Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ADGSVAPGKLDDYYGFWSSGQTGEMRILGIPSMRELMRVPVFNRCSATGWGQTNESIRIHQRTMTEKTKKQLAANGKKIH
DNGDLHHVHMSFTDGKYDGRYLFMNDKANTRVARVRCDVMKTDAILEIPNAKGIHGMRPQKWPRSNYVFCNGEDEAPLVN
DGSTMTDVATYVNIFTAVDADKWEVAWQVKVSGNLDNCDADYEGKWAFSTSYNSEMGMTLEEMTKSEMDHVVVFNIAEIE
KAIKAGQYEEINGVKVVDGRKEAKSLFTRYIPIANNPHGCNMAPDRKHLCVAGKLSPTVTVLDVTKFDALFYDNAEPRSA
VVAEPELGLGPLHTAFDGRGNAYTSLFLDSQVVKWNIDEAIRAYAGEKINPIKDKLDVQYQPGHLKTVMGETLDAANDWL
VCLCKFSKDRFLNVGPLKPENDQLIDISGDKMVLVHDGPTFAEPHDAIAVSPSILPNIRSVWDRNDPLWAETRKQAEADE
VDIDEWTEAVIRDGNKVRVYMTSVAPSFSQPSFTVKEGDEVTVIVTNLDEIDDLTHGFTMGNHGVAMEVGPQQTSSVTFV
AANPGVYWYYCQWFCHALHMEMRGRMFVEP

The query sequence (length=590) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1fwx:A 591 590 0.9034 0.9019 0.9034 0.0 1fwx:B, 1fwx:C, 1fwx:D, 2iwf:A, 2iwf:B, 2iwk:A, 2iwk:B
2 5i5m:B 576 592 0.6153 0.6302 0.6132 0.0 5i5m:A
3 9f8x:A 572 587 0.6017 0.6206 0.6048 0.0 9f8x:B, 9f8x:C, 9f8x:D, 1qni:A, 1qni:B, 1qni:C, 1qni:D, 1qni:E, 1qni:F
4 7aq4:B 588 593 0.5864 0.5884 0.5835 0.0 7apy:A, 7apy:B, 7aq0:A, 7aq0:B, 7aq2:A, 7aq2:B, 7aq3:A, 7aq3:B, 7aq4:A, 7aq5:A, 7aq5:B, 7aq6:A, 7aq6:B, 7aq7:A, 7aq7:B, 7aq8:A, 7aq8:B, 7aq9:A, 7aq9:B, 7aqa:A, 7aqa:B, 7qba:H, 7qba:I, 6rkz:A, 6rkz:B, 6rl0:A, 6rl0:B, 6rl0:C, 6rl0:D, 3sbp:A, 3sbp:B, 3sbp:C, 3sbp:D, 3sbp:E, 3sbp:F, 3sbp:G, 3sbp:H, 3sbq:A, 3sbq:B, 3sbr:A, 3sbr:B, 3sbr:C, 3sbr:D, 3sbr:E, 3sbr:F, 3sbr:G, 3sbr:H, 6y6y:A, 6y6y:B, 6y71:A, 6y71:B, 6y72:A, 6y72:B, 6y77:A, 6y77:B, 6y7d:A, 6y7d:B, 6y7e:A, 6y7e:B
5 8ajz:B 167 103 0.0508 0.1796 0.2913 1.09e-06 3bvd:B, 2cua:A, 2cua:B, 1ehk:B, 3eh3:B, 3eh4:B, 3eh5:B, 4fa7:B, 4faa:B, 2fwl:B, 4g70:B, 4g71:B, 4g72:B, 4g7q:B, 4g7r:B, 4g7s:B, 4gp4:B, 4gp5:B, 4gp8:B, 8hua:B, 8k65:B, 8k6y:B, 4n4y:B, 5ndc:B, 3qjq:B, 3qjr:B, 3qjs:B, 3qjt:B, 3qju:B, 3qjv:B, 2qpd:B, 2qpe:B, 3s33:B, 3s38:B, 3s39:B, 3s3a:B, 3s3b:B, 3s3c:B, 3s3d:B, 3s8f:B, 3s8g:B, 5u7n:A, 5u7n:B, 5u7n:C, 5u7n:D, 5u7n:E, 5u7n:F, 5u7n:G, 5u7n:H, 1xme:B
