Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
Download all results in tab-seperated text for 6639 receptor-ligand interactions, whose format is explained at readme.txt.
  • Hover over PDB to view the title of the structure. Click PDB to view the structure at the RCSB PDB database. Resolution -1.00 means the resolution is unavailable, e.g., for NMR structures.
  • Click Site # to view the binding site structure. Hover over Site # to view the binding residues.
  • Hover over Ligand to view the full ligand name. Click Ligand to view the 2D diagram and other detail information of the ligand.
  • Hover over EC number to view the full name of enzymatic activity.
  • Hover over GO terms to view all GO terms.
  • Hover over UniProt to view the protein name.

    • Sort results by
    << < 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 > >>
    Go to page

    # PDB
    (Resolution Å)     		Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    601 1nol:A (2.4) BS02 CU ? GO:0005344 ... P04253 8518732
    602 1npj:A (1.9) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    603 1npj:A (1.9) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    604 1npj:B (1.9) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    605 1npj:B (1.9) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    606 1npj:C (1.9) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    607 1npj:C (1.9) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    608 1npn:A (1.8) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    609 1npn:A (1.8) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    610 1npn:B (1.8) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    611 1npn:B (1.8) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    612 1npn:C (1.8) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    613 1npn:C (1.8) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 12680761
    614 1ntd:A (2.3) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 7547950
    615 1ntd:A (2.3) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 7547950
    616 1nwo:A (1.92) BS01 CU ? GO:0005507 ... P34097 9761890
    617 1nwo:B (1.92) BS01 CU ? GO:0005507 ... P34097 9761890
    618 1nwp:A (1.6) BS01 CU ? GO:0005507 ... P34097 9761890
    619 1nwp:B (1.6) BS01 CU ? GO:0005507 ... P34097 9761890
    620 1oac:A (2.0) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 8591028
    621 1oac:B (2.0) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 8591028
    622 1oaj:A (1.73) BS02 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... P00446 12595249
    623 1oal:A (1.5) BS02 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... P00446 12595249
    624 1occ:A (2.8) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P00396 8638158
    625 1occ:B (2.8) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 8638158
    626 1occ:B (2.8) BS02 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 8638158
    627 1occ:N (2.8) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P00396 8638158
    628 1occ:O (2.8) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 8638158
    629 1occ:O (2.8) BS02 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 8638158
    630 1oco:A (2.8) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P00396 9624044
    631 1oco:B (2.8) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    632 1oco:B (2.8) BS02 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    633 1oco:N (2.8) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P00396 9624044
    634 1oco:O (2.8) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    635 1oco:O (2.8) BS02 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    636 1ocr:A (2.35) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P00396 9624044
    637 1ocr:B (2.35) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    638 1ocr:B (2.35) BS02 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    639 1ocr:N (2.35) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P00396 9624044
    640 1ocr:O (2.35) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    641 1ocr:O (2.35) BS02 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    642 1ocz:A (2.9) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P00396 9624044
    643 1ocz:B (2.9) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    644 1ocz:B (2.9) BS02 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    645 1ocz:N (2.9) BS01 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P00396 9624044
    646 1ocz:O (2.9) BS02 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    647 1ocz:O (2.9) BS03 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P68530 9624044
    648 1odb:A (2.19) BS03 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    649 1odb:B (2.19) BS01 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    650 1odb:B (2.19) BS02 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    651 1odb:C (2.19) BS01 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    652 1odb:C (2.19) BS04 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    653 1odb:D (2.19) BS01 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    654 1odb:D (2.19) BS02 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    655 1odb:E (2.19) BS01 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    656 1odb:E (2.19) BS04 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    657 1odb:F (2.19) BS01 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    658 1odb:F (2.19) BS02 CU ? GO:0002548 ... P80511 12777802
