Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ATNVKAMKYLIEHYFDNFKVDSIEIIGSGYDSVAYLVNNEYIFKTKFKKKGYAKEKAIYNFLNTNLETNVKIPNIEYSYI
SDELSILGYKEIKGTFLTPEIYSTMSEEEQNLLKRDIASFLRQMHGLDYTDISECTIDNKQNVLEEYILLRETIYNDLTD
IEKDYIESFMERLNATTVFEGKKCLCHNDFSCNHLLLDGNNRLTGIIDFGDSGIIDEYCDFIYLLEDSEEEIGTNFGEDI
LRMYGNIDIEKAKEYQDIVEEYYPIETIVYGIKNIKQEFIENGRKEIYKRTY

The query sequence (length=292) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5iqc:A 301 295 1.0000 0.9701 0.9898 0.0 5byl:A, 5byl:B, 5byl:C, 5byl:D, 6c5u:A, 6c5u:B, 6c5u:C, 6c5u:D, 6cav:A, 6cav:B, 6cav:C, 6cav:D, 6cey:A, 6cey:B, 6cey:C, 6cey:D, 6cgd:A, 6cgd:B, 6cgd:C, 6cgd:D, 6cgg:A, 6cgg:B, 6cgg:C, 6cgg:D, 6ch4:A, 6ch4:B, 6ch4:C, 6ch4:D, 5iqa:A, 5iqa:B, 5iqa:C, 5iqa:D, 5iqb:A, 5iqb:B, 5iqb:C, 5iqb:D, 5iqc:B, 5iqc:C, 5iqc:D, 5iqd:A, 5iqd:B, 5iqd:C, 5iqd:D, 5iqe:A, 5iqe:B, 5iqe:C, 5iqe:D, 5iqf:A, 5iqf:B, 5iqf:C, 5iqf:D, 5iqg:A, 5iqg:B, 5iqg:C, 5iqg:D, 5iqh:A, 5iqh:B, 5iqh:C, 5iqh:D, 5iqi:A, 5iqi:B, 5iqi:C, 5iqi:D, 4ork:A, 4ork:B, 4ork:C, 4ork:D
2 3ham:A 299 288 0.3116 0.3043 0.3160 1.17e-34 4dca:A, 3ham:B, 3hav:A, 3hav:B, 3hav:C, 3uzr:A
3 4dfb:B 301 286 0.3082 0.2990 0.3147 4.35e-32 5c4k:A, 5c4l:A, 5c4l:B, 6cd7:B, 4dfb:A, 4dfu:A, 4dfu:B, 4dt8:A, 4dt8:B, 4dt9:A, 4dt9:B, 4dta:A, 4dta:B, 4dtb:A, 4dtb:B, 4n57:A, 4n57:B, 3sg8:A, 3sg8:B, 3sg9:A, 3sg9:B
4 3tdw:A 302 289 0.2466 0.2384 0.2491 1.84e-20 6ctz:A, 3tdv:A, 3tdv:B
5 1nd4:A 255 134 0.1130 0.1294 0.2463 1.57e-04 1nd4:B
6 4gki:A 272 157 0.1267 0.1360 0.2357 5.46e-04 4ej7:A, 4ej7:B, 4ej7:C, 4feu:A, 4feu:B, 4feu:C, 4feu:D, 4feu:E, 4feu:F, 4fev:A, 4fev:B, 4fev:C, 4fev:D, 4fev:E, 4fev:F, 4few:A, 4few:B, 4few:C, 4few:D, 4few:E, 4few:F, 4fex:A, 4fex:B, 4fex:C, 4fex:D, 4fex:E, 4gkh:A, 4gkh:B, 4gkh:C, 4gkh:D, 4gkh:E, 4gkh:F, 4gkh:G, 4gkh:H, 4gkh:I, 4gkh:J, 4gkh:K, 4gkh:L, 4gki:B, 4gki:C, 4gki:D, 4gki:E, 4gki:F, 4gki:G, 4gki:H, 4gki:I, 4gki:J, 4gki:K, 4gki:L