6 6ptt:A 119 103 0.0475 0.2353 0.2718 1.18e-04 6ptt:B, 6pty:A, 6pty:B
7 6hbe:C 427 89 0.0492 0.0679 0.3258 8.92e-04 6hbe:A, 6hbe:B
8 1iby:A 112 69 0.0339 0.1786 0.2899 0.002 1iby:B, 1iby:C, 1iby:D, 1ibz:A, 1ibz:B, 1ibz:C, 1ibz:D, 1ic0:A, 1ic0:B, 1ic0:C, 1ic0:D, 1ic0:E, 1ic0:F
9 4ax3:D 457 167 0.0763 0.0985 0.2695 0.003 4ax3:A, 4ax3:B, 4ax3:C, 6f1q:A, 6fja:A, 5obo:A, 5ocb:A, 5ocf:A, 8qgf:A, 6qpt:A, 6qpt:B, 6qpt:C, 6qpt:D, 6qpt:E, 6qpt:F, 6qpu:A, 6qpu:B, 6qpu:C, 6qpu:D, 6qpu:E, 6qpu:F, 6qpv:A, 6qpv:I, 6qpx:A, 6qpx:I, 6qpz:A, 6qpz:I, 6qq0:A, 6qq1:A, 6qq2:A, 7qq2:A, 7r2u:A, 2yqb:A, 3zbm:A, 3ziy:A
10 2yev:B 319 87 0.0373 0.0690 0.2529 0.003 2yev:E
11 2zoo:A 438 113 0.0542 0.0731 0.2832 0.006
12 3g5w:A 318 93 0.0492 0.0912 0.3118 0.015 3g5w:B, 3g5w:C, 3g5w:D, 3g5w:E, 3g5w:F
13 6kol:A 125 42 0.0254 0.1200 0.3571 0.038 6l9s:A
14 4kns:A 285 89 0.0475 0.0982 0.3146 0.041 4kns:B, 4kns:C, 4kns:D, 4kns:E, 4kns:F, 4knt:A, 4knt:B, 4knt:C, 4knu:A, 4knu:B, 4knu:C, 4knu:D, 4knu:E, 4knu:F
15 5zl1:A 306 63 0.0373 0.0719 0.3492 0.079 5zl1:B, 5zl1:C, 5zl1:D
16 5ue6:A 314 42 0.0271 0.0510 0.3810 0.086 1kbv:A, 1kbv:B, 1kbv:C, 1kbv:D, 1kbv:F, 1kbv:E, 1kbw:A, 1kbw:B, 1kbw:C, 1kbw:D, 1kbw:E, 1kbw:F, 5tb7:A, 5tb7:C, 5tb7:B, 5ue6:C, 5ue6:B, 5ue6:D, 5ue6:F, 5ue6:E, 5ue6:G, 5ue6:I, 5ue6:H
17 8iuf:C2 196 73 0.0322 0.0969 0.2603 0.12 8iuj:c2, 8iuj:C2
18 3wi9:A 303 89 0.0424 0.0825 0.2809 0.14 6l46:A, 3wia:A, 3wia:B, 3wia:C, 3wia:D, 3wia:E, 3wia:F, 3wia:G, 3wia:H, 3wia:I, 3wkp:A, 3wkq:A, 3wni:A, 3wnj:A, 3x1e:A, 3x1f:A, 3x1g:A, 3x1n:A, 4ysa:A, 4ysd:A, 4yso:A, 4ysp:A, 4ysq:A, 4ysr:A, 4yss:A, 4yst:A, 4ysu:A, 5ytl:A, 5ytm:A, 5ytn:A, 4zk8:A
19 5z62:B 227 51 0.0271 0.0705 0.3137 0.51
20 7deg:B 147 59 0.0322 0.1293 0.3220 0.58 7deg:E
21 1ov8:A 139 38 0.0254 0.1079 0.3947 0.88 1ov8:B, 1ov8:C, 1ov8:D, 1qhq:A
