Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AKKILVTCALPYANGSIHLGHMLEHIQADVWVRYQRMRGHEVNFICADDAHGTPIMLKAQQLGITPEQMIGEMSQEHQTD
FAGFNISYDNYHSTHSEENRQLSELIYSRLKENGFIKNRTISQLYDPEKGMFLPDRFVKGTCPKCKSPDQYGDNCEVCGA
TYSPTELIEPKSVVSGATPVMRDSEHFFFDLPSFSEMLQAWTRSGALQEQVANKMQEWFESGLQQWDISRDAPYFGFEIP
NAPGKYFYVWLDAPIGYMGSFKNLCDKRGDSVSFDEYWKKDSTAELYHFIGKDIVYFHSLFWPAMLEGSNFRKPSNLFVH
GYVTVNGAKMSKSRGTFIKASTWLNHFDADSLRYYYTAKLSSRIDDIDLNLEDFVQRVNADIVNKVVNLASRNAGFINKR
FDGVLASELADPQLYKTFTDAAEVIGEAWESREFGKAVREIMALADLANRYVDEQAPWVVAKQEGRDADLQAICSMGINL
FRVLMTYLKPVLPKLTERAEAFLNTELTWDGIQQPLLGHKVNPFKALYNRIDMRQVEALVEASKE

The query sequence (length=545) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1pfu:A 547 545 1.0000 0.9963 1.0000 0.0 8bru:A, 8brv:A, 8brw:A, 8brx:A, 1f4l:A, 3h97:A, 3h99:A, 3h9b:A, 3h9c:A, 1p7p:A, 1pfv:A, 1pfw:A, 1pfy:A, 1qqt:A, 6spn:A, 6spo:A, 6spp:A, 6spq:A, 6spr:A
2 1pg0:A 492 545 0.8624 0.9553 0.8624 0.0 1pg2:A
3 5urb:A 546 545 0.5872 0.5861 0.5872 0.0 5urb:B
4 7ulz:A 521 545 0.6165 0.6449 0.6165 0.0
5 6wq6:A 547 547 0.5578 0.5558 0.5558 0.0 6wqi:A, 6wqi:B, 6wqs:A, 6wqt:A
6 1rqg:A 606 556 0.3413 0.3069 0.3345 1.28e-105
7 5goy:A 598 563 0.2881 0.2625 0.2789 1.52e-73 5gl7:A
8 7wpi:A 520 497 0.2495 0.2615 0.2736 3.36e-61 4qrd:A, 4qre:A, 7wpk:A, 7wpl:A, 7wpm:A, 7wpx:A, 7wq0:A
9 7wpt:A 483 496 0.2367 0.2671 0.2601 1.59e-55 7wpn:A
10 2x1l:A 511 509 0.2422 0.2583 0.2593 1.77e-49 2x1m:A
11 2x1l:C 476 508 0.2367 0.2710 0.2539 3.35e-45 2x1l:B
12 6ax8:A 509 506 0.2349 0.2515 0.2530 6.30e-44 5xet:C
13 2ct8:A 465 504 0.2330 0.2731 0.2520 8.33e-44 2csx:A, 2csx:B, 2ct8:B
14 4eg7:B 536 504 0.2275 0.2313 0.2460 1.84e-41 6cml:A, 6cml:B, 4eg1:A, 4eg1:B, 4eg3:A, 4eg3:B, 4eg4:A, 4eg5:A, 4eg6:A, 4eg7:A, 4eg8:A, 4eg8:B, 4ega:A, 4ega:B, 5j58:A, 5j58:B, 5j59:A, 5j59:B, 5j5a:A, 5j5a:B, 6mes:A, 6mes:B, 4mvw:A, 4mvw:B, 4mvx:A, 4mvx:B, 4mvy:A, 4mvy:B, 4mw0:A, 4mw0:B, 4mw1:A, 4mw1:B, 4mw2:A, 4mw2:B, 4mw4:A, 4mw4:B, 4mw5:A, 4mw5:B, 4mw6:A, 4mw6:B, 4mw7:A, 4mw7:B, 4mw9:A, 4mw9:B, 4mwb:A, 4mwb:B, 4mwc:A, 4mwc:B, 4mwd:A, 4mwd:B, 4mwe:A, 4mwe:B, 5nfh:A, 5nfh:B, 5tqu:A, 5v49:A, 5v49:B, 4zt2:A, 4zt2:B, 4zt3:A, 4zt3:B, 4zt4:A, 4zt4:B, 4zt5:A, 4zt5:B, 4zt6:A, 4zt6:B, 4zt7:A, 4zt7:B