7 5uxa:A 301 55 0.0548 0.0532 0.2909 0.001 5igv:A, 5igw:A, 5igy:A, 5igz:A, 5ih0:A, 5ih1:A, 5iwu:A
8 3csv:A 322 114 0.1130 0.1025 0.2895 0.015
9 5igi:A 300 109 0.0651 0.0633 0.1743 0.023 5igj:A, 5igp:A, 5igr:A, 5igs:A, 5igt:A
10 7s3l:A 254 156 0.1370 0.1575 0.2564 0.030
11 6fux:A 267 84 0.0788 0.0861 0.2738 0.041
12 7xfz:H 234 183 0.1336 0.1667 0.2131 0.045 7xg0:H, 7xg2:H, 7xg3:H, 7xg4:H
13 6td3:B 333 53 0.0582 0.0511 0.3208 0.28 5acb:C, 5acb:D, 6b3e:A, 6b3e:C, 8bu1:B, 8bu1:E, 8bu1:H, 8bu2:B, 8bu2:E, 8bu2:H, 8bu3:B, 8bu3:E, 8bu3:H, 8bu4:B, 8bu4:E, 8bu4:H, 8bu5:B, 8bu5:E, 8bu5:H, 8bu6:H, 8bu6:E, 8bu6:B, 8bu7:B, 8bu7:E, 8bu7:H, 8bu9:B, 8bu9:E, 8bu9:H, 8bua:B, 8bua:E, 8bua:H, 8bub:B, 8bub:E, 8bub:H, 8buc:B, 8buc:E, 8buc:H, 8bud:B, 8bud:E, 8bud:H, 8bue:B, 8bue:E, 8bue:H, 8buf:B, 8buf:E, 8buf:H, 8bug:B, 8bug:E, 8bug:H, 8buh:B, 8buh:E, 8buh:H, 8bui:B, 8bui:E, 8bui:H, 8buj:B, 8buj:E, 8buj:H, 8buk:B, 8buk:E, 8buk:H, 8bul:B, 8bul:E, 8bul:H, 8bum:B, 8bum:E, 8bum:H, 8bun:B, 8bun:E, 8bun:H, 8buo:B, 8buo:E, 8buo:H, 8bup:B, 8bup:E, 8bup:H, 8buq:B, 8buq:E, 8buq:H, 8bur:E, 8bur:B, 8bur:H, 8bus:E, 8bus:B, 8bus:H, 8but:B, 8but:E, 8but:H, 6ckx:A, 6ckx:C, 4cxa:A, 4nst:A, 4nst:C, 7nxk:A, 7nxk:C, 8p81:A, 6td3:E, 6td3:H
14 2b0q:A 263 177 0.1438 0.1597 0.2373 0.34 2bkk:A, 2bkk:C, 1j7l:A, 1j7l:B, 1j7u:A, 1j7u:B, 1l8t:A, 3q2j:A, 3q2j:B, 3tm0:A
15 3lft:A 295 82 0.0616 0.0610 0.2195 0.43 3lft:B
16 7sxf:A 340 78 0.0651 0.0559 0.2436 0.51 7sxg:A
17 5efq:C 326 63 0.0719 0.0644 0.3333 0.73 5efq:A, 7nxj:A, 7nxj:C
18 2pml:X 340 40 0.0479 0.0412 0.3500 0.94 2pmn:X, 2pmo:X
19 5u9c:A 288 75 0.0685 0.0694 0.2667 1.4 5u9c:C
20 7w15:A 294 36 0.0377 0.0374 0.3056 1.9 7w15:B, 7w19:A, 7w19:B, 7w1a:B, 7w1a:A
21 6xxy:A 358 41 0.0616 0.0503 0.4390 1.9 6xxy:B
