Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ATAAEIAALPRQKVELVDPPFVHAHSQVAEGGPKVVEFTMVIEEKKIVIDDAGTEVHAMAFNGTVPGPLMVVHQDDYLEL
TLINPETNTLMHNIDFHAATGALGGGGLTEINPGEKTILRFKATKPGVFVYHCAPPGMVPWAVVSGMNGAIMVLPREGLH
DGKGKALTYDKIYYVGEQDFYVPRDENGKYKKYEAPGDAYEDTVKVMRTLTPTHVVFNGAVGALTGDKAMTAAVGEKVLI
VHSQANRDTRPHLIGGHGDYVWATGKFNTPPDVDQETWFIPGGAAGAAFYTFQQPGIYAYVNHNLIEAFELGAAAHFKVT
GEWNDDLMTSVLAPSG

The query sequence (length=336) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5d4h:B 341 336 0.9970 0.9824 0.9970 0.0 2afn:A, 2afn:B, 2afn:C, 1aq8:A, 1aq8:B, 1aq8:C, 1as6:A, 1as6:B, 1as6:C, 1as7:A, 1as7:B, 1as7:C, 1as8:A, 1as8:B, 1as8:C, 2b08:A, 2b08:B, 2b08:C, 5d4h:A, 5d4h:C, 5d4i:A, 5d4i:C, 5d4i:B, 5d4j:A, 5d4j:B, 5d4j:C, 2e86:A, 2e86:B, 2e86:C, 1et5:A, 1et7:A, 1et8:A, 5f7a:A, 5f7a:C, 5f7a:B, 5f7b:A, 5f7b:B, 5f7b:C, 2fjs:A, 2fjs:B, 2fjs:C, 3h4f:A, 3h4f:B, 3h4f:C, 3h4h:A, 3h4h:B, 3h4h:C, 3h56:A, 1j9q:A, 1j9q:B, 1j9q:C, 1j9r:A, 1j9r:B, 1j9r:C, 1j9s:A, 1j9s:B, 1j9s:C, 1j9t:A, 1j9t:B, 1j9t:C, 1l9o:A, 1l9o:B, 1l9o:C, 1l9p:A, 1l9p:B, 1l9p:C, 1l9q:A, 1l9q:C, 1l9q:B, 1l9r:A, 1l9r:B, 1l9r:C, 1l9s:A, 1l9s:B, 1l9s:C, 1l9t:A, 1l9t:C, 1l9t:B, 1npj:A, 1npj:B, 1npj:C, 1npn:A, 1npn:B, 1npn:C, 1ntd:A, 2p80:A, 2p80:B, 2p80:C, 2pp7:A, 2pp7:B, 2pp7:C, 2pp8:A, 2pp8:B, 2pp8:C, 2pp9:A, 2pp9:B, 2pp9:C, 2ppa:A, 2ppa:B, 2ppa:C, 2ppc:A, 2ppc:B, 2ppc:C, 2ppd:A, 2ppd:B, 2ppd:C, 2ppe:A, 2ppe:B, 2ppe:C, 2ppf:A, 2ppf:B, 2ppf:C, 1sjm:A, 1sjm:B, 1sjm:C, 1snr:A, 1snr:B, 1snr:C, 4ysc:A, 4ysc:B, 4ysc:C, 4yse:A, 4yse:B, 4yse:C, 1zdq:A, 1zdq:B, 1zdq:C, 1zds:A, 1zds:B, 1zds:C
2 7p2f:A 329 329 0.8214 0.8389 0.8389 0.0 7p2f:B, 7p2f:C
