Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ARKLFTPITIKDMTLKNRIVMSPMCMYSSHEKDGKLTPFHMAHYISRAIGQVGLIIVEASAVNPQGRITDQDLGIWSDEH
IEGFAKLTEQVKEQGSKIGIQLAHAGRKAELEGDIFAPSAIAFDEQSATPVEMSAEKVKETVQEFKQAAARAKEAGFDVI
EIHAAHGYLIHEFLSPLSNHRTDEYGGSPENRYRFLREIIDEVKQVWDGPLFVRVSASDYTDKGLDIADHIGFAKWMKEQ
GVDLIDCSSGALVHADINVFPGYQVSFAEKIREQADMATGAVGMITDGSMAEEILQNGRADLIFIGRELLRDPFFARTAA
KQLNTEIPAPVQYERGW

The query sequence (length=337) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1z41:A 337 337 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
2 3gr7:A 340 334 0.6677 0.6618 0.6737 2.13e-171 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
3 3kru:A 335 337 0.5223 0.5254 0.5223 2.30e-121 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
4 7o0t:A 354 352 0.5104 0.4859 0.4886 1.43e-107 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
5 8uat:F 351 347 0.5015 0.4815 0.4870 9.26e-99 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
6 8pun:A 356 351 0.4570 0.4326 0.4387 6.35e-89 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
7 5ocs:A 369 352 0.4125 0.3767 0.3949 2.52e-83 5ocs:C
8 8j59:B 388 362 0.4540 0.3943 0.4227 2.91e-80 8j59:A
9 7qfx:C 413 364 0.4184 0.3414 0.3874 1.68e-76 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
10 7blf:A 406 370 0.4303 0.3571 0.3919 2.94e-76 7blf:B
11 8auh:A 365 356 0.4184 0.3863 0.3961 2.40e-74 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
12 1gvr:A 364 354 0.3412 0.3159 0.3249 5.14e-46 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
13 8bpp:A 362 350 0.3412 0.3177 0.3286 1.26e-43 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
14 4ab4:A 349 340 0.3412 0.3295 0.3382 8.13e-43 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
15 7tmb:A 362 352 0.3264 0.3039 0.3125 9.49e-42 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
16 3gka:B 351 218 0.2522 0.2422 0.3899 4.05e-41 3gka:A
17 8e5i:A 357 332 0.3234 0.3053 0.3283 2.46e-40
18 7tnb:AAA 353 356 0.3323 0.3173 0.3146 2.23e-39
19 6uff:A 362 334 0.3294 0.3066 0.3323 2.39e-39 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
20 6s32:D 352 335 0.3086 0.2955 0.3104 4.72e-39 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
21 4b5n:A 354 349 0.3353 0.3192 0.3238 6.32e-39 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
22 1gwj:A 374 335 0.3086 0.2781 0.3104 1.02e-38 3gx9:A, 2r14:A
23 2gou:A 365 336 0.3145 0.2904 0.3155 2.14e-37 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
24 6agz:A 386 216 0.2344 0.2047 0.3657 7.13e-37 6agz:B
25 7bn6:B 381 220 0.2522 0.2231 0.3864 3.88e-36 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
26 8fw1:A 362 344 0.3294 0.3066 0.3227 2.05e-35 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
27 4jic:A 370 235 0.2522 0.2297 0.3617 4.00e-34 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
28 1djn:A 729 329 0.2849 0.1317 0.2918 1.29e-32 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
29 1ps9:A 671 337 0.2878 0.1446 0.2878 5.90e-32
30 2q3r:A 351 332 0.2878 0.2764 0.2922 7.47e-32 1vji:A
31 4df2:A 404 218 0.2344 0.1955 0.3624 1.50e-31 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
32 4qnw:A 369 309 0.2671 0.2439 0.2913 4.96e-31
33 4a3u:A 355 212 0.2255 0.2141 0.3585 1.50e-29 4a3u:B
34 6de6:A 689 337 0.2967 0.1451 0.2967 1.22e-28
35 2q3o:B 367 338 0.2789 0.2561 0.2781 5.20e-28 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
36 4rnu:C 385 218 0.2196 0.1922 0.3394 1.03e-27 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
37 1icp:A 358 328 0.2700 0.2542 0.2774 1.14e-27 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
38 8e5h:A 368 353 0.3027 0.2772 0.2890 2.62e-27
39 1bwk:A 399 218 0.2166 0.1830 0.3349 8.41e-27 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
40 5v4v:A 397 234 0.2196 0.1864 0.3162 1.51e-26 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
41 9em0:A 376 346 0.2760 0.2473 0.2688 3.51e-26 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
42 5dy2:A 378 242 0.2047 0.1825 0.2851 5.98e-26 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
43 6de6:B 652 214 0.2107 0.1089 0.3318 6.93e-26
44 6qkg:B 664 345 0.2730 0.1386 0.2667 2.94e-25 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
45 3k30:A 684 325 0.2552 0.1257 0.2646 6.81e-25 3k30:B
46 7fev:A 443 212 0.1988 0.1512 0.3160 1.15e-24
47 4ot7:A 308 200 0.1988 0.2175 0.3350 2.56e-24
48 4tmc:A 399 213 0.2018 0.1704 0.3192 3.31e-24 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
49 6l6j:A 669 220 0.1988 0.1001 0.3045 2.69e-21
50 3aty:A 379 234 0.2107 0.1873 0.3034 6.37e-19 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
51 4rnx:A 390 71 0.1039 0.0897 0.4930 1.69e-16 4rnx:B
52 4rnx:A 390 101 0.0861 0.0744 0.2871 1.50e-06 4rnx:B
53 5hq4:A 662 162 0.1128 0.0574 0.2346 2.4 5hqa:A, 5hqb:A, 5hqc:A
54 7p14:A 328 83 0.0682 0.0701 0.2771 3.0
55 6d50:B 840 91 0.0653 0.0262 0.2418 3.5 6d50:A, 6nzg:A, 6nzg:B, 5uj6:A, 5uj6:B
56 8a1c:A 301 88 0.0653 0.0731 0.2500 6.1 8a1b:A, 3l57:A, 3l57:B, 3l6t:A
57 3i01:A 673 214 0.1365 0.0684 0.2150 7.9 3i01:B, 3i01:C, 3i01:D, 3i04:A, 3i04:B, 3i04:C, 3i04:D, 1mjg:A, 1mjg:B, 1mjg:C, 1mjg:D, 1oao:A, 1oao:B, 6x5k:A, 6x5k:B, 6x5k:C, 6x5k:D, 2z8y:A, 2z8y:B, 2z8y:C, 2z8y:D
58 1hkv:A 446 62 0.0534 0.0404 0.2903 8.4 1hkv:B
59 2zsj:A 350 46 0.0415 0.0400 0.3043 8.7 2zsj:B, 2zsj:C, 2zsj:D
60 5ejq:A 498 37 0.0445 0.0301 0.4054 9.3
61 4usz:A 415 54 0.0593 0.0482 0.3704 9.5 4cit:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218