Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
Download all results in tab-seperated text for 197122 receptor-ligand interactions, whose format is explained at readme.txt.
  • Hover over PDB to view the title of the structure. Click PDB to view the structure at the RCSB PDB database. Resolution -1.00 means the resolution is unavailable, e.g., for NMR structures.
  • Click Site # to view the binding site structure. Hover over Site # to view the binding residues.
  • Hover over Ligand to view the full ligand name. Click Ligand to view the 2D diagram and other detail information of the ligand.
  • Hover over EC number to view the full name of enzymatic activity.
  • Hover over GO terms to view all GO terms.
  • Hover over UniProt to view the protein name.

    • Sort results by
    << < 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 > >>
    Go to page

    # PDB
    (Resolution Å)     		Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    188001 8qax:E (1.69) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188002 8qax:E (1.69) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188003 8qax:F (1.69) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188004 8qax:F (1.69) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188005 8qay:A (2.2) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188006 8qay:A (2.2) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188007 8qay:B (2.2) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188008 8qay:B (2.2) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188009 8qay:C (2.2) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188010 8qay:C (2.2) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188011 8qay:D (2.2) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188012 8qay:D (2.2) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188013 8qay:E (2.2) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188014 8qay:E (2.2) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188015 8qay:F (2.2) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188016 8qay:F (2.2) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188017 8qay:G (2.2) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188018 8qay:G (2.2) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188019 8qay:H (2.2) BS01 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188020 8qay:H (2.2) BS02 MN 4.2.1.19 GO:0000105 ... A0A072VQG6 38559763
    188021 8qbm:A (3.09) BS04 MG 2.7.7.49 GO:0003723 ... P23070 38788717
    188022 8qbn:7 (3.2) BS01 ZN ? GO:0000151 ... Q9H7D7 38759627
    188023 8qbn:W (3.2) BS01 ZN ? GO:0000151 ... Q9H7D7 38759627
    188024 8qbn:Y (3.2) BS01 ZN ? GO:0000151 ... P62699 38759627
    188025 8qbq:A (1.81) BS01 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188026 8qbq:A (1.81) BS02 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188027 8qbq:A (1.81) BS03 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188028 8qbq:A (1.81) BS04 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188029 8qbt:e (2.2) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P0A7Q6 38503735
    188030 8qby:D (2.3) BS01 CA N/A N/A A1B495 N/A
    188031 8qby:M (2.3) BS01 CA N/A N/A A1B480 N/A
    188032 8qby:N (2.3) BS01 CA N/A N/A A1B479 N/A
    188033 8qby:R (2.3) BS01 ZN N/A N/A A1B357 N/A
    188034 8qbz:A (1.9) BS11 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188035 8qbz:A (1.9) BS12 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188036 8qbz:A (1.9) BS13 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188037 8qbz:A (1.9) BS14 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188038 8qc1:M (2.5) BS01 CA N/A N/A A1B480 N/A