3 5akr:A 337 336 0.8125 0.8101 0.8125 0.0 2avf:A, 2avf:B, 2avf:C, 2avf:D, 2avf:E, 2avf:F, 2bw4:A, 2bw5:A, 2bwd:A, 2bwi:A, 6gb8:A, 6gbb:A, 6gby:A, 6gcg:A, 6gsq:A, 6gt0:A, 6gt2:A, 6gti:A, 6gtj:A, 6gtk:A, 6gtl:A, 6gtn:A, 5i6k:A, 5i6l:A, 5i6m:A, 5i6n:A, 5i6o:A, 5i6p:A, 1kcb:A, 6knf:A, 6knf:B, 6knf:C, 6kng:A, 6kng:B, 6kng:C, 5n8f:A, 5n8g:A, 5n8h:A, 5n8i:A, 1nia:A, 1nia:B, 1nia:C, 1nib:A, 1nib:B, 1nib:C, 1nic:A, 1nid:A, 1nie:A, 1nif:A, 2nrd:A, 5of5:A, 5of6:A, 5of7:A, 5of8:A, 5ofc:A, 5ofd:A, 5ofe:A, 5off:A, 5ofg:A, 5ofh:A, 5og2:A, 5og3:A, 5og4:A, 5og5:A, 5og6:A, 5ogf:A, 5ogg:A, 6qwg:A, 1rzp:A, 1rzp:B, 1rzp:C, 1rzq:A, 1rzq:B, 1rzq:C, 2y1a:A, 6zu6:A, 6zua:A, 6zub:A, 6zud:A, 6zut:A
4 8rfv:A 345 328 0.6875 0.6696 0.7043 1.23e-178 9evm:A, 7qxk:A, 7qy4:A, 7qyc:A, 8r8s:A, 8rfl:A, 8rfo:A, 8rfp:A, 8rfq:A, 8rfr:A, 8rfs:A, 8rft:A, 8rfu:A, 8rfw:A, 8rfx:A, 8rfy:A, 8rg8:A, 8rg9:A, 8rgb:A, 8rgc:A, 8rgd:A, 8ru9:A, 8rur:A, 8ryj:A, 8ryr:A, 8ryu:A, 8ryv:A, 8s0w:A, 8s2q:A, 8s5x:A, 8s5y:A, 8s63:A, 8s64:A, 8s68:A, 8s69:A, 6thf:A, 6zar:A, 6zas:A, 6zat:A, 6zau:A, 6zav:A, 6zaw:A, 6zax:A, 7zcn:A, 7zco:A, 7zcp:A, 7zcq:A, 7zcr:A, 7zcs:A
5 2bo0:A 336 327 0.6518 0.6518 0.6697 4.66e-168 5b1j:A, 5b1j:B, 5b1k:A, 2bp0:A, 2bp0:B, 2bp8:A, 2bp8:B, 1bq5:A, 4csp:A, 4csp:F, 4csz:A, 1gs6:X, 1gs7:A, 1gs8:A, 1hau:A, 1haw:A, 2jfc:A, 2jfc:B, 2jfc:C, 2jfc:D, 2jfc:E, 2jfc:F, 1ndt:A, 1oe1:A, 1oe2:A, 1oe3:A, 5onx:A, 5ony:A, 2vm3:A, 2vm4:A, 2vmj:A, 2vn3:A, 2vw4:A, 2vw4:B, 2vw6:A, 2vw6:B, 2vw7:A, 2vw7:B, 1wa0:X, 1wa1:X, 1wa2:X, 1wae:A, 2xwz:A, 2xwz:E, 2xwz:D, 2xwz:B, 2xwz:F, 2xwz:C, 2xx0:A, 2xx0:B, 2xx1:A, 2xx1:D, 2xx1:B, 2xx1:C, 2xx1:E, 2xx1:F, 2xxf:A, 2xxf:B, 2xxg:A, 2xxg:C, 2zon:A, 2zon:B, 2zon:C
6 1ndr:A 330 326 0.6696 0.6818 0.6902 1.73e-165 1ndr:B, 1ndr:C, 1nds:A, 1nds:B, 1nds:C
7 1mzz:A 334 333 0.6310 0.6347 0.6366 1.71e-146 2a3t:A, 2dws:A, 2dwt:A, 2dy2:A, 1mzy:A, 1mzz:B, 1mzz:C, 1n70:A, 1zv2:A
