Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
Download all results in tab-seperated text for 114 receptor-ligand interactions, whose format is explained at readme.txt.
  • Hover over PDB to view the title of the structure. Click PDB to view the structure at the RCSB PDB database. Resolution -1.00 means the resolution is unavailable, e.g., for NMR structures.
  • Click Site # to view the binding site structure. Hover over Site # to view the binding residues.
  • Hover over Ligand to view the full ligand name. Click Ligand to view the 2D diagram and other detail information of the ligand.
  • Hover over EC number to view the full name of enzymatic activity.
  • Hover over GO terms to view all GO terms.
  • Hover over UniProt to view the protein name.

    • Sort results by
    << < 1 > >>
    Go to page

    # PDB
    (Resolution Å)     		Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    1 6gzx:B3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80371 30301898
    2 6gzx:B4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80371 30301898
    3 6gzx:C1 (4.57) BS01 rna ? GO:0002181 ... P60405 30301898
    4 6gzx:C1 (4.57) BS02 rna ? GO:0002181 ... P60405 30301898
    5 6gzx:C2 (4.57) BS01 rna ? GO:0002181 ... P60405 30301898
    6 6gzx:C3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003676 ... P80372 30301898
    7 6gzx:C4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003676 ... P80372 30301898
    8 6gzx:D1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHN8 30301898
    9 6gzx:D2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHN8 30301898
    10 6gzx:D3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... P80373 30301898
    11 6gzx:D4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... P80373 30301898
    12 6gzx:E1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHN9 30301898
    13 6gzx:E2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHN9 30301898
    14 6gzx:E3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHQ5 30301898
    15 6gzx:E4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHQ5 30301898
    16 6gzx:F1 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 30301898
    17 6gzx:F1 (4.57) BS02 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 30301898
    18 6gzx:F2 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 30301898
    19 6gzx:F2 (4.57) BS02 rna ? GO:0000049 ... Q5SHQ0 30301898
    20 6gzx:F3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLP8 30301898
    21 6gzx:F4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLP8 30301898
    22 6gzx:G1 (4.57) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0DOY8 30301898
    23 6gzx:G2 (4.57) BS01 rna ? GO:0002181 ... P0DOY8 30301898
    24 6gzx:G3 (4.57) BS01 rna ? GO:0000028 ... P17291 30301898
    25 6gzx:G4 (4.57) BS01 rna ? GO:0000028 ... P17291 30301898
    26 6gzx:H1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ1 30301898
    27 6gzx:H2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ1 30301898
    28 6gzx:H3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY9 30301898
    29 6gzx:H4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY9 30301898
    30 6gzx:I1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003729 ... P60488 30301898
    31 6gzx:I2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003729 ... P60488 30301898
    32 6gzx:I3 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... P80374 30301898
    33 6gzx:I4 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... P80374 30301898
    34 6gzx:J1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP8 30301898
    35 6gzx:J1 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP8 30301898
    36 6gzx:J2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP8 30301898
    37 6gzx:J2 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP8 30301898
    38 6gzx:J3 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN7 30301898
    39 6gzx:J4 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN7 30301898
    40 6gzx:K1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ7 30301898
    41 6gzx:K2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ7 30301898
    42 6gzx:K3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80376 30301898
    43 6gzx:K4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80376 30301898
    44 6gzx:L1 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... P60489 30301898
    45 6gzx:L1 (4.57) BS02 rna ? GO:0000049 ... P60489 30301898
    46 6gzx:L2 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... P60489 30301898
    47 6gzx:L2 (4.57) BS02 rna ? GO:0000049 ... P60489 30301898
    48 6gzx:L3 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN3 30301898
    49 6gzx:L4 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... Q5SHN3 30301898
    50 6gzx:M1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q9Z9H5 30301898
    51 6gzx:M2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q9Z9H5 30301898
    52 6gzx:M3 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... P80377 30301898
    53 6gzx:M4 (4.57) BS01 rna ? GO:0000049 ... P80377 30301898
    54 6gzx:N1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ4 30301898
    55 6gzx:N1 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ4 30301898
    56 6gzx:N2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ4 30301898
    57 6gzx:N2 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ4 30301898
    58 6gzx:N3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY6 30301898
    59 6gzx:N4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY6 30301898
    60 6gzx:O1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60490 30301898
    61 6gzx:O1 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... P60490 30301898
    62 6gzx:O2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60490 30301898
    63 6gzx:O2 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... P60490 30301898
    64 6gzx:O3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJ76 30301898
    65 6gzx:O3 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SJ76 30301898
    66 6gzx:O4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJ76 30301898
    67 6gzx:O4 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SJ76 30301898
    68 6gzx:P1 (4.57) BS01 rna ? GO:0000027 ... P60491 30301898
    69 6gzx:P2 (4.57) BS01 rna ? GO:0000027 ... P60491 30301898
    70 6gzx:P3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJH3 30301898
    71 6gzx:P4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJH3 30301898
    72 6gzx:Q1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... P60492 30301898
    73 6gzx:Q2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... P60492 30301898
    74 6gzx:Q3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY7 30301898
    75 6gzx:Q4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P0DOY7 30301898
    76 6gzx:R1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP3 30301898
    77 6gzx:R2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP3 30301898
    78 6gzx:R3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ0 30301898
    79 6gzx:R4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SLQ0 30301898
    80 6gzx:S1 (4.57) BS01 rna ? GO:0000027 ... Q5SHP0 30301898
    81 6gzx:S2 (4.57) BS01 rna ? GO:0000027 ... Q5SHP0 30301898
    82 6gzx:S3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHP2 30301898
    83 6gzx:S4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHP2 30301898
    84 6gzx:T1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHP9 30301898
    85 6gzx:T2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q5SHP9 30301898
    86 6gzx:T3 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... P80380 30301898
    87 6gzx:T4 (4.57) BS01 rna ? GO:0003723 ... P80380 30301898
    88 6gzx:U1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHZ1 30301898
    89 6gzx:U1 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHZ1 30301898
    90 6gzx:U2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHZ1 30301898
    91 6gzx:U2 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... Q5SHZ1 30301898
    92 6gzx:V1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60493 30301898
    93 6gzx:V2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60493 30301898
    94 6gzx:V2 (4.57) BS02 rna ? GO:0003735 ... P60493 30301898
    95 6gzx:V3 (4.57) BS01 rna ? GO:0044238 ... Q5SIS0 30301898
    96 6gzx:V4 (4.57) BS01 rna ? GO:0044238 ... Q5SIS0 30301898
    97 6gzx:W1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60494 30301898
    98 6gzx:W2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P60494 30301898
    99 6gzx:X1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP6 30301898
    100 6gzx:X2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHP6 30301898
    101 6gzx:Y1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ6 30301898
    102 6gzx:Y2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHQ6 30301898
    103 6gzx:Z1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJE1 30301898
    104 6gzx:Z2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SJE1 30301898
    105 6gzx:a1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80339 30301898
    106 6gzx:a2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80339 30301898
    107 6gzx:b1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P35871 30301898
    108 6gzx:b2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P35871 30301898
    109 6gzx:c1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80340 30301898
    110 6gzx:c2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... P80340 30301898
    111 6gzx:d1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SKU1 30301898
    112 6gzx:d2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SKU1 30301898
    113 6gzx:e1 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHR2 30301898
    114 6gzx:e2 (4.57) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q5SHR2 30301898
    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218