Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ASRLGPVFDSCRANNRAALIGYLPTGYPDVPASVAAMTALVESGCDIIEVGVPYSDPGMDGPTIARATEAALRGGVRVRD
TLAAVEAISIAGGRAVVMTYWNPVLRYGVDAFARDLAAAGGLGLITPDLIPDEAQQWLAASEEHRLDRIFLVAPSSTPER
LAATVEASRGFVYAASTVSQAAPELVGRVKAVSDIPVGVGLGVRSRAQAAQIAQYADGVIVGSALVTALTEGLPRLRALT
GELAAGVRLG

The query sequence (length=250) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6uap:C 250 250 1.0000 1.0000 1.0000 7.50e-177 6dwe:A, 6dwe:G, 6dwe:E, 6dwe:C, 6e9p:A, 6e9p:G, 5tci:A, 5tci:G, 5tci:C, 5tcj:A, 5tcj:G, 5tcj:E, 5tcj:C, 6u6c:A, 6u6c:C, 6u6c:E, 6u6c:G, 6uap:A, 6uap:E, 6uap:G, 6ub9:A, 6ub9:E, 6ub9:G, 6usa:A, 6usa:C, 6usa:G
2 5ey5:A 261 258 0.4120 0.3946 0.3992 4.82e-55 5ey5:C
3 8b08:A 269 261 0.2760 0.2565 0.2644 2.21e-16 1a50:A, 1a5b:A, 1a5s:A, 5bw6:A, 1c29:A, 6c73:A, 1c8v:A, 1c9d:A, 3cep:A, 5cgq:A, 2cle:A, 2clf:A, 2clh:A, 2cli:A, 2clk:A, 2cll:A, 2clm:A, 2clo:A, 1cw2:A, 1cx9:A, 6d0v:A, 6duc:A, 6dzo:A, 1fuy:A, 4hn4:A, 4hpj:A, 4hpx:A, 4ht3:A, 2j9x:A, 7jhw:A, 7jll:A, 7jmq:A, 7jqw:A, 7jtt:A, 1k3u:A, 7k5a:A, 1k7e:A, 1k7f:A, 1k8z:A, 7ka1:A, 7kbn:A, 1kfb:A, 7kh6:A, 7ki7:A, 4kkx:A, 7kqf:A, 7ku9:A, 7kwv:A, 7kxc:A, 7kyt:A, 7l03:A, 7l1h:A, 7lgx:A, 7lkl:A, 7lpf:A, 7lt4:A, 7ltp:A, 7lv5:A, 7lvx:A, 7ly8:A, 7m2l:A, 7m3s:A, 7mt4:A, 7mt5:A, 7mt6:A, 6o1h:A, 3pr2:A, 1qoq:A, 2rh9:A, 2rhg:A, 1tjp:A, 2trs:A, 2tsy:A, 6vfd:A, 6vnt:A, 1wbj:A, 4wx2:A, 6wx3:A, 6x0c:A, 6xe3:A, 6xin:A, 6xnc:A, 6xoy:A, 6xrh:A, 6xsy:A, 6xt0:A, 4xug:A, 4y6g:A, 4zqc:A
4 1xc4:A 240 209 0.1840 0.1917 0.2201 7.23e-09 1xc4:B
5 6hul:A 241 228 0.2200 0.2282 0.2412 9.25e-09
6 4nae:A 219 214 0.2360 0.2694 0.2757 4.97e-04 4nae:B
7 2f6x:A 231 68 0.0960 0.1039 0.3529 0.002 2f6x:B
8 3vzx:B 228 60 0.0760 0.0833 0.3167 0.52 3vzx:A, 3vzy:A, 3vzy:B, 3vzz:A, 3vzz:B, 3w00:B
9 3noy:B 351 32 0.0480 0.0342 0.3750 0.76 3noy:A, 3noy:C, 3noy:D
10 2xma:E 141 34 0.0520 0.0922 0.3824 0.94 2xm3:A, 2xm3:B, 2xm3:C, 2xm3:D, 2xm3:F, 2xm3:E, 2xma:A, 2xma:B, 2xma:F, 2xo6:A, 2xo6:D, 2xqc:A, 2xqc:D
11 2ynm:C 417 23 0.0480 0.0288 0.5217 3.5
12 6clv:C 257 46 0.0520 0.0506 0.2826 3.5 1ad4:A, 6clv:A, 6clv:B
13 1pii:A 452 61 0.0720 0.0398 0.2951 5.3 1jcm:P
14 7pnt:4 589 62 0.0760 0.0323 0.3065 5.7 7pnu:4, 7pnv:4, 7pnw:4
15 2bh2:A 418 169 0.1680 0.1005 0.2485 9.0 2bh2:B, 1uwv:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218