Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ALVEDNNAVAVSFSEEQEALVLKSWAILKKDSANIALRFFLKIFEVAPSASQMFSFLRNSDVPLEKNPKLKTHAMSVFVM
TCEAAAQLRKAGKVTVRDTTLKRLGATHLKYGVGDAHFEVVKFALLDTIKEEVPADMWSPAMKSAWSEAYDHLVAAIKQE
MKPAE

The query sequence (length=165) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1d8u:A 165 165 1.0000 1.0000 1.0000 1.18e-120 1d8u:B, 2gnv:A, 2gnv:B, 2gnw:A, 2gnw:B
2 2oif:G 154 154 0.7697 0.8247 0.8247 1.77e-95 2oif:A, 2oif:B, 2oif:C, 2oif:D, 2oif:E, 2oif:F, 2oif:H
3 2r50:C 147 151 0.7212 0.8095 0.7881 1.03e-85 2r50:A, 2r50:B, 2r50:D
4 3zhw:A 154 151 0.6424 0.6883 0.7020 1.01e-78 3zhw:B
5 3qqq:A 150 151 0.6545 0.7200 0.7152 4.41e-78 3qqq:B, 3qqr:A, 3qqr:B
6 7z1u:A 147 152 0.5939 0.6667 0.6447 9.39e-68 7z1u:B, 7zos:A
7 1gdi:A 153 154 0.4485 0.4837 0.4805 6.68e-38 1gdj:A, 1gdk:A, 1gdl:A, 2gdm:A, 1lh1:A, 1lh2:A, 1lh3:A, 1lh5:A, 1lh6:A, 1lh7:A, 2lh1:A, 2lh2:A, 2lh3:A, 2lh5:A, 2lh6:A, 2lh7:A
8 1bin:A 143 149 0.3879 0.4476 0.4295 5.55e-28 1bin:B, 1fsl:A, 1fsl:B
9 2dc3:A 172 154 0.2606 0.2500 0.2792 1.56e-11 3ag0:A, 4b3w:A, 4b3w:B, 2dc3:B, 1umo:A, 1umo:B, 1urv:A, 1urv:B, 1ury:A, 1ury:B, 1ut0:A, 1ut0:B, 1ux9:A, 1ux9:B, 1v5h:A
10 3s1i:A 131 138 0.1939 0.2443 0.2319 2.00e-08 3s1i:B, 3s1i:C, 3s1j:A, 3s1j:B, 3s1j:C, 3ubc:A, 3ubc:D, 3ubc:G, 3ubv:A, 3ubv:D, 3ubv:G
11 1dm1:A 146 113 0.2000 0.2260 0.2920 1.22e-07 2fal:A, 2fam:A, 1mba:A, 3mba:A, 4mba:A, 5mba:A
12 6q6p:B 157 148 0.2061 0.2166 0.2297 1.36e-07 6q6p:A
13 3wfw:A 138 150 0.2121 0.2536 0.2333 2.03e-07 3wfx:A, 3wfx:B
14 4b4y:A 149 143 0.2242 0.2483 0.2587 5.69e-07
15 7vlc:B 144 117 0.1879 0.2153 0.2650 3.41e-06 7vlc:F, 7vld:B, 7vld:F, 7vle:B, 7vle:F, 7vlf:B, 7vlf:F, 3wct:B, 3wct:F, 3wcu:B, 3wcu:F, 3wcv:B, 3wcv:F, 3wcw:B, 3wcw:F
16 6wk3:D 146 146 0.2242 0.2534 0.2534 5.45e-06 6wk3:A, 6wk3:B, 6wk3:C
