Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ALQEIEFTSHNGRDAIQAWAYEPVGTPTAVVQIIHGLGEHSRRYLHMISALLDAGFVVIADDHAGHGRTAMQSGVWADAG
DNAAEVVISDELTLQQQLAGQFDDLPWVVFGHSWGSMIARAMATRPGTRLDGLALCGIVAQPRGFETTLDHKTLAKAMAT
APTDPAPEALVAQMFDGFADRLSEDDGPTGWVARSKEVVADHGKDKFNNFGAPMSTRFLQGLADIYAMANGDSFYATMPN
IPIVLFAGSEDPAGDFGTGVKAVAERLRRDGHNVELHLYDGLRHEVHNEPESRADVESSLVTFVDRVAN

The query sequence (length=309) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6khm:K 312 309 1.0000 0.9904 1.0000 0.0 6khl:A, 6khl:B, 6khm:A, 6khm:B, 6khm:C, 6khm:D, 6khm:E, 6khm:F, 6khm:G, 6khm:H, 6khm:I, 6khm:J, 6khm:L, 6khm:M, 6khm:N, 6khm:O, 6khm:P, 6khm:Q, 6khm:R, 6khm:S, 6khm:T, 6khm:U, 6khm:V, 6khm:X, 6khm:Y, 6khm:W, 6khm:Z
2 5olu:A 310 309 0.4013 0.4000 0.4013 1.28e-79
3 7prm:A 295 277 0.2362 0.2475 0.2635 1.89e-12 8aqf:A, 6ax1:A, 6ax1:B, 6bq0:A, 6bq0:B, 3hju:A, 3hju:B, 3jwe:A, 3jwe:B, 7l4t:A, 7l4u:A, 7l4u:B, 7l4w:A, 7l4w:B, 7l50:A, 7l50:B, 7l50:C, 7l50:D, 3pe6:A, 8ptc:A, 8ptq:A, 8ptr:A, 4uuq:A, 4uuq:B, 7zpg:A, 5zun:A
4 7p0y:A 278 289 0.2395 0.2662 0.2561 3.63e-11 7p0y:B
5 6qe2:A 257 286 0.2201 0.2646 0.2378 7.56e-09 6qe2:B
6 5cw2:C 319 120 0.1100 0.1066 0.2833 2.83e-05 5cw2:A, 5cw2:B, 5cw2:D
7 4hai:A 548 105 0.1003 0.0566 0.2952 0.001 7a7g:A, 7a7g:B, 5ai0:A, 5ai4:A, 5ai5:A, 5ai6:A, 5ai8:A, 5ai9:A, 5aia:A, 5aib:A, 5aic:A, 5ak3:A, 5ak4:A, 5ak5:A, 5ak6:A, 5ake:A, 5akg:A, 5akh:A, 5aki:A, 5akj:A, 5akk:A, 5akl:A, 5akx:A, 5aky:A, 5akz:A, 5ald:A, 5ale:A, 5alf:A, 5alg:A, 5alh:A, 5ali:A, 5alk:A, 5all:A, 5alm:A, 5aln:A, 5alo:A, 5alp:A, 5alq:A, 5alr:A, 5als:A, 5alt:A, 5alu:A, 5alv:A, 5alw:A, 5alx:A, 5aly:A, 5alz:A, 5am0:A, 5am1:A, 5am2:A, 5am3:A, 5am4:A, 5am5:A, 3ans:A, 3ans:B, 3ant:A, 3ant:B, 6aum:A, 4c4x:A, 4c4x:B, 4c4y:A, 4c4z:A, 4c4z:B, 7eba:A, 7eba:B, 5fp0:A, 6fr2:A, 6hgv:A, 6hgw:A, 6hgx:A, 3i1y:A, 3i28:A, 6i5g:A, 6i5g:B, 4j03:A, 4jnc:A, 3koo:A, 5mwa:A, 4ocz:A, 4od0:A, 3otq:A, 7p4k:A, 7p4k:B, 3pdc:A, 3pdc:B, 8qmz:A, 8qmz:B, 8qmz:C, 8qmz:D, 8qn0:A, 8qn0:B, 8qvf:A, 8qvg:A, 8qvh:A, 8qvk:A, 8qvl:A, 8qwi:A, 8qzd:A, 1vj5:A, 3wk4:A, 3wk5:A, 3wk6:A, 3wk7:A, 3wk8:A, 3wk9:A, 3wka:A, 3wkb:A, 3wkc:A, 3wkd:A, 3wke:A, 4x6x:A, 4x6x:B, 4x6y:A, 4x6y:B, 4y2j:A, 4y2p:A, 4y2q:A, 4y2r:A, 4y2s:A, 4y2t:A, 4y2u:A, 4y2v:A, 4y2x:A, 4y2y:A, 6yl4:A, 1zd2:P, 1zd3:A, 1zd4:A, 1zd5:A