    188039 8qc9:A (2.0) BS11 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188040 8qc9:A (2.0) BS12 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188041 8qc9:A (2.0) BS13 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188042 8qc9:A (2.0) BS14 CA N/A N/A Q8EG34 39158169
    188043 8qcc:A (1.9) BS03 MG N/A N/A B7LXC3 N/A
    188044 8qcc:B (1.9) BS03 MG N/A N/A B7LXC3 N/A
    188045 8qcc:B (1.9) BS04 MG N/A N/A B7LXC3 N/A
    188046 8qcg:A (1.04) BS02 MG 2.7.11.1 GO:0000785 ... P19784 N/A
    188047 8qcg:B (1.04) BS02 MG 2.7.11.1 GO:0000785 ... P19784 N/A
    188048 8qch:A (2.442) BS02 ZN N/A GO:0004000 ... Q6DHV7 39190717
    188049 8qch:B (2.442) BS02 ZN N/A GO:0004000 ... Q6DHV7 39190717
    188050 8qch:C (2.442) BS02 ZN N/A GO:0004000 ... Q6DHV7 39190717
    188051 8qch:D (2.442) BS02 ZN N/A GO:0004000 ... Q6DHV7 39190717
    188052 8qch:E (2.442) BS02 ZN N/A GO:0004000 ... Q6DHV7 39190717
    188053 8qch:F (2.442) BS02 ZN N/A GO:0004000 ... Q6DHV7 39190717
    188054 8qch:G (2.442) BS02 ZN N/A GO:0004000 ... Q6DHV7 39190717
    188055 8qch:H (2.442) BS02 ZN N/A GO:0004000 ... Q6DHV7 39190717
    188056 8qci:B (2.2) BS02 CA ? N/A Q9Y6R7 38380729
    188057 8qcq:0 (2.3) BS02 ZN ? GO:0003735 ... O34687 38503735
    188058 8qcq:1 (2.3) BS02 ZN ? GO:0003735 ... P56849 38503735
    188059 8qcq:4 (2.3) BS02 ZN ? GO:0003735 ... P20278 38503735
    188060 8qcq:6 (2.3) BS02 ZN ? GO:0003735 ... Q03223 38503735
    188061 8qcq:n (2.3) BS02 ZN ? GO:0003735 ... P12878 38503735
    188062 8qe8:A (3.8) BS01 ZN ? GO:0000151 ... Q9H7D7 38759627
    188063 8qe8:B (3.8) BS01 ZN ? GO:0000151 ... Q9H7D7 38759627
    188064 8qea:A (1.8) BS02 CA N/A N/A P81947 N/A
    188065 8qek:S (3.6) BS01 ZN N/A N/A A1YTN7 N/A
    188066 8qen:A (3.4) BS01 ZN 2.4.1.-
    3.4.22.-    		 GO:0005576 ... P18177 38308843
    188067 8qeo:A (3.26) BS01 ZN 2.4.1.-
    3.4.22.-    		 GO:0005576 ... P18177 38308843
    188068 8qez:A (1.55) BS02 ZN ? GO:0015276 ... P19491 38101041
    188069 8qez:A (1.55) BS03 ZN ? GO:0015276 ... P19491 38101041
    188070 8qez:B (1.55) BS03 ZN ? GO:0015276 ... P19491 38101041
    188071 8qez:C (1.55) BS02 ZN ? GO:0015276 ... P19491 38101041
    188072 8qf1:A (1.32) BS02 MG 2.7.11.1 GO:0000785 ... P19784 N/A
    188073 8qf1:B (1.32) BS01 MG 2.7.11.1 GO:0000785 ... P19784 N/A
    188074 8qf2:A (2.35) BS01 ZN 3.2.1.185 GO:0000272 ... E8MGH8 38051515
    188075 8qf5:G (1.5) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188076 8qf5:H (1.5) BS01 ZN ? GO:0003729 ... Q7LC44 N/A
    188077 8qf6:A (2.2) BS02 FE N/A N/A G2LET6 N/A
    188078 8qf6:B (2.2) BS02 FE N/A N/A G2LET6 N/A
    188079 8qf6:C (2.2) BS02 FE N/A N/A G2LET6 N/A
    188080 8qf6:D (2.2) BS02 FE N/A N/A G2LET6 N/A
    188081 8qf7:AAA (1.225) BS01 ZN N/A N/A P00918 N/A
    188082 8qf8:A (2.4) BS02 ZN ? GO:0005975 ... A0A6I0SRL5 38051515
    188083 8qf8:B (2.4) BS02 ZN ? GO:0005975 ... A0A6I0SRL5 38051515
    188084 8qf9:AAA (1.277) BS01 ZN N/A N/A P00918 N/A
    188085 8qfd:g (2.2) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P49207 38383789
    188086 8qfd:j (2.2) BS03 ZN ? GO:0003723 ... A0A5J5MXE5 38383789
    188087 8qfd:m (2.2) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P62987 38383789
    188088 8qfd:p (2.2) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P61513 38383789
    188089 8qfe:A (1.5) BS02 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188090 8qff:A (2.1) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188091 8qff:A (2.1) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188092 8qfg:A (1.7) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188093 8qfg:A (1.7) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188094 8qfh:A (1.8) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188095 8qfh:A (1.8) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188096 8qfi:A (1.9) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188097 8qfi:A (1.9) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188098 8qfj:A (1.9) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188099 8qfj:A (1.9) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    188100 8qfk:AAA (1.11) BS02 ZN N/A N/A P00918 N/A
