Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AVCPDGTRVSHAACCAFIPLAQDLQETIFQNECGEDAHEVIRLTFHDAIAISRSQGPKAGGGADGSMLLFPTVEPNFSAN
NGIDDSVNNLIPFMQKHNTISAADLVQFAGAVALSNCPGAPRLEFLAGRPNKTIAAVDGLIPEPQDSVTKILQRFEDAGG
FTPFEVVSLLASHSVARANKVDQTIDAAPFDSTPFTFDTQVFLEVLLKGVGFPGSANNTGEVASPLPLGSGSDTGEMRLQ
SDFALAHDPRTACIWQGFVNEQAFMAASFRAAMSKLAVLGHNRNSLIDCSDVVPVPKPATGQPAMFPASTGPQDLELSCP
SERFPTLTTQPGASQSLIAHCPDGSMSCPGVQFNGPA

The query sequence (length=357) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3m5q:A 357 357 0.9972 0.9972 0.9972 0.0 3m8m:A, 1mn1:A, 1mn2:A, 1mnp:A, 1yyd:A, 1yyg:A, 1yzp:A, 1yzr:A
2 4czo:A 367 361 0.7619 0.7411 0.7535 0.0 4czn:A, 4czp:A, 4czq:A, 4czr:A
3 3fjw:A 331 338 0.4986 0.5378 0.5266 5.85e-111 5abn:A, 5abo:A, 5abq:A, 4blk:A, 4bll:A, 4bln:A, 4blx:A, 4bly:A, 4blz:A, 4blz:B, 4bm0:A, 2boq:A, 4fcn:A, 4fcs:A, 4fdq:A, 4fef:A, 3fjw:B, 3fkg:A, 3fm1:A, 3fm4:A, 3fm6:A, 3fmu:A, 5fnb:A, 5fnb:B, 5fne:A, 4g05:A, 2vka:A, 2w23:A
4 8qwt:A 331 331 0.4874 0.5257 0.5257 1.09e-106
5 1qpa:B 344 340 0.4622 0.4797 0.4853 1.45e-102 1qpa:A
6 8qx0:A 335 338 0.4426 0.4716 0.4675 1.23e-99 8qwx:A
7 4bm1:A 337 342 0.4790 0.5074 0.5000 2.28e-98 4bm1:B, 4bm2:A, 4bm3:A, 4bm4:A
8 1b80:A 349 343 0.4566 0.4670 0.4752 6.34e-96 6a6q:A, 1b80:B, 1b82:A, 1b82:B, 1b85:A, 1b85:B, 6iss:A, 6iss:G, 1lga:A, 1lga:B, 1llp:A
9 3q3u:A 338 341 0.4622 0.4882 0.4839 1.13e-91
10 7oo5:A 331 332 0.4510 0.4864 0.4849 9.67e-89
11 1ly8:A 339 340 0.4174 0.4395 0.4382 1.14e-77 1arp:A, 1aru:A, 1arv:A, 1arw:A, 1arx:A, 1ary:A, 1c8i:A, 1ck6:A, 2e39:A, 2e3a:A, 2e3b:A, 1gza:A, 1gzb:A, 1h3j:A, 1h3j:B, 1hsr:A, 1ly8:B, 1ly9:A, 1ly9:B, 1lyc:A, 1lyc:B, 1lyk:A, 1lyk:B
12 2cl4:X 250 263 0.2045 0.2920 0.2776 1.33e-15 1apx:A, 1apx:B, 1apx:C, 1apx:D, 7bi1:A, 2ggn:X, 2ghc:X, 2ghd:X, 2ghe:X, 2ghh:X, 2ghk:X, 5jpr:A, 5jqr:A, 5l86:A, 5l86:B, 1oaf:A, 1oag:A, 7s10:A, 6tae:A, 1v0h:X, 2vcf:X, 2vcn:A, 2vcs:A, 2vnx:X, 2vnz:X, 2vo2:X, 2wd4:A, 2xi6:A, 2xif:A, 2xih:A, 2xj6:A, 6xv4:A, 2y6a:A, 2y6b:A, 3zcg:A, 3zch:A, 3zcy:A
13 8djr:A 250 259 0.1933 0.2760 0.2664 2.18e-14 8djs:A, 8djt:A, 8dju:A, 8djw:A, 8djx:A, 8ff6:A, 8ff6:B, 8ff6:C, 8ff6:D, 8ff6:E, 8ff6:F, 8ff7:A, 8ff7:B, 8ff7:C, 8ff7:D, 8ff7:E, 8ff7:F
14 7oqr:A 274 284 0.1905 0.2482 0.2394 1.97e-13 7opt:A, 7opt:B, 7oqr:B