15 5k0s:C 497 510 0.2349 0.2575 0.2510 8.20e-41 5k0s:A, 5k0s:B, 5k0t:A, 5k0t:C, 4py2:A, 4py2:B, 4py2:C
16 1a8h:A 500 498 0.2183 0.2380 0.2390 1.78e-39 2d54:A, 2d5b:A, 3vu8:A, 1woy:A
17 5k0t:B 468 506 0.2257 0.2628 0.2431 2.26e-38
18 3kfl:A 530 528 0.2404 0.2472 0.2481 2.39e-37 6swx:A
19 4eg6:B 515 503 0.2165 0.2291 0.2346 5.09e-36 4eg4:B, 4eg5:B, 5tqu:B
20 2bte:A 876 197 0.0844 0.0525 0.2335 2.01e-07 2bte:D, 2byt:A, 2byt:D, 1h3n:A, 1obc:A, 2v0c:A, 2v0g:A, 2v0g:D
21 1ffy:A 917 72 0.0477 0.0284 0.3611 3.98e-07 1qu2:A, 1qu3:A
22 1obh:A 762 125 0.0624 0.0446 0.2720 4.39e-07
23 3zgz:D 867 141 0.0624 0.0392 0.2411 6.07e-07 2ajh:A, 2ajh:B, 2aji:A, 2aji:B, 4aq7:A, 4aq7:D, 4cqn:A, 4cqn:D, 5omw:A, 5omw:D, 5on2:A, 5on2:D, 5on3:A, 5on3:D, 5onh:A, 5onh:D, 3zgz:A
24 1wz2:A 948 61 0.0422 0.0243 0.3770 2.09e-06 1wz2:B
25 1wz2:A 948 81 0.0459 0.0264 0.3086 0.65 1wz2:B
26 8c9e:A 921 45 0.0404 0.0239 0.4889 4.53e-06 8c9f:A, 8c9g:A, 8c9g:B
27 8c8v:A 1032 146 0.0807 0.0426 0.3014 5.34e-06 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
28 8c8v:A 1032 183 0.0807 0.0426 0.2404 0.052 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
29 1gax:A 862 350 0.1541 0.0974 0.2400 5.52e-06 1gax:B, 1ivs:A, 1ivs:B, 1wk9:A
30 1gax:A 862 52 0.0330 0.0209 0.3462 5.84e-04 1gax:B, 1ivs:A, 1ivs:B, 1wk9:A
31 1ile:A 821 150 0.0752 0.0499 0.2733 9.61e-06 1jzq:A, 1jzs:A, 1ue0:A, 1wk8:B, 1wnz:A
32 1ile:A 821 52 0.0385 0.0256 0.4038 0.49 1jzq:A, 1jzs:A, 1ue0:A, 1wk8:B, 1wnz:A
33 8wnf:A 918 77 0.0422 0.0251 0.2987 2.89e-05 8wng:A, 8wni:A, 8wnj:A, 8wo2:A, 8wo3:A
34 4ari:A 821 135 0.0624 0.0414 0.2519 4.63e-05 4arc:A, 4as1:A, 8pot:A, 3zjt:A, 3zju:A, 3zjv:A
35 6q89:A 852 120 0.0495 0.0317 0.2250 5.18e-05 7ntz:A, 7nu3:A, 7nu6:A, 7nu7:A, 7nub:A, 6q8b:A, 6q8c:A
36 6q89:A 852 205 0.0862 0.0552 0.2293 5.9 7ntz:A, 7nu3:A, 7nu6:A, 7nu7:A, 7nub:A, 6q8b:A, 6q8c:A
