Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
AKKWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDDTEVHNVWATHACVPTDPNIVLGNVTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKP
CVKLTPNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNSKTFNGSGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEI
VIRSENITDNAKTIIVQLNEAVEINCTRPNNNTRKSNIRQAHCNISKARWNETLGQIVAKLEEQFPNKTIIFNHSSGGDP
EIVTHSFNCGGEFFYCNTTPLFNQNITLQCRIKQIINMWQGVGKAMYAPPIRGQIRCSSNITGLLLTRDGGTETFRPGGG
NMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGIAPTACKRRV

The query sequence (length=352) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 6x5b:A 353 358 0.9801 0.9773 0.9637 0.0 6opn:A, 6opn:D, 6opn:G, 6x5b:D, 6x5b:J, 6x5c:A, 6x5c:D, 6x5c:E
2 6opp:A 389 389 1.0000 0.9049 0.9049 0.0 6opo:A, 6opo:D, 6opo:J, 6opp:D, 6opp:J, 6opq:A, 6opq:D, 6opq:E, 5vn3:G, 5vn3:I, 5vn3:J
3 6edu:D 401 411 0.9574 0.8404 0.8200 0.0 6edu:E, 6edu:F
4 6meo:G 398 395 0.8381 0.7412 0.7468 0.0 6met:G
5 7txd:A 397 395 0.8267 0.7330 0.7367 0.0 7txd:E
6 4laj:A 343 348 0.8210 0.8426 0.8305 0.0 4dvr:G, 2i5y:G, 2i5y:P, 2i60:G, 2i60:P, 4jzw:G, 4jzw:A, 4jzz:A, 4k0a:A, 4ka2:A, 4laj:J, 4laj:F, 4laj:B, 4r4f:A, 1yyl:G, 1yyl:P, 1yym:G, 1yym:P
7 6cm3:D 372 374 0.8011 0.7581 0.7540 0.0 6cm3:E, 6cm3:F, 7lo6:C, 7lo6:A, 7lo6:E, 7lok:A, 7lok:C, 7lok:E, 6u0l:B, 6u0l:C, 6u0n:A, 6u0n:C
8 6ch9:G 448 448 0.8665 0.6808 0.6808 0.0 6mug:G
9 8d53:G 446 441 0.8040 0.6345 0.6417 0.0
10 8tgw:A 387 409 0.7926 0.7209 0.6822 0.0
11 5w4l:G 357 357 0.7415 0.7311 0.7311 0.0 6bf4:G, 8dcq:A, 4dko:A, 4dko:C, 4dkp:A, 4dkp:C, 4dkq:A, 4dkr:A, 4dkr:C, 4dku:A, 4dku:B, 4dkv:A, 4dkv:B, 4dvs:A, 4dvs:B, 4dvt:A, 4dvt:B, 4dvv:A, 4dvv:B, 4dvw:A, 4dvw:B, 4dvx:A, 4dvx:B, 8f9z:A, 8fa0:A, 8gcz:A, 8gd0:A, 8gd1:A, 8gd3:A, 8gd5:A, 8gdj:A, 8gdk:A, 8gjt:A, 4i54:A, 4i54:B, 5kjr:G, 4lsq:G, 6mfp:G, 6mfp:A, 6mg7:G, 7n8q:G, 3ngb:G, 3ngb:A, 3ngb:D, 3ngb:I, 6one:A, 6onf:A, 6onh:A, 6onv:A, 6ooo:A, 6p9n:A, 4rfn:G, 4rfn:A, 4rfo:G, 4rz8:A, 4rz8:B, 4rz8:C, 4rz8:D, 3se9:G, 5u6e:A, 5u6e:B, 5uem:G, 6usw:A, 6ut1:A, 5w4l:A, 6w4m:G
12 3tgs:A 345 352 0.7386 0.7536 0.7386 0.0 5f4l:A, 5f4l:B, 5f4p:D, 5f4p:A, 5f4r:A, 5f4r:C, 5f4u:A, 5f4u:B, 8fly:A, 8fly:B, 8fly:C, 8fly:D, 8flz:A, 8flz:D, 8flz:B, 8flz:C, 8fm0:B, 8fm0:A, 8fm0:C, 8fm0:D, 8fm2:D, 8fm2:B, 8fm2:A, 8fm2:C, 8fm3:A, 8fm3:C, 8fm3:D, 8fm3:B, 8fm4:B, 8fm4:D, 8fm4:A, 8fm4:C, 8fm5:D, 8fm5:A, 8fm5:C, 8fm5:B, 8fm7:A, 8fm7:B, 8fm7:C, 8fm7:D, 8fm8:C, 8fm8:D, 8fm8:A, 8fm8:B, 4i53:A, 4i53:B, 7rsx:C, 7rsx:B, 7rsx:A, 7rsx:D, 7rsy:A, 7rsy:B, 7rsy:C, 7rsy:D, 7rsz:B, 7rsz:A, 7rsz:C, 7rsz:D, 3tgs:B, 7tjo:D, 7tjo:A, 7tjo:C, 7tjo:B, 7tjp:A, 7tjp:B, 7tjp:D, 7tjp:C
