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I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
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    # PDB
    (resolution)
    Site
    #
    Peptide
    sequence
    EC
    number
    GO
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    UniProt PubMed Binding
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    21801 6em7:A
    (1.238)
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    (1.88)
    BS01 >6ema:C (identical to 6eh3:C, 6em7:D, 6eru:B, 6esa:E, 5o0e:C, 5o5m:C)
    TTYADFIASGRTGRRSAI
    2.7.11.11 GO:0000287 ... P25321 N/A
    21803 6enb:A
    (1.84)
    BS01 >6enb:B
    PGP
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    (1.94)
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    DFEEIPEEYL
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    ADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESY
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    21808 6eo9:H
    (1.84)
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    FEEIPEEY
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    (2.4)
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    SLRFLYEG
    3.4.14.5 GO:0004177 ... Q6V1X1 29382749
    21811 6eop:C
    (2.4)
    BS01 >6eop:F (identical to 6eop:D, 6eop:E, 6eot:F, 6eot:C, 6eot:E, 6eot:H, 6eot:J, 6eot:L)
    SLRFLYEG
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    (3.5)
    BS01 >6eot:F (identical to 6eop:D, 6eop:E, 6eop:F, 6eot:C, 6eot:E, 6eot:H, 6eot:J, 6eot:L)
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    (3.5)
    BS01 >6eot:C (identical to 6eop:D, 6eop:E, 6eop:F, 6eot:F, 6eot:E, 6eot:H, 6eot:J, 6eot:L)
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    (3.5)
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    (3.5)
    BS01 >6eot:L (identical to 6eop:D, 6eop:E, 6eop:F, 6eot:F, 6eot:C, 6eot:E, 6eot:H, 6eot:J)
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    21819 6epd:R
    (15.4)
    BS01 >6epd:Y (identical to 6epc:Y, 6epe:Y, 6epf:Y)
    NVEDDFSNQLRAELEKHGYKMETS
    ? GO:0000502 ... Q6PCT9 29398115
    21820 6epe:R
    (12.8)
    BS01 >6epe:Y (identical to 6epc:Y, 6epd:Y, 6epf:Y)
    NVEDDFSNQLRAELEKHGYKMETS
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    21821 6epe:S
    (12.8)
    BS01 >6epe:Y (identical to 6epc:Y, 6epd:Y, 6epf:Y)
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    21822 6epf:R
    (11.8)
    BS01 >6epf:Y (identical to 6epc:Y, 6epd:Y, 6epe:Y)
    NVEDDFSNQLRAELEKHGYKMETS
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    21823 6epf:S
    (11.8)
    BS01 >6epf:Y (identical to 6epc:Y, 6epd:Y, 6epe:Y)
    NVEDDFSNQLRAELEKHGYKMETS
    ? GO:0000502 ... A6HIT6 29398115
    21824 6eqa:A
    (3.16)
    BS01 >6eqa:C (identical to 6d78:C, 6eqb:C, 2guo:C, 2guo:F, 3qdj:C, 3qeq:C, 3qfd:C, 3qfd:F)
    AAGIGILTV
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    (3.16)
    BS01 >6eqa:C (identical to 6d78:C, 6eqb:C, 2guo:C, 2guo:F, 3qdj:C, 3qeq:C, 3qfd:C, 3qfd:F)
    AAGIGILTV
    N/A N/A N/A 31091334
    21826 6eqb:A
    (2.81)
    BS01 >6eqb:C (identical to 6d78:C, 6eqa:C, 2guo:C, 2guo:F, 3qdj:C, 3qeq:C, 3qfd:C, 3qfd:F)
    AAGIGILTV
    ? N/A P04439 31091334
    21827 6eqb:E
    (2.81)
    BS01 >6eqb:C (identical to 6d78:C, 6eqa:C, 2guo:C, 2guo:F, 3qdj:C, 3qeq:C, 3qfd:C, 3qfd:F)
    AAGIGILTV
    N/A N/A N/A 31091334
    21828 6eqv:A
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    BS01 >6eqv:D
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    GRVR
    3.4.21.75 GO:0004252 ... P09958 29314830
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    (1.994)
    BS01 >6eqx:D
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    BS03 >6erf:R
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    (3.01)
    BS03 >6erf:S (identical to 6erf:Q, 6erf:T)
    AERKRILPTWML
    3.6.4.- GO:0000723 ... P13010 30291363
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    (3.01)
    BS03 >6erf:T (identical to 6erf:Q, 6erf:S)
    AERKRILPTWML
    3.6.4.- GO:0000723 ... P13010 30291363
    21835 6erg:B
    (2.9)
    BS01 >6erg:F (identical to 8bhy:f, 8bhy:m, 6erg:C, 6erh:M, 7zyg:F)
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    21836 6erg:E
    (2.9)
    BS01 >6erg:C (identical to 8bhy:f, 8bhy:m, 6erg:F, 6erh:M, 7zyg:F)
    KPRGLFS
    3.6.4.- GO:0000723 ... P13010 30291363
    21837 6erh:B
    (2.8)
    BS03 >6erh:M (identical to 8bhy:f, 8bhy:m, 6erg:C, 6erg:F, 7zyg:F)
    KPRGLFS
    3.6.4.- GO:0000723 ... P13010 30291363
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    (2.8)
    BS03 >6erh:T
    PRGLFS
    3.6.4.- GO:0000723 ... P13010 30291363
    21839 6ert:A
    (1.8)
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    TTYADFIASGRTGKRNAI
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    (2.15)
    BS01 >6eru:B (identical to 6eh3:C, 6em7:D, 6ema:C, 6esa:E, 5o0e:C, 5o5m:C)
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    TTYADFIASGRTGRRNAI
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    TTYADFIASGRTGRRNAI
    2.7.11.11 GO:0000287 ... P25321 N/A
    21843 6esa:A
    (1.307)
    BS01 >6esa:E (identical to 6eh3:C, 6em7:D, 6ema:C, 6eru:B, 5o0e:C, 5o5m:C)
    TTYADFIASGRTGRRSAI
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    (3.4)
    BS01 >6esb:7
    TAPQWMLPLLLGLY
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    (1.84)
    BS01 >6esn:C (identical to 7a77:B, 5aph:C, 7b9o:C, 5g43:C, 5g44:C, 3kyt:C, 5mj5:B, 5ni5:C, 5ni7:C, 7ofi:C, 7ofk:C, 7pdq:B, 6r7a:C, 6r7j:C, 6r7k:C, 6sti:B, 5tlv:C, 5u2d:C)
    KHKILHRLLQDS
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    ILKEPVHGV
    ? N/A P04439 30365927

    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218