:BBB, 7myd:AAA, 7myd:BBB, 3tjx:A, 3tjx:B, 3tq0:A, 3tq0:B, 3tro:A, 3tro:B
4 4wzh:A 304 310 0.7106 0.7270 0.7129 3.44e-169 4wzh:B
5 2bsl:A 311 306 0.5531 0.5531 0.5621 7.81e-122 2bsl:B, 2bx7:A, 2bx7:B, 1dor:A, 1dor:B, 2dor:A, 2dor:B, 1jqv:A, 1jqv:B, 1jqx:A, 1jqx:B, 1jrb:A, 1jrb:B, 1jrc:A, 1jrc:B, 1jub:A, 1jub:B, 1jue:A, 1jue:B, 1ovd:A, 1ovd:B
6 3oix:A 310 303 0.5402 0.5419 0.5545 4.87e-115 3oix:B, 3oix:C, 3oix:D
7 1ep3:A 311 316 0.2797 0.2797 0.2753 9.18e-21 1ep1:A, 1ep2:A, 5ksw:A, 5ksw:C, 5ue9:A, 5ue9:C
8 4ori:A 355 325 0.2797 0.2451 0.2677 1.90e-16 1uum:A, 1uum:B, 1uuo:A
9 6et4:A 367 323 0.2733 0.2316 0.2632 1.98e-14 2b0m:A, 9bkm:A, 9bkn:A, 9bko:A, 2bxv:A, 6cjf:A, 6cjf:B, 6cjg:A, 1d3g:A, 1d3h:A, 8dhf:A, 8dhg:A, 8dhh:A, 3f1q:A, 3fj6:A, 3fjl:A, 6fmd:A, 2fpt:A, 2fpv:A, 2fpy:A, 2fqi:A, 3g0u:A, 3g0x:A, 6gk0:A, 5h2z:A, 5h73:A, 5hin:A, 5hqe:A, 6idj:A, 4igh:A, 6j3b:A, 6j3c:A, 4jgd:A, 6jmd:A, 6jme:A, 4js3:A, 4jts:A, 4jtt:A, 4jtu:A, 7k2u:A, 8k4f:A, 5k9c:A, 5k9d:A, 3kvj:A, 3kvk:A, 3kvl:A, 3kvm:A, 6lp6:A, 6lp7:A, 6lp8:A, 4ls0:A, 4ls1:A, 4ls2:A, 6lzl:A, 6m2b:A, 5mut:A, 5mvc:A, 5mvd:A, 6oc0:A, 6oc1:A, 4oqv:A, 2prh:A, 2prl:A, 2prm:A, 6qu7:A, 8rak:A, 4rk8:A, 4rka:A, 4rli:A, 4rr4:A, 6syp:AAA, 3u2o:A, 8vhl:A, 8vhm:A, 6vnd:A, 3w7r:A, 2wv8:A, 8yhr:A, 4ylw:A, 7z6c:A, 5zf4:A, 5zf7:A, 5zf8:A, 5zf9:A, 5zfa:A, 5zfb:A, 4zl1:A, 4zmg:A, 3zws:A, 3zwt:A
10 1gth:A 1019 191 0.1897 0.0579 0.3089 9.15e-11 8f5w:A, 8f5w:B, 8f5w:C, 8f5w:D, 8f61:A, 8f61:B, 8f61:C, 8f61:D, 8f6n:A, 8f6n:B, 8f6n:C, 8f6n:D, 1gt8:A, 1gt8:B, 1gt8:C, 1gt8:D, 1gte:A, 1gte:B, 1gte:C, 1gte:D, 1gth:B, 1gth:C, 1gth:D, 1h7w:A, 1h7w:B, 1h7w:C, 1h7w:D, 1h7x:A, 1h7x:B, 1h7x:C, 1h7x:D, 7ljs:A, 7ljs:B, 7ljs:C, 7ljs:D, 7ljt:A, 7ljt:B, 7ljt:C, 7ljt:D, 7lju:A, 7lju:C, 7lju:D, 7lju:B, 7m31:A, 7m31:B, 7m31:C, 7m31:D, 7m32:A, 7m32:B, 7m32:C, 7m32:D
11 6aje:A 378 341 0.2637 0.2169 0.2405 1.98e-08 6aj5:A, 6aj5:B, 6aj5:C, 6aj5:D, 6aje:B, 6aje:C, 6aje:D
12 8ofw:A 350 281 0.2283 0.2029 0.2527 3.54e-08 8ofw:B, 4xq6:A, 4xq6:B
13 1f76:A 336 316 0.2508 0.2321 0.2468 6.88e-08 1f76:B, 1f76:D, 1f76:E, 7t5k:A, 7t5k:B, 7t5y:A, 7t5y:B, 7t6c:A, 7t6c:B, 7t6h:A, 7t6h:B