8 4ax3:D 457 313 0.3363 0.2473 0.3610 7.74e-41 4ax3:A, 4ax3:B, 4ax3:C, 6f1q:A, 6fja:A, 5obo:A, 5ocb:A, 5ocf:A, 8qgf:A, 6qpt:A, 6qpt:B, 6qpt:C, 6qpt:D, 6qpt:E, 6qpt:F, 6qpu:A, 6qpu:B, 6qpu:C, 6qpu:D, 6qpu:E, 6qpu:F, 6qpv:A, 6qpv:I, 6qpx:A, 6qpx:I, 6qpz:A, 6qpz:I, 6qq0:A, 6qq1:A, 6qq2:A, 7qq2:A, 7r2u:A, 2yqb:A, 3zbm:A, 3ziy:A
9 2dv6:A 422 297 0.2976 0.2370 0.3367 9.41e-38 2dv6:B, 2dv6:C, 2dv6:D, 2dv6:E, 2dv6:F
10 2dv6:A 422 88 0.0804 0.0640 0.3068 0.015 2dv6:B, 2dv6:C, 2dv6:D, 2dv6:E, 2dv6:F
11 5ue6:A 314 305 0.3214 0.3439 0.3541 3.03e-37 1kbv:A, 1kbv:B, 1kbv:C, 1kbv:D, 1kbv:F, 1kbv:E, 1kbw:A, 1kbw:B, 1kbw:C, 1kbw:D, 1kbw:E, 1kbw:F, 5tb7:A, 5tb7:C, 5tb7:B, 5ue6:C, 5ue6:B, 5ue6:D, 5ue6:F, 5ue6:E, 5ue6:G, 5ue6:I, 5ue6:H
12 6tfo:C 424 297 0.3006 0.2382 0.3401 1.42e-36 6tfd:A, 6tfd:C, 6tfd:B, 6tfo:A, 6tfo:B
13 6tfo:C 424 88 0.0833 0.0660 0.3182 0.002 6tfd:A, 6tfd:C, 6tfd:B, 6tfo:A, 6tfo:B
14 2zoo:A 438 283 0.2798 0.2146 0.3322 5.52e-34
15 6the:A 299 279 0.2857 0.3211 0.3441 9.15e-33
16 5zl1:A 306 252 0.2351 0.2582 0.3135 3.86e-21 5zl1:B, 5zl1:C, 5zl1:D
17 3wi9:A 303 291 0.2560 0.2838 0.2955 4.83e-21 6l46:A, 3wia:A, 3wia:B, 3wia:C, 3wia:D, 3wia:E, 3wia:F, 3wia:G, 3wia:H, 3wia:I, 3wkp:A, 3wkq:A, 3wni:A, 3wnj:A, 3x1e:A, 3x1f:A, 3x1g:A, 3x1n:A, 4ysa:A, 4ysd:A, 4yso:A, 4ysp:A, 4ysq:A, 4ysr:A, 4yss:A, 4yst:A, 4ysu:A, 5ytl:A, 5ytm:A, 5ytn:A, 4zk8:A
18 4kns:A 285 285 0.2589 0.3053 0.3053 6.64e-20 4kns:B, 4kns:C, 4kns:D, 4kns:E, 4kns:F, 4knt:A, 4knt:B, 4knt:C, 4knu:A, 4knu:B, 4knu:C, 4knu:D, 4knu:E, 4knu:F
19 6hbe:C 427 140 0.1399 0.1101 0.3357 7.30e-12 6hbe:A, 6hbe:B
20 3g5w:A 318 130 0.1220 0.1289 0.3154 4.48e-08 3g5w:B, 3g5w:C, 3g5w:D, 3g5w:E, 3g5w:F
21 4e9v:A 317 130 0.1250 0.1325 0.3231 1.62e-07 4e9v:C, 4e9v:B, 4e9w:A, 4e9w:B, 4e9w:C, 4e9x:A, 4e9x:C, 4e9x:B, 4e9y:A, 4e9y:C, 4e9y:B, 2zwn:A, 2zwn:B, 2zwn:C
22 3gdc:A 288 131 0.1131 0.1319 0.2901 1.99e-07 3gdc:B, 3gdc:C
