Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ADTQYILPNDIGVSSLDSREAFRLLSPTERLYAYHLSRAAWYGGLAVLLQTSPEAPYIYALLSRLFRAQDPDQLRQHALA
EGLTEEEYQAFLVYAAGVYSNMGNYKSFGDTKFVPNLPKEKLERVILGSEAAQQHPEEVRGLWQTCGELMFSLEPRLRHL
GLGKEGITTYFSGNCTMEDAKLAQDFLDSQNLSAYNTRLFKEVDGCGKPYYEVRLASVLGSEPSLDSEVTSKLKSYEFRG
SPFQVTRGDYAPILQKVVEQLEKAKAYAANSHQGQMLAQYIESFTQGSIEAHKRGSRFWIQDKGPIVESYIGFIESYRDP
FGSRGEFEGFVAVVNKAMSAKFERLVASAEQLLKELPWPPTFEKDKFLTPDFTSLDVLTFAGSGIPAGINIPNYDDLRQT
EGFKNVSLGNVLAVAYATQREKLTFLEEDDKDLYILWKGPSFDVQVGLHALLGHGSGKLFVQDEKGAFNFDQETVINPET
GEQIQSWYRCGETWDSKFSTIASSYEECRAESVGLYLSLHPQVLEIFGFEGADAEDVIYVNWLNMVRAGLLALEFYTPEA
FNWRQAHMQARFVILRVLLEAGEGLVTITPTTGSDGRPDARVRLDRSKIRSVGKPALERFLRRLQVLKSTGDVAGGRALY
EGYATVTDAPPESFLTLRDTVLLRKESRKLIVQPNTRLEGSDVQLLEYEASAAGLIRSFSERFPEDGPELEEILTQLATA
DARFW

The query sequence (length=725) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5e2q:A 725 725 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 5e33:A, 5e3a:A, 5e3c:A, 5egy:A, 5ehh:A, 3fvy:A, 7oup:A, 3t6b:A, 3t6b:B, 3t6j:A
2 5yfb:A 691 698 0.4041 0.4240 0.4198 5.37e-169 5yfb:B, 5yfd:A, 5yfd:B
3 3csk:A 710 735 0.3600 0.3676 0.3551 1.50e-139
4 5na8:A 651 649 0.2138 0.2381 0.2388 2.75e-29 5na6:A, 5na7:A, 5na8:B
5 6eom:A 524 409 0.1366 0.1889 0.2421 1.55e-11
6 5zum:B 537 205 0.0745 0.1006 0.2634 2.46e-04 5zum:A
7 8h69:A 716 90 0.0331 0.0335 0.2667 0.55 4avg:A, 4avg:B, 4avg:C, 4avg:D, 4avl:A, 4avl:B, 4avl:C, 4avl:D, 4avq:A, 4avq:B, 4avq:C, 4avq:D, 4awf:A, 4awf:B, 4awf:C, 4awf:D, 4awg:A, 4awg:B, 4awg:C, 4awh:A, 4awh:B, 4awh:C, 4awh:D, 4awm:A, 8bek:A, 5ccy:A, 5cgv:A, 5cl0:A, 3cm8:A, 5cxr:A, 5czn:A, 5d2o:A, 5d42:A, 5d4g:A, 5d8u:A, 5d9j:A, 5dbs:A, 6dcz:A, 5deb:A, 5des:A, 8dip:A, 8dpj:A, 8dqs:A, 8dtw:A, 8dvo:A, 8e1q:A, 8e21:A, 8e4s:A, 4e5e:A, 4e5e:B, 4e5e:C, 4e5e:D, 4e5f:A, 4e5f:B, 4e5f:C, 4e5f:D, 4e5g:A, 4e5g:B, 4e5g:C, 4e5g:D, 4e5h:A, 4e5h:B, 4e5h:C, 4e5h:D, 4e5i:A, 4e5i:B, 4e5i:C, 4e5i:D, 4e5j:A, 4e5j:B, 4e5j:C, 4e5j:D, 4e5l:A, 4e5l:B, 4e5l:C, 4e5l:D, 8edz:A, 5ega:A, 7k0w:A, 7k77:A, 7k87:A, 7kaf:A, 7kbc:A, 4kil:A, 7kl3:A, 7knr:A, 7kny:A, 7kop:A, 