Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AYTTFSQTKNDQLKEPMFFGQPVNVARYDQQKYDIFEKLIEKQLSFFWRPEEVDVSRDRIDYQALPEHEKHIFISNLKYQ
TLLESIQGRSPNVALLPLISIPELETWVETWAFSETIHSRSYTHIIRNIVNDPSVVFDDIVTNEQIQKRAEGISSYYDEL
IEMTSYWHLLGEGTHTVNGKTVTVSLRELKKKLYLCLMSVNALEAIRFYVSFACSFAFAERELMEGNAKIIRLIARDEAL
HLTGTQHMLNLLRSGADDPEMAEIAEECKQECYDLFVQAAQQEKDWADYLFRDGSMIGLNKDILCQYVEYITNIRMQAVG
LDLPFNTRSNPIPWINTWLV

The query sequence (length=340) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6w4x:C 375 340 0.9912 0.8987 0.9912 0.0 7ai8:A, 7ai9:A, 2alx:A, 1av8:A, 1av8:B, 2av8:A, 2av8:B, 7bet:A, 1biq:A, 1biq:B, 5ci0:A, 5ci1:A, 5ci2:A, 5ci3:A, 5ci4:A, 5cns:E, 5cns:F, 5cns:G, 5cns:H, 5cnt:E, 5cnt:F, 5cnt:G, 5cnt:H, 5cnu:E, 5cnu:F, 5cnu:G, 5cnu:H, 5cnv:E, 5cnv:F, 5cnv:G, 5cnv:H, 4erm:E, 4erm:F, 4erm:G, 4erm:H, 4erp:E, 4erp:F, 4erp:G, 4erp:H, 1jpr:A, 1jpr:B, 1jqc:A, 1jqc:B, 1mrr:A, 1mrr:B, 1mxr:A, 1mxr:B, 1pfr:A, 1pfr:B, 1pim:A, 1pim:B, 1piu:A, 1piu:B, 1piy:A, 1piy:B, 1piz:A, 1piz:B, 1pj0:A, 1pj0:B, 1pj1:A, 1pj1:B, 1pm2:A, 1pm2:B, 1r65:A, 1r65:B, 1rib:A, 1rib:B, 1rnr:A, 1rnr:B, 1rsr:A, 1rsr:B, 1rsv:A, 1rsv:B, 3uus:E, 3uus:F, 3uus:G, 3uus:H, 6w4x:D, 1xik:A, 1xik:B, 2xof:A, 2xof:B, 1yfd:A, 1yfd:B
2 7mdi:E 353 340 0.8235 0.7932 0.8235 0.0 7mdi:G, 7mdi:F, 7mdi:H
3 6zjk:A 317 332 0.2265 0.2429 0.2319 2.72e-25 6zjk:C, 6zjk:D, 6zjk:B
4 7aik:A 321 341 0.2471 0.2617 0.2463 8.85e-23 7ail:A, 7q39:AAA, 7q3c:AAA
5 2rcc:C 311 321 0.2235 0.2444 0.2368 2.09e-20 2rcc:B
6 4d8f:B 334 293 0.2206 0.2246 0.2560 3.70e-18 2ani:A, 4d8f:A, 4d8f:C, 4d8f:D, 4d8g:A, 4d8g:B, 4d8g:C, 4d8g:D, 4m1i:A, 4m1i:B, 4m1i:C, 4m1i:D, 1syy:A
7 1oqu:C 302 303 0.2294 0.2583 0.2574 1.37e-16 3dhz:A, 3dhz:B, 1kgn:A, 1kgn:B, 1kgn:C, 1kgn:D, 1kgo:A, 1kgo:B, 1kgo:C, 1kgo:D, 1kgp:A, 1kgp:B, 1kgp:C, 1kgp:D, 3mjo:A, 3mjo:B, 1oqu:A, 1oqu:B, 1oqu:D
8 1uzr:B 288 310 0.2324 0.2743 0.2548 6.93e-16 1uzr:A, 1uzr:C
9 4bmq:A 300 306 0.2235 0.2533 0.2484 1.63e-15 4bmo:A, 4bmp:A, 4bmr:A, 4bmr:B, 4bmt:A, 4bmt:B, 4bmu:A, 4bmu:B, 6qo7:A, 6qo7:B, 6qo8:A, 6qo8:B, 6qo9:A, 6qo9:B, 6qob:A, 6qob:B, 6tqv:A, 6tqv:B, 6tqw:A, 6tqw:B, 6tqy:A, 6tqy:B, 6tqz:A, 6tqz:B, 7z3d:A, 7z3e:A
10 2bq1:I 294 285 0.2147 0.2483 0.2561 5.05e-14 2bq1:J, 1r2f:A, 1r2f:B, 2r2f:A, 2r2f:B
11 3n37:A 284 265 0.1912 0.2289 0.2453 3.31e-13 3n38:A, 3n39:B, 3n39:A, 3n3a:B, 3n3a:A, 3n3b:B, 3n3b:A
12 6y2n:A 306 292 0.1971 0.2190 0.2295 1.13e-12
13 1h0n:A 288 326 0.2176 0.2569 0.2270 3.39e-12 1h0o:A, 2uw2:A, 3vpm:A, 3vpm:B, 3vpn:A, 3vpn:B, 3vpo:A, 3vpo:B, 1w68:A, 1w69:A, 1xsm:A
14 4dr0:B 291 313 0.1941 0.2268 0.2109 3.61e-12 4dr0:A
15 6gp2:A 318 293 0.2088 0.2233 0.2423 5.68e-12 8bt4:A, 8bt4:B, 6gp2:B, 6gp3:A, 6gp3:B