8 5alj:A 523 105 0.1003 0.0593 0.2952 0.001
9 1cr6:B 541 103 0.0906 0.0518 0.2718 0.009 1cr6:A, 1ek1:A, 1ek1:B, 1ek2:A, 1ek2:B
10 6n3k:A 336 97 0.0874 0.0804 0.2784 0.029 6n3z:A, 6n5f:A, 6n5g:A, 6n5h:A, 5uro:A
11 2zjf:A 346 129 0.1165 0.1040 0.2791 0.038
12 6zl7:B 319 90 0.0906 0.0878 0.3111 0.18 6zl7:A
13 1yrk:A 126 38 0.0421 0.1032 0.3421 0.34
14 1wm1:A 313 83 0.0777 0.0767 0.2892 0.47 1x2b:A, 1x2e:A
15 5yb5:B 318 95 0.0809 0.0786 0.2632 0.97
16 2cjp:B 319 97 0.0777 0.0752 0.2474 1.5
17 4pbg:A 468 56 0.0583 0.0385 0.3214 1.7 4pbg:B
18 5ci7:A 277 37 0.0421 0.0469 0.3514 2.6 6mnh:A, 8p5g:A, 8p5g:B, 8p5h:A, 8p5h:B, 8p5i:A, 8p5i:B, 8p5i:C, 8p5i:D, 8p5j:A, 8p5j:B, 8p5k:A, 8p5k:B, 8p5k:C, 8p5k:D, 8p5l:A, 8p5l:B, 6qas:A, 6qas:B, 8sv9:A, 8sv9:B, 4wno:A, 4wnp:A, 4wnp:B, 4wnp:C, 4wnp:D
19 1aj0:A 282 41 0.0485 0.0532 0.3659 2.7 1aj2:A, 7tq1:A, 7tq1:B, 5u0v:A, 5u0w:A, 5u0w:B, 5u0y:A, 5u0y:B, 5u0z:A, 5u0z:B, 5u10:A, 5u10:B, 5u11:A, 5u11:B, 5u12:A, 5u12:B, 5u13:A, 5u13:B, 5u14:A, 5u14:B, 5v79:A, 5v79:B, 5v7a:A, 5v7a:B
20 5u0v:B 249 41 0.0485 0.0602 0.3659 2.9
21 8k9q:A 927 71 0.0712 0.0237 0.3099 3.4
22 4uhf:A 278 143 0.1327 0.1475 0.2867 5.3 4uhd:A, 4uhe:A
23 4e8h:B 216 44 0.0421 0.0602 0.2955 7.1 4e8h:A, 4e8h:C, 4e8h:D
24 8fjd:A 298 116 0.1003 0.1040 0.2672 8.4 8fjd:B
25 8ppt:B 1191 52 0.0518 0.0134 0.3077 9.2 8ppu:B, 8ppv:B, 6t8h:B
26 6jr9:A 269 52 0.0583 0.0669 0.3462 9.4 5c7y:A, 5c7y:B, 5c81:A, 5c81:B, 5c8x:A, 5c8x:B, 5c8z:A, 5c8z:B, 5ie4:A, 5ie4:B, 5ie5:A, 5ie5:B, 5ie6:A, 5ie6:B, 5ie7:A, 5ie7:B, 6jqz:A, 6jqz:B, 6jr2:A, 6jr2:B, 6jr5:A, 6jr5:B, 6jr9:B, 6jra:A, 6jra:B, 6jrb:A, 6jrb:B, 6jrc:A, 6jrc:B, 6jrd:A, 6jrd:B, 3wzm:A, 3wzm:B, 3wzm:C
27 8k9t:A 961 71 0.0680 0.0219 0.2958 9.4 8k9r:A
28 5ijl:A 943 52 0.0518 0.0170 0.3077 10.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218