7lm4:A, 4ln7:A, 7lp7:A, 7lp8:A, 7lw6:A, 7m0n:A, 7m0n:B, 7m0n:C, 7m0n:D, 4m4q:A, 4m5o:A, 4m5q:A, 4m5r:A, 4m5u:A, 4m5v:A, 4mk1:A, 4mk2:A, 4mk5:A, 7ml8:A, 7mpf:A, 7mty:A, 7mx0:A, 7my5:A, 7n47:A, 7n55:A, 7n68:A, 7n8f:A, 6nel:A, 6nem:A, 7nha:A, 7nhc:A, 7nhx:A, 7ni0:A, 7nik:A, 7nil:A, 7nir:A, 7nis:A, 7nj3:A, 7nj4:A, 7nj5:A, 7nj7:A, 7nk1:A, 7nk2:A, 7nk4:A, 7nk6:A, 7nk8:A, 7nka:A, 7nkc:A, 7nki:A, 7nkr:A, 7nug:A, 7nuh:A, 8pm0:A, 8pnp:A, 8pnq:A, 8poh:A, 8poh:E, 7qtl:A, 6qx3:A, 6qx8:A, 6qx8:E, 6qxe:A, 6qxe:E, 7r0e:A, 8r3k:A, 8r3l:A, 8r60:A, 8r65:A, 7rkp:A, 6rr7:A, 7umr:A, 7uuh:A, 6v53:A, 6v56:A, 6vbr:A, 6vg9:A, 6viv:A, 6vjh:A, 6vl3:A, 6vll:A, 5vp8:A, 5vpt:A, 5vpx:A, 5vqn:A, 5vrj:A, 5w44:A, 2w69:A, 2w69:B, 2w69:D, 5w73:A, 6w7a:A, 4w9s:A, 5wa7:A, 5wap:A, 5wb3:A, 5wcs:A, 5wct:A, 5wdn:A, 5wdw:A, 5we7:A, 5we9:A, 5web:A, 5wef:A, 5wei:A, 5wf3:A, 5wfm:A, 5wfw:A, 5wfz:A, 5wg9:A, 6whm:A, 6wij:A, 6wj4:A, 6ws3:A, 6ya5:A, 6yem:A, 7z4o:DDD, 7z4o:AAA, 7zpl:A, 7zpl:D
8 1t3n:A 388 82 0.0345 0.0644 0.3049 2.6 2alz:A, 2dpi:A, 2dpj:A, 4ebc:A, 4ebd:A, 4ebe:A, 3epg:A, 3epi:A, 4eyh:B, 4eyi:B, 2fll:A, 2fln:A, 2flp:A, 4fs1:A, 4fs2:A, 3g6v:A, 3g6x:A, 3g6y:A, 3gv5:B, 3gv5:D, 3gv7:B, 3gv8:B, 3h40:A, 3h4b:A, 3h4d:A, 5kt2:A, 5kt3:A, 5kt4:A, 5kt5:A, 5kt6:A, 5kt7:A, 3ngd:A, 3osn:A, 3q8p:B, 3q8q:B, 3q8r:B, 3q8s:B, 1t3n:B, 5ulw:A, 5ulx:A, 1zet:A
9 8brk:A 135 66 0.0290 0.1556 0.3182 5.1 7ead:A
10 8fnc:10 416 34 0.0166 0.0288 0.3529 5.9 8fnf:10, 8fni:10, 8fnk:10
11 7qqg:B 623 117 0.0441 0.0514 0.2735 7.0 7qqg:A, 7qqg:C, 7qqh:A, 7qqh:B, 7qqh:C, 7qqh:D
12 7qqg:D 496 117 0.0441 0.0645 0.2735 7.0
13 5aj4:BO 115 50 0.0262 0.1652 0.3800 7.6 4ce4:O, 6gaw:BO, 6gb2:BO, 7nqh:BO, 7nql:BO, 7nsh:BO, 7nsi:BO, 7nsj:BO, 8oin:BS, 8oiq:BS, 4v19:O, 6ydp:BO, 6ydw:BO
14 8fvu:A 1361 78 0.0317 0.0169 0.2949 8.5 2vm5:A
15 1hbg:A 147 17 0.0138 0.0680 0.5882 8.6 2hbg:A, 1jf3:A, 1jf4:A, 1jl6:A, 1jl7:A, 1vre:A, 1vrf:A
16 2dy3:D 344 95 0.0345 0.0727 0.2632 9.3 2dy3:A, 2dy3:B, 2dy3:C
17 4iao:B 429 96 0.0317 0.0536 0.2396 9.8 2hjh:A, 2hjh:B, 4iao:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218