Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AYTTFSQTKNDQLKEPMFFGQPVNVARYDQQKYDIFEKLIEKQLSFFWRPEEVDVSRDRIDYQALPEHEKHIFISNLKYQ
TLLDSIQGRSPNVALLPLISIPELETWVETWAFSETIHSRSYTHIIRNIVNDPSVVFDDIVTNEQIQKRAEGISSYYDEL
IEMTSYWHLLGEGTHTVNGKTVTVSLRELKKKLYLCLMSVNALEAIRFYVSFACSFAFAERELMEGNAKIIRLIARDEAL
HLTGTQHMLNLLRSGADDPEMAEIAEECKQECYDLFVQAAQQEKDWADYLFRDGSMIGLNKDILCQYVEYITNIRMQAVG
LDLPFQTRSNPIPWINTWLVSDNVQVAPQ

The query sequence (length=349) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6w4x:C 375 349 0.9971 0.9280 0.9971 0.0 7ai8:A, 7ai9:A, 2alx:A, 1av8:A, 1av8:B, 2av8:A, 2av8:B, 7bet:A, 1biq:A, 1biq:B, 5ci0:A, 5ci1:A, 5ci2:A, 5ci3:A, 5ci4:A, 5cns:E, 5cns:F, 5cns:G, 5cns:H, 5cnt:E, 5cnt:F, 5cnt:G, 5cnt:H, 5cnu:E, 5cnu:F, 5cnu:G, 5cnu:H, 5cnv:E, 5cnv:F, 5cnv:G, 5cnv:H, 4erm:E, 4erm:F, 4erm:G, 4erm:H, 4erp:E, 4erp:F, 4erp:G, 4erp:H, 1jpr:A, 1jpr:B, 1jqc:A, 1jqc:B, 1mrr:A, 1mrr:B, 1mxr:A, 1mxr:B, 1pfr:A, 1pfr:B, 1pim:A, 1pim:B, 1piu:A, 1piu:B, 1piy:A, 1piy:B, 1piz:A, 1piz:B, 1pj0:A, 1pj0:B, 1pj1:A, 1pj1:B, 1pm2:A, 1pm2:B, 1r65:A, 1r65:B, 1rib:A, 1rib:B, 1rnr:A, 1rnr:B, 1rsr:A, 1rsr:B, 1rsv:A, 1rsv:B, 3uus:E, 3uus:F, 3uus:G, 3uus:H, 6w4x:D, 1xik:A, 1xik:B, 2xof:A, 2xof:B, 1yfd:A, 1yfd:B
2 7mdi:E 353 345 0.8166 0.8074 0.8261 0.0 7mdi:G, 7mdi:F, 7mdi:H
3 6zjk:A 317 332 0.2235 0.2461 0.2349 1.95e-26 6zjk:C, 6zjk:D, 6zjk:B
4 7aik:A 321 341 0.2436 0.2648 0.2493 9.53e-24 7ail:A, 7q39:AAA, 7q3c:AAA
5 2rcc:C 311 321 0.2206 0.2476 0.2399 2.16e-21 2rcc:B
6 4d8f:B 334 293 0.2120 0.2216 0.2526 9.54e-18 2ani:A, 4d8f:A, 4d8f:C, 4d8f:D, 4d8g:A, 4d8g:B, 4d8g:C, 4d8g:D, 4m1i:A, 4m1i:B, 4m1i:C, 4m1i:D, 1syy:A
7 1oqu:C 302 301 0.2235 0.2583 0.2591 2.35e-17 3dhz:A, 3dhz:B, 1kgn:A, 1kgn:B, 1kgn:C, 1kgn:D, 1kgo:A, 1kgo:B, 1kgo:C, 1kgo:D, 1kgp:A, 1kgp:B, 1kgp:C, 1kgp:D, 3mjo:A, 3mjo:B, 1oqu:A, 1oqu:B, 1oqu:D
8 1uzr:B 288 310 0.2292 0.2778 0.2581 7.74e-17 1uzr:A, 1uzr:C
9 4bmq:A 300 306 0.2206 0.2567 0.2516 1.43e-16 4bmo:A, 4bmp:A, 4bmr:A, 4bmr:B, 4bmt:A, 4bmt:B, 4bmu:A, 4bmu:B, 6qo7:A, 6qo7:B, 6qo8:A, 6qo8:B, 6qo9:A, 6qo9:B, 6qob:A, 6qob:B, 6tqv:A, 6tqv:B, 6tqw:A, 6tqw:B, 6tqy:A, 6tqy:B, 6tqz:A, 6tqz:B, 7z3d:A, 7z3e:A
10 2bq1:I 294 285 0.2120 0.2517 0.2596 1.29e-14 2bq1:J, 1r2f:A, 1r2f:B, 2r2f:A, 2r2f:B
11 3n37:A 284 265 0.1891 0.2324 0.2491 9.95e-14 3n38:A, 3n39:B, 3n39:A, 3n3a:B, 3n3a:A, 3n3b:B, 3n3b:A
12 4dr0:B 291 313 0.1920 0.2302 0.2141 4.65e-13 4dr0:A
13 1h0n:A 288 326 0.2149 0.2604 0.2301 6.10e-13 1h0o:A, 2uw2:A, 3vpm:A, 3vpm:B, 3vpn:A, 3vpn:B, 3vpo:A, 3vpo:B, 1w68:A, 1w69:A, 1xsm:A
