Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AKIGLFYGTQTGVTQTIAESIQQEFGGESIVDLNDIANADASDLNAYDYLIIGCPTWGVGELQSDWEGIYDDLDSVNFQG
KKVAYFGAGDQVGYSDNFQDAMGILEEKISSLGSQTVGYWPIEGYDFNESKAVRNNQFVGLAIDEDNQPDLTKNRIKTWV
SQLKSEFGL

The query sequence (length=169) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1czh:A 169 169 1.0000 1.0000 1.0000 3.14e-122 1czk:A, 1czl:A, 1czn:A, 1czo:A, 1czr:A, 1czu:A, 1d03:A, 1d04:A, 6kif:P, 6kif:X, 6kif:p, 1ofv:A
2 3esx:B 169 168 0.6746 0.6746 0.6786 2.23e-83 3esx:A, 3esy:A, 3esy:B, 3esy:C, 3esy:D, 3esz:A, 3esz:B, 1flv:A, 5ljp:A, 1obo:A, 1obo:B, 1obv:A, 1rcf:A, 2v5u:A, 2v5u:B, 2v5v:A, 2v5v:B
3 2mok:A 176 170 0.4556 0.4375 0.4529 6.29e-51 1ag9:A, 1ag9:B, 1ahn:A
4 2mt9:A 173 168 0.4556 0.4451 0.4583 4.65e-49
5 5k9b:A 179 177 0.4438 0.4190 0.4237 1.01e-45 1yob:A, 1yob:B
6 8snz:A 167 161 0.4142 0.4192 0.4348 2.56e-45 8snz:B, 8v2y:A
7 2wc1:A 182 177 0.4438 0.4121 0.4237 2.55e-44
8 2bmv:A 163 166 0.4024 0.4172 0.4096 2.27e-37 1fue:A, 2w5u:A, 2w5u:B
9 2fcr:A 173 175 0.3728 0.3642 0.3600 3.23e-30
10 8v2y:B 151 161 0.3491 0.3907 0.3665 4.62e-29
11 6ohk:A 170 165 0.3136 0.3118 0.3212 1.01e-25 6ohl:A
12 6gaq:A 146 118 0.2663 0.3082 0.3814 9.52e-18 6gaq:B
13 5v57:A 645 121 0.2722 0.0713 0.3802 6.42e-16 1akq:A, 1akr:A, 1akt:A, 1aku:A, 1akv:A, 1akw:A, 1azl:A, 1bu5:A, 1bu5:B, 1c7e:A, 1c7e:B, 1c7f:A, 1c7f:B, 1f4p:A, 1fx1:A, 2fx2:A, 3fx2:A, 4fx2:A, 5fx2:A, 1i1o:A, 1j8q:A, 1j9e:A, 1j9g:A, 5v56:A, 5v56:B, 5v57:B, 1wsb:A, 1wsw:A, 1xt6:A, 1xyv:A, 1xyy:A, 5yob:A, 5yoc:A, 5yoe:A, 5yog:A
14 3f6r:A 147 141 0.2604 0.2993 0.3121 9.59e-16 3f6r:B, 3f6r:C, 3f6r:D, 3f6s:A, 3f6s:G, 3f6s:B, 3f6s:D, 3f6s:E, 3f6s:F, 3f6s:H, 3f6s:I, 3f90:A, 3f90:B, 3f90:D, 3f90:E, 3f90:F, 3f90:H, 3f90:I, 3f90:G
15 3kap:A 147 122 0.2308 0.2653 0.3197 1.68e-15 3kaq:A
16 7k15:A 455 121 0.2722 0.1011 0.3802 2.13e-14
17 7epe:A 389 121 0.2722 0.1183 0.3802 2.20e-14 7epf:A
18 5tgz:A 439 121 0.2722 0.1048 0.3802 2.26e-14 7v3z:A, 5xr8:A, 5xra:A
19 7ddz:A 437 121 0.2722 0.1053 0.3802 2.46e-14
20 4heq:A 145 121 0.2544 0.2966 0.3554 2.71e-14 4heq:B
