Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ASDANINLSSEKQLIKGFGGINHPAWIGDLTAAQRETAFGNGQNQLGFSILRIYVDDNRNNWYREVATAKRAIEQGALVF
ASPWNPPSDMVETFNRNGASAKRLKYDKYAAYAQHLNDFVTFMKNNGVDLYAISVQNEPDYAHDWTWWTPQEILRFMKEN
AGSIQGTRVMAPESFQYLKNISDPILNDPQALANMDILGAHTYGTQIKDFAYPLFKQKGAGKELWMTEVYVPNSDNNSAD
RWPEALDVSYHMHNAMVEGDFQAYVWWYIRRQYGPMKEDGTISKRGYNMAHFSKFVRPGYVRVDATKNPDTNTYVSAYKG
DNKVVIVAINRGTSAASQRFVLQNGNASTVSSYVTDSSRNLASLAPINVSNGAFTAQLPAQSVTTFVANLSGGNSGTGTT
YEAETGTTLTDAVVETLYPGYTGSGYVNFNAYTNSAIEWNAINNMTTGTKNVKFRYALESGTRNLDIYVNGTKVLSNEPF
TETGSWSTWGEKTIQVAMNSGVNTLRIVTTGTEGPNMDNITVTASAKGE

The query sequence (length=529) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4qaw:A 537 534 1.0000 0.9851 0.9906 0.0 4qaw:B, 4qaw:C, 4qaw:D, 4qaw:E, 4qaw:F, 4qaw:G, 4qaw:H, 4qb1:A, 4qb2:A, 4qb6:A
2 3kl0:A 397 390 0.5992 0.7985 0.8128 0.0 3kl3:A, 3kl3:B, 3kl5:A, 3kl5:B, 3kl5:C
3 4uqa:A 391 389 0.5217 0.7059 0.7095 0.0 5a6l:A, 5a6m:A, 4ckq:A, 4uqc:A
4 2y24:A 383 390 0.2987 0.4125 0.4051 9.08e-92
5 7n6o:A 433 346 0.2136 0.2610 0.3266 1.98e-42 7n6o:B
6 2vzp:B 127 124 0.0964 0.4016 0.4113 1.29e-18 2vzp:A, 2vzq:A, 2vzq:B, 2vzr:A, 2vzr:B
7 2w47:A 135 124 0.0888 0.3481 0.3790 4.53e-16 2w1w:A, 2w1w:B
8 6krn:A 456 316 0.1531 0.1776 0.2563 5.18e-14
9 2w87:A 139 128 0.0851 0.3237 0.3516 7.88e-12 2w46:A, 2w46:B, 2w87:B
10 8idp:A 446 335 0.1531 0.1816 0.2418 1.99e-11 8idp:C, 8idp:B, 8idp:D, 8idq:A, 8idq:B, 8idq:C, 8idq:D
11 6m5z:A 433 359 0.1720 0.2102 0.2535 3.49e-11 6m5z:B
12 8cbc:A 455 372 0.1682 0.1956 0.2392 2.94e-09 8c48:A, 8c48:B, 8cbc:B, 7o0e:A, 7o0e:G, 8p67:A, 8p67:B
13 5x7o:A 1247 158 0.0964 0.0409 0.3228 2.72e-08 5x7o:B, 5x7p:B, 5x7p:A, 5x7q:A, 5x7q:B, 5x7r:A, 5x7r:B, 5x7s:A, 5x7s:B
14 5x7o:A 1247 220 0.1134 0.0481 0.2727 0.002 5x7o:B, 5x7p:B, 5x7p:A, 5x7q:A, 5x7q:B, 5x7r:A, 5x7r:B, 5x7s:A, 5x7s:B
15 3wnk:A 712 129 0.0832 0.0618 0.3411 1.54e-07 3wnl:A, 3wnm:A, 3wnn:A, 3wnn:B, 3wno:A, 3wno:B, 3wnp:A, 3wnp:B
