Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AQCSVDIQGNDQMQFNTNAITVDKSCKQFTVNLSHPGNLPKNVMGHNWVLSTAADMQGVVTDGMASGLDKDYLKPDDSRV
IAQTKLIGSGEKDSVTFDVSKLKEGEQYMFFCTFPGHSALMKGTLHLK

The query sequence (length=128) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1cc3:A 130 130 0.9375 0.9231 0.9231 2.15e-83 1ag0:A, 1ag0:B, 1azn:A, 1azn:B, 1azn:C, 1azn:D, 1azr:A, 1azr:B, 1azr:C, 1azr:D, 1azu:A, 2azu:A, 2azu:B, 2azu:C, 2azu:D, 3azu:A, 3azu:B, 3azu:C, 3azu:D, 4azu:A, 4azu:B, 4azu:C, 4azu:D, 5azu:A, 5azu:B, 5azu:C, 5azu:D, 1bex:A, 1bex:B, 4bww:A, 4bww:B, 4bww:C, 4bww:D, 1cc3:B, 1e5y:A, 1e5y:B, 1e5y:C, 1e5y:D, 1e5z:A, 1e5z:B, 1e5z:C, 1e5z:D, 1e67:A, 1e67:B, 1e67:C, 1e67:D, 1etj:A, 1etj:B, 1etj:C, 1etj:D, 1ezl:A, 1ezl:B, 1ezl:C, 8f5k:A, 8f5k:B, 8f5k:C, 8f5k:D, 8f5l:A, 8f5l:B, 2fnw:A, 2fnw:B, 3fpy:A, 3fq1:A, 3fq2:A, 3fqy:A, 3fs9:A, 3fsa:A, 3fsv:A, 3fsw:A, 3fsw:B, 3fsw:C, 3fsw:D, 3fsz:A, 3fsz:B, 3ft0:A, 3ft0:B, 2ghz:A, 2ghz:B, 2gi0:A, 2gi0:B, 1gr7:A, 1gr7:B, 1gr7:C, 1gr7:D, 6gyi:A, 6gyi:B, 6gyi:C, 6gyi:D, 4hhg:A, 4hhw:A, 4hhw:B, 4hip:A, 4hip:B, 2hx7:A, 2hx7:B, 2hx8:A, 2hx8:B, 2hx9:A, 2hx9:B, 2hxa:A, 2hxa:B, 4hz1:B, 4hz1:C, 5i26:A, 5i26:B, 5i26:C, 5i26:D, 5i28:A, 5i28:B, 5i28:C, 5i28:D, 5i28:E, 5i28:F, 5i28:G, 5i28:H, 5i28:I, 5i28:J, 5i28:K, 5i28:L, 5i28:M, 5i28:N, 5i28:O, 5i28:P, 1i53:A, 1i53:B, 2i7o:A, 2i7s:A, 2i7s:B, 2i7s:C, 2i7s:D, 6iav:A, 6iav:B, 6iav:C, 6iav:D, 3ibo:A, 3ibo:B, 3ibo:C, 3ibo:D, 2idf:A, 2idf:B, 1ils:A, 1ils:B, 1ils:C, 1ils:D, 1ilu:A, 1ilu:B, 1ilu:C, 1ilu:D, 1ilu:E, 1ilu:F, 1ilu:G, 1ilu:H, 1ilu:I, 1ilu:K, 1ilu:L, 1ilu:M, 3in0:A, 3in0:B, 3in0:C, 3in0:D, 3in2:A, 2iwe:A, 2iwe:J, 2iwe:D, 2iwe:G, 4jkn:A, 4jkn:B, 4jkn:C, 4jkn:D, 3jt2:A, 3jt2:B, 3jtb:A, 3jtb:B, 3jtb:C, 3jtb:D, 1jvl:A, 1jvl:B, 1jvo:A, 1jvo:B, 1jvo:C, 1jvo:D, 1jvo:E, 1jvo:F, 1jvo:G, 1jvo:H, 1jvo:I, 1jvo:J, 1jvo:K, 1jvo:L, 1jze:A, 1jzf:A, 1jzg:A, 1jzh:A, 1jzi:A, 1jzi:B, 1jzj:A, 1jzj:B, 4k9j:A, 4ko5:A, 4ko5:B, 4ko6:A, 4ko6:B, 4ko6:C, 4ko6:D, 4ko7:A, 4ko7:B, 4ko7:C, 4ko7:D, 4ko9:A, 4ko9:B, 4ko9:C, 4ko9:D, 4kob:A, 4kob:B, 4kob:C, 4kob:D, 4koc:A, 4mfh:A, 4mfh:B, 4mfh:C, 6mjr:A, 6mjr:C, 6mjr:B, 6mjr:D, 6mjs:A, 6mjs:D, 6mjs:B, 6mjs:C, 6mjt:A, 6mjt:B, 3n2j:A, 3n2j:B, 3n2j:C, 3n2j:D, 3n2j:E, 3n2j:F, 3n2j:G, 3n2j:H, 3n2j:I, 3n2j:J, 3n2j:K, 3n2j:L, 3np3:A, 3np4:A, 1nzr:A, 1nzr:B, 1nzr:C, 1nzr:D, 2oj1:A, 2oj1:B, 3oqr:A, 4qkt:A, 4qkt:B, 4qlw:B, 4qlw:D, 1r1c:A, 1r1c:B, 1r1c:C, 1r1c:D, 7tc5:A, 7tc5:B, 7tc6:A, 7tc6:B, 7tnc:A, 2tsa:A, 2tsa:B, 2tsa:C, 2tsa:D, 2tsb:A, 2tsb:B, 2tsb:C, 2tsb:D, 3u25:A, 3u25:B, 7u2f:A, 1vlx:A, 1vlx:B, 1vlx:C, 1vlx:D, 4wkx:A, 4wkx:B, 1xb3:A, 1xb3:B, 1xb6:A, 1xb6:B, 1xb8:A, 1xb8:C, 2xv0:A, 2xv2:A, 2xv3:A, 2xv3:B
