Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AKLVCYFTNWAQYRQGEARFLPKDLDPSLCTHLIYAFAGMTNHQLSTTEWNDETLYQEFNGLKKMNPKLKTLLAIGGWNF
GTQKFTDMVATANNRQTFVNSAIRFLRKYSFDGLDLDWEYPGSQGSPAVDKERFTTLVQDLANAFQQEAQTSGKERLLLS
AAVPAGQTYVDAGYEVDKIAQNLDFVNLMAYDFHGSWEKVTGHNSPLYKRQEESGAAASLNVDAAVQQWLQKGTPASKLI
LGMPTYGRSFTLASSSDTRVGAPATGSGTPGPFTKEGGMLAYYEVCSWKGATKQRIQDQKVPYIFRDNQWVGFDDVESFK
TKVSYLKQKGLGGAMVWALDLDDFAGFSCNQGRYPLIQTLRQELS

The query sequence (length=365) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5nr8:A 377 365 1.0000 0.9682 1.0000 0.0 1hki:A, 1hkj:A, 1hkk:A, 1hkm:A, 6jjr:A, 6jk6:A, 5nra:A, 5nrf:A, 1waw:A, 1wb0:A, 6ze8:A, 6ze8:B, 6ze8:C, 6ze8:D, 6ze8:E, 6ze8:F
2 3fy1:A 377 365 0.5753 0.5570 0.5753 3.12e-163 3fy1:B, 3rm4:A, 3rm4:B, 3rm8:A, 3rm8:B, 3rm9:A, 3rm9:B, 3rme:A, 3rme:B, 2ybt:A, 2ybt:B, 2ybt:C, 2ybt:D, 2ybt:E, 2ybt:F, 2ybu:A, 2ybu:B, 2ybu:C, 2ybu:D, 2ybu:E, 2ybu:F
3 8fr9:B 374 365 0.5562 0.5428 0.5562 5.31e-159 8frb:D
4 8r42:B 362 366 0.5370 0.5414 0.5355 5.72e-142 8r41:A, 8r41:B, 8r42:A, 8r4x:A, 8r4x:B, 8r4x:C, 8r4x:D
5 2aos:A 361 366 0.5178 0.5235 0.5164 3.40e-138 2fdm:A, 4mav:A, 4ml4:A, 4nsb:A, 2olh:A, 4q7n:A, 5z05:A, 5z3s:A, 5z4w:A, 1zbc:A, 1zbk:A, 1zbv:A, 1zbw:A, 1zl1:A
6 1e9l:A 372 366 0.4822 0.4731 0.4809 1.07e-130
7 6le7:A 381 376 0.4685 0.4488 0.4548 3.84e-112 6le8:A
8 6jav:A 377 377 0.4329 0.4191 0.4191 2.00e-101 6jaw:A, 6jax:A, 6jay:A
9 6jmb:A 374 382 0.4110 0.4011 0.3927 5.77e-95
10 3wqv:A 383 385 0.4247 0.4047 0.4026 2.92e-94 3wqw:A
11 4r5e:A 343 342 0.3479 0.3703 0.3713 4.44e-63
12 6kst:B 372 358 0.3260 0.3199 0.3324 2.24e-60 6kxl:A, 6kxl:B, 6kxm:A, 6kxm:B, 6kxn:A, 6kxn:B
13 6bt9:B 626 442 0.3863 0.2252 0.3190 1.94e-59 6bt9:A
14 3g6m:A 388 363 0.3288 0.3093 0.3306 1.26e-49
15 7akq:A 389 360 0.3178 0.2982 0.3222 6.88e-48 6epb:A, 6ylj:A, 6yn4:A
16 1ll4:A 392 357 0.3041 0.2832 0.3109 1.56e-46 1ll4:B, 1ll4:C, 1ll4:D
17 1jne:A 400 412 0.3315 0.3025 0.2937 3.43e-45
18 2a3c:A 395 357 0.3123 0.2886 0.3193 4.29e-44 2a3a:A, 2a3a:B, 2a3b:A, 2a3b:B, 2a3c:B, 2a3e:A, 2a3e:B, 3ch9:A, 3ch9:B, 3chc:A, 3chc:B, 3chd:A, 3chd:B, 3che:A, 3che:B, 3chf:A, 3chf:B, 2iuz:A, 2iuz:B, 1w9u:A, 1w9u:B, 1w9v:A, 1w9v:B
19 8hw8:A 326 317 0.2849 0.3190 0.3281 2.99e-43
20 8c6z:A 573 404 0.3068 0.1955 0.2772 2.79e-41 8ovr:A
21 1e6z:B 498 376 0.3041 0.2229 0.2952 2.92e-41 7c34:A, 7c34:B, 7c92:A, 7c92:B, 7cb1:A, 7cb1:B, 1e6r:A, 1e6r:B, 1e6z:A, 1h0g:B, 1h0g:A, 1h0i:A, 1h0i:B, 6jk9:A, 6jk9:B, 6jkf:A, 6jkf:B, 1o6i:A, 1o6i:B, 1ogg:A, 1ogg:B, 1ur8:A, 1ur8:B, 1ur9:A, 1ur9:B, 1w1p:A, 1w1p:B, 1w1t:A, 1w1t:B, 1w1v:A, 1w1v:B, 1w1y:A, 1w1y:B, 3wd1:A, 3wd2:A, 3wd3:A, 3wd4:A, 4z2g:A, 4z2h:A, 4z2i:A, 4z2j:A, 4z2k:A, 4z2l:A
22 8ose:A 563 437 0.3315 0.2149 0.2769 8.24e-39 8owf:A
23 6t9m:AAA 350 327 0.2521 0.2629 0.2813 1.09e-30
