Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ALSAQQLLNASKIDDIDSMMGFERYVPPQYNGRFDAKDIDQIPGRVGWLTNMHATLVSQEQGISGVDFYFLDEEGGSFKS
TVVYDPYFFIACNDESRVNDVEELVKKYLESCLKSLQIIRKEDLTMDNHLLGLQKTLIKLSFVNSNQLFEARKLLRPILQ
DNANNNVQRNIYNVDAKHLIEDIREYDVPYHVRVSIDKDIRVGKWYKVTQQGFIEDTRKIAFADPVVMAFDIETTKPPLK
FPDSAVDQIMMISYMIDGEGFLITNREIISEDIEDFEYTPKPEYPGFFTIFNENDEVALLQRFFEHIRDVRPTVISTFNG
DFFDWPFIHNRSKIHGLDMFDEIGFAPDAEGEYKSSYCSHMDCFRWLKRDSYLPQGSQGLKAVTQSKLGYNPIELDPELM
TPYAFEKPQHLSEYSVSDAVATYYLYMKYVHPFIFSLCTIIPLNPDETLRKGTGTLCEMLLMVQAYQHNILLPNKHTDPI
ERFYDGHLLESETYVGGHVESLEAGVFRSDLKNEFKIDPSAIDELLQELPEALKFSVEVENKSSVDKVTNFEEIKNQITQ
KLLELKENNIRNELPLIYHVDVASMYPNIMTTNRLQPDSITCARKLKWAWRGEFFPSKMDEYNMIKRALQNETFPNLTFD
ELSYADQVIHIKKRLTEYSRKVYHRVKVSEIVEREAIVCQRENPFYVDTVKSFRDRRYEFKGLAKTWKGNLSKIDPSDKH
ARDEAKKMIVLYDSLQLAHKVILNSFYGYVMRKGSRWYSMEMAGITCLTGATIIQMARALVERVGRPLELDTDGIWCILP
KSFPETYFFTLENGKKLYLSYPCSMLNYRVHQKFTNHQYQELKDPLNYIYETHSENTIFFEVDGPYKAMILPSSKEEGKG
IKKRYAVFNEDGSLAELKGFELKRRGELQLIKNFQSDIFKVFLEGDTLEGCYSAVASVCNRWLDVLDSHGLMLEDEDLVS
LICENRSMSKTLKEYEGQKSTSITTARRLGDFLGEDMVKDKGLQCKYIISSKPFNAPVTERAIPVAIFSADIPIKRSFLR
RWTLDPSLEDLDIRTIIDWGYYRERLGSAIQKIITIPAALQGVSNPVPRVEHPDWLKRKIAT

The query sequence (length=1102) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4m8o:A 1126 1126 0.9973 0.9760 0.9760 0.0 8b6k:A, 8b6k:B, 8b76:B, 8b76:A, 8b77:A, 8b79:B, 8b79:A, 8b7e:B, 8b7e:A, 6fwk:A, 6h1v:A, 6i8a:A, 5oki:B, 4ptf:A, 6qib:A, 7r3x:A, 7r3y:A, 8tw9:E, 8twa:E
2 6g0a:A 1104 1112 0.9882 0.9864 0.9793 0.0 8b67:A, 6fwk:B, 6i8a:B, 7r3y:B
3 6s2e:A 1006 1118 0.8956 0.9811 0.8828 0.0 6s2f:A
4 9b8t:A 1146 1136 0.5771 0.5550 0.5599 0.0 9b8s:A, 9f6d:A, 9f6e:A, 9f6f:A, 9f6i:A, 9f6j:A, 9f6k:A, 9f6l:A
5 4ail:C 750 450 0.1034 0.1520 0.2533 2.16e-18 2jgu:A
6 4ail:C 750 232 0.0554 0.0813 0.2629 5.37e-07 2jgu:A
7 1d5a:A 733 455 0.1007 0.1514 0.2440 2.39e-16
8 1d5a:A 733 213 0.0499 0.0750 0.2582 0.071
9 7b0h:F 762 470 0.1062 0.1535 0.2489 7.45e-16 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
10 7b0h:F 762 239 0.0508 0.0735 0.2343 1.22e-05 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
11 4k8x:A 759 468 0.1071 0.1555 0.2521 9.44e-16 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
12 4k8x:A 759 213 0.0517 0.0751 0.2676 5.92e-07 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
13 6wya:A 756 469 0.0971 0.1415 0.2281 1.03e-13 6wyb:A
14 6wya:A 756 338 0.0681 0.0992 0.2219 3.30e-06 6wyb:A
15 4flu:A 758 422 0.0880 0.1280 0.2299 2.29e-09 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
