Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AERSELTIHPKEFTTFVRNFNPFLGATNLHTTTDFIYEPLVVFNEMHGNTPVFRLAENFQMSDDLMSVTFDIRKGVKWSD
GEAFTADDVVYSFNLVKEKPELDQSGINSWVTGVEKVNDYQVKFRLSEANSNVPYEIAKVPVVPKHVWSKVKDPSTFTNE
NPVGSGPFTVIDTFTPQLYIQCENPNYWDAANLDVDCLRVPQIANNDQFLGKVVNGEMDWTSSFVPDIDRTYAAASPKHH
YWYPPAGTQAFVVNFKNPDAAKNEALTNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGGGTVNDFASGLGYAFEAWSDEKTHDKFKA
YNSYNAEGAKKLLAKAGFKDVNKDGFVDTPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLAEVGIKARARTPDFSVYNQAM
LEGTYDVAYTNYFHGADPYTYWNSAYNSALQSGDGMPRFAMHFYKNEKLDGLLNSFYKTADKQEQLEIAHGIQQIIAQDQ
VTIPVLSGAYMYQYNTTRFTGWWNEENPKGRPNIWAGIPERLLHVLDLKPVKLEHHH

The query sequence (length=537) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7ebi:A 537 537 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 7ebm:A, 6lzq:A, 6lzt:A, 6lzu:A, 6lzv:A, 6lzw:A
2 4gfr:A 529 530 0.8361 0.8488 0.8472 0.0 8i5j:A, 8i5j:B, 8i5k:A, 1zu0:A
3 4pfy:A 539 540 0.2849 0.2839 0.2833 2.63e-61 4pft:A, 4pft:B, 4pfy:B
4 4pfu:B 542 553 0.2961 0.2934 0.2875 1.58e-52 5hm4:B, 4pfu:A, 4pfw:A, 4pfw:B
5 3i5o:A 582 524 0.2402 0.2216 0.2462 7.02e-33 3i5o:B, 4jsd:A, 4jso:A, 2o7i:A
6 1xoc:A 504 444 0.2235 0.2381 0.2703 1.23e-24
7 7z8e:A 590 550 0.2514 0.2288 0.2455 1.48e-22
8 6epz:C 673 500 0.2272 0.1813 0.2440 1.15e-19 6epy:A, 6epy:B, 6epy:C, 6epy:D, 6epz:A, 6epz:D, 6epz:B, 6eq0:A, 6eq0:B, 6eq1:A, 6eq1:B, 6eq8:D, 6eq8:B, 6eq8:C, 6eq8:A
9 7kz9:A 478 523 0.2495 0.2803 0.2562 3.94e-19 7kz9:B
10 7veu:A 612 423 0.1825 0.1601 0.2317 5.74e-17 7vev:A, 7vew:A, 7vew:B
11 6hlx:A 491 435 0.1918 0.2098 0.2368 8.01e-17
12 1uqw:A 487 467 0.1937 0.2136 0.2227 2.00e-13 1uqw:B
13 3tcf:A 517 505 0.2160 0.2244 0.2297 3.98e-13 3tcf:B, 3tcf:C, 3tcf:D, 3tcf:E, 3tcf:F, 3tcf:G, 3tcf:H, 3tcg:A, 3tcg:B, 3tcg:C, 3tcg:D, 3tcg:E, 3tcg:F, 3tcg:G, 3tcg:H
14 3m8u:A 508 490 0.2160 0.2283 0.2367 4.15e-13
15 1b05:A 517 508 0.2123 0.2205 0.2244 5.81e-13 1b0h:A, 1b1h:A, 1b2h:A, 1b32:A, 1b3f:A, 1b3g:A, 1b3h:A, 1b3l:A, 1b3l:C, 1b40:A, 1b46:A, 1b4h:A, 1b4z:A, 1b51:A, 1b52:A, 1b58:A, 1b5h:A, 1b5i:A, 1b5j:A, 1b6h:A, 1b7h:A, 1b9j:A, 1jet:A, 1jeu:A, 1jev:A, 1ola:A, 1olc:A, 2olb:A, 1qka:A, 1qkb:A, 2rkm:A
16 2z23:A 517 479 0.2067 0.2147 0.2317 8.11e-13
17 4gl8:A 500 492 0.2253 0.2420 0.2459 1.16e-12 4gl8:B
18 6ofq:A 512 493 0.2160 0.2266 0.2353 3.60e-12 6pu3:A
19 5f1q:A 513 506 0.2142 0.2242 0.2273 5.04e-12 5f1q:B
20 5kzt:B 510 306 0.1304 0.1373 0.2288 6.81e-12 5kzt:A
21 4oev:A 494 326 0.1490 0.1619 0.2454 7.24e-12 4oeu:A, 4oeu:B, 4oev:B
22 4oes:A 498 494 0.2067 0.2229 0.2247 1.99e-11
23 8upi:A 510 251 0.1229 0.1294 0.2629 4.68e-11
24 8arn:A 509 259 0.1285 0.1356 0.2664 5.61e-11 8are:A, 8arn:B
25 4qfl:A 507 356 0.1583 0.1677 0.2388 6.49e-11 4qfl:B, 4qfn:A, 4qfn:B, 4qfo:A, 4qfo:B, 4qfp:A, 4qfp:B