24 1ffq:A 540 329 0.2795 0.1889 0.3100 4.50e-30 7fd6:A, 2wk2:A, 2wly:A, 2wlz:A, 2wm0:A, 1x6n:A
25 3arq:A 575 329 0.2685 0.1704 0.2979 2.24e-29 3arp:A, 3arr:A, 3art:A, 3aru:A, 3arv:A, 3arw:A, 3arx:A, 3ary:A, 3arz:A, 3as0:A, 3as1:A, 3as2:A, 3as3:A, 8hrf:A, 8hrf:B
26 6hm1:A 386 370 0.2986 0.2824 0.2946 5.38e-28
27 7vrg:A 540 323 0.2521 0.1704 0.2848 7.75e-28 5gqb:A, 6jmn:A, 7vrg:B
28 5df0:A 528 328 0.2548 0.1761 0.2835 3.44e-24 5df0:B
29 4wiw:D 349 283 0.1863 0.1948 0.2403 8.60e-09 4wiw:A, 4wiw:B, 4wiw:C, 4wiw:E, 4wiw:F
30 5kz6:A 327 180 0.1425 0.1590 0.2889 0.001 3n13:A, 3n15:A, 3n17:A, 3n18:A, 3n1a:A
31 3co4:A 311 186 0.1178 0.1383 0.2312 0.007
32 5jh8:A 317 284 0.1644 0.1893 0.2113 0.009
33 4tx8:A 374 50 0.0548 0.0535 0.4000 0.026
34 1cr6:B 541 83 0.0630 0.0425 0.2771 0.48 1cr6:A, 1ek1:A, 1ek1:B, 1ek2:A, 1ek2:B
35 4g2t:A 356 210 0.1397 0.1433 0.2429 1.4
36 6qgn:A 223 64 0.0493 0.0807 0.2812 1.9 6qgn:B, 6qgn:C, 6qgn:D, 5sym:A, 5sym:B
37 4hai:A 548 85 0.0685 0.0456 0.2941 2.3 7a7g:A, 7a7g:B, 5ai0:A, 5ai4:A, 5ai5:A, 5ai6:A, 5ai8:A, 5ai9:A, 5aia:A, 5aib:A, 5aic:A, 5ak3:A, 5ak4:A, 5ak5:A, 5ak6:A, 5ake:A, 5akg:A, 5akh:A, 5aki:A, 5akj:A, 5akk:A, 5akl:A, 5akx:A, 5aky:A, 5akz:A, 5ald:A, 5ale:A, 5alf:A, 5alg:A, 5alh:A, 5ali:A, 5alk:A, 5all:A, 5alm:A, 5aln:A, 5alo:A, 5alp:A, 5alq:A, 5alr:A, 5als:A, 5alt:A, 5alu:A, 5alv:A, 5alw:A, 5alx:A, 5aly:A, 5alz:A, 5am0:A, 5am1:A, 5am2:A, 5am3:A, 5am4:A, 5am5:A, 3ans:A, 3ans:B, 3ant:A, 3ant:B, 6aum:A, 4c4x:A, 4c4x:B, 4c4y:A, 4c4z:A, 4c4z:B, 7eba:A, 7eba:B, 5fp0:A, 6fr2:A, 6hgv:A, 6hgw:A, 6hgx:A, 3i1y:A, 3i28:A, 6i5g:A, 6i5g:B, 4j03:A, 4jnc:A, 3koo:A, 5mwa:A, 4ocz:A, 4od0:A, 3otq:A, 7p4k:A, 7p4k:B, 3pdc:A, 3pdc:B, 8qmz:A, 8qmz:B, 8qmz:C, 8qmz:D, 8qn0:A, 8qn0:B, 8qvf:A, 8qvg:A, 8qvh:A, 8qvk:A, 8qvl:A, 8qwi:A, 8qzd:A, 1vj5:A, 3wk4:A, 3wk5:A, 3wk6:A, 3wk7:A, 3wk8:A, 3wk9:A, 3wka:A, 3wkb:A, 3wkc:A, 3wkd:A, 3wke:A, 4x6x:A, 4x6x:B, 4x6y:A, 4x6y:B, 4y2j:A, 4y2p:A, 4y2q:A, 4y2r:A, 4y2s:A, 4y2t:A, 4y2u:A, 4y2v:A, 4y2x:A, 4y2y:A, 6yl4:A, 1zd2:P, 1zd3:A, 1zd4:A, 1zd5:A
38 5alj:A 523 85 0.0685 0.0478 0.2941 2.6
39 6e1p:A 646 147 0.1068 0.0604 0.2653 3.3 6cx0:A, 5e1j:A, 6e1n:A, 6e1n:B, 6e1p:B
40 7fhk:A 663 147 0.1068 0.0588 0.2653 3.4 5dqq:A, 7fhk:C, 7fhl:A, 7fhl:C, 7fhn:A, 7fhn:C, 7fho:A, 7fho:C, 5tua:A
41 2bhz:A 589 71 0.0603 0.0374 0.3099 4.2 2bhy:A, 2bxy:A, 2bxz:A, 2by0:A, 2by1:A, 2by2:A, 2by3:A
42 8u9f:A 271 79 0.0658 0.0886 0.3038 4.3 8u48:B, 8u48:A
43 6esq:A 392 120 0.0822 0.0765 0.2500 6.2 6esq:B, 6esq:C, 6esq:D
44 8etc:b 415 56 0.0466 0.0410 0.3036 7.4 8esq:b, 8etj:b
45 8eti:b 391 56 0.0466 0.0435 0.3036 9.1 8esr:b, 8etg:b
46 7c8j:A 707 61 0.0411 0.0212 0.2459 9.7 7c8k:A, 8k4u:B, 8u0t:A, 7xa7:A, 7xa7:C, 7xa7:E, 7xa7:G

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218