    188101 8qfl:A (1.75) BS01 FE ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188102 8qfl:B (1.75) BS01 FE ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188103 8qfm:A (1.9) BS02 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188104 8qfm:B (1.9) BS02 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188105 8qfm:B (1.9) BS03 MG ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188106 8qfn:A (1.75) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188107 8qfn:B (1.75) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188108 8qfo:A (2.05) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188109 8qfo:B (2.05) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188110 8qfo:B (2.05) BS02 MG ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188111 8qfp:A (2.2) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188112 8qfp:B (2.2) BS01 MG ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188113 8qfp:B (2.2) BS02 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188114 8qfq:A (2.1) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188115 8qfq:B (2.1) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188116 8qfq:B (2.1) BS02 MG ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    188117 8qfr:B (2.2) BS01 CA N/A N/A A0A840P3H4 N/A
    188118 8qfs:C (2.7) BS02 MG ? GO:0003723 ... P0CE48 37923743
    188119 8qfw:A (2.0) BS01 MG 3.1.3.16
    3.1.3.74    		 GO:0000287 ... P60487 38856179
    188120 8qfw:B (2.0) BS01 MG 3.1.3.16
    3.1.3.74    		 GO:0000287 ... P60487 38856179
    188121 8qfx:A (1.6) BS03 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188122 8qfx:A (1.6) BS04 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188123 8qfx:B (1.6) BS02 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188124 8qfx:B (1.6) BS03 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188125 8qfx:C (1.6) BS03 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188126 8qfx:C (1.6) BS04 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188127 8qfx:D (1.6) BS02 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188128 8qfx:D (1.6) BS03 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188129 8qgf:A (1.32) BS01 CU N/A N/A I6NAW4 N/A
    188130 8qgf:A (1.32) BS02 CU N/A N/A I6NAW4 N/A
    188131 8qgr:B (2.2) BS01 ZN N/A N/A A1YTN7 N/A
    188132 8qgv:AAA (1.84) BS01 ZN N/A N/A P00915 N/A
    188133 8qgv:BBB (1.84) BS01 ZN N/A N/A P00915 N/A
    188134 8qh3:A (2.81) BS02 MG 2.7.7.48
    3.1.-.-    		 GO:0000166 ... P23456 38480734
    188135 8qh8:A (1.04) BS01 ZN N/A N/A P00918 N/A
    188136 8qh9:A (1.59) BS01 ZN N/A N/A F8W4B7 39067437
    188137 8qhc:C (3.1) BS02 MG ? GO:0003723 ... P0CE48 37923743
    188138 8qhg:A (1.91) BS02 ZN N/A N/A P00918 N/A
    188139 8qhj:A (1.62) BS01 ZN N/A N/A P00918 N/A
    188140 8qhl:A (1.9) BS02 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188141 8qhl:A (1.9) BS03 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188142 8qhl:B (1.9) BS02 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    188143 8qho:AAA (1.43) BS01 ZN N/A N/A P00918 N/A
    188144 8qhp:A (2.8) BS01 ZN 6.1.1.16 GO:0000166 ... Q8U227 38325366
    188145 8qhp:B (2.8) BS01 ZN 6.1.1.16 GO:0000166 ... Q8U227 38325366
    188146 8qic:A (2.5) BS02 ZN 6.1.1.3 GO:0000166 ... P0A8M3 38558084
    188147 8qic:D (2.5) BS02 ZN 6.1.1.3 GO:0000166 ... P0A8M3 38558084