16 4flu:A 758 373 0.0789 0.1148 0.2332 8.50e-06 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
17 5mdn:A 761 392 0.0744 0.1078 0.2092 1.67e-07 5mdn:B
18 5mdn:A 761 318 0.0672 0.0972 0.2327 3.08e-04 5mdn:B
19 3k57:A 782 233 0.0544 0.0767 0.2575 3.33e-07 3k58:A, 3k59:A, 3k5l:A, 3k5m:A, 3maq:A
20 1s5j:A 727 270 0.0590 0.0894 0.2407 6.14e-05
21 1s5j:A 727 100 0.0236 0.0358 0.2600 6.9
22 3k5n:A 759 233 0.0526 0.0764 0.2489 2.19e-04
23 8d0b:F 915 71 0.0209 0.0251 0.3239 0.12 8d0k:F
24 7opl:A 1070 71 0.0209 0.0215 0.3239 0.13 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
25 7uy7:E 783 70 0.0200 0.0281 0.3143 0.18
26 1t7l:A 734 168 0.0426 0.0640 0.2798 0.25 3bq5:B, 3bq6:A, 3bq6:B, 1t7l:B, 1xdj:A, 1xdj:B, 1xpg:A, 1xpg:B, 1xr2:A, 1xr2:B
27 8wpe:A 1006 121 0.0281 0.0308 0.2562 0.30 8hg1:A, 8hpa:A, 8j86:A, 8j8f:A, 8j8g:A, 8k8s:A, 8k8u:A, 5n2g:A, 8wpf:A, 8wpk:A, 8wpp:A
28 7lxd:A 1190 155 0.0318 0.0294 0.2258 0.66 6v8p:A
29 3r5h:A 383 32 0.0127 0.0366 0.4375 0.87 4dlk:A, 4dlk:B, 3q2o:B, 3qff:A, 3qff:B, 3r5h:B, 3v4s:A, 3v4s:B
30 8un9:A 229 112 0.0263 0.1266 0.2589 1.1 8un9:B
31 8g99:A 1063 67 0.0200 0.0207 0.3284 1.5 8g9f:A, 8g9l:A, 8g9n:A, 8g9o:A, 8ucu:A, 8ucv:A, 8ucw:A, 8v5m:A, 8v5n:A, 8v5o:A
32 7kc0:A 1004 144 0.0309 0.0339 0.2361 1.5 3iay:A, 6p1h:A
33 8v6g:A 1050 67 0.0200 0.0210 0.3284 1.5 8v6h:A, 8v6i:A, 8v6j:A
34 1un9:A 537 162 0.0336 0.0689 0.2284 1.6 1un9:B
35 7z1m:O 570 73 0.0191 0.0368 0.2877 1.7 8bws:O, 6cnc:O, 6cnd:O, 6eu0:O, 6eu1:O, 6f44:O, 7z2z:O
36 8tlq:A 1283 129 0.0272 0.0234 0.2326 2.2 8tlt:A, 6v93:A
37 6s1m:A 1010 128 0.0299 0.0327 0.2578 2.2 6s1n:A, 6s1o:A, 6tny:A, 6tnz:A
38 8fok:1 1046 64 0.0200 0.0210 0.3438 2.6 3flo:B, 3flo:D, 3flo:F, 3flo:H, 4fxd:A, 4fxd:B, 4fyd:A, 4fyd:B
39 7cim:A 524 46 0.0136 0.0286 0.3261 4.4 7cig:A, 7cig:B, 7cii:A, 7cii:B, 7cij:A, 7cij:B, 7cim:B
40 7s0t:A 1231 128 0.0281 0.0252 0.2422 6.8
41 8adj:A 515 114 0.0263 0.0563 0.2544 7.8 8adj:B, 8adj:C
42 6w5c:A 1023 163 0.0417 0.0450 0.2822 7.8
43 7d8c:A 1057 165 0.0399 0.0416 0.2667 7.8
44 6w64:A 928 163 0.0417 0.0496 0.2822 8.3
45 7eu9:A 1078 159 0.0408 0.0417 0.2830 8.3 7d2l:A, 7d3j:A
46 5a0y:A 548 74 0.0200 0.0401 0.2973 8.7 5a0y:D, 5a8k:A, 5a8k:D, 7b2h:A, 7b2h:D, 5g0r:A, 5g0r:D, 1hbm:A, 1hbm:D, 1hbn:A, 1hbn:D, 1hbo:A, 1hbo:D, 1hbu:A, 1hbu:D, 3m1v:A, 3m1v:D, 3m2r:A, 3m2r:D, 3m2u:A, 3m2u:D, 3m2v:A, 3m2v:D, 3m30:A, 3m30:D, 3m32:A, 3m32:D, 1mro:A, 1mro:D, 3pot:A, 3pot:D, 7suc:A, 7suc:a, 7sxm:A, 7sxm:D
47 6w62:A 910 159 0.0408 0.0495 0.2830 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218