Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ASVVPIDLNREETRLKTFTDWPLDWLDKRQLAQTGMYFTHAGDKVKCFFCGVEIGSWEQEDQPVPEHQRWSPNCPLLRRR
TTNNVPINAEALDRILP

The query sequence (length=97) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3sip:F 108 91 0.9381 0.8426 1.0000 3.32e-66 1sdz:A, 1se0:A, 3sip:E, 3siq:A, 3siq:B, 3siq:C, 3siq:D, 3siq:E, 3siq:F
2 7qgj:A 79 70 0.3093 0.3797 0.4286 7.14e-19 7qgj:B
3 1c9q:A 117 77 0.3402 0.2821 0.4286 8.89e-17 8aza:C, 1i3o:E, 1i3o:F, 4j3y:A, 4j3y:C, 4j44:A, 4j44:C, 4j45:A, 4j45:C, 4j46:A, 4j46:C, 4j47:A, 4j47:C, 4j48:A, 4j48:C, 4kju:A, 4kju:C, 4kjv:A, 4kjv:C, 4wvs:A, 4wvt:A, 4wvt:B, 4wvu:A
4 8atu:A 2837 84 0.3505 0.0120 0.4048 3.62e-16 8atu:B, 8atx:A, 8atx:B, 8auk:A, 8auk:B, 8auw:B
5 8auw:A 2900 84 0.3505 0.0117 0.4048 3.66e-16
6 7rav:A 773 77 0.3093 0.0388 0.3896 5.07e-16
7 7rav:A 773 48 0.1649 0.0207 0.3333 5.64e-06
8 7rav:A 773 80 0.2165 0.0272 0.2625 2.06e-04
9 5yud:A 1238 77 0.3093 0.0242 0.3896 1.19e-15
10 5yud:A 1238 80 0.2165 0.0170 0.2625 3.43e-04
11 8fvu:A 1361 75 0.2990 0.0213 0.3867 1.44e-14 2vm5:A
12 8fvu:A 1361 69 0.2887 0.0206 0.4058 1.49e-13 2vm5:A
13 8fvu:A 1361 79 0.2268 0.0162 0.2785 5.21e-07 2vm5:A
14 3f7g:B 101 73 0.3196 0.3069 0.4247 1.79e-14 3f7g:A, 3f7g:C, 3f7g:D, 3f7g:E, 1oxn:E, 1oxn:A, 1oxn:B, 1oxn:C, 1oxn:D, 1oxq:E, 1oxq:A, 1oxq:B, 1oxq:C, 1oxq:D, 1oy7:E, 1oy7:A, 1oy7:B, 1oy7:C, 1oy7:D
15 2i3h:B 95 73 0.3196 0.3263 0.4247 1.82e-14 3f7h:A, 3f7h:B, 3f7i:A, 3f7i:B, 3gt9:A, 3gt9:B, 3gta:A, 3gta:B, 2i3h:A, 2i3i:A, 2i3i:B, 1tw6:A, 1tw6:B, 3uw5:A, 3uw5:B
16 3m1d:A 78 73 0.2577 0.3205 0.3425 2.74e-14 3m1d:B
17 3m0d:D 75 72 0.2577 0.3333 0.3472 1.27e-13 3m0a:D, 7nk0:D, 7nk0:E
18 2uvl:B 95 79 0.2990 0.3053 0.3671 4.68e-13 2uvl:A
19 4kmn:A 103 80 0.2990 0.2816 0.3625 4.91e-13 7trl:A
20 1jd5:A 105 69 0.2680 0.2476 0.3768 1.05e-12 1jd4:A, 1jd4:B, 1jd6:A, 1q4q:G, 1q4q:I, 1q4q:F, 1q4q:H, 1q4q:J, 1q4q:A, 1q4q:C, 1q4q:D, 1q4q:B, 1q4q:E
21 1f9x:A 117 66 0.2784 0.2308 0.4091 1.09e-12 5c0k:A, 5c0l:A, 5c3h:A, 5c3k:A, 5c7a:A, 5c7b:A, 5c7c:A, 5c7d:A, 5c83:A, 5c84:A, 3clx:D, 3clx:A, 3clx:B, 3clx:C, 3cm2:D, 3cm2:H, 3cm2:A, 3cm2:B, 3cm2:C, 3cm2:G, 3cm2:E, 3cm2:F, 3cm2:I, 3cm2:J, 3cm7:C, 3cm7:A, 3cm7:B, 3cm7:D, 4ec4:A, 4ec4:F, 4ec4:B, 4ec4:G, 4ec4:C, 4ec4:D, 4ec4:K, 4ec4:E, 4ec4:L, 4ec4:J, 3eyl:A, 3eyl:B, 6ey2:A, 6ey2:C, 6ey2:B, 6ey2:G, 6ey2:D, 6ey2:E, 6ey2:F, 6ey2:H, 1g3f:A, 1g73:C, 1g73:D, 3g76:A, 3g76:B, 3g76:C, 3g76:D, 3g76:E, 3g76:F, 3g76:G, 3g76:H, 8gh7:A, 8gh7:B, 6h6q:A, 6h6q:B, 6h6r:A, 3hl5:A, 3hl5:B, 4hy0:A, 4hy0:D, 4hy0:B, 4hy0:G, 4hy0:C, 4hy0:E, 4hy0:F, 4hy0:H, 2jk7:A, 4kmp:A, 4kmp:B, 5m6e:A, 5m6f:A, 5m6h:A, 5m6l:A, 5m6m:A, 1nw9:A, 2opy:A, 2opz:A, 2opz:B, 2opz:C, 2opz:D, 5oqw:A, 5oqw:B, 1tfq:A, 1tft:A, 2vsl:A