16 5ngl:B 454 342 0.1607 0.1872 0.2485 1.67e-07 5ngl:A, 5ngl:C
17 5hxm:A 1060 127 0.0737 0.0368 0.3071 7.80e-06 5f7u:A, 5hpo:A, 5i0d:A, 5i0d:B, 4kmq:A, 4kwu:A
18 5x7g:A 700 131 0.0851 0.0643 0.3435 1.27e-05 5x7h:A
19 2w3j:A 137 125 0.0548 0.2117 0.2320 7.12e-05
20 2wnw:B 445 67 0.0416 0.0494 0.3284 1.16e-04 2wnw:A
21 5nxb:A 644 268 0.1059 0.0870 0.2090 7.20e-04 4ccc:A, 4ccd:A, 4cce:A, 5nxb:B, 4ufh:A, 4ufi:A, 4ufj:A, 4ufk:A, 4ufl:A, 4ufm:A, 6y6s:A, 6y6t:A, 3zr5:A, 3zr6:A
22 3zm8:A 444 128 0.0832 0.0991 0.3438 0.002
23 2wz8:A 135 136 0.0737 0.2889 0.2868 0.009
24 9fa6:A 501 313 0.1191 0.1257 0.2013 0.074 8awk:AAA, 8awr:AAA, 8ax3:A, 8ax3:B, 9f9z:A, 9fa3:A, 9fad:A, 9fal:A, 9fay:A, 9faz:A, 9fb2:A, 9fdi:A, 3gxf:B, 3gxf:D, 5lvx:C, 5lvx:B, 5lvx:A, 5lvx:D, 6moz:A, 2nsx:A, 2nsx:B, 2nsx:C, 2nsx:D, 2nt0:A, 2nt0:B, 2nt0:C, 2nt0:D, 7nwv:AAA, 7nwv:BBB, 8p3e:B, 8p41:A, 8p41:B, 6q1n:A, 6q1n:B, 6q1p:A, 6q1p:B, 6q6k:A, 6q6k:B, 6q6l:A, 6q6l:B, 6q6n:A, 6q6n:B, 3rik:B, 3rik:D, 3ril:A, 3ril:B, 3ril:C, 3ril:D, 6t13:B, 6t13:C, 6t13:A, 6t13:D, 6tjq:BBB, 6tn1:AAA, 2v3d:A, 2v3d:B, 2v3e:A, 2v3e:B, 2vt0:A, 2vt0:B, 2wcg:A, 2wcg:B, 2xwd:A, 2xwd:B, 2xwe:A, 2xwe:B, 1y7v:A, 1y7v:B, 6ytp:AAA, 6ytp:BBB, 6ytr:AAA, 6ytr:BBB, 6yut:AAA, 6yut:BBB, 6yv3:AAA, 6yv3:BBB, 6z39:AAA, 6z39:BBB, 6z3i:BBB
25 1pso:E 326 48 0.0359 0.0583 0.3958 1.8 1qrp:E
26 8gy2:A 723 49 0.0359 0.0263 0.3878 3.4
27 5awp:A 596 108 0.0529 0.0470 0.2593 5.8 5awq:A
28 8qch:H 350 44 0.0302 0.0457 0.3636 5.9 8qch:A, 8qch:B, 8qch:C, 8qch:D, 8qch:E, 8qch:F, 8qch:G
29 1g85:A 159 51 0.0340 0.1132 0.3529 8.6 1g85:B, 1gt1:A, 1gt1:B, 1gt3:A, 1gt3:B, 1gt4:A, 1gt4:B, 1gt5:B, 2hlv:A, 1hn2:A, 1hn2:B, 1pbo:A, 1pbo:B
30 7oyw:A 348 100 0.0435 0.0661 0.2300 9.7 1a99:A, 1a99:B, 1a99:C, 1a99:D, 8asz:A, 8at0:A, 8at0:B, 7oys:A, 7oyt:A, 7oyu:A, 7oyv:A, 7oyv:B, 7oyw:B, 7oyx:A, 7oyx:B, 7oyy:A, 7oyz:A, 6ye0:B, 6ye0:A, 6ye6:A, 6ye6:B, 6ye7:A, 6ye7:B, 6ye8:A, 6ye8:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218