2 5yt7:A 133 114 0.8750 0.8421 0.9825 1.00e-81 2ft6:A, 2ft7:A, 2ft8:A, 2fta:A, 2fta:B, 2fta:C, 2fta:D, 5yt7:B, 5yt7:C, 5yt7:D
3 5yt7:A 133 13 0.0938 0.0902 0.9231 3.4 2ft6:A, 2ft7:A, 2ft8:A, 2fta:A, 2fta:B, 2fta:C, 2fta:D, 5yt7:B, 5yt7:C, 5yt7:D
4 6l1v:A 129 127 0.7188 0.7132 0.7244 2.56e-67 6l1v:C, 6l1v:E, 6l1v:G, 1rkr:A, 1rkr:B, 1rkr:C, 1rkr:D
5 1joi:A 128 128 0.6719 0.6719 0.6719 2.85e-65
6 1nwo:A 128 128 0.6484 0.6484 0.6484 4.05e-61 1nwo:B, 1nwp:A, 1nwp:B
7 2h3x:C 128 125 0.6250 0.6250 0.6400 1.06e-58 2h3x:F, 2h47:C, 2iaa:C
8 5syd:B 131 86 0.6562 0.6412 0.9767 2.23e-57 5syd:A
9 5syd:B 131 38 0.2891 0.2824 0.9737 3.59e-21 5syd:A
10 1a4a:A 129 127 0.6094 0.6047 0.6142 1.60e-56 1a4a:B, 1a4b:A, 1a4b:B, 1a4c:A, 1a4c:B, 1a4c:C, 1a4c:D, 1azb:A, 1azb:B, 1azc:A, 1azc:B, 2aza:A, 2aza:B, 1uri:A, 1uri:B
11 2ccw:A 129 127 0.6016 0.5969 0.6063 1.65e-55 1dyz:A, 1dz0:A
12 2n0m:A 130 125 0.5312 0.5231 0.5440 8.57e-46 3ay2:A, 3ay2:B
13 1cuo:A 129 128 0.4688 0.4651 0.4688 1.69e-43 1uat:A
14 1ov8:A 139 83 0.2422 0.2230 0.3735 2.40e-10 1ov8:B, 1ov8:C, 1ov8:D, 1qhq:A
15 2aan:A 123 117 0.2812 0.2927 0.3077 8.90e-10
16 6kol:A 125 84 0.2031 0.2080 0.3095 8.64e-07 6l9s:A
17 6zea:A 308 44 0.1250 0.0519 0.3636 0.077
18 6tfo:C 424 47 0.1406 0.0425 0.3830 0.56 6tfd:A, 6tfd:C, 6tfd:B, 6tfo:A, 6tfo:B
19 8wkl:G 307 35 0.0938 0.0391 0.3429 0.91 2fpb:A, 2fpb:B, 2fpc:A, 2fpc:B, 4imb:A, 4iyg:A, 6n5v:A, 6n5v:B, 7t5i:A, 7t5i:B, 7t5j:A, 3v1s:A, 3v1s:B, 2v91:A, 2v91:B, 2vaq:A, 2vaq:B, 8wkl:A, 8wkl:B, 8wkl:C, 8wkl:D, 8wkl:E, 8wkl:F, 8wkl:H
20 4qoz:C 73 38 0.0938 0.1644 0.3158 1.6 4l8r:C
21 1f56:A 91 20 0.0859 0.1209 0.5500 1.7 1f56:B, 1f56:C
22 4eac:C 396 36 0.1016 0.0328 0.3611 2.2 4eac:A, 4eac:B, 4eac:D, 4eay:A, 4eay:B, 4eay:C, 4eay:D
23 5ftz:A 172 35 0.1094 0.0814 0.4000 2.4
24 2cbp:A 96 20 0.0859 0.1146 0.5500 4.5
25 4wv8:D 239 58 0.1250 0.0669 0.2759 4.9 4u2a:A, 4u36:A, 4wv8:A, 4wv8:B, 4wv8:C, 4xtm:A, 4xtp:A, 4xxa:A, 4xxa:B
26 7mqa:SP 2485 48 0.1250 0.0064 0.3333 6.2
27 6j31:B 387 42 0.1250 0.0413 0.3810 9.6 6j31:A, 6j31:C, 6j31:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218