15 6h08:B 297 242 0.1513 0.1818 0.2231 9.84e-09 1a2f:A, 1a2g:A, 4a6z:A, 4a71:A, 4a78:A, 4a7m:A, 1aa4:A, 1ac4:A, 1ac8:A, 1aeb:A, 1aed:A, 1aee:A, 1aef:A, 1aeg:A, 1aeh:A, 1aej:A, 1aek:A, 1aem:A, 1aen:A, 1aeo:A, 1aeq:A, 1aes:A, 1aet:A, 1aeu:A, 1aev:A, 2anz:A, 2aqd:A, 2as1:A, 2as2:A, 2as3:A, 2as4:A, 2as6:A, 2b0z:A, 2b10:A, 2b10:C, 2b11:A, 2b11:C, 2b12:A, 2bcn:A, 2bcn:C, 1bej:A, 1bek:A, 1bem:A, 1bep:A, 1beq:A, 1bes:A, 7biu:A, 1bj9:A, 1bva:A, 1cca:A, 1ccb:A, 1ccc:A, 1cce:A, 1ccg:A, 1cci:A, 1ccj:A, 1cck:A, 1ccl:A, 1ccp:A, 2ccp:A, 3ccp:A, 3ccx:A, 4ccp:A, 4ccx:A, 5ccp:A, 6ccp:A, 7ccp:A, 2cep:A, 5cib:A, 5cib:C, 5cic:A, 5cic:C, 5cid:A, 5cid:C, 5cie:A, 5cie:C, 5cif:A, 5cif:C, 5cig:A, 5cig:C, 5cih:A, 5cih:C, 1cmp:A, 1cmq:A, 1cmt:A, 1cmu:A, 1cpd:A, 1cpe:A, 1cpf:A, 1cpg:A, 4cvi:A, 4cvj:A, 1cyf:A, 2cyp:A, 5d6m:A, 1dcc:A, 1dj1:A, 1dj5:A, 1ds4:A, 1dse:A, 1dsg:A, 1dso:A, 1dsp:A, 3e2n:A, 3e2o:A, 1ebe:A, 5ejt:A, 5ejx:A, 2eun:A, 2euo:A, 2eup:A, 2euq:A, 2eur:A, 2eus:A, 2eut:A, 2euu:A, 3exb:A, 2gb8:A, 6h08:A, 6h08:C, 2ia8:A, 2icv:A, 4jb4:A, 4jb4:C, 1jci:A, 1jdr:A, 4jm5:A, 4jm6:A, 4jm8:A, 4jm9:A, 4jma:A, 4jmb:A, 4jms:A, 4jmt:A, 4jmv:A, 4jmw:A, 4jmz:A, 4jn0:A, 4jpl:A, 4jpt:A, 4jpu:A, 4jqj:A, 4jqk:A, 4jqm:A, 4jqn:A, 2jti:A, 1kok:A, 1krj:A, 1kxm:A, 1kxn:A, 3m23:A, 3m25:A, 3m26:A, 3m27:A, 3m28:A, 3m29:A, 3m2a:A, 3m2b:A, 3m2c:A, 3m2d:A, 3m2e:A, 3m2f:A, 3m2g:A, 3m2h:A, 3m2i:A, 1mk8:A, 1mkq:A, 1mkr:A, 1ml2:A, 2n18:A, 4nfg:A, 4nva:A, 4nvb:A, 4nvc:A, 4nvd:A, 4nve:A, 4nvf:A, 4nvg:B, 4nvh:B, 4nvi:B, 4nvj:B, 4nvk:B, 4nvl:A, 4nvm:B, 4nvn:B, 4nvo:B, 4oq7:A, 4p4q:A, 4p4q:C, 6p41:A, 6p41:C, 6p42:A, 6p42:C, 6p43:A, 6p43:C, 2pcb:A, 2pcb:C, 2pcc:A, 2pcc:C, 3r98:A, 3r99:A, 2rbt:X, 2rbu:X, 2rbv:X, 2rbw:X, 2rbx:X, 2rby:X, 2rbz:X, 2rc0:X, 2rc1:X, 2rc2:X, 1ryc:A, 1s6v:A, 1s6v:C, 1s73:A, 1sbm:A, 1sdq:A, 1sog:A, 1stq:A, 5u5u:A, 5u5v:A, 5u5w:A, 5u5x:A, 5u5y:A, 5u5z:A, 5u60:A, 5u61:A, 1u74:A, 1u74:C, 1u75:A, 1u75:C, 5ug2:A, 2v23:A, 2v2e:A, 2x07:A, 2x08:A, 2xil:A, 2xj5:A, 2xj8:A, 4xv4:A, 4xv5:A, 4xv6:A, 4xv7:A, 4xv8:A, 4xva:A, 4xva:C, 4xva:E, 4xva:G, 6y1t:A, 6y2y:A, 2y5a:A, 2ycg:A, 1z53:A, 1zby:A, 1zbz:A
16 4ged:A 268 271 0.1933 0.2575 0.2546 2.59e-08 5al9:A, 5ala:A, 5ala:B, 5amm:A, 5amm:B, 3riv:A, 3riv:B, 3riw:A, 3riw:B
17 3wnu:A 710 119 0.0980 0.0493 0.2941 0.001 4pae:A, 1ub2:A, 3wxo:A, 3x16:A
18 1sch:A 294 160 0.1176 0.1429 0.2625 0.22 1sch:B
19 5via:A 278 138 0.0980 0.1259 0.2536 0.23
20 3ewd:A 364 96 0.0588 0.0577 0.2188 0.29 3ewc:A, 2pgf:A, 2pgr:A, 2qvn:A
21 5jhx:A 735 53 0.0588 0.0286 0.3962 0.51 5cjh:A, 5cjh:B, 5jhx:B, 5jhy:A, 5jhy:B, 5jhz:A, 5jhz:B, 3ut2:A, 3ut2:B
22 3zdr:A 403 164 0.1092 0.0968 0.2378 1.7
23 7jz6:B 662 53 0.0616 0.0332 0.4151 2.1 7jz6:A, 7jz6:C, 7jz6:D
24 8oki:A 901 82 0.0588 0.0233 0.2561 5.9 8cro:A, 8orq:A, 8p2i:A, 8rbo:A
25 6kpb:C 378 38 0.0364 0.0344 0.3421 7.2 6kpd:C
26 3qqc:A 381 79 0.0532 0.0499 0.2405 9.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218