    659 1oe1:A (1.04) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... O68601 12691751
    660 1oe1:A (1.04) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... O68601 12691751
    661 1oe2:A (1.12) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... O68601 12691751
    662 1oe2:A (1.12) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... O68601 12691751
    663 1oe3:A (1.15) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... O68601 12691751
    664 1oe3:A (1.15) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... O68601 12691751
    665 1oow:A (2.0) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00289 14670610
    666 1opm:A (2.1) BS01 CU 1.14.17.3
    4.3.2.5    		 GO:0003824 ... P14925 10504734
    667 1opm:A (2.1) BS03 CU 1.14.17.3
    4.3.2.5    		 GO:0003824 ... P14925 10504734
    668 1oq6:A (-1.00) BS01 CU 7.2.2.8 GO:0046872 ... O32220 12888353
    669 1ov8:A (1.9) BS01 CU ? GO:0005507 ... P27197 12925783
    670 1ov8:B (1.9) BS01 CU ? GO:0005507 ... P27197 12925783
    671 1ov8:C (1.9) BS01 CU ? GO:0005507 ... P27197 12925783
    672 1ov8:D (1.9) BS01 CU ? GO:0005507 ... P27197 12925783
    673 1oxy:A (2.4) BS01 CU ? GO:0005344 ... P04253 7984626
    674 1oxy:A (2.4) BS02 CU ? GO:0005344 ... P04253 7984626
    675 1paz:A (1.55) BS01 CU ? GO:0005507 ... P04377 3271558
    676 1pcs:A (2.15) BS01 CU ? GO:0005507 ... P21697 9466912
    677 1pf3:A (1.5) BS01 CU 1.16.3.4 GO:0004322 ... P36649 12794077
    678 1pf3:A (1.5) BS02 CU 1.16.3.4 GO:0004322 ... P36649 12794077
    679 1phm:A (1.9) BS01 CU 1.14.17.3
    4.3.2.5    		 GO:0003824 ... P14925 9360928
    680 1phm:A (1.9) BS02 CU 1.14.17.3
    4.3.2.5    		 GO:0003824 ... P14925 9360928
    681 1pla:A (-1.00) BS01 CU ? GO:0005507 ... P17341 8204598
    682 1plb:A (-1.00) BS01 CU ? GO:0005507 ... P17341 8204598
    683 1plc:A (1.33) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00299 1492962
    684 1pmy:A (1.5) BS01 CU ? GO:0005507 ... P04171 15299445
    685 1pnc:A (1.6) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00299 15299368
    686 1pnd:A (1.6) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00299 15299368
    687 1pu4:A (3.2) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... Q16853 16046623
    688 1pu4:B (3.2) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... Q16853 16046623
    689 1pza:A (1.8) BS01 CU ? GO:0005507 ... P04377 8034003
    690 1pzb:A (1.8) BS01 CU ? GO:0005507 ... P04377 8034003
    691 1pzs:A (1.63) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... P9WGE9 15155722
    692 1q0e:A (1.15) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 12906825
    693 1q0e:B (1.15) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 12906825
    694 1qaf:A (2.2) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 10387067
    695 1qaf:B (2.2) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 10387067
    696 1qak:A (2.0) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 10387067
    697 1qak:B (2.0) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 10387067
    698 1qal:A (2.2) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 10387067
    699 1qal:B (2.2) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 10387067
    700 1qhq:A (1.55) BS01 CU ? GO:0005507 ... P27197 11178893
    701 1qle:A (3.0) BS03 CU 7.1.1.9 GO:0004129 ... P98002 10559205
    702 1r5a:A (2.5) BS01 CU 2.5.1.18 GO:0004364 ... Q9GQG7 15717864
    703 1rcy:A (1.9) BS01 CU ? GO:0005507 ... P0C918 8947572
    704 1rjo:A (1.67) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46881 15533431
    705 1rjp:A (1.8) BS02 CU 3.5.1.81 GO:0016787 ... Q9AGH8 14736882
    706 1rk5:A (1.8) BS02 CU 3.5.1.81 GO:0016787 ... Q9AGH8 14736882
    707 1rkr:A (2.45) BS01 CU ? GO:0005507 ... P56547 9761902
    708 1rkr:B (2.45) BS01 CU ? GO:0005507 ... P56547 9761902
    709 1rkr:C (2.45) BS01 CU ? GO:0005507 ... P56547 9761902
    710 1rkr:D (2.45) BS01 CU ? GO:0005507 ... P56547 9761902
    711 1rky:A (1.68) BS01 CU 1.4.3.- GO:0005507 ... Q96X16 15533431
    712 1rzc:A (1.9) BS01 CU 4.2.1.1
    4.2.1.69    		 GO:0002009 ... P00918 15299481
    713 1rzp:A (1.9) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    714 1rzp:A (1.9) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    715 1rzp:B (1.9) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    716 1rzp:B (1.9) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    717 1rzp:C (1.9) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    718 1rzp:C (1.9) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    719 1rzq:A (2.2) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    720 1rzq:A (2.2) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    721 1rzq:B (2.2) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    722 1rzq:B (2.2) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    723 1rzq:C (2.2) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    724 1rzq:C (2.2) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 15003518
    725 1s1q:A (2.0) BS01 CU ? GO:0015031 ... Q99816 15053872
    726 1s1q:C (2.0) BS01 CU ? GO:0015031 ... Q99816 15053872
    727 1s4c:A (2.2) BS01 CU ? GO:0005737 ... P44583 16077096
    728 1s4c:B (2.2) BS01 CU ? GO:0005737 ... P44583 16077096
    729 1s4c:C (2.2) BS01 CU ? GO:0005737 ... P44583 16077096
    730 1s4c:D (2.2) BS01 CU ? GO:0005737 ... P44583 16077096
    731 1sda:B (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 1444476