37 7nu2:A 875 120 0.0495 0.0309 0.2250 5.26e-05 7a0p:A, 7ap2:A, 7nty:A, 7nu0:A, 7nu1:A, 7nu4:A, 7nu5:A, 7nu8:A, 7nu9:A, 7nua:A, 7nuc:A, 6q8a:A, 6ykk:A, 6ykl:A, 6ykn:A, 6yko:A, 6ykq:A, 6yks:A, 6ykt:A, 6yku:A, 6ykv:A, 6ykw:A, 6ykx:A, 7yp8:A
38 7nu2:A 875 194 0.0826 0.0514 0.2320 9.9 7a0p:A, 7ap2:A, 7nty:A, 7nu0:A, 7nu1:A, 7nu4:A, 7nu5:A, 7nu8:A, 7nu9:A, 7nua:A, 7nuc:A, 6q8a:A, 6ykk:A, 6ykl:A, 6ykn:A, 6yko:A, 6ykq:A, 6yks:A, 6ykt:A, 6yku:A, 6ykv:A, 6ykw:A, 6ykx:A, 7yp8:A
39 5ah5:A 789 143 0.0642 0.0444 0.2448 6.35e-05 5ah5:B
40 5ah5:A 789 190 0.0789 0.0545 0.2263 0.92 5ah5:B
41 7d5c:A 919 56 0.0422 0.0250 0.4107 8.89e-05
42 7d5c:A 919 41 0.0330 0.0196 0.4390 2.0
43 3ziu:A 621 153 0.0642 0.0564 0.2288 7.36e-04 3ziu:B
44 3ziu:A 621 30 0.0239 0.0209 0.4333 7.3 3ziu:B
45 6lpf:B 1006 60 0.0404 0.0219 0.3667 0.001 6kid:A, 6kie:A, 6kqy:A, 6kr7:A, 6lpf:A, 6lr6:A, 6lr6:B
46 6lpf:B 1006 71 0.0440 0.0239 0.3380 0.006 6kid:A, 6kie:A, 6kqy:A, 6kr7:A, 6lpf:A, 6lr6:A, 6lr6:B
47 6ldk:A 813 64 0.0385 0.0258 0.3281 0.002
48 1u0b:B 461 164 0.0716 0.0846 0.2378 0.036 1li5:A, 1li7:A
49 1u0b:B 461 69 0.0349 0.0412 0.2754 0.96 1li5:A, 1li7:A
50 3tqo:A 387 29 0.0275 0.0388 0.5172 0.15
51 3tqo:A 387 69 0.0404 0.0568 0.3188 2.3
52 8qhp:A 410 112 0.0550 0.0732 0.2679 0.24 8qhp:B
53 6yw5:DD 290 38 0.0312 0.0586 0.4474 0.66 6ywe:DD, 6ywx:DD, 6ywy:DD
54 2f1w:A 144 59 0.0312 0.1181 0.2881 2.6 2foj:A, 2foo:A, 2fop:A, 4jjq:A, 4kg9:A, 3mqr:A, 3mqs:C, 2xxn:A, 4ysi:A, 1yy6:A
55 8hfn:A 413 53 0.0330 0.0436 0.3396 3.8 3c8z:A, 3c8z:B, 8hfm:A, 8hfo:A
56 2j2m:A 480 86 0.0404 0.0458 0.2558 4.4 2j2m:B, 2j2m:C, 2j2m:D
57 6ujd:A 406 52 0.0330 0.0443 0.3462 4.5
58 2k5c:A 88 40 0.0202 0.1250 0.2750 5.8
59 2nly:A 216 43 0.0220 0.0556 0.2791 6.1
60 4i97:A 207 53 0.0312 0.0821 0.3208 6.2 4i97:B
61 8qma:J 426 81 0.0349 0.0446 0.2346 8.3 8r5o:L, 8r6s:L, 8ras:L, 8rdj:L
62 9c4g:k 144 28 0.0220 0.0833 0.4286 8.4 8crx:k, 8cvm:k
63 3k3w:B 551 48 0.0275 0.0272 0.3125 9.7 3ml0:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218