Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AVKIGIIGGTGLDDPEILEGRTEKYVDTPFGKPSDALILGKIKNVDCVLLTIMPSKVNYQANIWALKEEGCTHVIVTTAC
GSLREEIQPGDIVIIDQFIDRTTMRPQSFYDGSHSCARGVCHIPMAEPFCPKTREVLIETAKKLGLRCHSKGTMVTIEGP
RFSSRAESFMFRTWGADVINMTTVPEVVLAKEAGICYASIAMATDYDCWKEHEEAVSVDRVLKTLKENANKAKSLLLTTI
PQIGSTEWSETLHNLKNMAQFSVLLP

The query sequence (length=266) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5tc5:A 286 273 1.0000 0.9301 0.9744 0.0 1cb0:A, 1cg6:A, 6dyz:A, 6dz0:A, 6dz2:A, 6dz2:B, 6dz2:C, 6dz3:A, 6dz3:B, 6dz3:C, 5eub:A, 1k27:A, 3ozc:A, 3ozd:A, 3ozd:B, 1sd1:A, 1sd2:A, 5tc5:B, 5tc5:C, 5tc6:A, 5tc7:A, 5tc8:A
2 5f7j:B 291 284 0.4887 0.4467 0.4577 2.99e-92 5f76:A, 5f76:B, 5f76:C, 5f77:A, 5f77:B, 5f77:C, 5f7j:A, 5f7j:D, 5f7j:E, 5f7o:A, 5f7o:B, 5f7x:A, 5f7x:B, 5f7x:C, 5fak:A, 5fak:B, 5fak:D, 5fak:E, 4l5a:A, 4l5a:C, 4l5a:B, 4l5a:D, 4l5a:E, 4l5a:F, 4l5c:A, 4l5c:B, 4l5c:C, 4l5c:D, 4l5c:E, 4l5c:F, 4l6i:A, 4l6i:B, 4l6i:D, 4l6i:E
3 3t94:A 270 248 0.4624 0.4556 0.4960 1.75e-71 2a8y:A, 2a8y:B, 2a8y:C, 2a8y:D, 2a8y:E, 2a8y:F, 2a8y:G, 2a8y:H, 2a8y:I, 2a8y:J, 2a8y:K, 2a8y:L, 3t94:B, 3t94:C, 3t94:D, 3t94:E, 3t94:F
4 9jd2:A 273 251 0.4173 0.4066 0.4422 4.68e-69 9jhv:A, 1wta:A
5 4glj:A 287 264 0.3985 0.3693 0.4015 1.10e-67
6 3ozb:A 241 235 0.2744 0.3029 0.3106 1.59e-33 3ozb:B, 3ozb:C, 3ozb:D, 3ozb:E, 3ozb:F
7 4m1e:B 273 257 0.2594 0.2527 0.2685 1.65e-21 4m1e:A, 4m1e:F, 4m1e:E, 4m1e:C, 4m1e:D
8 3lba:A 260 236 0.2519 0.2577 0.2839 7.57e-18
9 4lna:A 269 252 0.2444 0.2416 0.2579 8.45e-17
10 1a9o:A 289 265 0.2669 0.2457 0.2679 2.77e-16 1a9p:A, 1a9q:A, 1a9r:A, 1a9s:A, 1a9t:A, 2ai1:A, 2ai2:A, 2ai3:A, 1b8n:A, 1b8o:A, 3fuc:A, 3fuc:B, 3fuc:C, 1fxu:A, 1lv8:A, 1lv8:B, 1lv8:C, 1lv8:D, 1lv8:E, 1lv8:F, 1lvu:A, 1lvu:B, 1lvu:C, 1lvu:D, 1lvu:E, 1lvu:F, 2qpl:A, 1v48:A, 1vfn:A
11 4uc0:A 247 238 0.2481 0.2672 0.2773 3.25e-15
12 3d1v:A 288 197 0.2143 0.1979 0.2893 1.16e-14 2a0w:A, 2a0x:A, 2a0y:A, 3bgs:A, 4ear:A, 4ear:B, 4ear:C, 4eb8:A, 4eb8:B, 4eb8:C, 5etj:A, 5etj:B, 5etj:C, 5etj:D, 5etj:E, 5etj:F, 3gb9:A, 3gb9:B, 3gb9:C, 3ggs:A, 3ggs:B, 3ggs:C, 4gka:A, 4gka:B, 4gka:C, 4gka:D, 4gka:E, 4gka:F, 3iny:A, 3k8o:E, 3k8o:Q, 3k8o:S, 3k8o:T, 3k8o:U, 3k8o:Y, 3k8q:A, 2oc4:A, 2oc9:A, 2on6:A, 1pf7:E, 3phb:E, 3phb:Q, 3phb:S, 3phb:T, 3phb:U, 3phb:Y, 1pwy:E, 2q7o:E, 1rct:E, 1rfg:E, 1rr6:A, 1rsz:A, 1rt9:A, 5ugf:A, 5ugf:B, 5ugf:C, 5ugf:D, 5ugf:E, 5ugf:F, 1v2h:E, 1v3q:E, 1v41:E, 1v45:E, 1yry:E, 7zsl:A, 7zsl:B, 7zsl:C, 7zsl:D, 7zsl:E, 7zsl:F, 7zsm:A, 7zsn:A, 7zso:A, 7zso:B, 7zso:C, 7zsp:A
13 3khs:B 270 253 0.2368 0.2333 0.2490 3.21e-14 3khs:A, 3khs:C, 3khs:D
14 8swu:A 269 243 0.2331 0.2305 0.2551 6.06e-13 8swu:B, 8swu:C
