Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AFAHFVLIHTICHGAWIWHKLKPLLEALGHKVTALDLAASGVDPRQIEEIGSFDEYSEPLLTFLEALPPGEKVILVGESC
GGLNIAIAADKYCEKIAAAVFHNSVLPDTEHCPSYVVDKLMEVFPDWKDTTYFTYTKDGKEITGLKLGFTLLRENLYTLC
GPEEYELAKMLTRKGSLFQNILAKRPFFTKEGYGSIKKIYVWTDQDEIFLPEFQLWQIENYKPDKVYKVEGGDHKLQLTK
TKEIAEILQEVADTYN

The query sequence (length=256) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3c6y:A 256 256 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 3c6z:A, 3c70:A, 2g4l:A, 1sc9:A, 1sck:A, 1scq:A, 1yas:A, 3yas:A, 4yas:A, 5yas:A, 1yb6:A, 1yb7:A
2 1dwo:A 262 254 0.7695 0.7519 0.7756 3.09e-151 1dwq:A, 1e8d:A, 1e8d:B, 1eb9:A, 1eb9:B
3 3wwo:B 257 252 0.5586 0.5564 0.5675 6.72e-111 3wwo:A
4 6coc:A 260 252 0.4922 0.4846 0.5000 2.25e-91 6coc:B, 6cod:A, 6cod:B, 6coe:A, 6coe:B, 6cog:A, 6cog:B, 6coh:A, 6coh:B, 6coi:A, 6coi:B
5 1y7i:B 262 255 0.4453 0.4351 0.4471 6.52e-75 1xkl:A, 1xkl:B, 1xkl:C, 1xkl:D, 1y7i:A
6 3gzj:A 254 252 0.4180 0.4213 0.4246 4.09e-71 3gzj:B, 3gzj:C, 3gzj:D
7 3stu:B 259 253 0.3438 0.3398 0.3478 1.43e-48 3stv:A, 3stw:A, 3stw:B, 3stx:A, 3stx:B
8 6qe2:A 257 112 0.1328 0.1323 0.3036 4.26e-05 6qe2:B
9 5y5r:D 253 257 0.2500 0.2530 0.2490 1.20e-04 5y5r:A, 5y5r:B, 5y5r:C, 5y5r:E, 5y5r:F
10 5alj:A 523 112 0.1250 0.0612 0.2857 0.024
11 4hai:A 548 112 0.1250 0.0584 0.2857 0.027 7a7g:A, 7a7g:B, 5ai0:A, 5ai4:A, 5ai5:A, 5ai6:A, 5ai8:A, 5ai9:A, 5aia:A, 5aib:A, 5aic:A, 5ak3:A, 5ak4:A, 5ak5:A, 5ak6:A, 5ake:A, 5akg:A, 5akh:A, 5aki:A, 5akj:A, 5akk:A, 5akl:A, 5akx:A, 5aky:A, 5akz:A, 5ald:A, 5ale:A, 5alf:A, 5alg:A, 5alh:A, 5ali:A, 5alk:A, 5all:A, 5alm:A, 5aln:A, 5alo:A, 5alp:A, 5alq:A, 5alr:A, 5als:A, 5alt:A, 5alu:A, 5alv:A, 5alw:A, 5alx:A, 5aly:A, 5alz:A, 5am0:A, 5am1:A, 5am2:A, 5am3:A, 5am4:A, 5am5:A, 3ans:A, 3ans:B, 3ant:A, 3ant:B, 6aum:A, 4c4x:A, 4c4x:B, 4c4y:A, 4c4z:A, 4c4z:B, 7eba:A, 7eba:B, 5fp0:A, 6fr2:A, 6hgv:A, 6hgw:A, 6hgx:A, 3i1y:A, 3i28:A, 6i5g:A, 6i5g:B, 4j03:A, 4jnc:A, 3koo:A, 5mwa:A, 4ocz:A, 4od0:A, 3otq:A, 7p4k:A, 7p4k:B, 3pdc:A, 3pdc:B, 8qmz:A, 8qmz:B, 8qmz:C, 