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TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
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    # PDB
    (Resolution Å)
    Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
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    8405 8ixb:k (4.2) BS01 ATP ? GO:0003777 ... P33176 37439022
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    8407 8ixb:m (4.2) BS01 ATP ? GO:0003777 ... P33176 37439022
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    7.6.2.2
    7.6.2.3
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    8436 8j0g:B (3.7) BS04 ATP 1.2.1.41
    2.7.2.11
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    8441 8j0t:B (2.8) BS01 ATP 7.1.2.2 GO:0005524 ... P9WPU7 38961288
    8442 8j0t:C (2.8) BS01 ATP 7.1.2.2 GO:0005524 ... P9WPU7 38961288
    8443 8j3z:A (3.17) BS01 ATP 7.6.2.-
    7.6.2.2
    7.6.2.3
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    8444 8j3z:A (3.17) BS04 ATP 7.6.2.-
    7.6.2.2
    7.6.2.3
    GO:0001409 ... O15439 N/A
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    8456 8jmj:B (2.57) BS04 ATP ? GO:0005524 ... O25759 38842933
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    8465 8jmk:B (2.7) BS03 ATP ? GO:0005524 ... O25759 38842933
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    3.6.4.-
    GO:0000287 ... Q79PF4 N/A
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    3.6.4.-
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    3.6.4.-
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    3.6.4.-
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    8503 8jon:F (2.51) BS03 ATP 2.7.11.1
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    8505 8jpo:B (3.4) BS01 ATP ? GO:0005247 ... P51797 N/A
    8506 8jpr:A (3.4) BS01 ATP ? GO:0005247 ... P51797 N/A
    8507 8jpr:B (3.4) BS01 ATP ? GO:0005247 ... P51797 N/A
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    8511 8jup:A (1.98) BS01 ATP 2.7.11.1 GO:0004672 ... Q0JA29 N/A
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    8514 8juw:B (3.79) BS02 ATP 3.6.1.- GO:0005524 ... Q6PL18 37770645
    8515 8juw:C (3.79) BS01 ATP 3.6.1.- GO:0005524 ... Q6PL18 37770645
    8516 8juw:C (3.79) BS02 ATP 3.6.1.- GO:0005524 ... Q6PL18 37770645
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    8599 8oo7:J (2.8) BS03 ATP ? N/A G0S589 37384673
    8600 8ooc:J (2.93) BS01 ATP ? N/A G0S589 37384673

    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
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  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218