Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AVVGIDLGTTNSCVAVMEGKQAKVLENAEGARTTPSVVAFTADGERLVGMPAKRQAVTNPNNTFYATKRLIGRRYDDPEV
QKDIKNVPFKIVRASNGDAWVEAHGKLYSPSQIGAFVLMKMKETAENYLGHTAKNAVITVPAYFNDSQRQATKDAGQISG
LNVLRVINEPTAAALAYGLDKSEDKVIAVYDLGGGTFDISILEIQKGVFEVKSTNGDTFLGGEDFDQALLRHIVKEFKRE
TGVDLTKDNMALQRVREAAEKAKCELSSSVQTDINLPYLTMDSSGPKHLNMKLTRAQFEGIVTDLIRRTIAPCQKAMQDA
EVSKSDIGEVILVGGMTRMPKVQQTVQDLFGRAPSKAVNPDEAVAIGAAIQGGVLA

The query sequence (length=376) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6p2u:A 379 376 0.9973 0.9894 0.9973 0.0 6nhk:A, 6nhk:B, 6pmt:A
2 7krw:A 608 379 0.6596 0.4079 0.6544 0.0 4b9q:A, 4b9q:B, 4b9q:C, 4b9q:D, 1dkx:A, 1dky:A, 1dky:B, 1dkz:A, 3dpo:B, 3dpo:A, 3dpp:A, 3dpp:B, 3dpq:B, 3dpq:A, 3dpq:F, 3dpq:E, 4e81:A, 4e81:B, 4ezn:A, 4ezn:B, 4ezo:A, 4ezo:B, 4ezp:A, 4ezp:B, 4ezq:A, 4ezr:A, 4ezs:A, 4ezt:A, 4ezu:A, 4ezv:A, 4ezv:B, 4ezw:A, 4ezw:B, 4ezw:C, 4ezw:D, 4ezx:A, 4ezx:B, 4ezy:A, 4ezz:A, 4f00:A, 4hy9:A, 4hy9:B, 4hyb:A, 4hyb:B, 7jmm:A, 4jn4:A, 4jn4:B, 4jne:A, 4jne:B, 7jn8:A, 7jn9:A, 7jne:A, 4jwc:A, 4jwc:B, 4jwd:B, 4jwd:A, 4jwe:A, 4jwe:B, 4jwi:A, 4jwi:B, 7ko2:A, 7ko2:B, 7ko2:C, 7ko2:D, 7krt:A, 7krt:B, 7krt:C, 7krt:D, 7kru:B, 7kru:A, 7krv:B, 7krv:A, 7krw:C, 7krw:B, 7krw:D, 7kzi:A, 7kzi:B, 7kzu:A, 7n46:A, 7n6j:A, 7n6k:A, 7n6l:A, 7n6m:A, 5nro:A, 5oow:A, 5oow:B, 1q5l:A, 3qnj:A, 3qnj:B, 4r5g:B, 4r5i:A, 4r5j:A, 4r5j:C, 4r5j:B, 4r5j:D, 4r5k:A, 4r5k:B, 7rax:A
3 2v7y:A 504 375 0.5771 0.4306 0.5787 3.59e-150
4 6asy:A 606 381 0.5612 0.3482 0.5538 4.96e-142 7a4v:A, 6asy:B, 6cz1:A, 6cz1:B, 6dfm:A, 6dfm:B, 6dfo:A, 6dfo:B, 6do2:A, 6do2:B, 6dws:A, 6dws:B, 5e84:A, 5e84:B, 5e84:C, 5e84:D, 5e84:E, 5e84:F, 6eoe:A, 6eof:A, 5evz:A, 5evz:B, 5ex5:A, 5ex5:B, 5exw:A, 5exw:B, 5ey4:A, 5ey4:B, 5f0x:A, 5f0x:B, 5f1x:A, 5f1x:B, 5f2r:A, 5f2r:B, 3iuc:A, 3iuc:C, 3ldl:A, 3ldl:B, 3ldo:A, 3ldo:B, 3ldp:A, 3ldp:B, 7n1r:A, 7n1r:B, 6zmd:A, 6zyh:A, 6zyh:B