    188148 8qj0:L (2.3) BS01 MG 4.1.1.39 GO:0000287 ... P00875 38809540
    188149 8qj0:M (2.3) BS01 MG 4.1.1.39 GO:0000287 ... P00875 38809540
    188150 8qj0:N (2.3) BS01 MG 4.1.1.39 GO:0000287 ... P00875 38809540
    188151 8qj0:O (2.3) BS01 MG 4.1.1.39 GO:0000287 ... P00875 38809540
    188152 8qj7:A (3.07) BS01 ZN 2.7.7.7 GO:0000166 ... P09884 38335062
    188153 8qj7:A (3.07) BS02 ZN 2.7.7.7 GO:0000166 ... P09884 38335062
    188154 8qj7:C (3.07) BS01 ZN 2.7.7.102 GO:0000287 ... P49642 38335062
    188155 8qj7:C (3.07) BS02 MN 2.7.7.102 GO:0000287 ... P49642 38335062
    188156 8qjd:A (2.203) BS01 ZN N/A N/A S5MXP0 N/A
    188157 8qjd:B (2.203) BS01 ZN N/A N/A S5MXP0 N/A
    188158 8qjl:A (1.4) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188159 8qjl:A (1.4) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188160 8qjl:A (1.4) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188161 8qjm:A (1.65) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188162 8qjm:A (1.65) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188163 8qjm:A (1.65) BS04 ZN N/A N/A N/A N/A
    188164 8qjm:B (1.65) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188165 8qjm:B (1.65) BS04 ZN N/A N/A N/A N/A
    188166 8qjm:B (1.65) BS05 ZN N/A N/A N/A N/A
    188167 8qjn:A (1.65) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188168 8qjn:A (1.65) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188169 8qjn:A (1.65) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188170 8qjn:B (1.65) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188171 8qjn:B (1.65) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188172 8qjn:B (1.65) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188173 8qjo:A (1.85) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188174 8qjo:A (1.85) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188175 8qjo:A (1.85) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188176 8qjo:B (1.85) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188177 8qjo:B (1.85) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188178 8qjo:B (1.85) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188179 8qjp:A (1.2) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188180 8qjp:A (1.2) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188181 8qjp:A (1.2) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188182 8qjp:B (1.2) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188183 8qjp:B (1.2) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188184 8qjp:B (1.2) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188185 8qjq:A (1.8) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188186 8qjq:A (1.8) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188187 8qjq:A (1.8) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188188 8qjq:B (1.8) BS01 ZN N/A N/A N/A N/A
    188189 8qjq:B (1.8) BS02 ZN N/A N/A N/A N/A
    188190 8qjq:B (1.8) BS03 ZN N/A N/A N/A N/A
    188191 8qjz:A (1.35) BS01 MN 3.6.1.54 GO:0005737 ... A0A066QL39 38579010
    188192 8qjz:A (1.35) BS02 MN 3.6.1.54 GO:0005737 ... A0A066QL39 38579010
    188193 8qk2:A (1.95) BS01 MN 3.6.1.54 GO:0005737 ... A6T5R0 38579010
    188194 8qk2:A (1.95) BS02 MN 3.6.1.54 GO:0005737 ... A6T5R0 38579010
    188195 8qk5:A (1.95) BS01 MN 3.6.1.54 GO:0005737 ... A6T5R0 38579010
    188196 8qk5:A (1.95) BS02 MN 3.6.1.54 GO:0005737 ... A6T5R0 38579010
    188197 8qk7:a (2.77) BS02 ZN N/A N/A P0A7M9 N/A
    188198 8qk7:f (2.77) BS02 ZN N/A N/A P0A7Q6 N/A
    188199 8qk9:A (1.9) BS01 MN 3.6.1.54 GO:0005737 ... A0A066QL39 38579010
    188200 8qk9:A (1.9) BS02 MN 3.6.1.54 GO:0005737 ... A0A066QL39 38579010
    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218