22 1j1b:B 364 48 0.0445 0.0357 0.2708 2.2 4acc:A, 4acc:B, 4acd:A, 4acd:B, 4acg:A, 4acg:B, 4ach:A, 4ach:B, 6ae3:A, 6ae3:B, 4afj:A, 4afj:B, 8auz:A, 8auz:B, 8av1:A, 8av1:B, 7b6f:A, 4b7t:A, 6b8j:A, 8djc:A, 8djc:B, 8djd:A, 8djd:B, 8dje:A, 8dje:B, 3du8:A, 3du8:B, 3f7z:A, 3f7z:B, 3f88:A, 3f88:B, 5f94:A, 5f94:B, 5f95:A, 5f95:B, 8ff8:A, 8ff8:B, 3gb2:A, 6gjo:A, 6gjo:B, 1gng:A, 1gng:B, 6gn1:B, 6gn1:A, 6h0u:A, 6h0u:B, 6hk3:A, 6hk3:B, 6hk4:A, 6hk4:B, 6hk7:A, 5hln:A, 5hln:B, 5hlp:A, 5hlp:B, 1i09:B, 3i4b:A, 3i4b:B, 4iq6:B, 1j1b:A, 1j1c:A, 1j1c:B, 4j1r:A, 4j1r:B, 4j1r:C, 4j1r:D, 4j71:A, 4j71:B, 2jld:A, 2jld:B, 5k5n:A, 5k5n:B, 5kpk:A, 5kpk:B, 5kpl:A, 5kpl:B, 5kpm:A, 5kpm:B, 3l1s:B, 3m1s:A, 3m1s:B, 4nm0:A, 4nm3:A, 4nm5:A, 4nm7:A, 4nu1:A, 2o5k:A, 1o9u:A, 2ow3:A, 2ow3:B, 5oy4:A, 5oy4:B, 7oy5:A, 7oy5:B, 4ptc:A, 4ptc:B, 4pte:A, 4pte:B, 4ptg:A, 4ptg:B, 3pup:A, 3pup:B, 1pyx:A, 1pyx:B, 1q3d:A, 1q3d:B, 1q3w:A, 1q3w:B, 3q3b:A, 3q3b:B, 1q41:A, 1q41:B, 1q4l:A, 1q4l:B, 1q5k:A, 1q5k:B, 8qji:A, 1r0e:A, 1r0e:B, 3say:A, 3say:B, 3sd0:A, 3sd0:B, 7sxh:A, 7sxj:A, 5t31:A, 5t31:B, 6tcu:A, 7u2z:A, 7u2z:B, 7u31:A, 7u31:B, 7u33:A, 7u33:B, 7u36:A, 7u36:B, 1uv5:A, 6v6l:A, 8vme:A, 8vmf:A, 8vmg:A, 8xn6:A, 8xn6:B, 6y9r:A, 6y9s:A, 6y9s:B, 7z1f:A, 7z1f:B, 7z1g:A, 3zdi:A, 3zrk:A, 3zrk:B, 3zrl:A, 3zrl:B, 3zrm:A, 3zrm:B
23 1i09:A 338 48 0.0445 0.0385 0.2708 2.3 4dit:A, 4iq6:A, 3l1s:A
24 5ltx:A 243 73 0.0651 0.0782 0.2603 2.6 5ltx:B, 5t65:A, 5t65:B, 5t7m:A, 5t7m:B
25 5uv4:A 290 54 0.0582 0.0586 0.3148 3.7
26 2o36:A 654 25 0.0274 0.0122 0.3200 4.9 1s4b:P
27 5gan:B 1781 93 0.0788 0.0129 0.2473 5.0 4bgd:A, 5gao:B, 5gap:B, 5nrl:B, 5zwm:D, 5zwo:D
28 7nz2:D2 431 140 0.1130 0.0766 0.2357 5.1 7nyw:C, 7nyx:C, 7nyz:C, 7nz0:C, 7nz2:D1, 7nz2:C1, 7nz2:C2, 7nz3:C1, 7nz3:C2
29 7v3x:T 415 86 0.0856 0.0602 0.2907 5.3
30 3gc0:A 278 53 0.0582 0.0612 0.3208 6.3
31 5aj4:B1 244 44 0.0445 0.0533 0.2955 7.8 4ce4:1, 6gaw:B1, 6gb2:B1, 7nqh:B1, 7nql:B1, 7nsh:B1, 7nsi:B1, 7nsj:B1, 8oin:BE, 8oiq:BE, 4v19:1, 6ydp:B1, 6ydw:B1