5 3qfu:A 379 382 0.5372 0.5330 0.5288 3.98e-139
6 4rtf:D 349 374 0.5505 0.5931 0.5535 8.25e-137
7 3fe1:B 387 380 0.5479 0.5323 0.5421 9.09e-137 3fe1:A, 3fe1:C
8 3c7n:B 540 382 0.5426 0.3778 0.5340 2.89e-134 5aqf:A, 5aqf:C, 5aqg:A, 5aqg:C, 5aqg:E, 5aqh:A, 5aqi:A, 5aqi:C, 5aqj:A, 5aqj:C, 5aqj:E, 5aqk:A, 5aqn:A, 5aqn:C, 5aqn:E, 5aqo:A, 5aqo:C, 5aqo:E, 5aqp:A, 5aqp:C, 5aqp:E, 5aqq:A, 5aqq:C, 5aqq:E, 5aqr:A, 5aqr:C, 5aqr:E, 5aqs:A, 5aqs:C, 5aqt:A, 5aqu:A, 5aqv:A, 1atr:A, 1ats:A, 6b1i:A, 6b1i:B, 6b1m:B, 6b1m:A, 6b1n:A, 6b1n:B, 1ba0:A, 1ba1:A, 1bup:A, 2bup:A, 4fl9:A, 5fpd:A, 5fpd:B, 5fpe:A, 5fpe:B, 5fpm:A, 5fpm:B, 5fpn:A, 5fpn:B, 3fzf:A, 3fzh:A, 3fzk:A, 3fzl:A, 3fzm:A, 4h5n:A, 4h5n:B, 4h5r:A, 4h5r:B, 4h5t:A, 4h5v:A, 4h5w:A, 4h5w:B, 6h54:A, 1hpm:A, 3hsc:A, 3i33:A, 1kax:A, 1kay:A, 1kaz:A, 3ldq:A, 3m3z:A, 1nga:A, 1ngb:A, 1ngc:A, 1ngd:A, 1nge:A, 1ngf:A, 1ngg:A, 1ngh:A, 1ngi:A, 1ngj:A, 7o6r:A, 7odb:A, 7odd:A, 7odi:A, 7plk:A, 1qqm:A, 1qqn:A, 1qqo:A, 2qwl:A, 2qwl:B, 2qwm:A, 2qwm:B, 2qwn:A, 2qwo:A, 2qwp:A, 2qwq:A, 2qwr:A, 2v7z:A, 2v7z:B, 6zyj:A, 6zyj:B
9 7nqr:A 386 382 0.5319 0.5181 0.5236 3.61e-134 7nqr:B, 7nqs:A, 7nqs:B, 7nqu:A, 7nqu:B, 7nqz:A, 7nqz:B, 7ooe:A, 7ooe:B, 7oog:A, 7oog:B, 7ooh:A, 7ooh:B, 7p31:A, 7p31:B, 6rzq:A, 6rzq:B, 6s02:A, 6s02:B
10 7kw7:C 511 383 0.5319 0.3914 0.5222 2.21e-133
11 4j8f:A 551 383 0.5319 0.3630 0.5222 3.87e-133 5aqw:A, 5aqx:A, 5aqy:A, 5aqz:A, 5ar0:A, 3atu:A, 3atv:A, 3ay9:A, 5bn8:A, 5bn9:A, 5bpl:A, 5bpm:A, 3d2f:B, 3d2f:D, 2e88:A, 2e8a:A, 7f4x:A, 7f4z:A, 7f50:A, 7fgm:A, 6fhk:A, 6fhk:B, 6g3r:A, 6g3s:A, 3gdq:A, 1hjo:A, 4io8:A, 3jxu:A, 7kw7:D, 5mkr:A, 5mks:A, 7q4r:A, 1s3x:A, 1xqs:C, 1xqs:D, 6zyi:A
