Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ASAIVLINTDAGGEDEVFERLKSMSEVTEVHVVYGVYDIVVKVEADSMDKLKDFVTNTIRKLPKVRSTLTMIIVEGKSLV
K

The query sequence (length=81) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2zbc:A 81 81 1.0000 1.0000 1.0000 4.72e-53 2zbc:D, 2zbc:C, 2zbc:B, 2zbc:E, 2zbc:F, 2zbc:H, 2zbc:G
2 2e1a:A 75 73 0.4444 0.4800 0.4932 2.92e-20 2e1a:B, 2e1a:C, 2e1a:D, 2z4p:B, 2z4p:C, 2z4p:A, 2z4p:D
3 2cyy:A 151 73 0.3086 0.1656 0.3425 8.54e-07 2e1c:A, 2zny:A, 2zny:C, 2zny:E, 2zny:B, 2zny:D, 2zny:F, 2zny:H, 2zny:G, 2znz:A, 2znz:B, 2znz:C, 2znz:D, 2znz:E, 2znz:F, 2znz:G, 2znz:H
4 2cg4:A 149 56 0.2469 0.1342 0.3571 1.94e-06 2cg4:B
5 2djw:B 80 71 0.2840 0.2875 0.3239 3.83e-04 2djw:E, 2djw:G, 2djw:J
6 7fby:A 153 71 0.2222 0.1176 0.2535 0.008
7 8euy:m 92 34 0.1481 0.1304 0.3529 1.8
8 2ifc:C 382 15 0.1111 0.0236 0.6000 3.5 2ifc:A, 2ifc:B, 2ifc:D, 2r26:A, 2r26:B, 2r26:C, 2r26:D, 2r9e:A, 2r9e:B, 2r9e:C, 2r9e:D, 4ybo:B, 4ybo:C
9 4dqq:D 584 65 0.1852 0.0257 0.2308 3.6 4b9l:A, 4b9m:A, 4b9n:A, 4b9s:A, 4b9t:A, 4b9u:A, 4b9v:A, 2bdp:A, 3bdp:A, 4bdp:A, 4dqi:A, 4dqi:D, 4dqp:A, 4dqp:D, 4dqq:A, 4dqr:A, 4dqr:D, 4dqs:A, 4ds4:A, 4ds5:A, 4dse:D, 4dsf:D, 4dsi:A, 4dsj:A, 4dsj:B, 4dsk:A, 4dsl:A, 6dsu:A, 6dsv:A, 6dsw:A, 6dsx:A, 6dsy:A, 4dwi:A, 4e0d:A, 3eyz:A, 3ez5:A, 3ez5:D, 4ez6:D, 4ez9:A, 4ez9:D, 4f2r:A, 4f2r:D, 4f2s:A, 4f2s:D, 4f3o:A, 4f3o:D, 4f4k:A, 4f4k:D, 4f8r:A, 2hhq:A, 2hhs:A, 2hht:A, 2hhu:A, 2hhv:A, 2hhw:D, 2hhw:A, 2hhx:A, 3hp6:A, 3hp6:D, 3hpo:A, 3ht3:A, 3ht3:D, 2hvh:A, 2hvh:D, 2hvi:A, 2hvi:D, 2hw3:A, 7k5o:A, 7k5p:A, 7k5q:A, 7k5r:A, 7k5s:A, 7k5t:A, 7k5u:A, 1l3s:A, 1l3t:A, 1l3u:A, 1l3v:A, 1l5u:A, 1lv5:A, 1lv5:B, 6mu4:A, 6mu5:A, 1njw:A, 1njx:A, 1njy:A, 1njz:A, 1nk0:A, 1nk4:A, 1nk5:A, 1nk6:A, 1nk7:A, 1nk8:A, 1nk9:A, 1nkb:A, 1nkc:A, 1nke:A, 4o0i:A, 6p5c:A, 3pv8:A, 3pv8:D, 3px0:D, 3px4:D, 3px6:A, 3px6:D, 8scg:A, 8scg:D, 8sci:A, 8sci:D, 8scj:A, 8scj:D, 8sck:A, 8sck:D, 8scl:A, 8scl:D, 8scm:A, 8scm:D, 8scn:A, 8scn:D, 8sco:A, 8sco:D, 8scp:A, 8scp:D, 8scq:A, 8scq:D, 8scr:A, 8scr:D, 8scs:A, 8scs:D, 8sct:A, 8sct:D, 8scu:A, 8scu:D, 3tan:A, 3tap:A, 3taq:A, 3tar:A, 3thv:A, 3thv:D, 3ti0:A, 3ti0:D, 1u45:A, 1u47:A, 1u48:A, 1u49:A, 1u4b:A, 1ua0:A, 1ua1:A, 6ueu:A, 6ueu:D, 4uqg:A, 6ur2:A, 6ur4:A, 6ur9:A, 6ur9:D, 6us5:A, 6us5:D, 1xc9:A, 2xo7:A, 2xy5:A, 2xy6:A, 2xy7:A, 2y1i:A, 2y1j:A, 4yfu:A, 4yfu:D
10 5jpq:Y 365 31 0.1111 0.0247 0.2903 5.0 5wyj:3F, 5wyk:3F
11 7aju:CH 467 31 0.1111 0.0193 0.2903 6.0 7ajt:CH, 7d4i:3F, 7d5s:3F, 7d5t:3F, 7d63:3F, 6ke6:3F, 6lqp:3F, 6lqq:3F, 6lqr:3F, 6lqs:3F, 6lqt:3F, 6lqu:3F, 6lqv:3F, 6nd4:g, 7suk:SG, 5wlc:SG, 6zqb:CH, 6zqc:CH, 6zqd:CH, 6zqe:CH
12 4u5k:A 304 41 0.1358 0.0362 0.2683 6.6 4u5i:A, 4u5i:B, 4u5k:B
13 8emt:B 1221 72 0.2099 0.0139 0.2361 7.3
14 8emt:A 1254 72 0.2099 0.0136 0.2361 7.3
15 7orc:B 1299 72 0.2099 0.0131 0.2361 7.3 5epg:A, 7opn:A, 7opn:B, 7orc:A, 6q6q:A, 4uhw:A, 4uhx:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218