Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ADLFSADSAYTFVQRQVNFGPRIPGTAPHRACGDWLVATLRSFGAAVQEQTAEIKAHDGTMLPMRNIIASYRPEATGRML
LMAHWDTRPVTFDGADDGGSGVGVLLEIARYLGQQKDLGMGIDIVFFDTEDYGSYGDDESWCLGSQYWSRNPHVAGYKAE
AGILLDMVGAKGATFYWEYFSKSYAPGLISAVWQTAAALGYGNYFIQADGGALTDDHVPVIKNLGIPCIDIINYSSKNEH
GFGDHWHTQRDNMQIIDKNVLDAVGETVIRYLDEQV

The query sequence (length=276) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7cje:C 289 288 1.0000 0.9550 0.9583 0.0 7cje:A, 7cjg:A, 7cjg:B, 6qql:A, 6qql:B
2 3tc8:A 293 287 0.5688 0.5358 0.5470 5.99e-106 3tc8:B
3 6qro:A 291 286 0.5399 0.5120 0.5210 1.80e-102 6qro:B, 6qro:C, 6qro:D
4 7d1d:A 294 287 0.5181 0.4864 0.4983 1.87e-88 7d1e:A, 4fuu:A
5 7d1b:A 302 300 0.3116 0.2848 0.2867 1.39e-26
6 4fai:B 305 263 0.2536 0.2295 0.2662 2.25e-18 4fai:A, 4fbe:A, 4fbe:B
7 7d21:A 328 293 0.2790 0.2348 0.2628 7.82e-17 7d1h:A, 7d1n:A, 7d1y:A, 7d2d:A, 7d2i:A, 7d2j:A, 4mhn:A, 4mhy:A, 4mhz:A
8 4f9v:A 307 264 0.2572 0.2313 0.2689 6.64e-16 4f9u:B, 4f9u:A, 4f9v:B, 4fwu:A
9 7d18:A 293 289 0.2790 0.2628 0.2664 6.67e-16
10 6yi1:A 329 245 0.2138 0.1793 0.2408 3.87e-14 2afm:A, 2afm:B, 2afo:A, 2afo:B, 2afs:A, 2afs:B, 2afu:A, 2afu:B, 2afw:A, 2afw:B, 2afx:A, 2afx:B, 2afz:A, 2afz:B, 7cm0:A, 7cm0:B, 7cm0:C, 7cm0:D, 7coz:A, 7coz:B, 7coz:C, 7cp0:A, 7cp0:B, 7cp0:C, 7d8e:A, 7d8e:B, 7d8e:C, 9fxh:A, 9fxh:B, 9fxh:C, 9fxi:A, 9fxi:B, 9fxi:C, 9fxj:A, 9fxj:B, 9fxj:C, 6gbx:A, 6gbx:B, 6gbx:C, 8hy3:A, 3pbb:A, 3pbb:B, 3pbe:A, 3pbe:B, 3si0:A, 8xgb:B, 8xgt:B, 8xgt:A, 8xgt:C, 8xgt:D, 8xgt:E, 8xgt:F, 8xgt:G, 8xgt:H, 8xgt:I, 8xgt:J, 8xgt:K, 8xgt:L, 8xgy:B, 8xgy:E, 8xgy:A, 8xgy:D, 8xgy:C, 8xgy:K, 8xgy:F, 8xgy:I, 8xgy:G, 8xgy:H, 8xgy:J, 8xgy:L, 6yi1:B, 6yjy:A, 6yjy:B, 4yu9:A, 4yu9:B, 4yu9:C, 4ywy:A, 4ywy:B, 4ywy:C, 2zed:A, 2zed:B, 2zee:A, 2zee:B, 2zef:A, 2zef:B, 2zeg:A, 2zeg:B, 2zeh:A, 2zeh:B, 2zel:A, 2zel:B, 2zem:A, 2zem:B, 2zen:A, 2zen:B, 2zeo:A, 2zeo:B, 2zep:A, 2zep:B
11 3si1:A 323 250 0.2283 0.1950 0.2520 1.11e-13 3si2:A
12 7d17:A 321 242 0.2355 0.2025 0.2686 1.98e-10
13 6hc6:C 408 235 0.2391 0.1618 0.2809 2.53e-09 6hc6:A, 6hc6:B, 6hc7:A, 6hc7:B, 6hc7:C
14 2ek8:A 412 251 0.2645 0.1772 0.2908 1.94e-08 2ek9:A, 5ib9:A