23 7rab:A 299 135 0.1250 0.1405 0.3111 4.39e-06 7rab:B, 7rab:C, 7rab:D, 7rab:E, 7rab:F, 7rab:G, 7rab:H, 7rac:A, 7rac:B, 7rac:C, 7rac:D, 7rac:E, 7rac:F, 7rac:G, 7rac:H, 7rac:I, 7rac:J, 7rac:K, 7rac:L
24 3sqr:A 539 106 0.1131 0.0705 0.3585 1.02e-04 3v9e:A, 4x4k:A
25 1sdd:B 601 103 0.0893 0.0499 0.2913 0.002
26 6w2k:A 440 131 0.1131 0.0864 0.2901 0.007 5afa:A, 5g3b:A, 5g3c:A, 5g3d:A, 5g3e:A, 5g3f:A, 5g3g:A, 5g3h:A, 5jrr:A, 5jx9:A, 5k0d:A, 5k15:A, 5k3k:A, 5k5k:A, 5k7a:A, 5k84:A, 6q29:A, 6tyr:A, 6w2k:B, 6w9x:A, 6wcg:A, 6wch:A, 6wcl:A, 6wcm:A, 6wcn:A, 6wcp:A, 2xu9:A, 2yae:A, 2yaf:A, 2yah:A, 2yam:A, 2yao:A, 2yap:A, 2yaq:A, 2yar:A
27 1aoz:A 552 118 0.1012 0.0616 0.2881 0.010 1aoz:B, 1aso:A, 1aso:B, 1asp:A, 1asp:B, 1asq:A, 1asq:B
28 3x1b:A 500 86 0.0804 0.0540 0.3140 0.17 3x1b:B
29 6f5k:A 558 81 0.0863 0.0520 0.3580 0.19
30 8any:b 150 61 0.0476 0.1067 0.2623 0.25 7a5f:b3, 7a5g:b3, 7a5h:b, 7a5i:b3, 7a5j:b, 7a5k:b3, 5aj4:Bg, 6gaw:Bg, 6gb2:Bg, 6i9r:b, 3j7y:b, 3j9m:b, 8k2a:Lq, 8k2b:Lq, 7l08:b, 7l20:b, 7nqh:Bg, 7nql:Bg, 7nsh:Bg, 7nsi:Bg, 7nsj:Bg, 6nu2:b, 6nu3:b, 7o9k:b, 7o9m:b, 7odr:b, 7ods:b, 7odt:b, 7of0:b, 7of2:b, 7of3:b, 7of4:b, 7of5:b, 7of6:b, 7of7:b, 7og4:b, 7oi6:b, 7oi7:b, 7oi8:b, 7oi9:b, 7oia:b, 7oib:b, 7oic:b, 7oid:b, 7oie:b, 8oin:Bs, 8oiq:Bs, 8oir:Bs, 8oit:Bs, 5ool:b, 5oom:b, 7pd3:b, 8pk0:b, 7po4:b, 7qh6:b, 7qh7:b, 7qi4:b, 7qi5:b, 7qi6:b, 8qsj:b, 8qu5:b, 6vlz:b, 6vmi:b, 8xt0:Lq, 8xt1:Lq, 8xt2:Lq, 8xt3:Lq, 6ydp:Bg, 6ydw:Bg, 6zm5:b, 6zm6:b, 6zs9:b, 6zsa:b, 6zsb:b, 6zsc:b, 6zsd:b, 6zse:b, 6zsg:b
31 9f1t:A 477 23 0.0357 0.0252 0.5217 0.35 9f1t:B, 9f3z:B, 9f3z:A
32 9f1t:A 477 96 0.0744 0.0524 0.2604 2.3 9f1t:B, 9f3z:B, 9f3z:A
33 1ov8:A 139 45 0.0446 0.1079 0.3333 0.49 1ov8:B, 1ov8:C, 1ov8:D, 1qhq:A
34 1zpu:A 529 23 0.0298 0.0189 0.4348 0.49 1zpu:B, 1zpu:C, 1zpu:D, 1zpu:E, 1zpu:F
35 6xiz:A 477 23 0.0327 0.0231 0.4783 0.63 6xiz:B, 6z0j:A, 6z0k:A
36 2hzh:A 499 52 0.0506 0.0341 0.3269 0.68