16 4n83:A 285 302 0.2147 0.2561 0.2417 5.71e-11 4n83:B, 4n83:C, 4n83:D, 4n83:E, 4n83:F, 4n83:G, 4n83:H
17 1jk0:A 334 278 0.1912 0.1946 0.2338 2.40e-10
18 3hf1:B 286 324 0.2088 0.2483 0.2191 1.09e-09 3hf1:A, 2vux:A
19 7mms:D 320 292 0.2000 0.2125 0.2329 1.67e-09 6ebo:A, 6ebo:B, 6ebo:C, 6ebo:D, 6ebp:A, 6ebp:B, 6ebp:C, 6ebp:D, 6ebz:A, 6ebz:B, 6ebz:C, 6ebz:D, 7mmp:A, 7mmp:C, 7mmp:B, 7mmq:A, 7mmq:C, 7mmq:B, 7mmr:A, 7mmr:B, 7mmr:C, 7mmr:D, 7mms:A, 7mms:B, 7mms:C, 7mmw:A, 7mmw:B
20 2o1z:A 288 292 0.1971 0.2326 0.2295 1.36e-08 2o1z:B, 2p1i:A, 2p1i:B, 2p1i:C, 2p1i:D, 2p1i:E, 2p1i:F, 2p1i:G, 2p1i:H
21 2vux:B 255 302 0.2059 0.2745 0.2318 8.73e-08
22 8dq3:D 297 135 0.1000 0.1145 0.2519 0.002 8dq3:A, 8dq3:B, 8dq3:C
23 6qrz:A 274 222 0.1559 0.1934 0.2387 0.004
24 5olk:A 395 227 0.1324 0.1139 0.1982 0.093 5olk:B, 5olk:C, 5olk:D, 6sf5:A, 6sf5:B
25 4ac8:A 311 215 0.1412 0.1543 0.2233 0.23 4ac8:B, 4ac8:C, 4ac8:D, 3ee4:A
26 7qbp:A 291 33 0.0382 0.0447 0.3939 0.55
27 3cob:A 355 106 0.0853 0.0817 0.2736 0.85 3cob:C, 1sdm:A
28 7qbk:A 284 293 0.1588 0.1901 0.1843 1.1
29 8e2c:A 65 36 0.0471 0.2462 0.4444 1.3
30 3cnz:A 333 71 0.0676 0.0691 0.3239 1.4 3cnz:B
31 7nyx:A 1467 89 0.0618 0.0143 0.2360 2.4 7nyx:B, 7nyz:A, 7nyz:B, 7nz0:B, 7nz0:A, 7nz2:A3, 7nz2:B3, 7nz2:A4, 7nz2:B4, 7nz2:A1, 7nz2:B1, 7nz2:A2, 7nz2:B2, 7nz3:A1, 7nz3:B1, 7nz3:A2, 7nz3:B2
32 3cdx:A 329 40 0.0412 0.0426 0.3500 3.3 3cdx:B, 3cdx:C, 3cdx:D, 3cdx:E, 3cdx:F
33 4hgn:A 165 160 0.1206 0.2485 0.2562 4.6 4hgn:B, 4hgn:C, 4hgn:D
34 5mym:C 205 66 0.0618 0.1024 0.3182 5.4 4dw6:A, 5eyr:A, 5ezg:A, 5ezh:A, 5f04:A, 5f08:A, 5f0c:A, 5f0f:A, 5f0h:A, 5f1j:A, 5f27:A, 3g1l:A, 3g1m:A, 3g1o:A, 6hnx:A, 6hnz:A, 6ho0:A, 6ho1:A, 6ho2:A, 6ho3:A, 6ho4:A, 6ho5:A, 6ho6:A, 6ho7:A, 6ho8:A, 6ho9:A, 6hoa:A, 6hob:A, 6hoc:A, 6hod:A, 6hoe:A, 6hof:A, 5ioy:A, 5ioz:A, 5ip6:A, 5ipa:A, 5j1r:A, 5j1u:A, 5j1y:A, 5j3l:A, 4m3b:A, 4m3d:A, 4m3e:A, 4m3f:A, 4m3g:A, 5mwo:A, 5mxk:A, 5mxv:A, 5myl:A, 5mym:B, 5myn:A, 5myr:A, 5mys:A, 5myt:A, 5myw:A, 7ngd:A, 7ngg:C, 7ngi:A, 7ngj:A, 7ngk:A, 7ngm:A, 7ngn:A, 7ngo:A, 7ngr:A, 7ngs:A, 7ngt:A, 7ngu:A, 7ngw:A, 7ngx:A, 7ngy:A, 5nim:A, 5nio:A, 5niz:A, 5nj0:A, 5nz0:A, 5nz1:A, 5nz1:C, 5nz1:D, 3o8g:A, 3o8h:A, 3q0u:A, 3q0v:A, 3q0v:B, 3q0w:A, 3q3s:A, 6r1p:A, 6r1s:A, 3sdg:A, 3sfi:A, 3tp0:A, 1u9n:A, 1u9o:A, 1u9o:B
35 1gwm:A 153 30 0.0353 0.0784 0.4000 5.8 1gwl:A, 1oh3:A, 1oh3:B, 1w8t:A, 1w8u:A
36 8aih:A 184 62 0.0500 0.0924 0.2742 6.5 8aii:A, 9fyb:A, 9fyb:B
37 3h4s:A 359 71 0.0647 0.0613 0.3099 6.8 4frz:A, 4frz:B
38 8ejh:H 121 52 0.0471 0.1322 0.3077 9.8 8ejh:J, 8ejh:h, 7uov:F
39 3vb0:A 289 60 0.0529 0.0623 0.3000 9.9 3vb0:B, 3vb0:C, 3vb0:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218