12 5umb:A 378 378 0.5186 0.5159 0.5159 8.99e-131 8d1p:A, 8d1q:A, 8d1s:A, 8d1w:A, 8d1y:A, 8d20:A, 8d22:A, 8d24:A, 5umb:B, 5umb:C, 5umb:D
13 3kvg:B 382 383 0.5293 0.5209 0.5196 1.13e-130 3kvg:A, 3l4i:A, 3l4i:B
14 5tky:A 597 382 0.5239 0.3300 0.5157 2.04e-126 5tky:B
15 5obv:A 520 377 0.5053 0.3654 0.5040 1.17e-121 5obu:A, 5obw:A, 5oby:A
16 6gfa:A 378 383 0.3670 0.3651 0.3603 4.63e-75
17 3d2e:A 629 378 0.3138 0.1876 0.3122 8.32e-59 3d2e:C, 3d2f:A, 3d2f:C, 2qxl:A, 2qxl:B
18 3c7n:A 649 378 0.3138 0.1818 0.3122 1.60e-58
19 6sr6:C 524 396 0.3138 0.2252 0.2980 5.00e-38 4gni:A, 4gni:B, 5mb9:B, 5mb9:A, 6sr6:A, 7z3n:D, 7z3o:D
20 1jcg:A 335 375 0.2473 0.2776 0.2480 3.83e-08
21 4czm:A 336 112 0.0798 0.0893 0.2679 2.13e-06 4czf:A, 4czg:A, 4czh:A, 4czj:A, 4czj:B, 4czk:A, 4czl:A, 4czm:B
22 8azg:M 328 240 0.1649 0.1890 0.2583 1.49e-04 8aam:M, 8ab4:M, 7zpu:M
23 3h1q:B 272 109 0.0824 0.1140 0.2844 0.007 3h1q:A
24 7e1g:A 332 249 0.1410 0.1596 0.2129 0.016 7e1c:A, 7e1g:B
25 7bvy:A 333 137 0.0904 0.1021 0.2482 0.031 7bvz:A
26 8v3o:A 471 102 0.0665 0.0531 0.2451 1.2 8v3p:A
27 8v3q:A 501 102 0.0665 0.0499 0.2451 1.4 8v3m:A, 8v3n:A, 8v3r:A, 8v3s:A, 8v4k:E, 8v4l:E, 8v4m:E
28 7t2r:B 425 34 0.0426 0.0376 0.4706 3.3 7t2r:G, 7t30:B, 7t30:G
29 3eqe:A 156 76 0.0452 0.1090 0.2237 4.6 3eqe:B, 4qm8:A, 4qm8:B, 4qm9:A, 4qm9:B
30 7q6i:B 383 241 0.1543 0.1514 0.2407 5.4 7q6f:A, 7q6f:B, 7q6i:A, 7q6i:C, 7q6i:E, 7q6i:F, 7q6i:G, 7q6i:H, 7q6i:I, 7q6i:J, 7q6i:K, 7q6i:L, 7q6i:M, 7q6i:N, 7q6i:O, 7q6i:P
31 3ff1:B 444 58 0.0479 0.0405 0.3103 6.0
32 7ojr:A 445 107 0.0718 0.0607 0.2523 6.5 7oml:A
33 6b0t:A 487 156 0.0851 0.0657 0.2051 7.0 6b0t:B, 6b0t:C, 6b0t:D, 6b0t:E, 6b0t:F, 6i0z:A, 6i0z:B, 6i10:A, 6i11:A, 6i12:A, 6i13:A, 6i14:A, 6i15:A, 6i16:A, 6i17:A, 6i18:A, 3p53:A, 3p53:B
34 1orb:A 293 90 0.0532 0.0683 0.2222 7.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218