21 5zkp:A 436 121 0.2722 0.1055 0.3802 3.83e-14
22 6li0:A 441 121 0.2722 0.1043 0.3802 3.96e-14 6li1:A
23 6fsg:A 147 121 0.2426 0.2789 0.3388 1.58e-11 6fsi:A, 6ft1:A
24 5lji:A 145 112 0.1893 0.2207 0.2857 5.59e-07 5lji:C
25 6j79:A 816 124 0.2189 0.0453 0.2984 1.75e-04 1amo:A, 1amo:B, 1b1c:A, 1dve:A, 1dvg:A, 1dvg:B, 2dy5:A, 2e7e:A, 5emn:A, 5emn:B, 3es9:A, 3es9:B, 3es9:C, 5fa6:A, 5fa6:B, 4g7l:A, 4g7p:A, 4g7t:A, 4g7u:A, 4g8p:A, 4g8u:A, 4g8w:A, 4g98:A, 4g99:A, 3i9t:A, 3i9u:A, 1ivj:A, 1ix3:A, 1ix4:A, 1j02:A, 1j2c:A, 6j79:B, 6j7a:A, 6j7a:B, 6j7i:A, 6j7i:B, 1j9z:A, 1j9z:B, 1ja0:A, 1ja0:B, 1ja1:A, 1ja1:B, 7l18:AAA, 7l18:BBB, 4mec:A, 4mec:B, 4mec:C, 4mec:D, 4mec:E, 6njr:A, 6njr:B, 3ojw:A, 3ojx:A, 3qe2:A, 3qe2:B, 3qfc:A, 3qfc:B, 3qfr:A, 3qfr:B, 1ubb:A, 1ulx:A, 5urd:A, 5urd:B, 5ure:A, 5ure:B, 5urg:A, 5urg:B, 5urh:A, 5urh:B, 5uri:A, 5uri:B, 1vgi:A, 3wkt:A, 3wkt:B, 3wkt:C, 3wkt:D, 4y7c:A, 4y7c:B, 4y9r:A, 4y9r:B, 4y9u:A, 4y9u:B, 4yaf:A, 4yaf:B, 4yal:A, 4yal:B, 4yao:A, 4yao:B, 4yau:A, 4yau:B, 4yaw:A, 4yaw:B, 2zvu:A
26 5veg:B 149 88 0.1361 0.1544 0.2614 0.002 5veg:A, 5veg:C
27 2fz5:A 137 88 0.1479 0.1825 0.2841 0.004
28 6puq:A 171 134 0.2012 0.1988 0.2537 0.17 6pup:A
29 4oxx:A 153 118 0.1775 0.1961 0.2542 0.82
30 6co7:A 1061 61 0.1006 0.0160 0.2787 1.2 6co7:B, 6co7:C, 6co7:D
31 2zbw:B 334 51 0.1065 0.0539 0.3529 1.4 2zbw:A
32 8g64:A 169 56 0.0888 0.0888 0.2679 1.5
33 4cej:A 1177 73 0.1183 0.0170 0.2740 1.6 4ceh:A, 4cei:A
34 2hrb:A 273 42 0.0592 0.0366 0.2381 3.0
35 6xyw:Aw 76 31 0.0651 0.1447 0.3548 3.1
36 5gxu:A 552 128 0.1716 0.0525 0.2266 4.2 5gxu:B
37 4g0r:A 554 89 0.1243 0.0379 0.2360 4.7
38 1txo:B 236 34 0.0651 0.0466 0.3235 5.5 2cm1:A, 1txo:A
39 7ch3:A 469 73 0.1124 0.0405 0.2603 5.9
40 3edo:A 151 63 0.0947 0.1060 0.2540 6.7 3edo:B
41 1g5b:B 221 36 0.0710 0.0543 0.3333 8.3 1g5b:A, 1g5b:C
42 7p2y:D 463 26 0.0592 0.0216 0.3846 8.8 7p3n:E, 7p3w:F, 7yry:D
43 2ccm:A 190 73 0.1361 0.1211 0.3151 9.2 2ccm:B, 5f6t:A, 4ndb:A, 4ndb:B, 4ndc:A, 4ndc:B, 4ndd:A, 4ndd:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218