37 3pps:A 564 107 0.0952 0.0567 0.2991 1.3 3pps:B, 3pps:C, 3pps:D
38 3fu7:A 559 81 0.0804 0.0483 0.3333 1.4 3dkh:A, 3dkh:B, 3fu7:B, 3fu8:A, 3fu8:B, 3fu9:A, 3fu9:B, 1gw0:A, 1gw0:B, 2ih8:A, 2ih8:B, 2ih9:A, 2ih9:B, 2q9o:A, 2q9o:B, 3qpk:A, 3qpk:B
39 6xj0:A 508 23 0.0327 0.0217 0.4783 1.5
40 6vow:A 409 137 0.1101 0.0905 0.2701 1.6
41 3div:A 499 91 0.0744 0.0501 0.2747 2.6 3fpx:A, 2h5u:A, 5ldu:A, 3pxl:A, 3v9c:A
42 3zx1:A 471 154 0.1131 0.0807 0.2468 2.9
43 2qt6:A 498 52 0.0506 0.0341 0.3269 3.4 2qt6:B
44 2b5o:A 292 77 0.0655 0.0753 0.2857 3.4 2b5o:B
45 3tu6:A 127 30 0.0446 0.1181 0.5000 3.5
46 3he3:A 366 31 0.0506 0.0464 0.5484 4.3 3hdq:A, 3hdq:B, 3hdq:C, 3hdq:D, 3hdq:E, 3hdq:F, 3hdq:G, 3hdq:H, 3hdq:I, 3hdq:J, 3hdy:A, 3hdy:B, 3hdy:C, 3hdy:D, 3hdy:E, 3hdy:F, 3hdy:G, 3hdy:H, 3hdy:I, 3hdy:J, 3he3:B, 3he3:C, 3he3:D, 3he3:E, 3he3:F, 3he3:G, 3he3:H, 3he3:I, 3he3:J, 3mj4:A, 3mj4:B, 3mj4:C, 3mj4:D, 3mj4:E, 3mj4:F, 3mj4:G, 3mj4:H, 3mj4:I, 3mj4:J
47 4ku8:A 150 88 0.0863 0.1933 0.3295 4.4
48 9f8x:A 572 24 0.0327 0.0192 0.4583 6.9 9f8x:B, 9f8x:C, 9f8x:D, 1qni:A, 1qni:B, 1qni:C, 1qni:D, 1qni:E, 1qni:F
49 7qep:D2 127 63 0.0625 0.1654 0.3333 7.8
50 1kya:A 499 46 0.0446 0.0301 0.3261 8.1 1kya:B, 1kya:C, 1kya:D
51 7b2k:A 282 67 0.0476 0.0567 0.2388 8.4 7b2k:B, 7b4y:A, 7b4y:B, 7bdn:A, 7bdn:B, 7bfm:A, 7bfm:C, 3cg8:A, 3cg8:C, 3cg8:B, 4gxf:A, 4gxf:B, 4gxf:C, 4gy4:A, 4gy4:B, 4gy4:C, 4gyb:A, 3kw8:A, 4naj:A, 4nb7:A, 8u8p:A, 8u8p:C, 8u8p:B, 8u8q:A, 8u8q:B, 8u8q:C, 8u8r:A, 8u8r:B, 8u8r:C, 8u8s:A, 8u8s:B, 8u8s:C, 8u8t:A, 8u8t:C, 8u8t:B, 7w6v:A
52 3mwc:A 388 54 0.0476 0.0412 0.2963 8.6
53 6kol:A 125 45 0.0417 0.1120 0.3111 8.8 6l9s:A
54 4cid:A 497 57 0.0506 0.0342 0.2982 9.3 2qpt:A
55 4ejx:A 1034 116 0.0863 0.0280 0.2500 9.6 4enz:A, 2j5w:A, 1kcw:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218