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TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
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    # PDB
    (Resolution Å)
    Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    1 8otz:AA (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    2 8otz:AB (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    3 8otz:AC (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    4 8otz:AD (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    5 8otz:AE (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    6 8otz:AF (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    7 8otz:AG (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    8 8otz:AH (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    9 8otz:AI (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    10 8otz:AJ (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    11 8otz:AK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    12 8otz:AL (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    13 8otz:AM (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    14 8otz:BA (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    15 8otz:BB (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    16 8otz:BC (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    17 8otz:BD (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
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    20 8otz:BG (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
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    24 8otz:BK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
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    49 8otz:CM (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    50 8otz:DA (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
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    54 8otz:DD (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
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    56 8otz:DE (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
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    59 8otz:DH (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    60 8otz:DH (3.6) BS02 GTP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    61 8otz:DI (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    62 8otz:DI (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    63 8otz:DJ (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    64 8otz:DJ (3.6) BS02 GTP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    65 8otz:DK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    66 8otz:DL (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    67 8otz:DM (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    68 8otz:DN (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    69 8otz:E2 (3.6) BS01 peptide ? N/A F1MZJ1 37327785
    70 8otz:EB (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
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    73 8otz:ED (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    74 8otz:EE (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    75 8otz:EE (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    76 8otz:EF (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    77 8otz:EG (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    78 8otz:EH (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    79 8otz:EI (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    80 8otz:EI (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    81 8otz:EJ (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    82 8otz:EK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    83 8otz:EL (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    84 8otz:EM (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
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    86 8otz:EN (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    87 8otz:EV (3.6) BS01 peptide ? GO:0005737 ... Q2TA38 37327785
    88 8otz:FB (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    89 8otz:FC (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    90 8otz:FC (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    91 8otz:FD (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    92 8otz:FE (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    93 8otz:FE (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
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    95 8otz:FF (3.6) BS02 GTP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    96 8otz:FG (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    97 8otz:FH (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    98 8otz:FH (3.6) BS02 GTP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    99 8otz:FI (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    100 8otz:FJ (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    101 8otz:FK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    102 8otz:FK (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    103 8otz:FL (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    104 8otz:FM (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    105 8otz:FM (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    106 8otz:FN (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    107 8otz:GB (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    108 8otz:GC (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    109 8otz:GC (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    110 8otz:GD (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    111 8otz:GE (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    112 8otz:GE (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    113 8otz:GF (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    114 8otz:GG (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    115 8otz:GH (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    116 8otz:GH (3.6) BS02 GTP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    117 8otz:GI (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    118 8otz:GJ (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    119 8otz:GK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    120 8otz:GL (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    121 8otz:GM (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    122 8otz:GM (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    123 8otz:GN (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    124 8otz:HB (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    125 8otz:HC (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    126 8otz:HD (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    127 8otz:HE (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    128 8otz:HE (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    129 8otz:HF (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    130 8otz:HG (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    131 8otz:HH (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    132 8otz:HI (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    133 8otz:HJ (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    134 8otz:HK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    135 8otz:HL (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    136 8otz:HM (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    137 8otz:HN (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    138 8otz:HO (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    139 8otz:IB (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    140 8otz:IC (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    141 8otz:ID (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    142 8otz:IE (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    143 8otz:IF (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    144 8otz:IG (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    145 8otz:IH (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    146 8otz:II (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    147 8otz:II (3.6) BS02 MG 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    148 8otz:IJ (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    149 8otz:IK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    150 8otz:IL (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    151 8otz:IL (3.6) BS02 GTP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
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    186 8otz:KO (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    187 8otz:LB (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    188 8otz:LC (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    189 8otz:LD (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    190 8otz:LE (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    191 8otz:LF (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    192 8otz:LF (3.6) BS02 GTP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    193 8otz:LG (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    194 8otz:LH (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    195 8otz:LI (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    196 8otz:LJ (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    197 8otz:LK (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    198 8otz:LL (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785
    199 8otz:LM (3.6) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0000226 ... Q32KN8 37327785
    200 8otz:LN (3.6) BS01 GDP ? GO:0000226 ... Q3MHM5 37327785

    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218