15 3pb6:X 313 268 0.2319 0.2045 0.2388 3.32e-06 3pb4:X, 3pb7:X, 3pb8:X, 3pb9:X, 8xfv:X, 8xfv:A, 8xfv:B, 8xfv:C, 8xfv:D, 8xfv:E, 8xfv:F, 8xfv:G, 8xfv:H, 8xfv:I, 8xfv:J, 8xga:A, 8xga:B, 8xga:C, 8xga:D, 8xga:E, 8xga:F, 8xga:G, 8xga:H, 8xga:I, 8xga:J, 8xga:K
16 6zep:A 341 173 0.1522 0.1232 0.2428 0.069 7oez:A, 6zeq:A
17 1cg2:A 389 148 0.1413 0.1003 0.2635 0.14 1cg2:B, 1cg2:C, 1cg2:D, 6xj5:A, 6xj5:B, 6xj5:C, 6xj5:D, 6xj5:E, 6xj5:F, 6xj5:G, 6xj5:H
18 1amp:A 291 198 0.1594 0.1512 0.2222 0.24 2anp:A, 3b35:A, 3b3c:A, 3b3s:A, 3b3t:A, 3b3v:A, 3b3w:A, 3b7i:A, 1cp6:A, 2dea:A, 3fh4:A, 1ft7:A, 1igb:A, 2iq6:A, 1lok:A, 2nyq:A, 2prq:A, 1rtq:A, 1txr:A, 3vh9:A, 1xry:A
19 5gne:A 366 94 0.0942 0.0710 0.2766 0.42 5gne:B
20 2wja:A 146 42 0.0543 0.1027 0.3571 1.1 2wja:B
21 1r3n:A 438 140 0.1377 0.0868 0.2714 1.2 1r3n:B, 1r3n:C, 1r3n:D, 1r3n:E, 1r3n:F, 1r3n:G, 1r3n:H, 1r43:A, 1r43:B, 2v8d:A, 2v8d:B, 2v8g:A, 2v8g:B, 2v8g:C, 2v8g:D, 2v8h:A, 2v8h:B, 2v8h:C, 2v8h:D, 2v8v:A, 2v8v:B, 2v8v:C, 2v8v:D, 2vl1:A, 2vl1:B, 2vl1:C, 2vl1:D
22 6ica:C 378 195 0.1594 0.1164 0.2256 1.3 6esl:A, 6esl:B, 6ica:A, 6ica:B
23 6bqh:A 351 32 0.0471 0.0370 0.4062 1.9 8zmf:A
24 3iib:A 442 28 0.0399 0.0249 0.3929 2.7
25 6rz8:A 366 58 0.0688 0.0519 0.3276 3.4 6rz6:A, 6rz7:A, 6rz9:A
26 3fed:A 690 50 0.0725 0.0290 0.4000 3.8 3fec:A, 3fee:A, 3ff3:A
27 5yc8:A 384 135 0.1159 0.0833 0.2370 3.8 5zk3:A, 5zk8:A, 5zkb:A, 5zkc:A
28 2p35:A 245 49 0.0725 0.0816 0.4082 4.0 2p35:B
29 3ecq:B 1347 59 0.0616 0.0126 0.2881 6.4 5a55:A, 5a56:A, 5a57:A, 5a58:A, 5a59:A, 5a5a:A, 3ecq:A
30 7m6u:B 392 113 0.1159 0.0816 0.2832 6.9 7m6u:A, 7m6u:C, 7m6u:D
31 4ajw:A 765 38 0.0399 0.0144 0.2895 7.6 4v0i:A
32 5k2a:A 398 100 0.0833 0.0578 0.2300 8.2 8a2o:A, 8a2p:A, 6aqf:A, 7aro:A, 8c9w:A, 8cic:A, 8cu6:A, 8cu7:A, 8du3:A, 4eiy:A, 7ezc:A, 7ezc:B, 8fyn:A, 8gne:A, 6gt3:A, 5iu4:A, 5iu7:A, 5iu8:A, 5iua:A, 5iub:A, 5jtb:A, 6jzh:A, 5k2b:A, 5k2c:A, 5k2d:A, 6lpj:A, 6lpk:A, 6lpl:A, 6mh8:A, 5mzj:A, 5mzp:A, 5n2r:A, 5nlx:A, 5nm2:A, 5nm4:A, 5olg:A, 5olh:A, 5olo:A, 5olv:A, 5olz:A, 5om1:A, 5om4:A, 6ps7:A, 8pwn:A, 7px4:A, 7pyr:A, 8rln:A, 7rm5:A, 8rqq:A, 6s0l:A, 6s0q:A, 7t32:A, 5uig:A, 5uvi:A, 5vra:A, 6wqa:A, 6zdr:A, 6zdv:A
33 4yd9:A 1656 60 0.0688 0.0115 0.3167 9.0 4yd9:D, 4yd9:G, 4yd9:J, 4yd9:M, 4yd9:P, 4yd9:S, 4yd9:V, 4yd9:Y, 4yd9:b

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218