Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ALFEPYTLKDVTLRNRIAIPPMSQYMAEDGMINDWHHVHLAGLARGGAGLLVVEATAVAPEGRITPGCAGIWSDAHAQAF
VPVVQAIKAAGSVPGIQIAHAGRKASANRPWEGDDHIAADDTRGWETIAPSAIAFGAHLPKVPREMTLDDIARVKQDFVD
AARRARDAGFEWIELHFAHGYLGQSFFSEHSNKRTDAYGGSFDNRSRFLLETLAAVREVWPENLPLTARFGVLEYDGRDE
QTLEESIELARRFKAGGLDLLSVSVGFTIPDTNIPWGPAFMGPIAERVRREAKLPVTSAWGFGTPQLAEAALQANQLDLV
SVGRAHLADPHWAYFAAKELGVEKASWTLPAPYAHWLE

The query sequence (length=358) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8auh:A 365 358 0.9665 0.9479 0.9665 0.0 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
2 7o0t:A 354 346 0.4441 0.4492 0.4595 2.69e-90 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
3 5ocs:A 369 359 0.4246 0.4119 0.4234 6.79e-86 5ocs:C
4 8uat:F 351 342 0.4441 0.4530 0.4649 2.11e-83 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
5 8pun:A 356 341 0.3939 0.3961 0.4135 1.49e-82 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
6 3gr7:A 340 350 0.4134 0.4353 0.4229 3.75e-79 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
7 7blf:A 406 363 0.4022 0.3547 0.3967 1.67e-74 7blf:B
8 1z41:A 337 356 0.3911 0.4154 0.3933 3.16e-72 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
9 8j59:B 388 357 0.3855 0.3557 0.3866 3.90e-72 8j59:A
10 7qfx:C 413 353 0.3799 0.3293 0.3853 4.42e-72 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
11 3kru:A 335 343 0.3687 0.3940 0.3848 5.11e-72 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
12 3gka:B 351 340 0.3240 0.3305 0.3412 6.03e-36 3gka:A
13 1gwj:A 374 353 0.2961 0.2834 0.3003 2.83e-33 3gx9:A, 2r14:A
14 4b5n:A 354 345 0.2849 0.2881 0.2957 6.84e-33 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
15 4ab4:A 349 227 0.2151 0.2206 0.3392 1.29e-32 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
16 8e5h:A 368 373 0.3268 0.3179 0.3137 1.40e-32
17 7tnb:AAA 353 348 0.2905 0.2946 0.2989 2.57e-32
18 6agz:A 386 226 0.2151 0.1995 0.3407 1.33e-31 6agz:B
19 1icp:A 358 218 0.2095 0.2095 0.3440 2.07e-31 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
20 2gou:A 365 342 0.2933 0.2877 0.3070 2.20e-31 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
21 2q3r:A 351 330 0.2626 0.2678 0.2848 7.46e-30 1vji:A
22 1djn:A 729 343 0.2654 0.1303 0.2770 9.16e-30 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
23 7bn6:B 381 344 0.2765 0.2598 0.2878 1.30e-29 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
24 4a3u:A 355 343 0.2737 0.2761 0.2857 2.17e-29 4a3u:B
25 4jic:A 370 231 0.1983 0.1919 0.3074 4.43e-29 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
26 2q3o:B 367 342 0.2877 0.2807 0.3012 7.52e-29 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
27 6qkg:B 664 337 0.2682 0.1446 0.2849 1.44e-28 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
28 4df2:A 404 215 0.2039 0.1807 0.3395 1.66e-27 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
29 6uff:A 362 338 0.2654 0.2624 0.2811 2.28e-27 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
30 8bpp:A 362 352 0.2709 0.2680 0.2756 9.35e-27 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
31 1gvr:A 364 346 0.2682 0.2637 0.2775 1.30e-26 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
32 7tmb:A 362 358 0.2765 0.2735 0.2765 2.00e-26 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
33 1ps9:A 671 343 0.2598 0.1386 0.2711 6.40e-26
34 6s32:D 352 224 0.2067 0.2102 0.3304 1.45e-25 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
35 5dy2:A 378 218 0.1899 0.1799 0.3119 3.54e-25 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
36 8fw1:A 362 219 0.1955 0.1934 0.3196 5.89e-25 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
37 9em0:A 376 347 0.2570 0.2447 0.2651 2.23e-24 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
38 6l6j:A 669 337 0.2737 0.1465 0.2908 6.82e-24
39 8e5i:A 357 227 0.2123 0.2129 0.3348 1.02e-23
40 5v4v:A 397 236 0.1955 0.1763 0.2966 2.65e-23 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
41 4qnw:A 369 218 0.1872 0.1816 0.3073 1.00e-21
42 6de6:A 689 297 0.2346 0.1219 0.2828 2.60e-21
43 4rnu:C 385 221 0.1844 0.1714 0.2986 1.79e-19 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
44 6de6:B 652 292 0.2263 0.1242 0.2774 4.51e-19
45 4ot7:A 308 333 0.2402 0.2792 0.2583 9.36e-19
46 1bwk:A 399 221 0.1816 0.1629 0.2941 9.41e-19 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
47 3aty:A 379 235 0.2039 0.1926 0.3106 1.51e-18 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
48 3k30:A 684 338 0.2737 0.1433 0.2899 2.56e-18 3k30:B
49 7fev:A 443 195 0.1620 0.1309 0.2974 4.75e-18
50 4tmc:A 399 220 0.1816 0.1629 0.2955 5.75e-18 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
51 4rnx:A 390 73 0.0922 0.0846 0.4521 2.92e-13 4rnx:B
52 4rnx:A 390 100 0.0642 0.0590 0.2300 0.049 4rnx:B
53 4fi4:A 407 95 0.0698 0.0614 0.2632 0.81 4fi4:B, 4fi4:C
54 4ln1:B 321 114 0.0922 0.1028 0.2895 1.7 4ln1:A, 4ln1:C, 4ln1:D
55 7qrm:C 285 49 0.0475 0.0596 0.3469 3.0 1ctm:A, 1hcz:A, 2pcf:B, 7qrm:K, 6rqf:K, 6rqf:C, 1tkw:B, 7zyv:C, 7zyv:K
56 8ro0:A 2231 50 0.0531 0.0085 0.3800 6.7 8ro1:A
57 3gyx:A 662 204 0.1480 0.0801 0.2598 7.3 3gyx:C, 3gyx:E, 3gyx:G, 3gyx:I, 3gyx:K
58 6k4d:A 539 88 0.0503 0.0334 0.2045 8.6 6k4c:A
59 6q2m:A 544 44 0.0335 0.0221 0.2727 9.1 1ba3:A, 5dwv:A, 4e5d:A, 4g36:A, 4g36:B, 4g37:A, 4g37:B, 5gyz:A, 5gz2:A, 6hps:A, 6hps:B, 3ies:A, 5kyt:A, 5kyt:B, 5kyv:A, 5kyv:B, 6q2m:B, 6q2m:C, 3rix:A, 5wys:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218