15 8swt:A 278 217 0.2256 0.2158 0.2765 3.75e-12 8swt:B
16 3odg:A 273 245 0.2406 0.2344 0.2612 4.39e-12
17 7zsq:C 268 181 0.1692 0.1679 0.2486 1.30e-11 8c25:A, 8c25:B, 1g2o:A, 1g2o:B, 1g2o:C, 1i80:A, 1i80:B, 1i80:C, 3iom:A, 3iom:B, 3ix2:A, 3ix2:B, 3ix2:C, 1n3i:A, 1n3i:B, 1n3i:C, 3scz:A, 3scz:B, 7zsq:A, 7zsq:B, 7zsr:A, 7zsr:B, 7zsr:C
18 2p4s:A 282 168 0.1767 0.1667 0.2798 1.41e-11 2p4s:B, 2p4s:C
19 3e0q:C 285 163 0.1579 0.1474 0.2577 2.59e-11 3djf:A, 3djf:B, 3djf:C, 3e0q:A, 3e0q:B, 3e9r:B, 3e9z:A, 3e9z:C, 3f8w:A, 3f8w:B, 3f8w:C, 3faz:A, 3faz:B, 3faz:C, 3fb1:A, 3fb1:B, 3fb1:C, 3fnq:A, 3fnq:B, 3fnq:C, 3iex:A, 3iex:C, 1tcu:A, 1tcu:B, 1tcu:C, 1tcv:A, 1tcv:B, 1tcv:C, 1td1:A, 1td1:B, 1td1:C
20 8swq:B 278 145 0.1692 0.1619 0.3103 1.22e-10 8swp:B, 8swq:E, 8swr:B, 8sws:B
21 1yqq:A 273 143 0.1541 0.1502 0.2867 1.30e-10 1yqq:B, 1yqq:C, 1yqu:A, 1yqu:B, 1yqu:C, 1yr3:A, 1yr3:B, 1yr3:C, 1yr3:D, 1yr3:E, 1yr3:F
22 8swq:A 302 145 0.1617 0.1424 0.2966 1.64e-10 5ifk:A, 5ifk:B, 5ifk:C, 8swp:A, 8swp:D, 8swp:E, 8swq:D, 8swr:A, 8swr:D, 8sws:A, 8sws:D, 8sws:E
23 5ko6:A 285 243 0.2143 0.2000 0.2346 2.13e-08 6awe:A, 6axa:A, 6b2l:A, 6b37:A, 6b3l:A, 6b4q:A, 6b4t:A, 6b56:A, 6b6k:A, 6b71:A, 6b7i:A, 6bb7:A, 6bfv:A, 6bhb:A, 6bi1:A, 6bi9:A, 6bif:A, 6bj6:A, 6bj7:A, 5ko5:A, 5tbs:A, 5tbt:A, 5tbu:A, 5tbv:A
24 1c3x:A 266 136 0.1203 0.1203 0.2353 2.18e-06 1c3x:B, 1c3x:C, 1qe5:A, 1qe5:B, 1qe5:C
25 4nsn:A 273 146 0.1504 0.1465 0.2740 8.53e-06 4ns1:A, 4ns1:B, 4ns1:C, 4ns1:D, 4nsn:B, 4nsn:C
26 7kws:A 390 63 0.0752 0.0513 0.3175 0.25 7kws:B
27 6k8p:A 294 34 0.0451 0.0408 0.3529 0.35 6k5h:A, 6k5h:D, 6k5h:B, 6k5h:C, 6k5k:A, 6k5k:C, 6k5k:B, 6k5k:D, 6k8p:B, 6k8p:C, 6k8p:D
28 7q2a:B 352 41 0.0564 0.0426 0.3659 4.5 3lm4:A, 3lm4:B, 3lm4:C, 3lm4:D, 7q2a:A, 7q2a:C, 7q2a:D
29 8qby:B 148 50 0.0602 0.1081 0.3200 5.8
30 5uls:A 650 53 0.0526 0.0215 0.2642 6.0 6aol:A, 6aom:A, 6aom:B, 6asp:A, 6asp:B, 6asq:A, 6asq:B, 6baw:B, 6baw:A, 6baw:C, 6baw:D, 6c91:C, 6c91:B, 6cyi:A, 6d1x:A, 6d28:A, 2esa:A, 2exl:A, 2exl:B, 2fyp:A, 2fyp:B, 2gfd:A, 2gfd:B, 2gqp:A, 2gqp:B, 2h8m:A, 2h8m:B, 2hch:A, 2hch:B, 2hg1:A, 2hg1:B, 5in9:A, 5in9:B, 4nh9:A, 3o2f:A, 3o2f:B, 1qy8:A, 1qye:A, 1tbw:A, 1tc0:A, 1tc6:A, 5ttz:A, 5ttz:B, 1u0z:A, 1u0z:B, 1u2o:A, 1u2o:B, 5uls:B, 7ull:A, 7ull:B, 5wmt:A, 5wmt:B, 5wmt:C, 5wmt:D, 1ysz:A
31 2o1u:A 578 53 0.0526 0.0242 0.2642 7.1 2o1u:B, 2o1v:A, 2o1v:B, 1tbw:B, 1tc0:B, 1tc6:B, 1yt0:A
32 4mch:A 243 31 0.0414 0.0453 0.3548 8.3
33 3eue:A 295 40 0.0564 0.0508 0.3750 9.9 3euf:A, 3euf:B, 3euf:C, 3euf:D, 3nbq:A, 3nbq:B, 3nbq:C, 3nbq:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218