17 8oup:B 151 57 0.1273 0.1391 0.3684 5.65e-06 8oup:A, 8oup:C, 8oup:D
18 1hlb:A 157 135 0.1939 0.2038 0.2370 2.45e-05
19 7ohd:B 134 143 0.1879 0.2313 0.2168 8.76e-05
20 2bk9:A 153 141 0.1939 0.2092 0.2270 1.06e-04 2g3h:A
21 7dih:A 139 143 0.2061 0.2446 0.2378 1.72e-04 7dih:B
22 6h6c:A 151 143 0.1939 0.2119 0.2238 5.17e-04 5eet:A, 5eoh:A, 5eqm:A, 5eu2:A, 5ev5:A, 5eyj:A, 5eys:A, 6eye:A, 5f0b:A, 5f2a:A, 3gk9:A, 3gkt:A, 3gln:A, 8grz:A, 6h5z:A, 6h6i:A, 6h6j:A, 6i3t:A, 6i40:A, 5mjc:A, 5mjd:A, 4mpm:A, 4mpm:B, 4mu5:A, 5nvi:A, 5nw6:A, 4nzi:A, 4o1t:A, 5o17:A, 5o18:A, 5o1k:A, 4o2g:A, 5o27:A, 4o35:A, 4o4t:A, 4o4z:A, 7ohd:A, 1oj6:A, 1oj6:B, 1oj6:C, 1oj6:D, 1q1f:A, 6r1q:A, 6ra6:A, 7vqg:A, 2vry:A, 1w92:A
23 3tm9:A 146 124 0.2061 0.2329 0.2742 6.85e-04 3tld:A, 3tld:B, 3tm3:A, 1vhb:A, 1vhb:B, 2vhb:A, 2vhb:B, 3vhb:A, 3vhb:B, 4vhb:A, 4vhb:B
24 4hrr:B 151 72 0.1394 0.1523 0.3194 0.002 4hrr:D, 4hrr:F, 4hrr:H, 4hrt:B, 4hrt:D, 4hrt:F, 4hrt:H
25 4u8u:B 142 116 0.1758 0.2042 0.2500 0.004 4u8u:F, 4u8u:J, 4u8u:Q, 4u8u:U, 4u8u:Y, 4u8u:f, 4u8u:j, 4u8u:n
26 2wy4:A 139 137 0.1879 0.2230 0.2263 0.008
27 4g1b:A 398 50 0.1091 0.0452 0.3600 0.031 4g1b:B, 4g1b:C, 4g1b:D, 4g1v:A
28 8u5a:A 149 153 0.2545 0.2819 0.2745 0.038 8u5a:B
29 8kfh:A 160 132 0.1758 0.1812 0.2197 0.048 101m:A, 102m:A, 103m:A, 104m:A, 105m:A, 106m:A, 107m:A, 108m:A, 109m:A, 110m:A, 111m:A, 112m:A, 3a2g:A, 7a44:A, 7a45:A, 1a6g:A, 1a6k:A, 1a6m:A, 1a6n:A, 1abs:A, 1ajg:A, 1ajh:A, 3ase:A, 5b84:A, 5b85:A, 2blh:A, 2bli:A, 2blj:M, 6bmg:A, 6bmg:B, 1bvc:A, 1bvd:A, 2bw9:M, 2bwh:A, 1bz6:A, 1bzp:A, 1bzr:A, 5c6y:A, 7cen:A, 7cez:A, 6cf0:A, 1ch1:A, 1ch2:A, 1ch3:A, 1ch5:A, 1ch7:A, 1ch9:A, 1cik:A, 1cio:A, 2cmm:A, 1co8:A, 1co9:A, 1cp0:A, 1cp5:A, 1cpw:A, 1cq2:A, 6d45:A, 2d6c:A, 2d6c:B, 1do1:A, 1do3:A, 1do4:A, 1do7:A, 1dti:A, 