Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ALVNFHRMIKLTTGKEAALSYGFYGCHCGVGGRGSPKDATDRCCVTHDCCYKRLEKRGCGTKFLSYKFSNSGSRISCAKQ
DSCRSQLCECDKAAATCFARNKTTYNKKYQYYSNKHCRGSTPRC

The query sequence (length=124) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5g3n:A 127 124 1.0000 0.9764 1.0000 2.05e-88 1ayp:A, 1ayp:B, 1ayp:C, 1ayp:D, 1ayp:E, 1ayp:F, 1db4:A, 1db5:A, 1dcy:A, 5g3n:B, 1j1a:A, 1j1a:B, 1kqu:A, 1kvo:A, 1kvo:B, 1kvo:C, 1kvo:D, 1kvo:E, 1kvo:F, 1n28:B, 1n28:A, 1n29:A, 1pod:A, 1poe:A, 1poe:B, 3u8b:A, 3u8d:A, 3u8d:B, 3u8h:A, 3u8h:B, 3u8i:A, 3u8i:B
2 1b4w:A 122 123 0.5000 0.5082 0.5041 1.42e-40 1b4w:D, 4hg9:A, 4hg9:B, 4hg9:C, 4hg9:D, 1jia:A, 1jia:B
3 5wzo:A 123 123 0.5484 0.5528 0.5528 3.31e-39 6kqu:A, 5wzm:A, 5wzs:A, 5wzt:A, 5wzu:A, 5wzv:A, 5wzw:A, 5y5e:A
4 2qog:B 122 123 0.4919 0.5000 0.4959 2.17e-38 2qog:C, 3r0l:D
5 1bjj:A 122 123 0.4919 0.5000 0.4959 1.13e-37 1bjj:E, 1bjj:B, 1bjj:C, 1bjj:D, 1bjj:F
6 6b81:B 122 123 0.5161 0.5246 0.5203 5.01e-37 6b81:A, 6b83:B, 3cxi:A, 3cxi:B, 3cyl:A, 3cyl:B, 4dcf:A, 4dcf:B, 6dik:A, 8dnd:B, 8dnd:A, 3hzw:A, 3hzw:B, 3i03:A, 3mlm:A, 3mlm:B, 6mqd:A, 6mqd:B, 6mqf:A, 6mqf:B, 2ok9:A, 2ok9:B, 6pwh:A, 6pwh:B, 1qll:A, 1qll:B, 3qnl:A, 7rox:A, 5vfj:A, 5vfn:A, 1xxs:A, 1xxs:B, 1y4l:A, 1y4l:B, 4yu7:B, 4yu7:A, 4yv5:B, 4yv5:A, 4yz7:A, 4yz7:B
7 2arm:A 121 120 0.4919 0.5041 0.5083 5.15e-36 2b17:A, 3cbi:A, 3cbi:B, 3cbi:C, 3cbi:D, 2do2:A, 2dpz:A, 4eix:A, 3fg5:A, 4fga:A, 2fnx:A, 3fo7:A, 1fv0:A, 2g58:A, 3g8f:A, 4gfy:A, 4gld:A, 2gns:A, 3h1x:A, 4hmb:A, 1jq8:A, 1jq8:B, 1jq9:A, 1jq9:B, 1kpm:A, 1kpm:B, 2o1n:A, 2oli:A, 2otf:A, 2oth:A, 2oub:A, 1oxl:A, 1oyf:A, 1oyf:B, 2oyf:A, 2pb8:A, 2pmj:A, 2pws:A, 1q7a:A, 4qer:A, 4qf7:A, 4qf8:A, 4qgd:A, 2qhw:A, 4qmc:A, 2qu9:A, 2que:A, 2qvd:A, 1skg:A, 1sqz:A, 1sv3:A, 1sv9:A, 1sxk:A, 1tdv:A, 1tg1:A, 1tg4:A, 1tgm:A, 1th6:A, 1tj9:A, 1tjk:A, 1tk4:A, 1tp2:A, 1tp2:B, 1y38:A, 1y38:B, 2zbh:A, 1zr8:A, 1zwp:A, 1zyx:A
8 1umv:X 122 124 0.4435 0.4508 0.4435 5.79e-36 1z76:A, 1z76:B, 1zl7:A
9 2i0u:E 122 123 0.4597 0.4672 0.4634 5.99e-36 2i0u:A, 1rgb:A, 1rgb:B, 1rgb:K, 1rgb:L
10 6al3:B 122 119 0.5000 0.5082 0.5210 9.89e-36 6al3:C
11 1oz6:A 120 113 0.4597 0.4750 0.5044 3.66e-34
12 3bjw:A 122 124 0.4677 0.4754 0.4677 4.73e-34 3bjw:E, 3bjw:G, 3bjw:B, 3bjw:F, 3bjw:C, 3bjw:D, 3bjw:H, 2qhd:A, 2qhd:B