    732 1sda:G (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 1444476
    733 1sda:O (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 1444476
    734 1sda:Y (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 1444476
    735 1sdd:B (2.8) BS01 CU ? GO:0005507 ... Q28107 15184653
    736 1sdw:A (1.85) BS01 CU 1.14.17.3
    4.3.2.5    		 GO:0003824 ... P14925 15131304
    737 1sdw:A (1.85) BS02 CU 1.14.17.3
    4.3.2.5    		 GO:0003824 ... P14925 15131304
    738 1sdy:A (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... P00445 1772629
    739 1sdy:B (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... P00445 1772629
    740 1sdy:C (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... P00445 1772629
    741 1sdy:D (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... P00445 1772629
    742 1sf5:A (1.1) BS01 CU ? GO:0005507 ... P22364 15260480
    743 1sfd:A (0.99) BS01 CU ? GO:0005507 ... P22364 15260480
    744 1sfd:B (0.99) BS01 CU ? GO:0005507 ... P22364 15260480
    745 1sih:A (1.73) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46881 15323556
    746 1sii:A (1.7) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46881 15323556
    747 1sjm:A (1.4) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    748 1sjm:A (1.4) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    749 1sjm:B (1.4) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    750 1sjm:B (1.4) BS03 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    751 1sjm:C (1.4) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    752 1sjm:C (1.4) BS03 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    753 1slv:B (2.3) BS02 CU 3.4.21.4 GO:0004252 ... P00763 8634241
    754 1snr:A (1.31) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    755 1snr:B (1.31) BS03 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    756 1snr:C (1.31) BS03 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P38501 15131305
    757 1sos:A (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    758 1sos:B (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    759 1sos:C (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    760 1sos:D (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    761 1sos:E (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    762 1sos:F (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    763 1sos:G (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    764 1sos:H (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    765 1sos:I (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    766 1sos:J (2.5) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 1463506
    767 1spd:A (2.4) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 8351519
    768 1spd:B (2.4) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000302 ... P00441 8351519
    769 1spu:A (2.0) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 9048544
    770 1spu:B (2.0) BS01 CU 1.4.3.21 GO:0005507 ... P46883 9048544
    771 1srd:A (2.0) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0005507 ... P07505 1880134
    772 1srd:B (2.0) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0005507 ... P07505 1880134
    773 1srd:C (2.0) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0005507 ... P07505 1880134
    774 1srd:D (2.0) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0005507 ... P07505 1880134
    775 1sxa:A (1.9) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 7643403
    776 1sxa:B (1.9) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 7643403
    777 1sxb:A (2.0) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 7643403
    778 1sxb:B (2.0) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 7643403
    779 1sxc:A (1.9) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 7643403
    780 1sxc:B (1.9) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 7643403
    781 1sxn:A (1.9) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 N/A
    782 1sxn:B (1.9) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 N/A
    783 1sxs:A (2.0) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 N/A
    784 1sxs:B (2.0) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 N/A
    785 1sxz:A (2.05) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 N/A
    786 1sxz:B (2.05) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0000209 ... P00442 N/A
    787 1t16:A (2.6) BS01 CU ? GO:0006869 ... P10384 15178802
    788 1t16:A (2.6) BS02 CU ? GO:0006869 ... P10384 15178802
    789 1t16:A (2.6) BS03 CU ? GO:0006869 ... P10384 15178802
    790 1t16:B (2.6) BS01 CU ? GO:0006869 ... P10384 15178802
    791 1t2x:A (2.3) BS01 CU 1.1.3.9 GO:0005576 ... P0CS93 15047910
    792 1tef:A (1.9) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00289 N/A
    793 1tef:B (1.9) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00289 N/A
    794 1teg:A (1.96) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00289 N/A
    795 1teg:B (1.96) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00289 N/A
    796 1tho:A (2.3) BS01 CU ? GO:0015035 ... P0AA25 N/A
    797 1tkw:A (-1.00) BS01 CU ? GO:0005507 ... P00299 15863096
    798 1to4:A (1.55) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... Q01137 15333927
    799 1to4:B (1.55) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... Q01137 15333927
    800 1to4:C (1.55) BS01 CU 1.15.1.1 GO:0004784 ... Q01137 15333927
    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218