Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ATCDDGRTTANAACCILFPILDDIQENLFDGAQCGEEVHESLRLTFHDAIGFSPTLGGGGADGSIIAFDTIETNFPANAG
IDEIVSAQKPFVAKHNISAGDFIQFAGAVGVSNCPGGVRIPFFLGRPDAVAASPDHLVPEPFDSVDSILARMGDAGFSPV
EVVWLLASHSIAAADKVDPSIPGTPFDSTPQVFDSQFFIETQLKGRLFPGTADNKGEAQSPLQGEIRLQSDHLLARDPQT
ACEWQSMVNNQPKIQNRFAATMSKMALLGQDKTKLIDCSDVIPTPPALVGAAHLPAGFSLSDVEQACAATPFPALTADP

The query sequence (length=319) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3fjw:A 331 319 0.9969 0.9607 0.9969 0.0 5abn:A, 5abo:A, 5abq:A, 4blk:A, 4bll:A, 4bln:A, 4blx:A, 4bly:A, 4blz:A, 4blz:B, 4bm0:A, 2boq:A, 4fcn:A, 4fcs:A, 4fdq:A, 4fef:A, 3fjw:B, 3fkg:A, 3fm1:A, 3fm4:A, 3fm6:A, 3fmu:A, 5fnb:A, 5fnb:B, 5fne:A, 4g05:A, 2vka:A, 2w23:A
2 4bm1:A 337 324 0.6458 0.6113 0.6358 1.34e-139 4bm1:B, 4bm2:A, 4bm3:A, 4bm4:A
3 1qpa:B 344 326 0.6050 0.5610 0.5920 3.95e-133 1qpa:A
4 8qwt:A 331 315 0.5643 0.5438 0.5714 8.36e-126
5 1b80:A 349 329 0.5799 0.5301 0.5623 1.63e-125 6a6q:A, 1b80:B, 1b82:A, 1b82:B, 1b85:A, 1b85:B, 6iss:A, 6iss:G, 1lga:A, 1lga:B, 1llp:A
6 8qx0:A 335 321 0.5298 0.5045 0.5265 3.97e-117 8qwx:A
7 3q3u:A 338 327 0.5705 0.5385 0.5566 2.23e-116
8 7oo5:A 331 316 0.5549 0.5347 0.5601 4.86e-116
9 3m5q:A 357 332 0.5549 0.4958 0.5331 1.63e-110 3m8m:A, 1mn1:A, 1mn2:A, 1mnp:A, 1yyd:A, 1yyg:A, 1yzp:A, 1yzr:A
10 4czo:A 367 336 0.5172 0.4496 0.4911 1.05e-99 4czn:A, 4czp:A, 4czq:A, 4czr:A
11 1ly8:A 339 320 0.4984 0.4690 0.4969 2.31e-98 1arp:A, 1aru:A, 1arv:A, 1arw:A, 1arx:A, 1ary:A, 1c8i:A, 1ck6:A, 2e39:A, 2e3a:A, 2e3b:A, 1gza:A, 1gzb:A, 1h3j:A, 1h3j:B, 1hsr:A, 1ly8:B, 1ly9:A, 1ly9:B, 1lyc:A, 1lyc:B, 1lyk:A, 1lyk:B
12 2cl4:X 250 199 0.2006 0.2560 0.3216 7.87e-13 1apx:A, 1apx:B, 1apx:C, 1apx:D, 7bi1:A, 2ggn:X, 2ghc:X, 2ghd:X, 2ghe:X, 2ghh:X, 2ghk:X, 5jpr:A, 5jqr:A, 5l86:A, 5l86:B, 1oaf:A, 1oag:A, 7s10:A, 6tae:A, 1v0h:X, 2vcf:X, 2vcn:A, 2vcs:A, 2vnx:X, 2vnz:X, 2vo2:X, 2wd4:A, 2xi6:A, 2xif:A, 2xih:A, 2xj6:A, 6xv4:A, 2y6a:A, 2y6b:A, 3zcg:A, 3zch:A, 3zcy:A
13 8djr:A 250 199 0.1912 0.2440 0.3065 1.90e-10 8djs:A, 8djt:A, 8dju:A, 8djw:A, 8djx:A, 8ff6:A, 8ff6:B, 8ff6:C, 8ff6:D, 8ff6:E, 8ff6:F, 8ff7:A, 8ff7:B, 8ff7:C, 8ff7:D, 8ff7:E, 8ff7:F
14 6h08:B 297 228 0.1724 0.1852 0.2412 1.38e-08 1a2f:A, 1a2g:A, 4a6z:A, 4a71:A, 4a78:A, 4a7m:A, 1aa4:A, 1ac4:A, 1ac8:A, 1aeb:A, 1aed:A, 1aee:A, 1aef:A, 1aeg:A, 1aeh:A, 1aej:A, 1aek:A, 1aem:A, 1aen:A, 1aeo:A, 1aeq:A, 1aes:A, 1aet:A, 1aeu:A, 1aev:A, 2anz:A, 2aqd:A, 2as1:A, 2as2:A, 2as3:A, 2as4:A, 2as6:A, 2b0z:A, 2b10:A, 2b10:C, 2b11:A, 2b11:C, 2b12:A, 2bcn:A, 2bcn:C, 1bej:A, 1bek:A, 1bem:A, 1bep:A, 1beq:A, 1bes:A, 7biu:A, 1bj9:A, 1bva:A, 1cca:A, 1ccb:A, 1ccc:A, 1cce:A, 1ccg:A, 