Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AVASGSGEPREEAGALGPAWDESQLRSYSFPTRPIPRLSQSDPRAEELIENEEPVVLTDTNLVYPALKWDLEYLQENIGN
GDFSVYSASTHKFLYYDEKKMANFQNFKPRSNREEMKFHEFVEKLQDIQQRGGEERLYLQQTLNDTVGRKIVMDFLGFNW
NWINKQQGKRGWGQLTSNLLLIGMEGNVTPAHYEEQQNFFAQIKGYKRCILFPPDQFECLYPYPVHHPCDRQSQVDFDNP
DYERFPNFQNVVGYETVVGPGDVLYIPMYWWHHIESLLNGGITITVNFWYKGAPTPKRIEYPLKAHQKVAIMRNIEKMLG
EALGNPQEVGPLLNTMIKGRYN

The query sequence (length=342) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4b7e:A 349 342 0.9971 0.9771 0.9971 0.0 7a1j:A, 7a1k:A, 7a1l:A, 7a1m:A, 7a1n:A, 7a1o:A, 7a1p:A, 7a1q:A, 7a1s:A, 4ai8:A, 4b7k:A, 4bio:A, 2cgn:A, 2cgo:A, 3d8c:A, 1h2k:A, 1h2l:A, 1h2m:A, 1h2n:A, 6h9j:A, 6ha6:A, 6hc8:A, 6hkp:A, 6hl5:A, 6hl6:A, 8ihz:A, 8ii0:A, 2ilm:A, 4jaa:A, 5jwk:A, 5jwl:A, 5jwp:A, 8k71:A, 8k72:A, 8k73:A, 3kcx:A, 3kcy:A, 1mze:A, 1mzf:A, 4nr1:A, 3od4:A, 5op6:A, 5op8:A, 5opc:A, 3p3n:A, 3p3p:A, 6ruj:A, 2w0x:A, 2wa3:A, 2wa4:A, 2xum:A, 2y0i:A, 1yci:A, 2yc0:A, 2yde:A, 4z1v:A, 4z2w:A
2 6f4n:B 243 264 0.2047 0.2881 0.2652 3.36e-20 4aap:A, 4aap:B, 6avs:A, 6ax3:A, 7dyt:A, 7dyu:A, 7dyv:A, 7dyw:A, 7dyx:A, 6f4n:A, 6f4o:A, 6f4p:A, 6f4q:A, 6f4r:A, 6f4s:A, 6f4t:A, 5fbj:A, 4gjy:A, 4gjz:A, 6i9l:A, 6i9m:A, 6i9n:A, 4qu1:A, 7uq3:A, 3uyj:A, 3uyj:B
3 7yxg:A 313 277 0.2222 0.2428 0.2744 1.56e-14 7yxg:B, 7yxh:A, 7yxh:B, 7yxi:A, 7yxi:B, 7yxj:A, 7yxj:B, 7yxj:C, 7yxj:D, 7yxk:A, 7yxk:B, 7yxl:A, 7yxl:B
4 3al5:B 311 278 0.2047 0.2251 0.2518 4.24e-14 3al5:D, 3al6:B, 3al6:D
5 4qsz:A 686 288 0.1901 0.0948 0.2257 5.63e-10 8j25:A, 8j2p:E, 8j2p:A, 4kyc:A, 4qsz:B, 4qu2:A, 4qu2:B
6 5nfn:B 318 274 0.1871 0.2013 0.2336 9.11e-10 5nfn:A, 5nfn:C, 5nfn:D, 5nfo:A, 5nfo:B
7 6mev:A 341 95 0.0789 0.0792 0.2842 0.26 6gdy:A, 6gdy:B, 3ld8:A, 3ldb:A, 6mev:B, 6mev:C, 6mev:D, 6mev:E, 6mev:F, 6mev:G, 6mev:H
8 1vrb:C 298 117 0.0906 0.1040 0.2650 0.37
9 3k5s:A 217 84 0.0643 0.1014 0.2619 1.2 3k5s:B, 3k6i:A
10 5z99:A 485 74 0.0585 0.0412 0.2703 2.2 5yyb:A, 5yyb:B
11 4bxf:A 425 103 0.0702 0.0565 0.2330 2.2 4bxf:B
12 7zcc:B 326 124 0.0965 0.1012 0.2661 2.7 1vrb:A, 1vrb:B, 1vrb:D, 7zcc:A, 7zcc:C, 7zcc:D
13 1r0l:B 379 15 0.0292 0.0264 0.6667 2.9 1r0l:A, 1r0l:C, 1r0l:D
14 2f8j:A 335 84 0.0643 0.0657 0.2619 3.2 2f8j:B, 2f8j:C, 2f8j:D, 1h1c:A, 1h1c:B, 1h1c:C, 1h1c:D, 1uu0:A, 1uu0:B, 1uu0:C, 1uu0:D, 1uu1:A, 1uu1:B, 1uu1:C, 1uu1:D, 1uu2:A, 1uu2:B
15 6sga:F8 513 33 0.0322 0.0214 0.3333 6.0 6sgb:F8
16 1cxa:A 124 24 0.0380 0.1048 0.5417 6.9 1cxc:A, 2cxb:A, 2cxb:B, 1l9b:C, 1l9j:C, 1l9j:D
17 4y3o:B 461 153 0.1053 0.0781 0.2353 7.9 4cck:A, 4cck:B, 4cck:C, 4cck:D, 4ccm:A, 4ccm:B, 4ccn:A, 4ccn:B, 4cco:A, 4cco:B, 4diq:A, 4diq:B, 4e4h:A, 4e4h:B, 4e4h:C, 4e4h:D, 4y3o:A
18 5wvu:A 510 81 0.0673 0.0451 0.2840 8.3 5wvu:B, 5wvu:C
19 3wl4:A 267 83 0.0585 0.0749 0.2410 8.8 3wl4:B, 4xm0:A, 4xm0:B, 4xm0:C, 4xm0:D, 4xm0:E, 4xm0:F, 4xm1:A, 4xm1:B, 4xm1:C, 4xm1:D, 4xm1:E, 4xm1:F, 4xm2:A, 4xm2:B, 4xm2:C, 4xm2:D, 4xm2:E, 4xm2:F
20 2b9s:A 426 56 0.0497 0.0399 0.3036 9.4
21 1jrf:A 47 37 0.0409 0.2979 0.3784 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218