1dtm:A, 1duk:A, 1duo:A, 1dxc:A, 1dxd:A, 6e02:A, 6e03:A, 6e04:A, 2e2y:A, 3e4n:A, 3e55:A, 3e5i:A, 3e5o:A, 1ebc:A, 2eb8:A, 2eb9:A, 3ecl:A, 3ecx:A, 3ecz:A, 3ed9:A, 3eda:A, 3edb:A, 2ef2:A, 7ehx:A, 2ekt:A, 2eku:A, 8eko:A, 8ess:A, 8esu:A, 2evk:A, 2evp:A, 6f17:A, 6f18:A, 6f19:A, 6f1a:A, 1f63:A, 1f65:A, 1f6h:A, 8f9h:A, 8f9i:A, 8f9i:B, 8f9j:A, 8f9n:A, 8fb0:A, 1fcs:A, 8fdj:A, 4fwx:A, 4fwy:A, 4fwz:A, 2g0r:A, 2g0s:A, 2g0v:A, 2g0x:A, 2g0z:A, 2g10:A, 2g11:A, 2g12:A, 2g14:A, 6g5a:A, 6g5b:A, 6g5t:A, 4h07:A, 4h0b:A, 1h1x:A, 3h57:A, 3h58:A, 5hav:A, 1hjt:A, 5hlq:A, 5hlu:A, 5hlx:A, 5iks:A, 5ile:A, 5ilm:A, 5ilp:A, 5ilr:A, 1iop:A, 1irc:A, 4it8:A, 1j3f:A, 8j4k:A, 8j4l:A, 1j52:A, 1jdo:A, 2jho:A, 5jom:A, 1jp6:A, 1jp8:A, 1jp9:A, 1jpb:A, 6jp1:A, 6jp1:B, 1jw8:A, 3k9z:A, 5kd1:A, 8kfh:B, 8kfi:A, 8kfi:B, 8kfj:A, 8kfj:B, 5kkk:A, 6krc:A, 6krf:A, 7kyr:A, 1l2k:A, 7l3u:A, 7l3y:A, 4lpi:A, 1ltw:A, 1lue:A, 3m38:A, 3m39:A, 3m3a:A, 3m3b:A, 5m3s:A, 6m8f:A, 1mbc:A, 1mbd:A, 1mbi:A, 1mbn:A, 1mbo:A, 2mb5:A, 2mbw:A, 4mbn:A, 5mbn:A, 1mcy:A, 1mgn:A, 2mga:A, 2mgb:A, 2mgc:A, 2mgd:A, 2mge:A, 2mgf:A, 2mgg:A, 2mgh:A, 2mgi:A, 2mgj:A, 2mgk:A, 2mgl:A, 2mgm:A, 1mlf:A, 1mlg:A, 1mlh:A, 1mlj:A, 1mlk:A, 1mll:A, 1mlm:A, 1mln:A, 1mlo:A, 1mlq:A, 1mlr:A, 1mls:A, 1mlu:A, 3mn0:A, 1moa:A, 1mob:A, 1moc:A, 1mod:A, 1mti:A, 1mtj:A, 1mtk:A, 6mv0:A, 4mxk:A, 4mxl:A, 1myf:A, 1mym:A, 1myz:A, 2mya:A, 2myb:A, 2myc:A, 2myd:A, 2mye:A, 1mz0:A, 6n02:A, 6n03:A, 1n9f:A, 1n9h:A, 1n9i:A, 1n9x:A, 1naz:A, 3nml:A, 4nxa:A, 4nxc:A, 1o16:A, 5o41:A, 3o89:A, 1obm:A, 1ofj:A, 1ofk:A, 4of9:A, 3ogb:A, 2oh8:A, 2oh9:A, 2oha:A, 2ohb:A, 5oj9:A, 5oja:A, 5ojb:A, 5ojc:A, 4ood:A, 4pnj:A, 4pq6:A, 4pqb:A, 4pqc:A, 4qau:A, 8qba:A, 8qbc:A, 3sdn:A, 7slh:A, 7sli:A, 1spe:A, 2spl:A, 2spm:A, 2spn:A, 2spo:A, 7spe:A, 7spf:A, 7spg:A, 7sph:A, 1swm:A, 1tes:A, 4tyx:A, 3u3e:A, 