13 4r4n:B 342 345 0.7301 0.7515 0.7449 0.0 4r4n:A, 4r4n:E, 4r4n:I, 4r4n:M, 4r4n:P, 4r4n:S, 4r4n:V
14 4xmp:G 337 345 0.7358 0.7685 0.7507 4.45e-180
15 5fa2:A 336 341 0.7045 0.7381 0.7273 1.59e-178
16 4j6r:G 343 352 0.7159 0.7347 0.7159 8.82e-176
17 1gc1:G 297 308 0.6989 0.8283 0.7987 7.43e-173
18 5te4:G 341 350 0.6875 0.7097 0.6914 1.64e-166
19 7n6u:B 595 298 0.6619 0.3916 0.7819 1.54e-163 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
20 7n6u:B 595 92 0.2273 0.1345 0.8696 8.82e-46 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
21 8d0y:G 455 450 0.7216 0.5582 0.5644 2.14e-156 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
22 8fae:A 468 310 0.6449 0.4850 0.7323 2.66e-156 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
23 8fae:A 468 92 0.2301 0.1731 0.8804 1.94e-47 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
24 8czz:A 440 439 0.6761 0.5409 0.5421 3.05e-151 8czz:E, 8czz:I
25 7lu9:e 461 305 0.6051 0.4620 0.6984 3.17e-148 7lu9:f
26 7lu9:e 461 90 0.2131 0.1627 0.8333 1.46e-44 7lu9:f
27 7mxd:A 472 304 0.5881 0.4386 0.6809 2.34e-143 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
28 7mxd:A 472 104 0.2188 0.1631 0.7404 2.34e-43 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
29 6pwu:A 615 302 0.5909 0.3382 0.6887 1.34e-141 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
30 6pwu:A 615 90 0.2131 0.1220 0.8333 4.81e-43 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
31 5fyj:G 479 316 0.5767 0.4238 0.6424 6.25e-135
32 5fyj:G 479 90 0.2131 0.1566 0.8333 3.03e-43
33 6tyb:G 345 353 0.3409 0.3478 0.3399 1.76e-51 3fus:A
34 7t4g:A 493 305 0.2784 0.1988 0.3213 2.35e-36 7t4g:C, 7t4g:E
35 7t4g:A 493 212 0.1818 0.1298 0.3019 7.88e-16 7t4g:C, 7t4g:E
36 7dia:A 1072 60 0.0540 0.0177 0.3167 3.0 3s5k:A, 8wyt:A, 8wyx:A, 8wyy:A
37 3s5m:A 1094 60 0.0540 0.0174 0.3167 3.1 7di7:A, 7dij:A, 8ho4:A, 8ho5:A, 3s5h:A, 7vpe:A, 8wxw:A, 8wxz:A, 8wyu:A
38 7rsw:B 125 28 0.0341 0.0960 0.4286 3.6
39 1hi9:A 274 45 0.0341 0.0438 0.2667 4.5 1hi9:B, 1hi9:C, 1hi9:D, 1hi9:E
40 6rmw:C 386 50 0.0398 0.0363 0.2800 4.7 6rmd:D, 6rme:A, 6rme:B, 6rme:C, 6rme:D, 6rme:E, 6rme:F, 6rme:G, 6rme:H, 6rmw:A, 6rmw:B, 6rmw:D, 6rmw:E, 6rmw:F, 6rmw:G, 6rmw:H
41 4z67:A 309 80 0.0540 0.0615 0.2375 4.8 6e13:A, 3jxp:A, 1xto:A, 4z5y:A, 4z5z:A, 4z60:A, 4z6x:A
42 7jgr:E 398 41 0.0398 0.0352 0.3415 5.5 7jgs:E, 7jk2:E, 7jk3:E, 7jk4:E, 7jk5:E, 7jk6:E
43 8p5d:SE0 260 65 0.0540 0.0731 0.2923 5.9 8p60:SE0, 8p60:RE0, 7qca:SE0

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218