8qmz:D, 8qn0:A, 8qn0:B, 8qvf:A, 8qvg:A, 8qvh:A, 8qvk:A, 8qvl:A, 8qwi:A, 8qzd:A, 1vj5:A, 3wk4:A, 3wk5:A, 3wk6:A, 3wk7:A, 3wk8:A, 3wk9:A, 3wka:A, 3wkb:A, 3wkc:A, 3wkd:A, 3wke:A, 4x6x:A, 4x6x:B, 4x6y:A, 4x6y:B, 4y2j:A, 4y2p:A, 4y2q:A, 4y2r:A, 4y2s:A, 4y2t:A, 4y2u:A, 4y2v:A, 4y2x:A, 4y2y:A, 6yl4:A, 1zd2:P, 1zd3:A, 1zd4:A, 1zd5:A
12 8b9s:A 259 90 0.1016 0.1004 0.2889 0.62 8b9s:B, 8b9s:C, 8b9s:E, 8b9s:F, 7q4h:A, 7q4h:B, 7q4j:A, 7q4j:B
13 7et9:A 254 35 0.0586 0.0591 0.4286 0.64 7et9:B, 7et9:C, 7eta:A, 7eta:B, 7eta:C, 7etb:A, 7etb:B, 7etb:C, 7etc:A, 7etc:C, 7etc:B, 7etd:A, 7etd:B, 7etd:C, 7ete:A, 7ete:C, 7ete:B, 7etf:A, 7etf:B, 7etf:C, 7etg:A, 7etg:B, 7etg:C, 7eth:A, 7eth:B, 7eth:C, 7eti:A, 7eti:B, 7eti:C
14 7pkt:v 120 39 0.0586 0.1250 0.3846 1.3
15 6baa:E 1317 42 0.0586 0.0114 0.3571 1.3 6baa:F, 6baa:G, 6baa:H
16 4io0:A 288 49 0.0625 0.0556 0.3265 1.4 4io0:B, 4o08:A, 4o08:B
17 7v9o:A 860 52 0.0703 0.0209 0.3462 1.8 7v9n:A, 7v9p:A, 7v9p:B, 7v9q:A
18 8t41:A 859 52 0.0703 0.0210 0.3462 3.4
19 3gp8:A 551 20 0.0391 0.0181 0.5000 3.5 3gpl:A, 3gpl:B
20 2oba:B 121 30 0.0547 0.1157 0.4667 3.6 2oba:A, 2oba:C, 2oba:D, 2oba:E, 2oba:F
21 1n8p:A 393 92 0.1016 0.0662 0.2826 4.0 1n8p:B, 1n8p:C, 1n8p:D
22 5uls:A 650 95 0.1016 0.0400 0.2737 6.2 6aol:A, 6aom:A, 6aom:B, 6asp:A, 6asp:B, 6asq:A, 6asq:B, 6baw:B, 6baw:A, 6baw:C, 6baw:D, 6c91:C, 6c91:B, 6cyi:A, 6d1x:A, 6d28:A, 2esa:A, 2exl:A, 2exl:B, 2fyp:A, 2fyp:B, 2gfd:A, 2gfd:B, 2gqp:A, 2gqp:B, 2h8m:A, 2h8m:B, 2hch:A, 2hch:B, 2hg1:A, 2hg1:B, 5in9:A, 5in9:B, 4nh9:A, 3o2f:A, 3o2f:B, 1qy8:A, 1qye:A, 1tbw:A, 1tc0:A, 1tc6:A, 5ttz:A, 5ttz:B, 1u0z:A, 1u0z:B, 1u2o:A, 1u2o:B, 5uls:B, 7ull:A, 7ull:B, 5wmt:A, 5wmt:B, 5wmt:C, 5wmt:D, 1ysz:A
23 3j79:O 147 64 0.0781 0.1361 0.3125 6.2 3jbn:AO, 3jbo:AO, 3jbp:AO, 8tpu:AO, 5umd:O
24 3h5c:B 312 31 0.0430 0.0353 0.3548 7.3
25 5och:C 537 45 0.0664 0.0317 0.3778 7.6
26 5och:E 576 45 0.0664 0.0295 0.3778 9.5 7ehl:A, 7ehl:B, 5och:A, 5och:B, 5och:D, 5och:F, 5och:G, 5och:H

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218