1cci:A, 1ccj:A, 1cck:A, 1ccl:A, 1ccp:A, 2ccp:A, 3ccp:A, 3ccx:A, 4ccp:A, 4ccx:A, 5ccp:A, 6ccp:A, 7ccp:A, 2cep:A, 5cib:A, 5cib:C, 5cic:A, 5cic:C, 5cid:A, 5cid:C, 5cie:A, 5cie:C, 5cif:A, 5cif:C, 5cig:A, 5cig:C, 5cih:A, 5cih:C, 1cmp:A, 1cmq:A, 1cmt:A, 1cmu:A, 1cpd:A, 1cpe:A, 1cpf:A, 1cpg:A, 4cvi:A, 4cvj:A, 1cyf:A, 2cyp:A, 5d6m:A, 1dcc:A, 1dj1:A, 1dj5:A, 1ds4:A, 1dse:A, 1dsg:A, 1dso:A, 1dsp:A, 3e2n:A, 3e2o:A, 1ebe:A, 5ejt:A, 5ejx:A, 2eun:A, 2euo:A, 2eup:A, 2euq:A, 2eur:A, 2eus:A, 2eut:A, 2euu:A, 3exb:A, 2gb8:A, 6h08:A, 6h08:C, 2ia8:A, 2icv:A, 4jb4:A, 4jb4:C, 1jci:A, 1jdr:A, 4jm5:A, 4jm6:A, 4jm8:A, 4jm9:A, 4jma:A, 4jmb:A, 4jms:A, 4jmt:A, 4jmv:A, 4jmw:A, 4jmz:A, 4jn0:A, 4jpl:A, 4jpt:A, 4jpu:A, 4jqj:A, 4jqk:A, 4jqm:A, 4jqn:A, 2jti:A, 1kok:A, 1krj:A, 1kxm:A, 1kxn:A, 3m23:A, 3m25:A, 3m26:A, 3m27:A, 3m28:A, 3m29:A, 3m2a:A, 3m2b:A, 3m2c:A, 3m2d:A, 3m2e:A, 3m2f:A, 3m2g:A, 3m2h:A, 3m2i:A, 1mk8:A, 1mkq:A, 1mkr:A, 1ml2:A, 2n18:A, 4nfg:A, 4nva:A, 4nvb:A, 4nvc:A, 4nvd:A, 4nve:A, 4nvf:A, 4nvg:B, 4nvh:B, 4nvi:B, 4nvj:B, 4nvk:B, 4nvl:A, 4nvm:B, 4nvn:B, 4nvo:B, 4oq7:A, 4p4q:A, 4p4q:C, 6p41:A, 6p41:C, 6p42:A, 6p42:C, 6p43:A, 6p43:C, 2pcb:A, 2pcb:C, 2pcc:A, 2pcc:C, 3r98:A, 3r99:A, 2rbt:X, 2rbu:X, 2rbv:X, 2rbw:X, 2rbx:X, 2rby:X, 2rbz:X, 2rc0:X, 2rc1:X, 2rc2:X, 1ryc:A, 1s6v:A, 1s6v:C, 1s73:A, 1sbm:A, 1sdq:A, 1sog:A, 1stq:A, 5u5u:A, 5u5v:A, 5u5w:A, 5u5x:A, 5u5y:A, 5u5z:A, 5u60:A, 5u61:A, 1u74:A, 1u74:C, 1u75:A, 1u75:C, 5ug2:A, 2v23:A, 2v2e:A, 2x07:A, 2x08:A, 2xil:A, 2xj5:A, 2xj8:A, 4xv4:A, 4xv5:A, 4xv6:A, 4xv7:A, 4xv8:A, 4xva:A, 4xva:C, 4xva:E, 4xva:G, 6y1t:A, 6y2y:A, 2y5a:A, 2ycg:A, 1z53:A, 1zby:A, 1zbz:A
15 7oqr:A 274 163 0.1411 0.1642 0.2761 4.43e-08 7opt:A, 7opt:B, 7oqr:B
16 1sch:A 294 268 0.1975 0.2143 0.2351 2.28e-05 1sch:B
17 4cuo:A 306 147 0.1285 0.1340 0.2789 0.009
18 1qgj:A 300 141 0.1285 0.1367 0.2908 0.018 1qgj:B
19 5twt:A 291 198 0.1599 0.1753 0.2576 0.053
20 3hdl:A 304 294 0.2006 0.2105 0.2177 0.24
21 3rrw:A 255 132 0.1129 0.1412 0.2727 0.67 3rrw:B
22 6wya:A 756 27 0.0345 0.0146 0.4074 2.3 6wyb:A
23 6auf:B 273 29 0.0376 0.0440 0.4138 3.0
24 4k8x:A 759 26 0.0313 0.0132 0.3846 3.0 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
25 8wm6:B 732 64 0.0752 0.0328 0.3750 4.6 8wmj:B, 8wmv:B, 8wmw:B
26 3ad7:A 963 40 0.0470 0.0156 0.3750 5.1 3ad8:A, 3ad9:A, 3ada:A, 1vrq:A, 1x31:A
27 5tsh:E 387 42 0.0376 0.0310 0.2857 5.1 5tsg:B, 5tsg:C, 5tsg:D, 5tsh:A, 5tsh:B, 5tsh:C, 5tsh:D, 5tsh:F, 5zfr:A, 5zfr:B, 5zfr:C
28 3mqt:E 378 39 0.0439 0.0370 0.3590 6.5 3mqt:A, 3mqt:D, 3mqt:F, 3mqt:G, 3mqt:H, 3mqt:K, 3mqt:L, 3mqt:U, 3mqt:V, 3mqt:W, 3mqt:X

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218