1u7r:A, 1u7s:A, 1ufj:A, 5ut7:A, 5ut8:A, 5ut9:A, 5uta:A, 5utb:A, 5utc:A, 5utd:A, 1v9q:A, 7vdn:A, 5vnu:A, 5vrt:A, 7vuc:A, 7vw4:A, 1vxa:A, 1vxb:A, 1vxc:A, 1vxd:A, 1vxe:A, 1vxf:A, 1vxg:A, 1vxh:A, 5vzn:A, 5vzo:A, 5vzp:A, 5vzq:A, 2w6w:A, 2w6x:A, 2w6y:A, 5wjk:A, 1wvp:A, 7xc9:A, 7xcf:A, 7xcq:A, 5xkv:A, 5xkw:A, 5xl0:A, 5yce:A, 5ych:A, 5yci:A, 5ycj:A, 7ylk:A, 1yog:A, 1yoh:A, 1yoi:A, 5yzf:A, 6z4r:A, 6z4t:A, 2z6s:A, 2z6t:A, 5zeo:A, 2zsn:A, 2zso:A, 2zsp:A, 2zsq:A, 2zsr:A, 2zss:A, 2zst:A, 2zsx:A, 2zsy:A, 2zsz:A, 2zt0:A, 2zt1:A, 2zt2:A, 2zt3:A, 2zt4:A, 5zzf:A, 5zzg:A
30 2gtl:C 149 110 0.1818 0.2013 0.2727 0.12 2gtl:G, 2gtl:K, 5m3l:C, 5m3l:G, 5m3l:K, 1x9f:C, 1x9f:G, 1x9f:K
31 1hlm:A 158 132 0.1697 0.1772 0.2121 0.14
32 2j4x:A 196 82 0.1212 0.1020 0.2439 1.3
33 2wet:B 501 34 0.0545 0.0180 0.2647 2.0 2wes:A, 2wes:B, 2wes:C, 2wes:D, 2wet:A, 2wet:C, 2wet:D, 2weu:A, 2weu:B, 2weu:C, 2weu:D
34 1it2:A 146 86 0.1152 0.1301 0.2209 2.9 1it2:B, 1it3:A, 1it3:B, 1it3:C, 1it3:D
35 1emy:A 153 154 0.2000 0.2157 0.2143 4.8
36 2olp:A 151 77 0.1091 0.1192 0.2338 5.4 2olp:B, 6otw:A, 6otx:A, 6oty:A, 3pi1:A, 3pi1:B, 3pi2:A, 3pi2:B, 3pi3:A, 3pi3:B, 3pi4:A, 3pi4:B, 3pt7:A, 3pt8:A
37 5hc9:A 425 37 0.0788 0.0306 0.3514 5.4 3h39:A, 3h39:B, 3h3a:A, 3h3a:B, 5hc9:B
38 5ziq:A 155 122 0.1636 0.1742 0.2213 5.6 5ziq:B, 5ziq:C, 5ziq:D, 5zm9:D
39 7ena:6 652 77 0.1212 0.0307 0.2597 6.0 7ad8:A, 8bvw:0, 8ebs:A, 8ebv:A, 8ebw:A, 7egb:6, 7egc:6, 7enc:6, 8gxq:HH, 8gxs:HH, 5ivw:V, 5iy6:V, 5iy7:V, 5iy8:V, 5iy9:V, 7nvr:7, 7nvv:7, 7nvw:7, 7nvx:7, 7nvy:7, 7nvz:7, 7nw0:7, 6o9l:7, 6ro4:A, 8wak:6, 8wal:6, 8wan:6, 8wao:6, 8wap:6, 8waq:6, 8war:6, 8was:6
40 8ebu:A 604 100 0.1515 0.0414 0.2500 6.5 8ebt:A, 8ebx:A, 8eby:A
41 4n0g:A 267 77 0.1273 0.0787 0.2727 9.7 4n0g:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218