14 6gp2:A 318 293 0.2063 0.2264 0.2457 8.60e-13 8bt4:A, 8bt4:B, 6gp2:B, 6gp3:A, 6gp3:B
15 6y2n:A 306 291 0.1891 0.2157 0.2268 2.84e-12
16 4n83:A 285 302 0.2120 0.2596 0.2450 1.08e-11 4n83:B, 4n83:C, 4n83:D, 4n83:E, 4n83:F, 4n83:G, 4n83:H
17 3hf1:B 286 324 0.2092 0.2552 0.2253 5.22e-11 3hf1:A, 2vux:A
18 1jk0:A 334 278 0.1891 0.1976 0.2374 6.79e-11
19 7mms:D 320 292 0.1977 0.2156 0.2363 2.99e-10 6ebo:A, 6ebo:B, 6ebo:C, 6ebo:D, 6ebp:A, 6ebp:B, 6ebp:C, 6ebp:D, 6ebz:A, 6ebz:B, 6ebz:C, 6ebz:D, 7mmp:A, 7mmp:C, 7mmp:B, 7mmq:A, 7mmq:C, 7mmq:B, 7mmr:A, 7mmr:B, 7mmr:C, 7mmr:D, 7mms:A, 7mms:B, 7mms:C, 7mmw:A, 7mmw:B
20 2o1z:A 288 292 0.1948 0.2361 0.2329 1.53e-08 2o1z:B, 2p1i:A, 2p1i:B, 2p1i:C, 2p1i:D, 2p1i:E, 2p1i:F, 2p1i:G, 2p1i:H
21 2vux:B 255 299 0.1977 0.2706 0.2308 3.05e-08
22 8dq3:D 297 131 0.0946 0.1111 0.2519 0.004 8dq3:A, 8dq3:B, 8dq3:C
23 6qrz:A 274 222 0.1519 0.1934 0.2387 0.006
24 5olk:A 395 226 0.1289 0.1139 0.1991 0.12 5olk:B, 5olk:C, 5olk:D, 6sf5:A, 6sf5:B
25 3cob:A 355 107 0.0888 0.0873 0.2897 0.24 3cob:C, 1sdm:A
26 3cnz:A 333 72 0.0716 0.0751 0.3472 0.43 3cnz:B
27 7qbp:A 291 33 0.0372 0.0447 0.3939 0.54
28 4ac8:A 311 33 0.0344 0.0386 0.3636 0.57 4ac8:B, 4ac8:C, 4ac8:D, 3ee4:A
29 3h4s:A 359 72 0.0688 0.0669 0.3333 2.1 4frz:A, 4frz:B
30 8e2c:A 65 41 0.0458 0.2462 0.3902 2.4
31 7qbk:A 284 293 0.1519 0.1866 0.1809 3.1
32 7nyx:A 1467 89 0.0602 0.0143 0.2360 5.1 7nyx:B, 7nyz:A, 7nyz:B, 7nz0:B, 7nz0:A, 7nz2:A3, 7nz2:B3, 7nz2:A4, 7nz2:B4, 7nz2:A1, 7nz2:B1, 7nz2:A2, 7nz2:B2, 7nz3:A1, 7nz3:B1, 7nz3:A2, 7nz3:B2
33 4hgn:A 165 160 0.1175 0.2485 0.2562 5.4 4hgn:B, 4hgn:C, 4hgn:D
34 1gwm:A 153 30 0.0344 0.0784 0.4000 6.4 1gwl:A, 1oh3:A, 1oh3:B, 1w8t:A, 1w8u:A
35 8aih:A 184 62 0.0487 0.0924 0.2742 6.5 8aii:A, 9fyb:A, 9fyb:B
36 5mym:C 205 66 0.0602 0.1024 0.3182 7.2 4dw6:A, 5eyr:A, 5ezg:A, 5ezh:A, 5f04:A, 5f08:A, 5f0c:A, 5f0f:A, 5f0h:A, 5f1j:A, 5f27:A, 3g1l:A, 3g1m:A, 3g1o:A, 6hnx:A, 6hnz:A, 6ho0:A, 6ho1:A, 6ho2:A, 6ho3:A, 6ho4:A, 6ho5:A, 6ho6:A, 6ho7:A, 6ho8:A, 6ho9:A, 6hoa:A, 6hob:A, 6hoc:A, 6hod:A, 6hoe:A, 6hof:A, 5ioy:A, 5ioz:A, 5ip6:A, 5ipa:A, 5j1r:A, 5j1u:A, 5j1y:A, 5j3l:A, 4m3b:A, 4m3d:A, 4m3e:A, 4m3f:A, 4m3g:A, 5mwo:A, 5mxk:A, 5mxv:A, 5myl:A, 5mym:B, 5myn:A, 5myr:A, 5mys:A, 5myt:A, 5myw:A, 7ngd:A, 7ngg:C, 7ngi:A, 7ngj:A, 7ngk:A, 7ngm:A, 7ngn:A, 7ngo:A, 7ngr:A, 7ngs:A, 7ngt:A, 7ngu:A, 7ngw:A, 7ngx:A, 7ngy:A, 5nim:A, 5nio:A, 5niz:A, 5nj0:A, 5nz0:A, 5nz1:A, 5nz1:C, 5nz1:D, 3o8g:A, 3o8h:A, 3q0u:A, 3q0v:A, 3q0v:B, 3q0w:A, 3q3s:A, 6r1p:A, 6r1s:A, 3sdg:A, 3sfi:A, 3tp0:A, 1u9n:A, 1u9o:A, 1u9o:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218