Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AYEGEPHEIAENFKKQGNELYKAKRFKDARELYSKGLAVECEDKSINESLYANRAACELELKNYRRCIEDCSKALTINPK
NVKCYYRTSKAFFQLNKLEEAKSAATFANQRIDPENKSILNMLSVIDRKEQELKAKEEKQQREAQERENKKIMLESAMTL
RNITNIKTHSPVELLNEGKIRLEDPMDFESQLIYPALIMYPTQDEFDFVGEVSELTTVQELVDLVLEGPQERFKKEGKEN
FTPKKVLVFMETKAGGLIKAGKKLTFHDILKKESPDVPLFDNALKIYIVPKVESEGWISKWDKQKALERRSV

The query sequence (length=312) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6hft:A 312 312 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 6hpg:A 121 112 0.1282 0.3306 0.3571 7.08e-11 6hpg:B, 6hpg:C, 6hpg:D, 6hpg:E, 6hpg:F, 6q3q:A, 6q3q:B
3 7obe:A 480 92 0.1058 0.0688 0.3587 7.44e-11 7obe:B
4 6fdp:A 120 125 0.1282 0.3333 0.3200 4.42e-09 4cgw:B, 6fdt:A
5 4i2w:A 904 117 0.1250 0.0431 0.3333 8.26e-09 4i2z:A
6 4cgv:C 126 90 0.0994 0.2460 0.3444 5.64e-08 4cgv:D, 4cgv:A, 4cgv:B
7 3kd7:A 102 92 0.0897 0.2745 0.3043 3.10e-07 3kd7:B, 3kd7:C, 3kd7:D, 3kd7:E
8 3kd7:A 102 63 0.0609 0.1863 0.3016 0.11 3kd7:B, 3kd7:C, 3kd7:D, 3kd7:E
9 4cgw:A 115 89 0.0929 0.2522 0.3258 4.79e-07
10 5lyn:B 133 92 0.0994 0.2331 0.3370 1.94e-06 5lyn:A
11 1wao:1 471 92 0.0897 0.0594 0.3043 3.38e-06 2bug:A, 8gae:E, 8gft:E, 3h60:A, 3h60:B, 3h61:A, 3h61:D, 3h62:C, 3h62:B, 3h63:A, 3h63:C, 3h64:A, 3h64:D, 3h66:A, 3h66:B, 3h67:A, 3h67:D, 3h68:A, 3h68:D, 3h69:A, 3h69:D, 5hpe:A, 4ja7:A, 4ja9:A, 1s95:A, 1s95:B, 5ui1:A, 5ui1:B, 5ui1:C, 5ui1:D, 1wao:2, 1wao:3, 1wao:4, 5wg8:A, 4zvz:A, 4zvz:B, 4zvz:C, 4zvz:D, 4zx2:A
12 1elw:A 117 90 0.0897 0.2393 0.3111 9.85e-06 1elw:B
13 2c2l:A 281 92 0.0705 0.0783 0.2391 1.35e-05 2c2l:B, 2c2l:C, 2c2l:D, 6efk:B, 6efk:A, 8ehz:A, 8ehz:B, 8ei0:A, 8f14:A, 8f15:A, 8f15:B, 8f15:C, 8f16:A, 8f16:B, 8f17:A, 8f17:B, 8fyu:B, 8fyu:A, 8gck:B, 8gck:A, 6nsv:A, 6nsv:B, 3q47:B, 3q49:B, 3q4a:B, 8suv:A, 8suv:B, 8suv:C, 8suv:D, 7tb1:B, 7tb1:A
14 5njx:A 413 84 0.0833 0.0630 0.3095 1.64e-05 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
15 5l0y:C 150 127 0.0994 0.2067 0.2441 5.41e-05 5l0y:F, 5l0y:G, 5l0y:D, 5l0y:B
16 5l0y:C 150 41 0.0449 0.0933 0.3415 5.6 5l0y:F, 5l0y:G, 5l0y:D, 5l0y:B
17 1qz2:A 285 137 0.1218 0.1333 0.2774 1.15e-04 1qz2:B
18 5mgx:G 266 78 0.0833 0.0977 0.3333 2.58e-04 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
19 1elr:A 128 100 0.0962 0.2344 0.3000 3.02e-04 3esk:A, 3fwv:A, 3fwv:B
20 1elr:A 128 31 0.0385 0.0938 0.3871 4.0 3esk:A, 3fwv:A, 3fwv:B
21 1na0:B 119 92 0.0865 0.2269 0.2935 3.37e-04 1na3:A, 1na3:B
22 8chy:A 272 92 0.0865 0.0993 0.2935 0.003 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
23 8chy:A 272 92 0.0865 0.0993 0.2935 0.003 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
24 8chy:A 272 92 0.0865 0.0993 0.2935 0.003 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
25 8chy:A 272 92 0.0865 0.0993 0.2935 0.003 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
26 8chy:A 272 92 0.0865 0.0993 0.2935 0.003 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
27 8chy:A 272 92 0.0865 0.0993 0.2935 0.003 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
28 4j8f:A 551 97 0.0929 0.0526 0.2990 0.004 5aqw:A, 5aqx:A, 5aqy:A, 5aqz:A, 5ar0:A, 3atu:A, 3atv:A, 3ay9:A, 5bn8:A, 5bn9:A, 5bpl:A, 5bpm:A, 3d2f:B, 3d2f:D, 2e88:A, 2e8a:A, 7f4x:A, 7f4z:A, 7f50:A, 7fgm:A, 6fhk:A, 6fhk:B, 6g3r:A, 6g3s:A, 3gdq:A, 1hjo:A, 4io8:A, 3jxu:A, 7kw7:D, 5mkr:A, 5mks:A, 7q4r:A, 1s3x:A, 1xqs:C, 1xqs:D, 6zyi:A
29 3uq3:A 258 84 0.0801 0.0969 0.2976 0.028 3upv:A
30 3uq3:A 258 88 0.0833 0.1008 0.2955 0.067 3upv:A
31 3fp2:A 483 82 0.0737 0.0476 0.2805 0.032 3fp4:A, 3lca:A
32 3fp2:A 483 53 0.0481 0.0311 0.2830 1.1 3fp4:A, 3lca:A
33 4apo:B 154 153 0.1250 0.2532 0.2549 0.046 4aif:A, 4aif:B, 4apo:A
34 4cgu:A 112 70 0.0673 0.1875 0.3000 0.070 4cgq:A, 2l6j:A, 2lsv:A
35 8jib:E 661 36 0.0417 0.0197 0.3611 4.7 8ji8:A, 8ji8:B, 8ji8:C, 8ji8:D, 8jib:A, 8jib:B, 8jib:C, 8jib:D, 8jib:F, 8jib:G, 8jib:H, 8jib:I, 8jib:J, 8jib:K, 8jib:L
36 5fkv:A 1145 107 0.0865 0.0236 0.2523 5.0 5fkw:A, 4jom:A, 5m1s:A
37 6oon:A 785 51 0.0577 0.0229 0.3529 7.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218