32 7oox:A 285 204 0.1575 0.1614 0.2255 8.0 4a7c:A, 3a99:A, 8afr:A, 4alu:A, 4alv:A, 4alw:A, 4as0:A, 6ayd:A, 3bgp:A, 3bgq:A, 3bgz:A, 2bik:B, 2bil:B, 6bsk:A, 3bwf:A, 2bzh:B, 2bzi:B, 2bzj:A, 2bzk:B, 4bzn:A, 4bzo:A, 2c3i:B, 3c4e:A, 3c4e:B, 3c4e:C, 3c4e:D, 3cxw:A, 3cy2:A, 3cy3:A, 3dcv:A, 5dgz:A, 5dhj:A, 5dia:A, 4dtk:A, 5dwr:A, 4enx:A, 4eny:A, 5eol:A, 3f2a:A, 4gw8:A, 4i41:A, 4iaa:A, 5iis:A, 5ipj:A, 2j2i:B, 3jpv:A, 3jxw:A, 4jx7:A, 3jy0:A, 3jya:A, 4k0y:A, 4k18:A, 4k1b:A, 5kcx:A, 5kgd:A, 5kge:A, 5kgg:A, 5kgi:A, 5kgk:A, 5kzi:A, 6kzi:A, 6l11:A, 6l12:A, 6l13:A, 6l14:A, 6l15:A, 6l16:A, 6l17:A, 4ll5:A, 4lm5:A, 4lmu:A, 3ma3:A, 4mbi:A, 4mbl:A, 4mta:A, 6mt0:A, 5mzl:A, 5n4n:A, 5n4o:A, 5n4r:A, 5n4u:A, 5n4v:A, 5n4x:A, 5n4y:A, 5n4z:A, 5n50:A, 5n51:A, 5n52:A, 5n5l:A, 5n5m:A, 4n6y:A, 4n6z:A, 4n70:A, 5ndt:A, 6no8:A, 6no9:A, 5o11:A, 5o12:A, 5o13:A, 2o3p:A, 2o63:A, 2o64:A, 2o65:A, 2obj:A, 2oi4:X, 7oov:A, 7oow:A, 6pcw:A, 6pdi:A, 6pdn:A, 6pdo:A, 6pdp:A, 7qb2:A, 3qf9:A, 7qfm:A, 6qxk:B, 3r00:A, 3r01:A, 3r02:A, 3r04:A, 8r10:A, 8r18:A, 8r1n:A, 8r1p:A, 8r1t:A, 4rbl:A, 4rc2:A, 4rc3:A, 4rc4:A, 4rpv:A, 3t9i:A, 5tel:A, 5tex:A, 5toe:A, 5tur:A, 4ty1:A, 3uix:A, 3umw:A, 3umx:A, 5v80:A, 5v82:A, 3vbq:A, 3vbt:A, 3vbv:A, 3vbw:A, 3vbx:A, 3vby:A, 3vc4:A, 6vru:A, 6vrv:A, 5vua:B, 5vub:B, 5vuc:B, 3we8:A, 4wrs:A, 4wsy:A, 4wt6:A, 4xh6:A, 4xhk:B, 2xix:A, 2xiy:A, 2xiz:A, 2xj0:A, 2xj1:A, 2xj2:A, 1xr1:A, 7xsv:A, 1xws:A, 1yhs:A, 1yi3:A, 1yi4:A, 6ykd:A, 1yxt:A, 1yxu:A, 1yxu:B, 1yxu:C, 1yxu:D, 1yxv:A, 1yxx:A, 7z6u:A, 7zun:A
33 3c1m:C 468 139 0.1370 0.0855 0.2878 8.9 3c1m:A, 3c1m:B, 3c1m:D, 3c1n:A, 3c1n:B, 3c1n:C, 3c1n:D, 3c20:A, 3c20:B, 2hmf:A, 2hmf:B, 2hmf:C, 2hmf:D
34 5v96:A 467 33 0.0445 0.0278 0.3939 9.3 5v96:B, 5v96:C, 5v96:D
35 5lv0:A 666 25 0.0342 0.0150 0.4000 9.4 4fxy:P, 4fxy:Q, 1i1i:P, 5luz:A, 5luz:B, 5lv0:B, 2o3e:A, 8vju:A, 8vjv:A, 8vjw:A, 8vjw:B, 8vjx:A, 8vjy:A, 8vjy:C
36 4xwl:A 634 45 0.0548 0.0252 0.3556 9.5 4xwm:A, 4xwn:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218