14 7l01:B 385 351 0.2733 0.2208 0.2422 5.13e-05 5boo:A, 5boo:B, 4cq8:A, 4cq8:B, 4cq9:A, 4cq9:B, 4cqa:A, 4cqa:B, 5del:A, 6e0b:A, 5fi8:A, 6gjg:A, 6gjg:B, 6i4b:A, 6i4b:B, 6i55:A, 6i55:B, 3i65:A, 3i68:A, 3i6r:A, 7kyk:A, 7kyk:B, 7kyk:C, 7kyk:D, 7kyv:A, 7kyy:A, 7kyy:B, 7kyy:C, 7kyy:D, 7kz4:A, 7kz4:B, 7kzy:A, 7kzy:B, 7l01:A, 7l0k:A, 7l0k:B, 3o8a:A, 4orm:A, 4rx0:A, 7s87:A, 7s87:B, 3sfk:A, 5tbo:A, 1tv5:A, 6vtn:A, 6vty:A, 6vty:B, 6vty:C, 6vty:D, 7wyf:A
15 6uy4:A 354 199 0.1672 0.1469 0.2613 9.94e-05
16 6b8s:B 336 305 0.2219 0.2054 0.2262 1.84e-04 6b8s:A
17 4mm1:A 238 63 0.0707 0.0924 0.3492 0.031 4mm1:B, 4mm1:C, 4mm1:D, 4mm1:E, 4mm1:F
18 7ut5:A 324 98 0.0932 0.0895 0.2959 0.11 7ut5:B
19 4qnu:A 323 109 0.1029 0.0991 0.2936 0.28 4qnu:B, 4qnu:C, 4qnu:D, 4qnu:E, 4qnu:F, 4qnu:G, 4qnu:H, 4qnv:A, 4qnv:B
20 7cta:A 329 100 0.0836 0.0790 0.2600 0.76 7ct9:A, 7ct9:B, 7cta:B
21 5zbm:B 353 80 0.0900 0.0793 0.3500 1.8 1al7:A, 1al8:A, 1gox:A, 1gyl:A, 5zbm:A
22 6qsi:A 525 182 0.1479 0.0876 0.2527 2.1 6qsi:B
23 3cea:A 342 109 0.0772 0.0702 0.2202 2.7 3cea:B, 3cea:C, 3cea:D
24 6dk9:F 232 55 0.0482 0.0647 0.2727 3.5 6dk9:A, 6dk9:B, 6dk9:C, 6dk9:D, 6dk9:E, 6dk9:G, 6dk9:H, 6dk9:I, 6dka:A, 6dka:B, 6dka:C, 6dka:D, 6dka:E, 6dka:F, 6dka:G, 6dka:H, 6dka:I, 6dkc:A, 6dkc:B, 6dkc:C, 6dkc:D, 6dkc:E, 6dkc:F, 6dkc:G, 6dkc:H, 6dkc:I, 6dkd:A, 6dkd:B, 6dkd:C, 6dkd:D, 6dkd:E, 6dkd:F, 6dkd:G, 6dkd:H, 6dkd:I
25 2ny1:D 223 52 0.0547 0.0762 0.3269 4.9 2nxz:D, 2ny2:D, 2ny3:D, 2ny4:D, 2ny5:H, 2ny6:D
26 3b03:B 364 42 0.0514 0.0440 0.3810 5.2 3b03:A, 3b03:C, 3b03:D, 3b04:A, 3b04:B, 3b04:C, 3b04:D, 3b05:A, 3b05:B, 3b05:C, 3b05:D, 3b06:A, 3b06:B, 3b06:C, 3b06:D, 3vkj:A, 3vkj:B, 3vkj:C, 3vkj:D, 2zru:A, 2zru:B, 2zru:C, 2zru:D, 2zrv:A, 2zrv:B, 2zrv:C, 2zrv:D, 2zrw:A, 2zrw:B, 2zrw:C, 2zrw:D, 2zrx:A, 2zrx:B, 2zrx:C, 2zrx:D, 2zry:A, 2zry:B, 2zry:C, 2zry:D, 2zrz:A, 2zrz:B, 2zrz:C, 2zrz:D
27 2a1y:A 301 102 0.0868 0.0897 0.2647 5.5
28 6b9v:A 254 31 0.0450 0.0551 0.4516 5.9 6b9v:B
29 1dos:A 358 85 0.0707 0.0615 0.2588 6.9 1b57:A, 1b57:B, 1dos:B, 5vjd:A, 5vjd:B, 5vje:A, 5vje:B, 1zen:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218