13 6ce2:A 121 117 0.4758 0.4876 0.5043 8.01e-34 6ce2:B
14 7lye:A 122 123 0.4839 0.4918 0.4878 2.16e-33 7lye:B, 7lye:C, 7lye:D
15 1bk9:A 124 118 0.4355 0.4355 0.4576 1.80e-32 1m8r:A, 1m8s:A, 1psj:A
16 1ppa:A 121 118 0.4516 0.4628 0.4746 2.26e-32
17 3jr8:A 122 123 0.4597 0.4672 0.4634 3.85e-32 3jr8:B
18 1ijl:A 123 125 0.4274 0.4309 0.4240 2.48e-31 1ijl:B
19 5g3m:A 123 113 0.3629 0.3659 0.3982 5.23e-25 5g3m:B, 6g5j:A, 6g5j:B, 1le6:A, 1le6:B, 1le6:C, 1le7:A, 1le7:B, 5ow8:A, 5ow8:B, 5owc:A, 5owc:B, 4uy1:A, 4uy1:B
20 1y6o:A 131 134 0.4435 0.4198 0.4104 6.63e-24 2azy:A, 2azz:A, 2b00:A, 2b01:A, 2b03:A, 2b04:A, 4dbk:A, 3fvi:A, 3fvi:B, 3fvi:C, 3fvi:D, 3fvj:A, 1fx9:A, 1fx9:B, 1fxf:A, 1fxf:B, 4g5i:A, 1hn4:A, 1hn4:B, 3hsw:A, 3l30:A, 1l8s:A, 1l8s:B, 4o1y:A, 3o4m:A, 1p2p:A, 3p2p:A, 3p2p:B, 4p2p:A, 5p2p:A, 5p2p:B, 2phi:A, 2phi:B, 1pir:A, 1pis:A, 3qlm:A, 1sfv:A, 1sfw:A, 1y6o:B, 1y6p:A, 1y6p:B
21 2rd4:B 119 111 0.3387 0.3529 0.3784 4.00e-21 1s6b:B
22 3gci:A 119 110 0.3468 0.3613 0.3909 2.19e-20 3jq5:A, 3jql:A, 3jti:A, 1ln8:A, 1mf4:A, 3nju:A, 3osh:A, 1oxr:A, 1psh:A, 1psh:B, 1psh:C, 3q4y:A, 1sz8:A, 1t37:A, 1td7:A, 1yxl:A, 1zm6:A
23 1fe5:A 118 100 0.3387 0.3559 0.4200 2.23e-20 1dpy:A
24 2b96:A 123 125 0.3710 0.3740 0.3680 2.71e-20 2bax:A, 2bch:A, 2bd1:A, 2bd1:B, 1bp2:A, 1bpq:A, 2bpp:A, 3bp2:A, 4bp2:A, 1c74:A, 1ceh:A, 1fdk:A, 1g4i:A, 1gh4:A, 1irb:A, 1kvw:A, 1kvx:A, 1kvy:A, 1mks:A, 1mkt:A, 1mku:A, 1mkv:A, 1o2e:A, 1o3w:A, 1une:A, 1vkq:A, 1vl9:A, 2zp4:A
25 1yxh:A 119 110 0.3306 0.3445 0.3727 1.45e-19
26 2wq5:A 119 110 0.3468 0.3613 0.3909 2.38e-19 1poa:A, 1pob:A, 1pob:B
27 1gp7:A 124 116 0.3468 0.3468 0.3707 5.51e-18 1gp7:B, 1gp7:C
28 1mh2:A 119 107 0.3387 0.3529 0.3925 2.03e-17 2rd4:A, 1s6b:A, 1xxw:A
29 3v9m:A 118 85 0.2742 0.2881 0.4000 6.63e-17 3v9m:B
30 1po8:A 118 101 0.3145 0.3305 0.3861 2.73e-16 1tc8:A
31 3r0l:A 33 30 0.1613 0.6061 0.6667 1.13e-09
32 1u4j:A 118 67 0.2258 0.2373 0.4179 1.92e-09 1u4j:B
33 1m8t:A 119 110 0.3548 0.3697 0.4000 2.18e-09 1m8t:B, 1m8t:C, 1m8t:D, 1m8t:E, 1m8t:F
34 6rm3:SL0 157 31 0.1129 0.0892 0.4516 3.0
35 2wg7:A 121 33 0.1129 0.1157 0.4242 7.8 2wg7:B, 2wg8:A, 2wg8:B, 2wg8:C, 2wg9:A, 2wg9:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218