26 7og0:B 498 294 0.1397 0.1506 0.2551 7.47e-11 7ofw:A, 7ofz:A, 7og0:A
27 8a42:A 627 286 0.1341 0.1148 0.2517 2.29e-10 8qm0:A, 8qm0:B, 8qm0:C, 8qm0:D
28 3e3k:B 500 349 0.1601 0.1720 0.2464 5.61e-10 7a0c:A, 7a0c:B, 4dcx:A, 4dcx:B, 4dcy:A, 4dcy:B, 3dp8:A, 3dp8:B, 3dp8:C, 3e3k:A, 3e3k:C, 4i8c:A, 4i8c:B, 4i8c:C, 4i9d:A, 4i9d:B, 5l8d:A, 5l8d:B, 3mvw:A, 3mvw:B, 3mvx:A, 3mvx:B, 3mvy:A, 3mvy:B, 3mvz:A, 3mvz:B, 3mw0:A, 3mw0:B, 5mwu:A, 5mwu:B, 3mz9:A, 3mz9:B, 3mzb:A, 3mzb:B, 2noo:A, 5on0:A, 5on0:B, 5on1:A, 5on1:B, 5on4:A, 5on4:B, 5on5:A, 5on5:B, 5on8:A, 5on8:B, 5on9:A, 5on9:B, 6r4q:A, 6r4q:B, 8spm:A, 1zlq:A, 1zlq:B
29 6dtg:A 522 468 0.1918 0.1973 0.2201 9.49e-10 6dqq:A, 6dqr:A, 6dqt:A, 6dqu:A, 6dtf:A, 6dth:A
30 5yh8:A 510 494 0.2030 0.2137 0.2206 1.55e-09 5yhe:A, 5yhe:B, 5yhg:A
31 5z99:A 485 323 0.1508 0.1670 0.2508 1.59e-09 5yyb:A, 5yyb:B
32 1dpp:A 507 524 0.2104 0.2229 0.2156 1.62e-09 1dpp:C, 1dpp:E, 1dpp:G
33 8qlg:A 624 280 0.1378 0.1186 0.2643 1.81e-09 8qlg:B
34 6npo:A 518 294 0.1248 0.1293 0.2279 4.99e-09
35 8ay0:B 496 489 0.1844 0.1996 0.2025 5.08e-09 8ay0:A, 8ay0:C
36 6tfx:B 494 493 0.2048 0.2227 0.2231 7.19e-09 6tfq:A, 6tfq:B, 6tfs:A, 6tfs:B, 6tfx:A
37 3zs6:A 506 462 0.1825 0.1937 0.2121 9.19e-09
38 8qlj:A 621 306 0.1453 0.1256 0.2549 1.43e-08 8qlk:A, 8qlm:A, 8qlm:B, 8qlv:A
39 8cko:A 492 296 0.1285 0.1402 0.2331 7.04e-08 8ckd:A, 8cke:A, 6i7w:A, 4ra1:A, 4ze9:A, 4zeb:A, 4zeb:B, 4zec:A, 4zed:A, 4zei:A, 4zek:A
40 8caw:A 491 298 0.1304 0.1426 0.2349 8.97e-08 8cay:A, 8cb9:A, 8cdo:A
41 8ch2:A 479 296 0.1378 0.1545 0.2500 2.16e-07 8ch1:A, 8ch3:A, 8chc:A, 8ci6:A, 8cju:A
42 3o9p:A 509 370 0.1620 0.1709 0.2351 1.14e-06
43 4ofo:A 497 394 0.1527 0.1650 0.2081 1.58e-06 4ofl:A, 4ofl:B, 4ofo:B, 4ofo:C, 4ofo:D
44 7z6f:E 581 552 0.2067 0.1910 0.2011 1.77e-06 7atr:A, 8fsq:A, 8fsr:A, 8fss:A
45 2d5w:A 602 454 0.1974 0.1761 0.2335 4.78e-06 2d5w:B
46 2wop:A 554 165 0.0689 0.0668 0.2242 0.003 2wok:A
47 8j5u:A 534 451 0.1937 0.1948 0.2306 0.013 8j5q:A, 8j5s:A
48 8wda:A 517 290 0.1099 0.1141 0.2034 0.020 6e3d:A, 6e4d:A, 7jls:A
49 4faj:A 507 278 0.1061 0.1124 0.2050 0.026
50 4ofj:A 465 445 0.1732 0.2000 0.2090 0.041 3rqt:A, 4xkn:A, 4xkp:A, 4xkq:A, 4xkr:A
51 3ryb:A 563 394 0.1583 0.1510 0.2157 0.11 3drf:A, 3drg:A, 3drh:A, 3dri:A, 3drj:A, 3drk:A, 3rya:A
52 6u5w:A 1435 226 0.1024 0.0383 0.2434 0.36
53 6b9v:A 254 145 0.0633 0.1339 0.2345 0.65 6b9v:B
54 3c7a:A 403 45 0.0317 0.0422 0.3778 1.3 3c7c:B, 3c7d:B, 3iqd:B
55 8jtj:A 1042 56 0.0391 0.0202 0.3750 1.8
56 8jtr:A 1056 56 0.0391 0.0199 0.3750 1.9
57 8uza:A 910 56 0.0391 0.0231 0.3750 1.9 8uzb:A
58 8t41:A 859 109 0.0540 0.0338 0.2661 4.3
59 8ow1:II 704 34 0.0205 0.0156 0.3235 7.1 8ovw:I
60 5j14:A 450 91 0.0466 0.0556 0.2747 8.3 5j14:B, 5j7z:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218