22 1xb0:F 103 85 0.3196 0.3010 0.3647 2.74e-12 1xb0:A, 1xb0:B, 1xb0:C, 1xb0:D, 1xb0:E, 1xb1:A, 1xb1:B, 1xb1:C, 1xb1:D, 1xb1:E, 1xb1:F
23 2pop:D 80 68 0.2577 0.3125 0.3676 1.79e-11 6gjw:A, 6gjw:B, 6gjw:C, 6gjw:D, 4mtz:A, 4mtz:B, 4mtz:C, 4mtz:D, 4oxc:A, 4oxc:B, 4oxc:C, 4oxc:D, 2poi:A, 2pop:B, 6qci:A, 6qci:B, 6qci:C, 6qci:D, 2qra:D, 2qra:C, 2qra:B, 2qra:A
24 3t6p:A 330 68 0.2784 0.0818 0.3971 1.53e-10 3d9t:A, 3d9t:B, 3d9u:A, 8dsf:A, 8dsf:B, 8dsf:C, 8dsf:D, 8dso:D, 4eb9:A, 4eb9:B, 4eb9:C, 4eb9:D, 6exw:A, 6exw:C, 6hpr:A, 4hy4:A, 4hy4:B, 4hy5:A, 4hy5:B, 4lge:A, 4lge:B, 4lgu:A, 4lgu:B, 5m6n:A, 5m6n:B, 4mti:A, 4mti:B, 3mup:A, 3mup:B, 3mup:C, 3mup:D, 4mu7:A, 4mu7:B, 3oz1:A, 3oz1:B, 3oz1:C, 3oz1:D, 1qbh:A, 7trm:A, 3uw4:A, 6w74:A, 6w7o:C, 6w7o:D, 6w8i:F, 6w8i:D, 6w8i:E
25 1m4m:A 112 72 0.2577 0.2232 0.3472 1.03e-07
26 3ued:C 139 72 0.2474 0.1727 0.3333 1.61e-06 4a0i:A, 4a0i:B, 4a0j:A, 4a0j:B, 4a0n:A, 1e31:A, 1e31:B, 1f3h:A, 1f3h:B, 7lbk:B, 7lbk:A, 7lbo:A, 7lbo:B, 7lbp:A, 7lbp:C, 7lbq:A, 2qfa:A, 2raw:A, 2rax:A, 2rax:E, 2rax:X, 6sho:A, 6sho:B, 3uec:A, 3ued:A, 3uee:A, 3uee:C, 3uef:A, 3uef:C, 3ueg:A, 3ueg:B, 3ueh:A, 3ueh:B, 3uei:A, 3uei:B, 3uig:A, 3uig:B, 3uih:A, 3uih:B, 3uii:A, 3uii:B, 3uij:A, 3uij:B, 3uik:A, 3uik:B, 1xox:A, 1xox:B, 6yie:A, 6yie:D, 6yif:A, 6yih:A
27 3op0:A 321 47 0.1237 0.0374 0.2553 0.74 3op0:B, 3vrn:A, 3vro:A, 3vrp:A, 3vrr:A
28 3vrq:A 278 47 0.1237 0.0432 0.2553 0.80 3vrq:B
29 8bv0:A 342 41 0.1753 0.0497 0.4146 4.8 8bv0:C
30 8qto:A 234 38 0.1340 0.0556 0.3421 4.8 5cvr:A, 5e44:A
31 1uas:A 362 23 0.1031 0.0276 0.4348 4.9
32 4qq3:A 302 25 0.1134 0.0364 0.4400 5.2
33 4fo4:A 348 25 0.1134 0.0316 0.4400 5.3 4fo4:B, 4ix2:A, 4ix2:B, 4ix2:C, 4ix2:D, 4qne:A, 4qne:B, 4x3z:A, 4x3z:B
34 8pjn:b 296 39 0.1443 0.0473 0.3590 5.4
35 4fxs:A 467 25 0.1134 0.0236 0.4400 5.4
36 3c96:A 381 28 0.1340 0.0341 0.4643 5.7 2rgj:A
37 6ncx:B 559 27 0.1134 0.0197 0.4074 6.3 6ncx:D, 6ncx:A, 6ncx:C
38 8uo8:A 574 28 0.1031 0.0174 0.3571 6.7
39 5jb3:W 63 16 0.0722 0.1111 0.4375 8.0 5jbh:W, 4v4n:BW, 4v6u:AW

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218