22 2dv6:A 422 42 0.0271 0.0379 0.3810 0.95 2dv6:B, 2dv6:C, 2dv6:D, 2dv6:E, 2dv6:F
23 1j5c:A 98 85 0.0441 0.2653 0.3059 1.6 1j5d:A, 1jxd:A, 1jxf:A, 1pcs:A
24 5axh:B 587 89 0.0373 0.0375 0.2472 2.4 5axh:A
25 6pgl:A 218 102 0.0458 0.1239 0.2647 3.8 6pgl:B, 6pgl:C
26 2zgh:A 231 42 0.0271 0.0693 0.3810 3.8 2zgj:A, 2zks:A
27 1s7g:A 252 50 0.0220 0.0516 0.2600 3.9 1ma3:A, 1s7g:B, 1s7g:C, 1s7g:D, 1s7g:E, 4twj:A, 1yc2:A, 1yc2:B, 1yc2:C, 1yc2:D, 1yc2:E
28 1aoz:A 552 41 0.0288 0.0308 0.4146 4.1 1aoz:B, 1aso:A, 1aso:B, 1asp:A, 1asp:B, 1asq:A, 1asq:B
29 1cur:A 155 128 0.0542 0.2065 0.2500 4.4 1a3z:A, 1a8z:A, 2cak:A, 2cal:A, 1e30:A, 1e30:B, 1gy1:A, 1gy1:B, 1gy2:A, 1gy2:B, 1rcy:A
30 1p1i:B 498 100 0.0441 0.0522 0.2600 4.9 1p1h:B, 1p1h:D
31 1jkf:A 466 100 0.0441 0.0558 0.2600 5.3 1jkf:B
32 1jki:A 525 100 0.0441 0.0495 0.2600 5.6 1jki:B, 1la2:A, 1la2:B, 1la2:C, 1la2:D, 1p1h:A, 1p1h:C, 1p1i:A, 1p1j:A, 1p1j:B, 1p1k:A, 1p1k:B, 1rm0:A, 1rm0:B
33 4gdj:B 321 25 0.0203 0.0374 0.4800 6.9 4gdj:C, 4gdj:D
34 5akr:A 337 136 0.0525 0.0920 0.2279 7.1 2avf:A, 2avf:B, 2avf:C, 2avf:D, 2avf:E, 2avf:F, 2bw4:A, 2bw5:A, 2bwd:A, 2bwi:A, 6gb8:A, 6gbb:A, 6gby:A, 6gcg:A, 6gsq:A, 6gt0:A, 6gt2:A, 6gti:A, 6gtj:A, 6gtk:A, 6gtl:A, 6gtn:A, 5i6k:A, 5i6l:A, 5i6m:A, 5i6n:A, 5i6o:A, 5i6p:A, 1kcb:A, 6knf:A, 6knf:B, 6knf:C, 6kng:A, 6kng:B, 6kng:C, 5n8f:A, 5n8g:A, 5n8h:A, 5n8i:A, 1nia:A, 1nia:B, 1nia:C, 1nib:A, 1nib:B, 1nib:C, 1nic:A, 1nid:A, 1nie:A, 1nif:A, 2nrd:A, 5of5:A, 5of6:A, 5of7:A, 5of8:A, 5ofc:A, 5ofd:A, 5ofe:A, 5off:A, 5ofg:A, 5ofh:A, 5og2:A, 5og3:A, 5og4:A, 5og5:A, 5og6:A, 5ogf:A, 5ogg:A, 6qwg:A, 1rzp:A, 1rzp:B, 1rzp:C, 1rzq:A, 1rzq:B, 1rzq:C, 2y1a:A, 6zu6:A, 6zua:A, 6zub:A, 6zud:A, 6zut:A
35 8bip:B 796 22 0.0169 0.0126 0.4545 7.2 8bjq:B, 8bjq:D
36 1zpu:A 529 53 0.0254 0.0284 0.2830 9.0 1zpu:B, 1zpu:C, 1zpu:D, 1zpu:E, 1zpu:F
37 5c2v:B 352 68 0.0373 0.0625 0.3235 9.2 5c2v:E, 5c2w:B, 5c2w:E

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218